2. 항소비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는, 피고가 소외 1(대법원 판결의 소외인)을 독립한 사업자로 볼 수 없다는 이유로 원고가 소외 1로부터 직접 수취한 887,390,000원의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 이에 대하여 매입세액을 공제하지 아니하고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.

살피건대, 피고는 당초 소외 1을 독립한 사업자로 인정하지 않고 위 887,390,000원의 세금계산서에 대하여 매입세액을 공제하지 않았으나, 이후 원고가 국세심판을 청구하자, 국세심판원이 소외 1을 독립한 사업자로 인정하여 위 887,390,000원의 세금계산서에 대하여 매입세액을 공제하는 것으로 과세표준 및 세액을 경정하라는 결정을 내렸고, 피고가 이에 따라 2004년 2기 부가가치세 부과처분을 취소하고, 2003년 2기 부가가치세를 감액경정하였음은 위에서 본 바와 같아서, 이 사건 처분에는 원고 주장의 위법사유가 존재하지 않으므로 원고의 위 주장은 받아들이지 아니한다.

나. 원고는 또, 원고의 2004. 7. 30.자 부가가치세 수정신고와 관련하여 원고가 적법하게 수취한 세금계산서 중 850,000,000원 부분에 대하여 피고가 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 공제하지 아니하고 이 사건 처분을 한 것은 위법하다고 주장한다.

살피건대, 갑 제2호증, 을 제7호증의 각 기재와 변론 전체의 취지에 의하면, 원고가 이 사건 상가의 분양에 따른 2003년 2기분 부가가치세 및 종합소득세를 신고함에 있어, 2004. 7. 30. 부가가치세 수정신고시에는 소외 2, 3, 1에게 합계 3,691,000,000원의 분양대행수수료를 지급하였다며 그 세금계산서에 대하여 매입세액 공제하였으나, 종합소득세 신고시에는 2,841,000,000원의 분양대행수수료를 지급하였음 전제로 계산한 세액을 신고하여 분양대행수수료에서 850,000,000원의 차이가 발생한 사실, 이에 피고는 위 재조사 과정에서 원고에게 위 850,000,000원의 분양대행수수료의 지급과 관련하여 이 사건 상가 45개 점포 중 어느 것에 대한 분양대행수수료인지, 분양물건당 몇 퍼센트의 수수료를 받았는지 등에 대한 자료제출을 요구하였으나, 원고는 ‘구두로 약정하였고, 수수료도 각각 다르다’는 말 외에는 아무런 자료도 제출하지 못한 사실을 인정할 수 있다.

과세처분의 위법을 이유로 그 취소를 구하는 행정소송에 있어서 과세원인, 과세표준 등 과세요건이 되는 사실의 존재에 대하여는 원칙적으로 과세관청에 그 입증책임이 있다( 대법원 1987. 7. 7. 선고 85누393 판결 등 참조). 그러나 이 사건에서와 같이 납세자인 원고가 과세관청인 피고에게 동일한 과세기간의 부가가치세와 종합소득세 신고시에 그 세액계산의 기초가 되는 위 분양대행수수료를 각각 달리 신고한 것을 과세관청인 피고가 발견한 경우라면, 그 차이에 해당하는 금액에 해당하는 부분을 분양대행수수료로 실제로 지급하였다는 점에 대하여는 납세자인 원고가 스스로 입증하여야 한다고 봄이 상당하다고 할 것인데, 원고가 위 850,000,000원의 분양대행수수료를 실제로 지급하였다는 점을 인정할 증거가 없으므로, 원고의 위 주장은 이유 없다.

다. 원고는 또한, 원고가 소외 3에게 분양대행수수료로 지급한 1억 원을 필요경비에 산입하지 아니한 이 사건 처분이 위법하다 주장한다.

살피건대, 원고 주장의 분양대행수수료를 필요경비에 산입할지 여부는 부가가치세 과세표준 및 세액의 산정과 관계가 없으므로 원고의 위 주장은 그 자체로 이유 없다(원고의 위 주장의 취지를 위 1억원 분양대행수수료에 관한 세금계산서에 대하여 피고가 매입세액을 공제하지 아니하였으므로 이 사건 처분이 위법하다는 취지로 본다고 하더라도 이에 대하여는 이미 위에서 판단한 바와 같이 그 지급사실을 인정할 증거가 없을 뿐만 아니라, 을 제7호증, 을 제8호증의 1, 2의 각 기재에 의하면 위 1억원은 소외 3에 대한 차용금의 변제라고 인정되므로, 위 주장은 어느 모로 보나 이유 없다).

2. 그렇다면, 이 사건 소 중 207,021,129원을 초과하는 금액에 대한 2003년 2기 부가가치세 부과처분 취소청구 부분과 2004년 2기 부가가치세 부과처분 취소청구 부분을 각하하고, 원고의 나머지 청구를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.