2. 나머지 청구는 기각한다.

청구법인은 전라남도 영광군 영광읍 OO리 OOOOO에 본점을 두고 주택신축판매 및 토목공사를 영위하고 있는 종합건설업체로서 93년도 중 광주광역시 남구 OO동 OOOOO 소재 상가신축 판매, 전라남도 보성군 OOOOO간 도로확장공사(이하 “쟁점공사1”이라 한다), 같은 도 해남군 OO지구 경지정리공사(이하 “쟁점2공사”라 한다), 같은 도 여수시 O동 공유수면매립공사(이하 “쟁점공사3”이라 한다), 같은 도 나주군 OOOOO간 도로확장공사를 각각 시행하였다.

처분청은 청구법인에 대한 부가가치세 경정조사를 하면서 공사현장에서 확보한 작업일보 및 현장소장의 사실확인서 등에 근거하여 부가가치세 매출누락 및 매입세액 부당공제, 가공원가 계상 사실을 확인하고 94.6.16 청구법인에게 이 건 부가가치세 53,101,290원(93년제1기분 3,752,480원, 93년제2기분 49,348,810원)을 결정고지함과 동시에 가공원가 계상에 따른 93.1.1～93.12.31 사업년도분 법인세 손금불산입 439,153,239원(결손신고 법인으로 추징세액은 없음) 및 대표자 상여처분 368,894,739원을 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 94.8.4 이의신청, 94.12.20 심사청구를 거쳐 95.3.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 O세청장 의견

가. 청구주장

청구법인은 쟁점공사1, 쟁점공사2 및 쟁점공사3과 관련하여 중기사용료, 사석운반비, 노무비 등을 실제로 지급하였음에도 불구하고 처분청이 현장의 부실한 작업일보와 현장소장의 사실확인서에 의하여 이를 부인하고 이 건 처분하였으나, 처분청의 조사당시 쟁점공사3은 공유수면 매립공사가 진행중이어서 조사대상기간에 해당하는 93년도 제2기확정분에 대한 현장의 작업일보가 완성된 상태도 아니었고 현장소장인 청구외 OOO의 재진술서나 공사내역서상에서도 알 수 있는 바와 같이 중기사용료등을 실제 지급한 사실이 확인되므로 당초 현장소장의 사실확인서나 작업일보 등을 근거로 과세한 이 건 처분은 부당하다.

나. O세청장 의견

처분청이 93.1기-2기에 대하여 부가가치세 경정조사(94.5.16-94.5.21)를 실시하고 전시와 같이 처분함에 대하여 청구법인은 쟁점공사1, 쟁점공사2 및 쟁점공사3과 관련된 중기사용료, 사석운반비, 노무비는 실제로 지급된 것임에도 불구하고 처분청이 현장의 부실한 작업일보 및 얼떨결에 서명날인한 현장소장의 사실확인서에 근거하여 이에 의해 확인된 금액 이외의 비용을 가공매입으로 본 것은 부당하다고 주장하고 있는 바 이에 대하여 살펴보면,

첫째, 청구법인은 중기사용료, 사석운반비, 노무비 등의 경비가 청구외 OOO를 통하여 실제로 지급되었다고 주장하면서도 이를 입증할 금융자료 또는 거래처의 사실확인서 등의 구체적이고 직접적인 증빙자료를 제시함이 없이 회사직원이 일률적으로 기록관리하고 있는 노무비 지급명세서와 입금표 등의 단순자료만 제시하고 있어 이로써는 동 경비가 실질적으로 지급된 것으로 인정하기 어렵고,

둘째, 처분청이 당초 조사시 현장에서 직접 수취 복사한 작업일보의 내용을 보면 당일의 작업내용, 작업인원, 작업중기현황(중기별 작업시간 기록), 자재현황 등 그 기록내용이 구체적이고 사실적이며 또한 동 작업일지는 현장소장이 직접 작성하는 점 등에 비추어 진실한 기록으로 보여지므로 중기사용료, 노무비 등의 경비지출에 대한 원시증빙 자료가 된다 하겠고,

셋째, 쟁점공사3의 현장소장인 청구외 OOO 및 쟁점공사1의 현장소장인 청구외 OOO이 진술한 사실확인서는 그 내용이 작업일보의 상황과 동일할 뿐만 아니라 작업현장의 내부적인 사정이 상술되었다는 사실과 조사직원들은 쟁점공사들에 관한 사전지식이 없는 비전문가라는 점을 감안하여 볼 때 동 사실확인서는 책임감있는 현장소장이 사실 내용대로 진술한 것을 조사직원이 그대로 기록한 것이고, 그 기록 내용을 검토한 현장소장이 사실과 다름 없음을 확인하고 자필서명한 것으로 판단되고 이를 배척할 만한 특별한 사정은 존재하지 아니한 것으로 보여지므로 동 사실확인서를 과세근거 자료로 삼은 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

조사 공무원이 공사현장에서 확보한 작업일보 및 현장소장의 사실확인서를 근거로 과세한 처분의 당부를 가린다.

나. 관련법령

부가가치세법 제17조 제2항 제1호는 세금계산서에 필요적 기재사항(제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 사항을 말한다. 이하 같다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 그 내용이 사실과 다른 경우의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다고 규정하고 있고, 법인세법 제9조 제1항은 내O법인의 각 사업년도의 소득은 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 익금의 총액에서 그 사업년도에 속하거나 속하게 될 손금의 총액을 공제한 금액으로 한다고 규정하고 같은 조 제3항에서는 제1항에서 “손금”이라 함은 자본 또는 지분의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액을 말한다고 규정하고 있으며 같은법시행령 제94조의 2 제1항은 법인세의 과세표준을 신고하거나 법 제32조 제1항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액의 처분은 다음 각호의 규정에 의한다고 규정하고 제1호에서 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 이익처분에 의한 상여·배당·기타소득·기타사외유출로 하되 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자에게 귀속된 것으로 본다고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점공사1 및 쟁점공사2에 대하여 본다.

처분청의 부가가치세 결정결의서 및 법인세 결정결의서에 의하면 쟁점공사1에 대하여 청구법인이 93년제2기 부가가치세 매입금액으로 신고한 중기사용료 94,300,000원, 청구외 OO토건에 하도급한 토공사비 30,000,000원 합계 124,300,000원 중에서 “동 공사에 사용한 중기의 종류 및 중기종류별 사용료 지급내역” 등을 기재한 현장 소장인 청구외 OOO의 확인서와 “공사투입 중기의 종류 및 작업시간” 등 현장소장이 직접 작성한 것을 조사공무원이 공사 현장에서 확보한 작업일보를 근거로 하여 공사투입된 것으로 확인된 15,330,000원을 제외한 78,970,000원에 대하여 가공매입으로 보아 관련 매입세액을 부인하고 동 금액을 법인세 손금불산입함과 아울러 61,567,000원(가공 중기사용료 중 미지급금 23,000,000원을 제외한 금액에 부가세를 가산한 금액)은 대표자 상여처분 하였고,

쟁점공사2에 대하여는 청구법인이 93년제2기 부가가치세 매입금액으로 신고한 중기사용료 80,000,000원 중에서 공사현장에서 확보한 작업일보상 공사투입된 것으로 확인된 10,388,000원을 제외한 69,612,000원(전액 미지급)에 대하여 가공매입으로 보아 관련 매입세액을 부인하고 동 금액을 법인세 손금불산입 하였음을 알 수 있다.

청구법인은 처분청이 부인한 중기사용료를 실제로 지급하였다고 주장하면서 처분청이 조사시 확보한 작업일보와는 다른 작업일보, 이를 근거로 처분청이 산출한 방법과 같은 방법으로 작성한 중기사용료 산출내역, 중기사용료 지급관련 입금표 및 이를 입증하기 위한 관련장부 및 금융자료(예금통장 사본) 등을 제시하고 있으나,

청구법인이 새로이 제시한 작업일보는 처분청의 조사당시에는 제시하지 않고 있던 것으로서 그 신빙성이 의심스럽고 제시 자료금액들 및 부가가치세 신고시 제출한 중기사용료 금액이 서로 일치하지 아니하는 등 제시 자료들만으로는 중기사용료가 실지 지급된 것인지 여부가 불분명한 반면, 처분청이 확보한 작업일보는 현장소장이 직접 작성하였다고 확인하고 있고 작업 당일의 작업내용, 작업인원, 작업중기 현황, 중기별 작업시간 및 자재 현황 등 그 기록 내용이 구체적이고 사실적인 것으로 미루어 볼 때 동 작업일보와 이를 뒷받침하는 현장소장의 확인서를 근거로 청구법인이 중기사용료로 신고한 총 금액에서 실제로 투입된 것으로 확인된 중기사용료만 인정하고 나머지 부분에 대하여는 부인한 처분은 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

(2) 쟁점공사3에 대하여 본다.

처분청의 동 공사에 대한 처분내용을 보면 청구법인이 93년제1기 및 제2기 부가가치세 매입금액으로 신고한 중기임차료 158,060,000, 사석운반비 29,505,000원 합계 187,565,000원 중에서 “흙 운반에 사용된 중기는 없었고 사석운OO 하도급업체인 청구외 OO건설에서 중기업자와 계약하였으며 구조물공사(암거 및 하수도 공사)와 토공사(부지정리 및 사석운반)는 위 OO건설에 하도급 하였고 인건비는 옹벽공사에 투입되었다”는 현장 소장인 청구외 OOO의 확인서 내용에 따라 청구외 OOO외 1인에게 대금지급이 확인된 20,000,000원을 제외한 167,565,000원에 대하여 가공매입으로 보아 관련 매입세액을 부인하고 동 금액을 법인세 손금불산입함과 동시에 동 금액에 부가가치세를 가산한 184,321,500원은 대표자 상여처분하였고,

93.10.31 노무비로 지급한 것으로 계상한 151,109,116원 중에서 위 현장 소장의 확인내용에 따라 옹벽공사에 투입한 인건비 28,102,877를 제외한 123,006,239원은 가공노무비로 보아 법인세 손금불산입하고 동 금액을 대표자 상여처분하였음이 부가가치세 결정결의서 및 법인세 결정결의서에 의하여 확인된다.

위 처분내용에서 알 수 있는 바와 같이 처분청은 쟁점공사3에 대하여 쟁점공사1 및 쟁점공사2의 경우와는 달리 단순히 현장소장의 사실확인서에 근거하여 전시한 처분을 하였으나,

동 확인서는 쟁점공사3의 전 내용을 망라한 사실확인서라기 보다 단지 현장소장으로서의 지위에서 알고 있는 사실에 대한 확인에 불과하고 또한 청구법인을 대표하여 위 사실을 확인할 수 있는 지위에 있는지 여부도 불분명할 뿐 아니라 청구법인이 쟁점공사3의 발주처인 여수시에 제출한 공사내역서 및 현장소장이 다시 확인하여 제시한 재확인서에 의하면 쟁점공사3에는 위 OO건설에 하도급한 토공사와 암거공사외에도 도로축조공사, 상수도공사, 부대공사등이 포함되어 있었음이 확인되고 “인건비는 옹벽공사에 투입되었다”는 당초 확인 내용만으로는 인건비가 옹벽공사외에는 전혀 투입되지 않았다고 단정하기 어려우며 처분청이 원가부인한 중기사용료 및 노무비를 제외한 쟁점공사3의 경상이익율(33.6%)이 O세청장이 정한 당해 업종의 93년귀속분 소득표준율(10.4%)에 비하여 현저히 높다는 사실 등을 감안하여 볼 때 현장소장의 사실확인서는 과세근거로 삼기에는 적절치 못하다 아니할 수 없고, 따라서 쟁점공사3에 투입된 중기사용료 및 노무비의 부인 여부 및 그 금액은 사실관계를 재조사하여 결정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

라. 이 건 심판청구는 청구주장이 일부 이유있으므로 O 세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호 및 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.