청구법인은 청구법인의 대표자 OOO 개인이 소유하고 있는 소프트웨어를 양수받아 이를 개발하여 판매하는 업체로서 특수관계에 있는 청구외 OO OOO OO OOOO주식회사에 판매관련 컴퓨터 프로그램 개발과 처리용역을 제공하고 그 대가로 상품판매액의 6%를 받아 이중 25%를 OOO 개인에게 지급하였는 바, 처분청은 ’89사업년도(1.1～12.31)부터 ’91사업년도까지의 『별지1』내역의 당해기술사용료 전액을 손금부인하고, 또한 청구법인이 ’91사업년도 중에 경상남도 양산군 양산읍 OO리 OOOOO 소재 공장용지 5,166㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 취득하면서 실제취득가액 1,562,800,000원과 장부상 취득가액 937,680,000원과의 차액 625,120,000원을 자산누락으로 익금산입하여 92.8.16 청구법인에게 『별지1』내역의 각 과세처분을 하였다.

청구법인은 이에 불복하여 92.9.30 과 92.10.13 에 심사청구를 거쳐 93.1.4 심판청구를 하였다.

2. 청구법인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 청구외 OOO의 미국의 OOOO OOOOO 시스템이 계속하여 보유하고 있던 식자조판 시스템 소프트웨어와 하드웨어를 OEM 방식으로 운영하고 있는 프로그램 개발회사인 OOOO상사주식회사로부터 컴퓨터 시스템 소프트웨어 개발 및 지원계약에 의하여 판매활동 및 영업관리 시스템 소프트웨어 개발을 의뢰하고 개발된 소프트웨어를 리스하여 지원받기로 하였고, 또한 프로그램개발 및 업무처리 용역을 제공받았는 바, 그 용역대가를 매출액의 6%로 정한 것이다.

따라서, 약정에 따라 개발비의 회수가 청구법인의 업무실적에 비례할 수 밖에 없으며 조세를 부당하게 감소시킨 결과를 초래하지 아니하였으므로 부당행위계산부인대상이 아니다.

(2) 청구법인은 쟁점토지를 청구외 OO종합건설주식회사로부터 91.3.27에 실지거래가액인 1,562,800,000원에 취득함에 있어 매매계약서에는 937,680,000원으로 기재하여 청구법인이 매매대금을 지급하면서 그 차액은 대표이사 개인이 지급하였으나, 법인장부상에는 매매계약서의 기재금액으로만 계상하는 회계처리를 하였는 바, 이 차액은 형식적으로만 자산이 과소계상된 것이며 실질적으로는 대표이사 개인이 일시적으로 청구법인에게 자금을 대여해주어 취득한 것에 불과하므로 자산과 부채가 동시에 계상누락된 것일 뿐 청구법인의 손익에는 영향이 없으므로 이를 익금에만 가산하여 과세한 처분청의 결정은 부당하다고 주장한다.

나. 국세청장 의견

(1) 당초 조사내용에 의하면 이 건 용역비와 관련하여 OOOOO주식회사에 의뢰한 소프트웨어 개발비의 견적 가액은 666,000,000원이고 과학기술처장관이 고시한 소프트웨어 개발비 산정기준에 의한 금액은 673,000,000원임에 비추어 청구법인의 용역비 지급액 4,589,000,000원은 현저히 높은 가액으로서 이는 법인세법 제20조 및 동법시행령 제46조 제2항 제8호에 규정한 “출자자등으로부터 용역을 높은 요율로 제공받은 때”에 해당되며, “조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”로서 부당행위계산부인의 사유에 해당된다고 할 것이므로 처분청이 청구법인의 부당한 행위계산을 부인하고 합리적인 방법에 의해 용역비를 계산하여 이를 초과한 용역비를 손금부인하여 결정함은 잘못이 없다.

(2) 쟁점토지의 취득가액 중 대표자 개인이 지급한 625,120,000원이 청구법인 장부상 누락되었음을 알 수 있고 처분청에서 제출한 조사서 및 확인서에서 청구법인과 대표이사 개인사이에 쟁점토지의 매입과 관련한 채권채무 및 차입금에 관한 내용이 없고 등기부등 공부상에도 별도로 채권채무에 관한 사항이 없으며, 청구법인 장부상으로도 지급한 사실 및 이와 관련한 채무의 존재사실도 없음을 알 수 있으며, 이 건 거래당사자인 쌍방법인의 회계처리도 계약서상 금액인 937,680,000원으로만 기장처리함으로써 쟁점토지를 매도한 청구외 OO종합건설주식회사에는 매출누락이 되고 청구법인에는 자산누락이 되었음을 알 수 있다.

따라서 처분청이 쟁점토지의 취득가액 중 625,120,000원을 대표이사 개인으로부터 무상으로 받은 자산으로 보아 자산누락에 대하여 익금가산하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다는 의견이다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

(1) 청구법인이 특수관계 있는 OOOOO OO OOOO주식회사에게 제공한 판매활동 및 영업관리에 대한 시스템 소프트웨어가 청구법인의 독자적인 기술개발에 의한 것인지 아니면 대표자 OOO 개인소유의 OOOO OOOOO의 DBM을 이용하여 개발한 것인지를 가리는 데 있으며,

(2) 청구법인이 쟁점토지를 취득하면서 그 취득가액 중 일부를 대표이사 개인 자금으로 충당하였으나 청구법인 자금 부분만을 자산으로 계상하고 대표이사 개인자금 충당 부분은 자산으로 계상하지 아니한 경우 자산으로 계상하지 아니한 부분을 자산누락으로 볼 수 있는지를 가리는 데 있다.

나. 쟁점1에 대하여

(1) 관계법령

법인세법 제20조(부당행위계산의 부인)에서 “정부는 대통령령이 정하는 바에 의하여 내국법인의 행위 또는 소득금액의 계산이 대통령령이 정하는 특수관계 있는 자와의 거래에 있어서 그 법인의 소득에 대한 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우에는 그 법인의 행위 또는 소득금액의 계산에 불구하고 그 법인의 각 사업년도의 소득금액을 계산할 수 있다”고 규정하고, 동법시행령 제46조(법인의 부당한 행위 또는 계산) 제1항에서 “법 제20조에서 특수관계 있는 자”를 열거하면서 그 제5호에서 “당해법인에 100분의 50이상을 출자하고 있는 법인이나 개인”을 규정하고 있으며, 제2항에서 “법 제20조에서 조세의 부담을 부당히 감소시킨 것으로 인정되는 경우”로 제8호에서 “출자자등으로부터 금전 기타 자산 또는 용역을 높은 이율·요율이나 임차료로 차용하거나 제공을 받은 때”를 규정하고 제9호에서 “기타 출자자에게 법인의 이익을 분여하였다고 인정되는 것이 있을 때”를 규정하고 있다.

(2) 사실관계

㉮ OOOO OOOOO(기술개발자인 청구외 OOO이 미국거주시 사용하던 사업 명칭임)가 보유한 기술의 실질적인 소유자는 청구외 OOO이고, 청구외 OOO은 청구법인의 대표이사로서 청구법인의 주식 100%를 소유하고 있으므로, 청구법인과 OOOO OOOOO(OOO)는 특수관계자이고, 청구법인의 사업내용을 보면, OOOO OOOOO의 고유기술인 식자조판시스템 관련 소프트웨어등의 기술을 컴퓨터제조·판매업자에게 제공하고 컴퓨터제조 판매업자 매출액의 5%를 기술료로 수수하며, OOOOO OO OOOO주식회사(알로에 화장품·식품수입판매)의 판매관리용 소프트웨어를 개발하여 운용 및 지원하여 주고 OOOOO OO OOOO주식회사 매출액의 6%를 기술료로 수수하며 동 기술료수입금액의 25%를 OOOO OOOOO에 기술사용료로 지급하였다.

㉯ 처분청은 청구법인이 OOOOO OO OOOO주식회사로부터 받은 기술료 수입액 합계 4,590,595,877원의 25% 상당액인 1,231,437,816원을 OOOO OOOOO 소유자인 대표자 OOO에게 지급한 것은 청구법인의 이익을 분여한 것이라고 인정하여 『별지3』내역의 당해 기술료 지급액 중 합계 1,139,882,131원을 손금부인하여 ’89～’91사업년도의 법인세 및 동 방위세를 경정하였다.

(3) 청구법인이 대표자 개인에게 이익을 분여하였는지 여부

첫째, 처분청은 청구법인이 90.10월 AS/400 시스템을 OOOOO OO OOOO주식회사에 양도하면서 시스템 가액 26,945,000원, 기술료 36,000,000원 합계 62,945,000원에 양도한 것으로 보아 36,000,000원에 대한 25%의 기술사용료 지급이 타당한 것으로 보았으나, 위 36,000,000원은 AS/400 시스템 운영에 필수적으로 사용되는 UTILITY 프로그램 대가일 뿐 OOOO OOOOO의 기술사용료 대가가 아니며,

둘째, 처분청은 OOOO OOOOO의 소프트웨어인 DBM을 이용하여 만든 새로운 소프트웨어를 청구법인이 OOOOO OO OOOO주식회사에 제공하였으나 OOOO OOOOO의 기술은 소프트웨어 개발당시에만 사용될 뿐 개발이 끝난 후에는 개발한 소프트웨어를 사용하는 것이지 OOOO OOOOO의 기술이 계속하여 반복적으로 사용되는 것은 아니므로 OOOO OOOOO에게는 기술사용료를 지급할 의무가 없고 따라서, 청구법인이 OOOOO OO OOOO주식회사로부터 받은 기술료는 OOOO OOOOO의 기술사용료 대가가 아니고 단순한 전산처리 용역대가라는 의견인 바,

위와 같이 처분청은 새로 개발된 소프트웨어가 OOOO OOOOO의 기술을 이용하여 개발된 사실과 청구법인이 OOOOO OO OOOO주식회사에 소프트웨어 개발용역을 제공한 사실을 인정하면서 OOOO OOOOO에 기술사용료 지급의무가 없다고 보는 것은 모순이며,

셋째, 청구법인이 OOOOO OO OOOO주식회사에 제공한 소프트웨어는 처분청이 밝혔듯이 OOOO OOOOO의 소프트웨어를 이용하여 만든 것으로 기술의 원천이 바뀐 것이 아니며, 단지 OOOOO OO OOOO주식회사가 사용하는 컴퓨터 기종을 PC에서 AS/400으로 바꾸면서 그에 따른 프로그램언어가 변경된 것에 불과하며,

넷째, 이와 같이 IBM AS/400용 DBM이 OOOO OOOOO시스템을 이용하여 개발된 사실은 한국과학기술연구원의 보고서(93.8.23 자)와 OO대학교 생산공학 연구소의 보고서(93.8.24 자)등 전문기관에서 분석한 결과에 의하여도 확인되고 있다.

앞에서 살펴본 점을 종합하여 볼 때 청구법인이 OOOOO OO OOOO주식회사에 제공한 소프트웨어는 청구법인이 독자적으로 신규개발한 것이 아니고 그 기술원천은 OOOO OOOOO이므로 청구법인이 그 소유자인 OOO에게 기술사용료를 지급할 의무가 있음은 당연하다.

그러나, 청구법인이 OOOOO OO OOOO주식회사로부터 받은 기술사용료가 과다하여 이를 특수관계자간의 부당행위로 보아 OOOOO OO OOOO주식회사의 관할세무서장이 과세처분하면서 그 적정가액을 702,766,218원으로 인정하고 그 초과분을 손금부인하였는 바, 이에 불복한 OOOOO OO OOOO주식회사의 심판청구(93서282, 93.1.18)심리시에 이 건 심판청구와 함께 병합심리하면서 그 적정가액을 당해 과세처분과 같이 702,766,218원으로 인정하였다.

따라서, 관할 세무서장이 인정한 적정가액 702,766,218원은 정당한 가액이므로 이를 초과하는 과다지급분은 특수관계자간의 부당한 거래행위에 의한 것이므로 기술사용료 지급대상금액에서 제외하더라도 당해 적정가액 702,766,218원의 25% 범위내의 기술사용료에 대하여는 청구법인이 대표자 OOO에게 지급할 의무가 있으므로 이 부분은 당해 각 사업년도의 소득금액계산상 손금으로 용인하여야 할 것이다.

다. 쟁점2에 대하여

(1) 관계법령

법인세법 제9조(각 사업년도의 소득) 제2항에서 “제1항에서 익금이라 함은 자본 또는 출자의 납입 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 그 법인의 순자산을 증가시키는 거래로 인하여 발생하는 수익의 금액을 말한다”라고 규정하고, 동법시행령 제12조(수익과 비용의 정의) 제1항에서 “법 제9조 제2항에서 수익이라 함은 법 및 이 령에 규정하는 것을 제외하고 다음 각호에 게기하는 것으로 한다”고 규정하면서 제6호에서 “무상으로 받은 자산의 가액”이라고 규정하고 있다.

(2) 사실관계

청구법인이 청구외 OO종합건설주식회사로부터 쟁점토지를 91.3.27 에 실지거래가액인 1,562,800,000원에 취득함에 있어 매매계약서에는 매매대금을 937,680,000원으로 기재하여 청구법인이 매매계약서상 매매대금만을 지급하고 계약서상 금액대로 장부에 기장처리하였으며, 차액 625,120,000원은 대표자 개인이 지급하고 청구법인 장부상에는 자산이나 부채로 계상하지 아니한 사실에는 다툼이 없으며, 처분청은 청구법인이 대표자로부터 위 금액을 증여받아 자산을 취득한 것으로 보아 ’91사업년도 소득금액계산시 익금에 산입하였다.

(3) 청구법인이 순자산 증가에 해당하는 토지취득가액을 누락시켰는지 여부에 대하여

첫째, 청구법인의 대표자가 청구법인과 쟁점토지의 취득가액중 일부인 625,120,000원에 관한 증여계약을 체결하여 청구법인의 대표자가 청구법인에게 증여한 사실이 없으므로 청구법인에게 순자산을 증가시키는 거래로 인한 수증익이 발생할 여지가 없으며,

둘째, 청구법인이 공장부지인 쟁점토지를 매입하면서 취득가액중 일부금액을 장부상에 계상하지 아니한 것은 그 취득 과정에서 양도자의 요구에 부득이 응한 것일 뿐 청구법인이 자산가액을 고의로 과소계상할 이유가 없어 보이며, (취득가액의 과소계상후 양도하는 경우 오히려 법인세 및 특별부가세등 세부담 증가 초래)

셋째, 위 금액 625,120,000원이 청구법인의 대표자 OOO의 개인소유 자금인 사실은 이 건 과세처분을 하기 위한 당초 조사당시에 관련 금융기관에 대한 조사에서 확인된 것이며,

넷째, 청구법인은 이 건 과세처분 이후인 92.12.31 쟁점토지 취득대금 계상누락액 625,120,000원을 자산(토지계정)에 계상하는 한편, 부채(주주·임원 단기채무)도 계상하였다.

위의 여러 사실등을 모아 볼 때 청구법인이 쟁점토지의 취득가액 중 일부를 자산에 과소계상한 것은 수증에 의한 자산을 누락시킨 것이 아니고, 자산인 토지와 대표자로부터의 일시 가수금인 부채를 동시에 장부상 계상하지 아니한 것인 바, 처분청이 청구법인의 부외부채 해당 부분은 손금산입하지 아니하고 과소계상 자산 가액만을 익금에 산입한 것은 부당하다고 판단된다.(국세청 예규 법인22601-830, 91.4.26, 22601-2473, 90.12.26 같은 뜻임)

라. 이 건 심판청구는 청구법인의 주장이 이유있다고 판단되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

『별지 1』

사업년도별 과세처분 내역

『별지 2』

사업년도별 손금산입액