가. 나주시 C 토지와 지상 축사는 1997. 12. 12.부터 D이 소유하다가 임의경매로 인한 매각으로 2012. 2. 15. E에게 소유권이 이전되었고, 다시 2014. 7. 29. 매매를 원인으로 B에게 소유권이 이전되었다.

나. 한편, D은 피고에게 C 토지 지상에 336㎡, 280㎡, 193.6㎡(3동 합계 809.6㎡)의 가축분뇨배출시설인 돼지 사육시설을 설치한다는 신고를 하여 2002. 5. 17. 위 설치신고가 수리되었다.

다. B은 피고에게 위 배출시설 설치자 등의 지위를 D으로부터 승계하였다는 신고를 하여 2016. 11. 22. 위 신고가 수리되었다. 라.

B은 2016. 12. 13. 피고에게 나주시 F 외 3필지(G, H, C, 이하 4필지를 총칭하여 ‘이 사건 토지’라 한다) 지상에 아래 기재와 같은 연면적 합계 1,609.93㎡의 동식물관련시설(돈사, 이하 총칭하여 ‘이 사건 축사’라 한다)을 신축하기 위한 건축허가를 신청하였다.

마. 이 사건 토지는 구 나주시 가축사육제한에 관한 조례(2017. 3. 22. 전라남도 나주시 조례 제1306호로 개정되기 전의 것, 이하 ‘나주시 조례’라 한다)상 주거밀집지역으로 돼지의 사육이 제한되는 일부제한구역에 해당한다.

주건축물1 - 연면적 661.5㎡ 돈사 주건축물2 - 연면적 308.7㎡ 돈사 / 연면적 352.8㎡ 창고 부속건축물1 - 연면적 220.5㎡ 퇴비사 부속건축물2 - 연면적 64.22㎡ 관리사 부속건축물3 - 연면적 2.21㎡ 소독실

바. B은 2016. 12. 13. 피고에게 위 3동 합계 809.6㎡의 가축분뇨배출시설을 661.5㎡, 308.7㎡(2동 합계 970.2㎡)로 변경하고, 사업장 지번으로 나주시 F, G, H를 추가하는 내용의 신고를 하였고, 2016. 12. 20. 위 신고가 수리되었다.

사. 피고는 2016. 12. 20. 가축사육제한조례 저촉 여부, 가축분뇨배출시설 변경신고 등에 대한 협의를 거쳐 이 사건 축사의 건축을 허가 이하 '이...