가. 원고는 제철업 등을 영위하는 회사로서 2000. 5. 29. 충청남도지사로부터 산업입지 및 개발에 관한 법률(이하 ‘산업입지법’이라 한다)에 따라 당진시 송악읍 고대리 일원의 전면 해역을 매립하여 산업단지를 조성하는 내용의 “아산국가산업단지 고대지구 조성사업(확장부분)”(이하 ’이 사건 사업‘이라 한다)에 관한 실시계획 승인을 받았다.

이후 위 실시계획이 여러 차례 변경되다가 2012. 12. 27. 최종적으로 피고에 의하여 이 사건 사업부지의 면적을 413,645.6㎡로, 사업시행 기간을 1996년부터 2012년까지로 각 변경하는 내용의 실시계획 변경승인이 이루어졌다.

나. 피고는 2013. 2. 28. 원고에게 이 사건 사업의 시행과 관련하여 항만시설인 전용부두 및 배후부지 조성 시 점유하는 해상구역에 대해서는 구 항만법(2012. 12. 18. 법률 제11594호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제30조 제3항 및 ‘무역항의 항만시설 사용 및 사용료에 관한 규정’(이하 ‘이 사건 고시’라고 한다) 제8조에 따라 항만시설 사용료(수역점용료)를 실시계획 승인일부터 사업시행자(원고)가 매립지의 소유권을 취득할 때까지 납부하여야 한다는 이유로, 당진시 송악읍 고대리 전면 해상 배후부지 부분 점용면적 414,304㎡(이하 ‘배후부지 해상구역’이라 한다)에 대하여 2008. 2. 27.부터 2009. 2. 26.까지의 항만시설 사용료 1,988,659,200원을 부과하였다.

다. 그리고 피고는 2013. 5. 2. 원고에게 위와 같은 이유로 배후부지 해상구역 중 85,961㎡에 대한 2008. 2. 27.부터 2008. 3. 31.까지의 항만시설 사용료를 31,228,572원으로, 110,039㎡에 대한 2008. 2. 27.부터 2009. 4. 1.까지의 항만시설 사용료를 554,488,117원으로, 15,594㎡에 대한 2008. 2. 27.부터 2010. 12. 13.까지의 항만시설...

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