청구법인은 아파트 건설업을 영위하는 법인으로, 2001.3.26.본사를 과밀억제권역인 OOOOO OOO OOO OOOOOO에서수도권생활지역외의 지역인 OOOO OOO OOO OOOO으로 이전하고,2004사업연도 법인세 신고시조세 특례제한법 제63조의 2의 규정에 의한 임시특별세액감면으로 10,632,027,951원을법인세에서 공제하여 신고하였다.

처분청은 청구법인이 2001.3.26. 본사를 이전하기 전인 2001.1.31. 본사직원 85명 중 42명을 퇴사시켜 다음 날(2001.2.1.) 수도권생활지역내인OOO OOO OOO OOO OOOOO 소재 주식회사OOOOO(청구법인과 특수관계 법인으로 이하 “관련법인”이라 한다)에 입사시켰으나, 관련법인으로 옮긴 직원 42명(2004.12.31. 현재 계속 근무하는 직원은 15명,이하 “쟁점직원”이라 한다)이 형식적으로만 근무지를 변경하였고 실질적으로는 청구법인의 업무를수행한 것으로 보아 조세 특례제한법 제63조의 2의 규정에 의한임시특별감면세액을 재계산하여 2006.2.7. 청구법인에게 2004사업연도법인세 973,986,410원을 경정고지하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2005.1.31. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점직원은 청구법인에서 근무하다가 퇴사하여 인격이 다른 관련법인에서 근무하고 있음에도 관련법인이 특수관계자로서 하도급 업무를 수행하고 있다는 이유로 청구법인의 본사업무를 수행하는 근로자로 보아 법인 전체 인원에 포함시켜 조세 특례제한법 제63조의 2의 규정에 의한 임시특별감면세액을 계산함은 조세법률주의에 위반되고, 쟁점직원은 본사업무를 수행하는 근로자가 아니라 공사현장의 관리업무를 수행하는 근로자로서 2004사업연도에는 하도급받은 공사현장이 아닌 청구외법인의 자체 사업현장에서 근무하고 있으므로 청구법인의 근로자로 보는 것은 잘못이므로 이들의 급여를 청구법인 전체 인원의 급여총액에 포함시키는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 수도권생활지역외의 지역으로 이전하기 직전에 쟁점직원을 수도권생활지역내에 있는 특수관계자인 관련법인으로 근무지를 옮겼으나 쟁점직원들은 옮긴 이후에도 청구법인의 건설업 관련업무를 계속 수행하였으므로 청구법인에서 퇴직 후 관련법인에 입사한 것은 형식에 불과하고 실질적으로는 청구법인의 직원으로서 수도권생활지역내에서 근무를 한 직원이라고 할 것이므로 조세 특례제한법 제63조의 2의 규정을 적용함에 있어서 쟁점직원의 급여를 청구법인의 법인 전체인원의 연간 급여총액에 추가하여 임시특별감면세액을 재계산한 처분은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

법인 본사를 수도권생할지역외의 지역으로 이전한데 대한 임시특별 감면세액을 계산함에 있어서 본사에서 퇴직하여 수도권생활지역내의 특수관계법인에서 근무하게 한 직원을수도권생활지역내에서 근무한 직원으로 보아 감면세액을계산함이 타당한지 여부

나. 관련법령

조세특례제한법(2002.12.11. 법률 제6762호로 개정되기 전의 것) 제63조의 2【법인의 공장 및 본사의 수도권생활지역외의 지역으로의 이전에 대한 임시특별세액감면 등】

① 다음 각호의 요건을 갖춘 법인(이하 이 조에서 수도권생활지역외 지역이전법인 이라 한다)은 제2항 내지 제4항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 있다.

1. 수도권정비계획법 제6조 제1항 제1호의 규정에 의한 과밀억제권역(이하 이 조에서 “과밀억제권역”이라 한다)안에 5년 이상 계속하여 공장시설을 갖추고 사업을 영위하거나 5년 이상 계속하여 본점 또는 주사무소(이하 이 조에서 본사 라 한다)를 둔 법인일 것

2. 공장시설의 전부 또는 본사를 대통령령이 정하는 수도권생활지역(이하 이 조에서 수도권생활지역 이라 한다)외의 지역(공장시설을 광역시로 이전하는 경우에는 산업입지 및 개발에 관한 법률에 의한 산업단지에 한한다. 이하 이 조에서 같다)으로 대통령령이 정하는 바에 따라 2002년 12월 31일까지 이전하여 사업을 개시하거나 공장 또는 본사를 신축하여 이전하는 경우에는 그 부지를 취득한 날부터 3년 이내에 이전하여 사업을 개시할 것(2002년 12월 31일 이전에 공장 또는 본사의 부지를 취득하고 그 취득일이 속하는 과세연도의 과세표준신고시에 이전계획서를 제출하는 경우에 한한다)

② 수도권생활지역외 지역이전법인은 다음 각호의 소득에 대하여 이전일이 속하는 과세연도와 그 다음 과세연도의 개시일부터 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 전액을, 그 다음 5년 이내에 종료하는 과세연도에 있어서는 법인세의 100분의 50에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공장을 이전한 경우에는 당해 공장에서 발생하는 소득

2. 본사를 이전한 경우에는 과세연도별로 가목의 금액에 나목 및 다목의 비율을 곱하여 산출한 금액에 상당하는 소득

가. 당해 과세연도의 과세표준에서 토지 및 건물의 양도차익을 차감한 금액

나. 당해 과세연도 이전본사 근무인원의 연간급여총액이 법인 전체인원의 연간급여총액에서 차지하는 비율

다. 당해 과세연도 이전본사 근무인원이 수도권생활지역안의 본사 근무인원과 이전본사 근무인원의 합계인원에서 차지하는 비율(동 비율이 100분의 50 미만인 경우에는 이를 영으로 본다)

3. 공장과 본사를 함께 이전한 경우에는 제1호 및 제2호의 소득을 합하여 산출한 금액에 상당하는 소득. 다만, 당해 과세연도의 소득금액을 한도로 한다.

③ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 이전본사 근무인원이라 함은 수도권생활지역외의 지역에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원(매월말 현재의 인원을 합하고 이를 해당 월수로 나누어 계산한 인원을 말한다)에서 이전일이 속하는 과세연도의 직전 과세연도에 수도권생활지역외의 지역에서 본사업무에 종사하던 상시근무인원의 연평균인원을 차감하여 계산한 인원을 말하며, 수도권생활지역안의 본사 근무인원이라 함은 본사의 이전후 수도권생활지역 안에서 본사업무에 종사하는 상시근무인원의 연평균인원을 말한다. 이 경우 이전일이 속하는 과세연도에는 이전후 근무인원을 기준으로 연평균인원을 계산한다.

④ 제2항 제2호의 규정을 적용함에 있어서 법인세감면기간 중 동항 제2호 다목의 비율이 100분의 50에 미달하게 되는 경우에는 당해 과세연도부터 제2항의 규정에 의하여 법인세를 감면받을 수 없다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 대표이사인 고OO 1인이 청구법인의 주식을 100% 보유하고 있고, 관련법인은 고OO의 자(子)인 고OO 1인이 관련법인의 주식 100%를 보유하고 있어 청구법인이 관련법인과 법인세법상 특수관계 있는 법인임이 청구법인과 관련법인의 주주명부 등에 의하여 확인된다.

(2) 청구법인이 2001.3.26. 본사를 수도권생활지역내의 지역에서 수도권생활지역외인 OOOO OOO OOO OOOO으로 이전한 현황은 아래와 같다.

청구법인이 본사를 수도권생활지역외인 충청남도 OO시에 이전하기 전인 2001.1.31. 청구법인을 퇴직한 직원 46명중에서 42명이 2001.2.1. 관련법인에 입사한 사실에 대하여 청구법인과 처분청간에 다툼이 없다.

(3) 관련법인의 등기부등본에 의하면, 관련법인은수도권생활지역내인OOO OOO OOO OOO OOOOO OOOOOOOO호에 소재하고,2001.6.28.부터건설용역 서비스업, 주택건설업, 토목공사업,건축공사업, 부동산매매 및 임대업, 전기공사업, 소방공사업, 오폐수처리업, 부대사업 일체의 업종을 영위하고 있으며, 연도별 수입금액은 아래 표에서 보듯이 청구법인에서 퇴사한 직원 42명이 관련법인에 입사한 이후부터 청구법인에 대한 의존도가 높아진 사실이 확인된다.

(OO O OOO)

(4) 위 사실관계와 관련법령을 종합해 보면, 조세 특례제한법 제63조의 2의 규정은 그 형식보다는 실질에 의하여 적용 여부를 판단하여야 하는 것(OOO OOOOOOO, OOOOOOOOO OO OO)이므로, 수도권생활지역안에 본사를 두고 5년 이상 계속 사업을 영위한 법인이 본사의 일부 사업부분을 분할하여 수도권 과밀억제권역안에 자회사를 설립하거나 아웃소싱 형태로 조직을 변경하면서 조직변경전 본사근무인원 중 일부를 자회사 또는 아웃소싱회사에 잔류시켜 실질적인 본사 업무를 수행하도록 하고 나머지 본사는 수도권생활지역외 지역으로 이전하는 경우 조세 특례제한법 제63조의 2의 규정에 의한 법인의 본사이전에 해당하여 임시특별세액감면을 적용받을수 있으나, 감면세액 계산시 자회사 또는 아웃소싱회사에 잔류하는 인원은 수도권생활지역안의 본사근무인원으로 보아 감면세액을 계산하는 것(OOOOO OOOOOOOOOOOO, OOOOOOOOOOO OO OO)인 바,

청구법인이 고용하고 있던 종업원 42명을 퇴사시켜 특수관계 있는 관련법인에 입사하게 한 후 관련법인에게 청구법인의 공사를 하도급주어 위 종업원들로 하여금 그 업무를 수행하도록 한 것은 실질적으로 청구법인의 수도권생활지역내의 본사 업무를 수행한 것으로 보이므로 위 직원 42명 중2004.12.31. 현재 계속 근무하는 직원 15명의 급여와 월 평균 근무인원을 수도권생활지역안의 본사근무인원의 급여와 월 평균 근무인원에 합산하여 조세 특례제한법 제63조의 2의 규정에 따라 임시특별감면세액을 재계산하여 법인세를 부과한 처분청의 이 건 처분은 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.