가. 청구법인은 OOO지점법인 및 의료기관으로 의학기술 관련 동물실험실과 연구실 등을 갖춘 부속연구소건물인OOO2013.2.7. 준공(2010.9.13. 착공)하여 주차장(쟁점건물의 지하 OOO이하 “쟁점주차장”이라 한다), 실험실, 연구실, 사무실 및 회의실 등으로 사용하고 있으며, 쟁점주차장은 의료원 내 다른 주차장과 함께 OOO임대하고 있다.

나. 청구법인은 2012년 제1기～2013년 제1기 부가가치세 신고시 쟁점건물의 신축과 관련하여 발급받은 세금계산서 관련 매입세액 OOO전액 불공제하였으나, 2013년 3월OOO청구법인에 대한 세무조사를 실시하여, 다음<표1>과 같이 2012년 제1기 및 제2기 과세기간 쟁점건물 신축관련 매입세액 중 임대면적분과 쟁점주차장분 중 과·면세 공급가액비율OOO안분계산한 금액 합계 OOO공제하였다.

다. 청구법인은 다음 <표2>와 같이 2014.9.2. 2012년 제1기～2013년 제1기 과세기간 쟁점건물의 신축과 관련된 매입세액을 쟁점주차장을과세사업에 사용하는 것으로 보고, 이를 포함하여 과세면적OOO과면세면적OOO으로 안분계산하여 과세면적 매입세액OOO을매출세액에서 공제하여 달라는 취지로 부가가치세 경정청구를 하였다.

라. 처분청은 이에 대해 쟁점주차장 관련 매입세액이 청구법인의 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되고 실지 귀속을 구분할 수 없는공통매입세액에 해당한다고 보아 2014.10.31. 청구법인의 경정청구에 대해 거부통지를 하면서, 세무조사 내용과 같이 청구법인의 과·면세 공급가액비율에따라 안분계산하여 2014.12.22. 청구법인에게 2013년 제1기 부가가치세 OOO환급하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2015.1.29. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 쟁점주차장은 과세사업(임대업)에 사용되므로 이와 관련된 매입세액은 전액 공제되어야 한다.

(가) 「부가가치세법 시행령」 제4조 제1항에서 “사업의 구분은 이 영에특별한 규정이 있는 경우를 제외하고는 통계청장이 고시하는 해당 과세기간 개시일 현재의 한국표준산업분류에 따른다”라고 규정하고 있다.

한국표준산업분류에 따르면, “농업용 토지, 광물채굴을 위한 토지 및 기타 부동산을 임대하는 산업활동”를 ‘기타부동산 임대업’으로 분류하고, 토지나 건물 뿐만 아니라 광업권이나 지상권과 같은 부동산에 관한 권리의 임대까지도 그에 속하는 것으로 예시하고 있다(분류번호 68119). 따라서, 토지의 한 종류에 해당하거나(「측량ㆍ수로조사 및 지적에 관한 법률」 제67조 제1항에서 ‘주차장’을 토지 지목의 하나로 분류하고 있다), 건축물의 한 종류에 해당하는[ 「건축법 시행령」 제3조의5 및 그 별표 1(용도별 건축물의 종류) 제20호 가목에서 주차장을 건축물의 일종인 ‘자동차관련시설’에 속하는 것으로 분류하고 있다] 쟁점주차장은 부동산 임대업의 임대목적물에 해당한다.

(나) 쟁점주차장 임대행위의 임대차 요건을 충족한다.

1) 세법상 임대의 개념은 「민법」에서 차용한 개념이고, 「민법」상 임대차의 핵심 요건은 임차인이 임대목적물에 관해 사용수익권을 취득하고 그 대가를 지급하는 것이다( 「민법」 제618조). 이 건에서 임대목적물인 쟁점주차장에 차량을 일시적으로 주차하게 하고 대가를 받아 소유하게 되는 자는 OOO이지 청구법인이 아니므로 OOO가 사용·수익하고 있다. 또한, 주차장 이용자가 요금을 내지 않을 경우 그 지급청구권이 OOO에 있고, 주차관리상의 과실로 주차차량에 손해가 발생한 경우 그 손해배상의무도 OOO에게 있음이 명백한바, 이는 곧 청구법인이 아니라 OOO가 임차인으로 주차장을 운영하여 사용·수익하고 있음을 의미한다.

2) 이와 관련하여 처분청은 쟁점주차장의 주차스티커를 받은 OOO등 직원은 1일 OOO쟁점건물을 포함한 청구법인 입주기업 직원 중 쟁점주차장 스티커를 받은 자는 월정액 OOO주차료를 받도록 하는 등 청구법인OOO내 모든 주차장에게 동일하게 적용되는 주차요금체계를 쟁점주차장에도 적용하도록 하고 있는 점과 월정 임대료가 해당 월의 주차료 총매출액의 OOO정해져 있는 점 등을 들어 청구법인이 OOO에게 쟁점주차장의 관리를 위탁한 것이지 임대를 한 것이 아니라고 주장한다. 그러나 「민법」의 규정이나 판례, 학설상 그 어디에도 임차인이 임대목적물을 사용·수익하는 과정에서 임대인에게 유리한 조건을 적용하도록 하는 조항이나 임차인의 사용·수익에 따른 대가 중 일정 비율을 임대료로 정하는 조항이 임대차계약에 포함되어 있다고 하여 임대차에 해당하지 않는다는 내용이 없다.

즉, 청구법인과 OOO가 체결한 청구법인의 주차장 임대에관한 임대차계약서는 임대차계약에 포함되는 전형적인 조항들을 그대로포함하고 있음을 보더라도 처분청 의견의 부당성을 쉽게 알 수 있다.

3) 한국표준산업분류에 의하면, “수수료를 받고 자동차를 일정시간 주차시키는 산업활동”을 ‘주차장 운영업’이라고 하여 별도의 산업활동으로 분류하고 있고(분류번호 52915), 이 건에서 쟁점주차장의 임차인인 OOO가 동 사업을 영위하면서 그 공급가액에 대하여 부가가치세 및 그 소득에 대해 법인세를 납부하고 있다. 만약, 청구법인이 주차장을 운영하고, OOO는 단지 그 관리용역만 제공하는 것으로 본다면 OOO가 아닌 청구법인이 주차장 운영업을 영위하는 것이 되어 ‘주차장 운영업’이라는 단일의 사업을 2개의 주체가 동시에 영위하는 모순이 발생한다.

청구법인이 쟁점건물을 임대업에 사용함과 동시에 연구용역업의 영위에도 사용하고 있다는 처분청의 의견은 OOO에 대한 쟁점주차장의 임대라는 하나의 행위가 청구법인의 입장에서 임대업의 영위도 됨과 동시에 연구용역업의 영위도 된다는 것으로서 주장 자체에 의해 모순이다.

쟁점건물 내 구내식당 등 임대면적도 쟁점주차장과 유사한 조건으로 임대되었다. 즉, 부가가치세액을 제외한 순매출액의 OOO임대료로 책정함으로써 임차인의 매출액에 연동하여 임대료를 책정하는 방식이 동일하고, 나아가 구내식당을 청구법인의 임직원이나 학생들이 이용하는 경우에는 일반인에 비해 저렴한 가격을 받도록 함으로써 임대인에게 유리한 거래조건을 적용하도록 하고 있는 점 또한 동일하다. 따라서 처분청이 이러한 수익에 연동한 임대료 책정 방식과 임대인에 대한 유리한 거래조건의 적용에 불구하고 청구법인이 구내식당 등 임대면적을 임대업에 사용하고 있음을 인정하여 그 관련 매입세액의 전액 공제를 인정하면서도 동일한 조건으로 임대되고 있는 쟁점주차장에 대해서만 청구법인이 이를 OOO에 임대한 것이 아니라 위탁하여 관리한 것으로 보는 것은 타당하지 않다.

(다)청구법인은 부지 내에 노면주차장 외에 출입구 별로 구분되는 총 OOO건물 내에 각각 주차장을 소유하고 있으며, 그 가운데 2005년에 공사를 시작하여 2008년 5월 임시사용승인을 받은 신종합관 내의 주차장이 있다. 신종합관은 OOO청구법인 OOO사용되는 것 외에 지하 OOO주차장으로 사용되고 있다. 신종합관 내 OOO청구법인 OOO운영이 비과세사업이라는 점에 관해 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없었다는 점, 신종합관 내 OOO과세사업에 사용되고 있다는 점에 관해 역시 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없었다는 점, 신종합관 내 주차장이 OOO사업자에게 임대되어 신종합관 출입 차량들을 상대로 주차장 운영업을 영위하고 있었는데 그 신종합관 주차장 관련 매입세액이 주차장 임대업(과세사업)의 영위와 관련된 것인지 여부에 관해 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 있었다는 점 등에서 신종합관 주차장 관련 매입세액의 공제 여부 문제와 이 건 쟁점주차장 관련 매입세액의 공제 여부 문제는 동일하다.

그런데, 청구법인이 신종합관 주차장 관련 매입세액의 공제를 청구하는 사건에서 조세심판원은 동 주차장이 임대업이라는 과세사업에 사용되고 있음을 인정하여 그 매입세액의 전액공제를 인정하라는 결정을 하였다(조심 2014서1330, 2014.7.18.). 따라서, 당연히 이 건에서도 쟁점주차장은 임대업이라는 과세사업에 사용되는 것이고, 쟁점주차장 관련 매입세액은 전액 공제되는 것으로 인정되어야 할 것이다.

(2) 설령 처분청 주장대로 청구법인이 쟁점주차장을 직접 주차장영업에 사용한 것으로 보더라도 주차장업 자체가 과세사업에 해당하므로 쟁점주차장 관련 매입세액은 전액 공제되어야 한다.

(가) 처분청의 의견에 따르는 경우, 청구법인은 직접 주차장업을영위하는 것으로 된다. 이 건에서 처분청 의견의 요지는 쟁점주차장의주차스티커를 받은 OOO등 직원은 1일 OOO, 쟁점건물을 포함한 청구법인 입주기업 직원 중 쟁점주차장 스티커를 받은 자는 월정액 OOO의 주차료를 받도록 하는 등 청구법인의 모든 주차장에 동일하게 적용되는 주차요금체계를 쟁점주차장에도 적용하도록 하고 있는 점과 월정 임대료가 해당 월의 주차료 총매출액의 OOO정해져 있는 점 등을 들어 청구법인이 OOO에게 쟁점주차장의 관리를 위탁한 것일 뿐, 임대를 한 것이 아니므로 청구법인이 쟁점주차장을 직영한다는 것이다. 이 경우 분명한 점은 청구법인이 쟁점주차장을 직접 주차장업에 사용하고있다는 것이다. 즉, 청구법인은 쟁점주차장을 과세사업인 주차장 운영업에 사용하고 있음이 분명하므로 쟁점주차장 관련 매입세액은 전액 공제되어야 한다는 것이다.

(나) 청구법인은 쟁점주차장을 주차장업에 사용하고 있는 것이지, OOO 등 다른 사업에 사용하고 있는 것이 아니다. 청구법인이 쟁점주차장을 OOO에 위탁하여 관리하는 방식으로 직접 주차장업을 영위하는 것으로 볼 수 있다 하더라도, 이 경우 쟁점주차장은 청구법인의 주차장 운영업에 사용되는 것이지, 청구법인이 영위하는 다른 사업들OOO사용되는 것이 아니다. 그렇게 보지 않으면, 쟁점건물의 위쪽에 소재한 OOO식사를 위해 내방한 사람들처럼 청구법인이 영위하는 OOO 등의 다른 사업들과 무관하게 쟁점주차장을 이용하는 고객들을 상대로 청구법인은 아무런 사업도 영위하지 않는다는 이상한 결과가 생기는 것이다. 청구법인이 쟁점주차장을 직영하는 것이라고 하면서도 다른 한편으로는 이를 OOO 등 다른 사업에 사용하는 것이라고 하는 처분청의 의견은 쟁점주차장 이용자의 주차 후 행적을 기준으로 주차장 운영자의 업태를 분류하려는 것이므로 부당하다.

(3) ‘공용면적 중 임대면적에 할당되는 부분’에 관련된 매입세액도 당연히 공제되어야 한다. 처분청은 쟁점건물 내 구내식당 등 임대면적에 관련되는 매입세액이 공제대상임에 관해서는 다투지 않고 있다.그렇다면, 공용면적 중 임대면적에 할당되는 부분에 관련된 매입세액도당연히 공제되어야 할 것이다. 이런 뜻에서 쟁점건물 내 구내식당 등 임대면적과 공용면적 중 그 임대면적에 할당되는 부분을 합한 면적이 쟁점건물의 총연면적에서 차지하는 비율을 ‘쟁점건물 건축 관련 총매입세액’에 곱하여 나오는 금액을 “임대면적 관련 매입세액”이라고 칭하면서, 그 전액이 공제 대상임에 관해 처분청과 청구법인 사이에 다툼이 없다고 하였다. 그러나 실제로는 임대면적 관련 매입세액 중 ‘공용면적 중 임대면적에 할당되는 부분에 관련된 금액’은 아직 공제받지 못하였으므로, 이 부분은 공제받아야 할 것이다.

나. 처분청 의견

(1) 청구법인은 쟁점주차장 운영 관련 주차요금을 받아 소유하는것이 청구법인이 아니라 OOO이므로 OOO가 임대목적물에대한 사용·수익권을 취득하고 그 대가를 지급한 것이라고 주장하나, 쟁점주차장을 신축·운영시 단순히 외부업체에 임대하였다고 하여 OOO부속 주차장을 오로지 과세사업에만 사용되는 것으로 보고 관련 매입세액을 무조건 공제할 경우에는 동일한 OOO부속 주차장을 외부업체에 위탁 운영하는 경우와 비교하여 경제적 실질 면에서 차이가 없음에도 불합리하게 조세부담이 회피되어 실질과세 및 공평과세에 반하는 결과를 초래할 수 있으므로 이에 대한 판단은 경제적 실질을 고려하여 판단할 필요가 있다.

쟁점주차장을 포함한 OOO전체 주차장에 대한 임대차계약 내용을 보면, 주차요금을 청구법인이 결정하고, 이에 따른 주차료 수입금액의 일정비율을 임대료로 정하고 있는바, OOO는 쟁점주차장 운영의 수익(주차요금) 및 비용(임차료)에 대한 실질적인 결정권 및 통제권(사용수익권)을 갖지 못하는 구조이다. 따라서 단지 임대차계약이란 형식에 따라 주차요금을 OOO가 소유하고 임차료를 지급한다는 사실, 임대차계약에 포함되는 전형적인 조항 등을 포함하고 있다는 사실만으로 OOO가 임대목적물에 대한 사용수익권을 갖는다는 청구주장은 타당하지 않다. 결국 이 건의 경우 청구법인이 쟁점주차장을 위탁운영하면서 주차요금을 징수하는 경우와 실질적으로 동일하므로 주차장 위탁운영의 경우와 과세형평 측면에서 볼 때 쟁점주차장 관련 매입세액은 OOO 및 임대업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당한다.

(2) 청구법인은 처분청이 단일 사업을 청구인과 OOO가 동시에 영위한다고 보는 것이라고 하나, 처분청은 쟁점주차장과 임대차의 경제적 실질 측면에서 볼 때 쟁점주차장 일부는 청구법인이 OOO을 위해 사용하고 일부는 외부에 임대하는 것으로 보는 것이므로 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(3) 쟁점건물은 OOO부속된 연구건물로서 청구법인의 기존 의료시설 등과 공간적으로 구분되어 있지 않으며, 의학기술 관련 실험·연구를 위한 동물실험실, 교수연구실 등이 위치하고 있고, 청구법인의 OOO과 명백하게 독립되어 독자적으로 수익을 창출하는 것으로 볼 수 없으므로 기존 OOO에 부수되거나 유기적으로 연계되는 것이다. 또한, 쟁점주차장 임대차계약을 종합적으로 살펴보면, 청구법인과 OOO는 쟁점주차장을 포함한 청구법인의 전체 주차장에 대해 포괄적으로 계약을 체결하였고, 쟁점주차장은 청구법인의 부속건물로서 기존 의료시설 등과 공간적으로 별도로 구분되어 있지 않다. 청구법인을 방문하는 OOO, 내방객 등은 쟁점주차장을 청구법인의 다른 주차장과 마찬가지로 무료주차 등 동일하게 이용가능한 점, 쟁점주차장의 주차료를 청구법인이 산정하는 점 등 청구법인이 쟁점주차장에 대한 상당한 정도의 통제권을 행사하고 있어 쟁점주차장을 외부업체에 관리만을 위탁한 경우와 실질적으로 다르지 않은 점 등을 확인할 수 있다. 따라서 쟁점주차장에 관해 청구법인과 외부업체간 임대차계약이 체결되었다고 하더라도 실질적으로는 청구법인의 OOO에 계속 사용되고 있지만 그 실지귀속을 명확하게 구분할 수는 없는 것이므로 쟁점주차장의 임대를 OOO과 임대업에 동시에 해당되어 모순이라는 청구주장은 타당하지 않다.

(4) 청구법인은 쟁점건물 내 구내식당 등 임대와 쟁점주차장 임대에대해 상반되게 취급하여 부당하다고 주장하나, 청구법인이 쟁점건물 내 구내식당 등 및 쟁점주차장을 임대하는 경우 OOO가 실질적으로 임차목적물 전부에 대한 사용·수익권을 취득하고 그 대가로 임차료를 지급하는 경우에는 기본적으로 임대업으로서 과세사업에 제공하는 것으로 볼 수 있지만, 쟁점주차장의 경우에는 앞서 살펴본 바와 같이 경제적 실질 측면에서 전부가 임대된 것이 아니라 일부는 청구법인의 OOO에 계속사용하는 것으로 보아야 하는 것이므로 청구법인의 주장은 타당하지 않다.

(5) 청구법인이 운영하는 신관종합 주차장 관련 심판례에서 주차장 관련 매입세액을 과세사업(임대업) 관련 매입세액으로 보아 전액 공제한 사실이 있으나, 의료법인이 관리용역 도급계약에 따라 주차장 관리용역비를 지급한 경우 매입세액 공제 여부에 대한 관련 심판례(조심 2008전1916, 2008.11.3. 외 다수)를 살펴보면, 주차장사업을 의료사업과 별개의 과세사업으로 보아 주차장 위탁운영 관련 매입세액을 전액 공제하여야 한다는 청구주장에 대해, 주차장을 외부업체에 위탁운영하는 경우라도 OOO등에게 소정의 무료주차 등을 제공하는 것은 OOO수입 증대를 위하여 OOO등에게 주차시설을 일정한도 내에서 제공하는 서비스의 일환으로서 OOO창출 및 증대를 위하여 OOO지출하는 부대비용 성격도 있는 것으로 보아 공통매입세액으로 판단하였다. 이 건의 경우 외부업체에 대한 임대차계약 자체를 인정하지 않는 것은 아니지만 실질적으로 쟁점주차장을 위탁운영하는 경우와 유사한 점이 많으므로 동일한 논지에서 공통매입세액으로 볼 수 있다.

(6) OOO부속 주차장을 외부업체에 임대한 경우 주차장 신축 관련 매입세액 공제 여부에 관한 판결(서울고등법원 2014.7.3. 선고 2013누3254 판결)을 살펴보더라도, OOO부속 주차장을 외부에 임대하는 경우라 하여 무조건 관련 매입세액을 공제하는 것이 아니라 OOO내방객 등에게 직영주차장의 요금체계와 동일하게 소정의 무료주차 등을 제공하는 점, 기존 건물 등과 공간적으로 구분되어 있지 않은 점, 임대차계약의 목적, 주차요금 산정의 주체등 임대차계약의 전반적인 내용을 고려할 때, 그 운영의 실질에 있어서 주차장의 직영 내지 관리위탁의 경우와 유사한 점 등을 종합적으로 고려한 후,외부업체에 임대한 경우라 하더라도 관련 매입세액을 OOO과 명백하게구분되는 별도의 과세사업인 부동산임대업에만 해당되는 매입세액에 해당한다고 볼 수 없고 공통매입세액으로 보아야 한다고 하였다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점주차장 신축관련 매입세액을 공통매입세액으로 보아 과‧면세 공급가액 비율로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련 법령

(1) 부가가치세법(2013.6.7. 법률 제11873호로 개정되기 전의 것)

제17조(납부세액) ② 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

6. 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업(부가가치세가 과세되지 아니하는 재화 또는 용역을 공급하는 사업을 포함한다)에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)과 대통령령으로 정하는 토지 관련 매입세액

(2) 부가가치세법 시행령(2013.6.28. 대통령령 제24638호로 개정되기 전의 것)

제61조(매입세액의 안분계산) ① 사업자가 과세사업과 면세사업(비과세사업을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액(비과세공급가액을 포함한다. 이하 이 조 및 제61조의2에서 같다)의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

면세공급가액

면세사업에 관련된 매입세액 ＝ 공통매입세액 × ───────

총공급가액

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각 호의 순에 의한다. 다만, 건물을 신축 또는 취득하여 과세사업과 면세사업에 제공할 예정면적을 구분할 수 있는 경우에는 제3호를 제1호 및 제2호에 우선하여 적용한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건에 대한 사실관계는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점건물을 2010년 4월에 착공하여 2013년 2월에 사용승인을 받았고, 쟁점건물은 청구법인 전체 부지 중 중심부에 있는 OOO약 500m 가량 떨어진 곳에 위치해 있으며, 그 옆에 있는 치과대학과 쟁점건물의 6층에 연결통로가 있으나 폐쇄되어 있어 실제로는 출입이 없다. 한편, 쟁점건물은 지하 5층, 지상 6층으로 구성되어 있고, 그 중 지하 5층 전부가 기계실·전기실로, 지하 3층의 일부가 주차장으로, 지하 2층 전부가 주차장과 휴게음식점으로, 지하 1층 전부가 주차장으로, 지상 1층의 일부가 로비·강당·휴게음식점으로 사용되는 외에 나머지는 모두 OOO사용되고 있다.

이 건에서 관련 매입세액의 공제 여부 및 공제 범위가 문제되고 있는 쟁점주차장으로 사용되는 부분만 모아 보면 지하 3층의 일부, 지하 2층의 일부, 지하 1층의 전부이다. 위 쟁점건물의 사용 내역을 매입세액 공제와 관련된 용도별로 분류해 보면, 처분청과 청구법인 사이에 부가가치세 면세사업임에 관해 다툼이 없는 쟁점건물 연구사업에 사용되는 부분, 부가가치세 과세사업임에 관해 역시 다툼이 없는 구내식당 등 임대사업에 사용되는 부분, 부가가치세 과세사업인지 여부에 관해 이 건에서 다투고 있는 쟁점주차장의 임대사업에 사용되는 부분의 3가지이다.

(나) 청구법인은 자체 부지 내에 소유하는 다른 모든 건물 내 주차장과 마찬가지로 쟁점주차장을 OOO에 임대하여 OOO가 주차장업을 영위하고 있다.청구법인은 OOO가 운영하는 쟁점주차장을 이용하는 사람들이쟁점건물 내 연구소 근무 직원, 쟁점건물 내 구내식당 등 입주업체 근무 직원, 쟁점건물 위쪽에 소재하는 OOO 식당의 이용고객, 쟁점건물 내 연구소 및 입주업체의 방문 고객들이라고 소명한다.

(2) 처분청의 경정청구 검토복명서의 주요 내용은 다음과 같다.

쟁점주차장 관련 매입세액은 청구법인의 면세사업과 과세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액에 해당하고 「부가가치세법 시행령」 제61조 제1항에 따라 청구법인 전체 수입금액을기준으로 안분계산하는 것이 타당하며, 공용면적(기계실·로비 등) 관련 매입세액 중 공제대상 매입세액 계산시에는 쟁점주차장 면적을 제외한 면적을 과세면적으로 하여 안분계산하여야 한다. 따라서, 과세면적에 쟁점주차장도 포함되어야 한다는 청구법인의 주장을 받아들일 수 없다.

(3) 청구법인과 임차인 OOO 사이에 체결한 쟁점주차장 임대차계약서의 주요 내용은 다음과 같다.

(4) 처분청이 쟁점주차장에 대한 현장확인을 실시한 결과는 다음과 같다.

(가) 쟁점주차장의 요금체계는 청구법인 내 다른 주차장과 요금체계가 동일하고 다른 주차장과 공동으로 관리되고 있다. 외래진료의 경우 1회 OOO무료 등 OOO경우 OOO 비교하여 일정시간 무료이용 또는 낮은 주차요금을 받고 있고, 일반 내원객은 최초 30분 무료이고 30분 이후 기본요금OOO에 10분당 OOO받고 있으며, 쟁점주차장 스티커를 받은 OOO등 직원은 1일 OOO, 쟁점건물을 포함한 청구법인 입주기업의 직원 중 쟁점주차장 스티커를 받은 자는 OOO의 월정액을 내는 것으로 나타난다.

(나) 쟁점건물과 주변 건물에 대한 현황을 보면, 청구법인은 OOO건물로 구성되어 있고, 쟁점건물은 가장 북쪽에 위치하며, 그 아래에 OOO과 OOO있다. 쟁점건물은 청구법인의 본관과 도보로 약OOO, OOO과는 약 OOO가량 소요된다.

(5) 청구법인이 2015.7.14.～2015.7.24. 기간 동안 쟁점주차장에 출입한연인원 OOO이용한 차량을 파악한 자료는 다음 <표3>과 같다.

위 <표3>에서 쟁점주차장 이용자 및 이용요금 부담 내역을 살펴보면, OOO은 OOO 내에 근무하는 필수요원OOO및 OOO직원으로서 1일 OOO대학원생은 쟁점건물 주변에 있는 간호대학원생 및 치과대학원생으로서 1일 OOO, 일반인은 쟁점건물 방문객으로서 30분 후 10분당 OOO원, OOO들은 청구법인으로부터 교육을 받는 OOO로서 월 OOO, 협력업체 직원 등은 청구법인에 입주해 사업을 영위하는 업체들 소속 직원으로서 월 OOO 등이라고 한다.

위 <표3>에서 쟁점주차장을 이용하는 차량 현황을 보면, 무료로 이용할 수 있는 OOO전혀 없고, 유료로 이용하는 OOO직원 등인 것으로 나타난다.

(6) 청구법인이 제출한 쟁점건물의 실제 사용현황에 따른 과‧면세 면적은 다음 <표4>, <표5>와 같다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「부가가치세법」 제17조 제2항 제6호에서 부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니하며, 같은 법 시행령 제61조 제1항에서 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액은 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하도록 규정하고 있는바, 이 경우 면세사업에 사용하는 면적과 과세사업에 사용하는 면적이 엄격하게 구분되는 경우 건물 신축에 관련된 매입세액은 실지 귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것이다.

처분청은 청구법인이 OOO 등에게 쟁점주차장을 무료로 이용하게 할 수 있는 등 면세사업인 의료수입의 증대를 위해 사용하기 때문에 쟁점주차장에 관련된 매입세액을 공통매입세액으로 보아 안분계산하여야 한다는 의견이나,

쟁점주차장은 의료시설과 관련이 없는 연구센터 내 시설로서 청구법인의 의료수입과는 직접 관련이 없으므로 청구법인 전체의 과‧면세수입금액 비율로 안분계산하는 것은 불합리해 보이는 점, 청구법인이 OOO와 쟁점주차장에 대한 임대차계약을 체결하여 임대료를 받고 있고, 해당 계약내용에 임대목적물, 보증금·월세 등 임대차와 관련된 통상의 조항들이 포함되었으며, OOO는 주차장 운영업에 대한 부가가치세 및 법인세 납세의무를 이행하고 있어 청구법인이 쟁점주차장을 위탁운영하는 것이 아니라 임대사업에 사용·수익하고 있는 것으로 봄이 타당한 점,

쟁점건물은 청구법인의 OOO독립된 건물의 맨 북쪽에 위치하고, 쟁점건물과 OOO사이에 교육용으로 사용되는 OOO위치해 있으며, OOO딸린 주차공간이 별도로 마련되어 있을 뿐만 아니라 OOO건물과 공간적으로 구분되어 있고, 쟁점주차장 입구에 OOO이용하는 자는 OOO건물에 차량을 주차하도록 하는 주차안내 표시가 되어 있어 청구법인의 OOO을 OOO등이 쟁점주차장을 이용한다고 보기 어려운 점,

또한, 쟁점주차장에 출입하는 이용객이 대부분 OOO등이고 이들은 모두 의료수입의 증대와 관련 없이 OOO에 주차요금을 내는 자들인 점 등에 비추어 청구법인은 쟁점주차장을 임대업에 사용한다고 봄이 타당할 뿐만 아니라 의료수입의 증대와 관련이 있는 것으로 보기 어렵다 하겠다.

따라서, 쟁점주차장의 신축과 관련된 매입세액 상당액을 과세사업에 사용하기 위한 것으로 보아 매출세액에서 공제함이 타당하다 할 것이므로 처분청이 청구법인의 부가가치세 환급 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.