가. 청구법인은 종합부동산세 과세기준일(2010.6.1.) 현재 보유하고 있는 과세물건에 대하여 2009년부터 시행중인 「종합부동산세법」제14조 제3항, 제4항, 제7항 및 같은 법 시행령 제5조의3 제1항, 제2항의 규정에 따라 종합부동산세액 계산 시 공제되는 재산세 상당액을 산정함에 있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 2010.12.15. 2010년 귀속 종합부동산세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원을 신고·납부하였다가, 2013.12.10. 재산세 공정시장가액비율만을 적용하여야 한다는 취지로 종합부동산세 OOO원과 농어촌특별세 OOO원이 환급되어야 한다며, 아래 <표1>과 같이 경정청구를 제기하였다.

OOO

나.처분청은 청구법인이 한 종합부동산세 신고가 개정법령에 따라 적법하게 공제할 재산세액을 산정하여 신고하였다며 2013.12.18. 청구법인의 경정청구를 거부하였다.

다.청구법인은 이에 불복하여 2014.3.10. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

「종합부동산세법」제9조 제3항, 제14조 제3항 및 제6항의 제정취지 및 개정연혁 등에서 보듯이 기납부 재산세액 합계액 중에서 과세기준을 초과하여 납부한 재산세 비율만큼은 공제하여야 하지만, 청구법인의 신고는 공정시장가액 비율을 한 번 더 곱함으로써 과세기준 초과금액 중에서 공정시장가액비율 만큼을 축소하여 ‘공제되는 재산세’를 계산함으로써 최종적으로 종합부동산세액을 증가시켜 동일 부동산에 대하여이중과세를 초래하였고, 아울러 처분청의 경정청구 거부처분은 정부의 공적견해표명 및 헌법재판소의 명시적 결정에도 반하므로 법 개정 전 계산방식을 적용하여 종합부동산세 및 농어촌특별세는 감액되어야 한다.

나. 처분청 의견

「종합부동산세법」제9조 제4항 및 제14조 제7항은 종합부동산세 과세 시 재산세액의 공제 등을 같은 법 시행령에 위임하였고, 같은 법 시행령 제4조의2 및 제5조의3은 2009.2.4. 아래 <표2>와 같이 개정되었다.

<표2> 「종합부동산세법 시행령」제4조의2 및 제5조의3의 개정내용

동 규정의 개정이전에는 종합부동산세 과세표준 전체에 대하여 과세하지 아니하고 과세표준에 연도별 적용비율을 곱한 후의 공시가격에 대하여만 과세하면서 과세표준 전체에 대한 재산세 상당액을 공제함으로써 재산세가 과다하게 공제되는 측면이 있었으나, 위의 개정규정은 이러한 불합리한 점을 시정하기 위하여 실제 종합부동산세액 계산 시 과세표준에 산입되는 공시가격에 과세되는 재산세 상당액을 공제하도록 함으로써 종합부동산세에서 재산세액을 공제하는 제도의 취지에 부합하도록 하였다. 또한, 재산세 과세표준은 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을곱하여 산정하며, 종합부동산세는 과세기준금액을 초과하는 공시가격에종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정하고 있어 공시가격 중종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 부분에 대한 재산세와 종합부동산세가 이중으로 과세되는 문제가 발생하므로 종합부동산세에서 종합부동산세 과세표준에 산입된 공시가격에 부과된 재산세 상당액을 공제함으로써 이중과세를 조정하고 있는바, 재산세가 과세되는 부분은 전체 공시가격에 재산세 공정시장가액비율을 곱한 금액이며, 종합부동산세가 과세되는 부분은 종합부동산세과세기준금액을 초과하는 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을곱하여 산출한 공시가격으로, 재산세 및 종합부동산세가 이중과세되는부분은 공시가격 합계액 중 종합부동산세 과세기준금액을 초과하는 공시가격에서 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱한 금액으로 개정규정에 따라공시가격에종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 금액에 대한 재산세 상당액을 공제한 것이라는 점에서 이중과세로 부당하다는 청구주장은 받아들이기 어렵다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

종합부동산세액 계산 시 공제되는 재산세액을 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 산정한 처분이 위법·부당한 처분인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 「종합부동산세법」제8조 제1항, 제13조 제1항 및 제2항은과세기준금액을 초과한 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로, 「지방세법」제187조 제1항은 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있다.

(2) 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항은“주택분/(종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세로 부과된 세액의 합계액” 중 “주택분/(종합·별도)합산과세대상 토지를 합산하여 주택분/(종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로계산한 재산세 상당액”에서 “주택분/(종합·별도)합산과세대상인 토지분 과세표준에 대하여 주택분/(종합·별도)합산과세대상인토지분재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이 차지하는 비율에상당하는 금액을 종합부동산세액에서 공제되는 재산세액으로 하도록규정하고 있고,「종합부동산세법 시행규칙」별지 제3호 서식 부표(2) 작성요령 7번에 따르면, “(감면후 공시가격 - 과세기준금액) × 종합부동산세 공정시장가액비율 × 재산세 공정시장가액비율 × 0.4%”를 “과세표준 표준세율 재산세액”으로 하도록 규정하고 있다.

(3) 살피건대,「종합부동산세법」상재산세액 공제 규정은 종합부동산세 과세표준 금액에 부과된재산세를납부할 종합부동산세에서 공제하여 줌으로써 이중과세 문제를 조정하고자 함에 그 제도적 취지가 있다 할 것인바,「종합부동산세법」에서 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 적용한 금액을 종합부동산세의 과세표준으로,「지방세법」에서 시가표준액에 재산세 공정시장가액비율을적용한 금액을 재산세 과세표준으로 하도록 각각 규정하고 있으므로 「종합부동산세법 시행령」제4조의2, 제5조의3 제1항 및 제2항의 각 산식 중 분자에 해당하는 “주택분/(종합·별도)합산과세대상인토지분 과세표준에 대하여 주택분/(종합·별도)합산과세대상인 토지분 재산세 표준세율로 계산한 재산세 상당액”이라 함은 과세기준금액 초과분 공시가격에 종합부동산세 공정시장가액비율을 곱하여 산정한 종합부동산세 과세표준 상당액에 다시 재산세 공정시장가액비율 및 재산세 표준세율을 적용한 금액이라고 하겠다.

따라서, 청구법인이 종합부동산세액 계산 시 공제되는 재산세액을 산정함에있어 종합부동산세 공정시장가액비율과 재산세 공정시장가액비율을 모두 적용하여 신고한 것은 적법한 것으로 보이고, 이에 따라 처분청의 경정청구거부처분은 잘못이 없다고 판단된다(조심 2011서651, 2011.3.28.외 다수, 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.