2. 소송비용은 피고가 부담한다.

가. 원고의법인세신고

1) 원고는 건설업을 목적사업으로 하는 중소기업으로 1998. 6. 13.부터 용인시 BB동 84 등 지상에 강남AA아파트(이하, '이 사건 아파트'라고 한다) 신축공사를 시작하여 2001. 2. 21. 이를 완공하였다.

2) 원고는 피고에게 1998-2001 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어 분양면적을 기준으로 예약매출에 따른 사업연도별 손익을 산정하였고, 이에 따른 과세표준과 산출세액은 별지 원고의 법인세 신고 등 내역 당초 신고란 기재와 같다.

나. 피고의2005. 4. 21. 경정처분

피고는 법인세법 시행령 제69조 제2항에 따라 이 사건 아파트의 연도별 분양수입금액 및 분양원가를 분양면적이 아닌 위 아파트의 건설을 완료한 정도(이하, '작업진행률'이라고 한다)를 기준으로 재계산하면서 원고가 1998 사업연도에 발생한 비용을 전부 당기비용으로 계상하여 기말재공품으로 계상된 미완성공사와 미분양토지가 없으므로 1999 사업연도에는 기초재공품인 미완성공사와 미분양토지가 없었던 것으로 보아 그 이후의 손익을 재계산한 후 이를 토대로 2005. 4. 21. 원고에 대하여 1999-2001 사 업연도 귀속 법인세를 경정ㆍ고지하였고, 그 과세표준과 산출세액은 별지 원고의 법인 세 신고 등 내역 경정처분란 기재와 같다.

다. 법인세결손금소급공제

원고는 2005. 5. 21. 피고의 위와 같은 경정으로 변경된 2000 사업연도 과세표준 및 세액을 기준으로 2001, 2002 사업연도 귀속 법인세 결손금소급공제를 신청하였고, 이에 피고는 2005. 7. 8. 원고에게 2001 사업연도 귀속 법인세 545,905,080원과 2002 사업연도 귀속 법인세 31,006,360원을 각 환급하였다.

라. 2006. 8. 31. 국세심판원결정

원고는 2005. 7. 14. 위 경정처분에 불복하여 국세심판원에 심판청구를 제기하였고, 국세심판원은 2006. 8. 31. 법인세법 시행령 제69조 제2항, 기업회계기준(2001. 3. 30. 개정되기 전의 것) 제79조 및 부과제척기간의 취지를 고려할 때 부과제척기간을 고려하지 아니한 상태에서 작업진행률을 기준으로 이 사건 아파트의 예약매출에 따른 1998-2001 사업연도의 손익을 산정한 다음 부과제척기간이 경과한 1998 사업연도는 그 과세표준과 세액을 변경하지 아니하고 부과제척기간이 경과하지 아니한 1999-2001 사업연도는 위와 같이 산정한 손익을 기준으로 과세표준과 세액을 경정하여야 한다는 내용의 결정을 하였다.

마. 피고의2006. 12. 4. 재경정처분

피고는 위 결정의 취지에 따라 1999-2001 사업연도 법인세를 별지 원고의 법인세 신고 등 내역 재경정처분란 기재와 같이 재경정하고, 원고의 법인세 결손금 소급공제분을 추정하면서 법인세법 제72조 제5항, 같은 법 시행령 제110조 제5항에 따라 위 환급 통지일 다음날인 2005. 7. 9.부터 재경정 처분일인 2006. 12. 4.까지의 이자상당액으로 2001 사업연도의 경우 112,238,080원, 2002 사업연도의 경우 1,606,200원을 가산하였다(이하, 위 이자상당액 부과처분 부분을 통틀어 '이 사건 처분'이라고 한다).

바. 조세심판원의기각결정

원고는 이 사건 처분에 불복하여 조세심판원에 심판청구를 제기하였고, 조세심판원은 2009. 5. 7. 원고의 심판청구를 기각하는 결정을 하였다.

[인정근거 : 다툼 없는 사실, 갑 제1호증의 1, 2, 제2호증의 1, 2의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 청구원인의 요지

원고가 2005. 7.경 2001, 2002 사업연도 귀속 법인세 결손금소급공제를 받은 것은 피고가 당초 국세기본법의 해석을 잘못하였기 때문이므로 이를 추정함에 있어 귀책사유 없는 원고에게 법인세법 제72조 제5항을 적용하는 것은 부당하고 정당한 사유가 있다고 보아 면제되어야 한다.

나. 관련법령

별지 관련법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 살피건대, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고, 납세 등 각종 의무를 위반한 경우에 개별세법이 정하는 바에 따라 부과되는 행정상의 제재로서 납세자의 고의, 과실은 고려되지 아니하는 반면, 이와 같은 제재는 납세의무자가 그 의무를 알지 못한 것이 무리가 아니었다고 할 수 있어서 그를 정당시할 수 있는 사정이 있거나 그 의무의 이행을 당사자에게 기대하는 것이 무리라고 하는 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 과할 수 없다(대법원 1995. 11. 14. 선고 95누10181 판결 등 참조).

2) 돌이켜 이 사건에 관하여 보건대, 원고가 1998~2001 사업연도 귀속 법인세를 신고함에 있어 법인세법 시행령 제69조 제2항 소정의 작업진행률이 아닌 분양면적을 기준으로 예약매출에 따른 사업연도별 손익을 산정한 것은 잘못이라고 할 것이나, 이 사건 처분은 피고가 원고에게 2001 사업연도 귀속 법인세 545,905,080원과 2002 사업연도 귀속 법인세 31,006,360원을 환급한 후 2006. 12. 4. 2000 사업연도의 과세표준과 세액을 재경정함으로써 결손금이 감소되었음을 그 사유로 하는바, 피고의 위 재경정처분은 원고의 잘못된 신고 때문이라기 보다는 피고가 2005. 4. 21. 경정처분을 함에 있어 원고가 신고한 1998 사업연도 손익상의 오류를 수정하지 아니한 채 이를 1999 사업연도 이후의 손익계산에 반영하였기 때문이므로(별지 원고의 법인세 신고 등 내역과 같이 2000 사업연도의 경우 피고가 국세심판원 결정에 따라 2006. 12. 4. 재경정처분한 과세표준 및 세액은 피고가 2005. 4. 21. 경정처분한 과세표준 및 세액보다 원고가 당초 신고한 과세표준 및 세액과 근사하다), 원고가 피고의 2005. 4. 21. 경정처분의 효력을 신뢰하고 위 경정처분에 따른 2000 사업연도 과세표준 및 세액을 기준으로 2001, 2002 사업연도 귀속 법인세 결손금소급공제를 신청하였다고 하더라도 이는 정당 한 사유가 있는 경우에 해당한다고 봄이 상당하다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 처분은 위법하다고 할 것이므로 그 취소를 구하는 원고의 청구는 모두 이유 있어 이를 각 인용하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.