청구인은 91.12.30자로 제O공업단지2단계1차조성공사 사업인정고시된 지역내에 위치한 충주시 OO동 OOOOO 대지 808㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 97.1.5 충주시에 협의양도(수용)하고 양도소득세를 신고납부하지 아니하였다.

처분청은 쟁점부동산이 공공사업용토지 등의 수용에 의한 양도에 해당되는 것으로 보아 당해 양도소득세는 감면하였으나 쟁점부동산이 자경농지가 아닌 대지라하여 이 양도소득세 감면세액에 대한 농어촌특별세 657,300원을 98.1.15 청구인에게 결정고지 하였다.

청구인은 이에 불복하여 98.2.21 이의신청 및 98.5.12 심사청구를 거쳐 98.8.11 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 국세청장 의견

가. 청구인 주장

(1) 공공사업인정 고시가 되면, 수용절차가 개시되어 사실상 재산권의 행사가 불가능하므로 사업인정 고시후에 쟁점부동산의 양도시기가 도래하였다 하더라도 사업인정고시 당시에 시행된 법령을 적용하여야 사실상의 소급과세를 방지할 수 있는 바, 쟁점부동산 소재지역이 공업단지로 사업인정 고시된 91.12.30 당시에는 농어촌특별세법이 제정되기 이전이므로 사업인정고시후에 제정된 새로운 농어촌특별세법에 의하여 농어촌특별세를 과세한 당초처분은 소급과세금지원칙에 위배되고,

(2) 설사 농어촌특별세법에 의하더라도 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 각호의 경우에는 조세감면규제법 제63조 및 농특세법시행령 제4조에 우선 적용해야할 특별규정이고, 그렇다면 쟁점부동산은 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지 등을 양도한 경우이므로 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 1호에 의거 쟁점토지의 양도소득세는 면제되어야 하며, 따라서 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항에 조세감면규제법 부칙 제16조[양도소득세 등에 관한 경과조치] 의 경과조치에 대하여도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다고 규정되어 있어 이 건 과세처분은 부당하다.

나. 국세청장 의견

(1) 97.7.1부터 시행하고 있는 농어촌특별세법에서 양도소득세 감면세액에 부과되는 농어촌특별세는 같은법 시행기간중에 양도하는 분에 대하여 적용한다고 규정하고 있고 이 법 시행이전에 사업인정고시된 사업지역내에 있는 토지에 관하여 농어촌특별세를 부과하지 않는다는 특례규정을 두고 있지 아니하므로 양도당시(97.1.5)의 농어촌특별세법에 의하여 당연히 납부의무가 있다고 할 것이므로 쟁점부동산 양도소득세 감면세액에 대하여 농어촌특별세를 과세한 당초처분은 적법하고,

(2) 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 적용은 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 동법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세대상에 해당되고, 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우에 그 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세의 비과세대상에 해당하지 아니하므로 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 적용대상이 아니라고 판단된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

이 건의 다툼은

(1) 농어촌특별세법 적용에 있어 쟁점토지에 대한 사업인정고시일 당시가 아닌 양도당시의 법령을 적용한 것이 소급과세금지원칙에 위배 되는지 것인지 여부와

(2) 자경농지 가 아닌 대지 인 경우에도 농어촌특별세법시행령 제4조에 의거 비과세대상으로 볼 수 있는지 여부를 가리는 데 있다.

나. 관계법령

(1) 농어촌특별세법(94.3.24 법률 제4743호로 제정된 것) 제3조 제1호에서 조세감면규제법의 규정에 의하여 소득세의 감면을 받는 자는 농어촌특별세를 납부할 의무를 진다고 규정하고 있으며, 부칙 제1조에서는 동법은 94.7.1부터 시행한다고 규정하고, 부칙 제3조 단서에서 양도소득세의 감면의 경우에 부과되는 농어촌특별세는 시행기간중에 양도하는 분에 대하여 적용한다고 규정하고 있으며,

같은법 제4조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 농어촌특별세를 부과하지 아니한다”고 규정하고, 그 제2호에서 “농어민 또는 농어민을 조합원으로 하는 단체에 대한 감면으로서 대통령령으로 정하는 것”이라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제4조 제1항에서 “법 제4조 제2호에서 『대통령령이 정하는 것』이라 함은 다음 각호의 1에 해당하는 감면을 말한다”고 규정하고, 그 제1호에서 “ 조세감면규제법 제52조 ····제63조[ 조세감면규제법 제55조 제1항 제1호 또는 제2호에 해당하는 자가 직접 경작한 토지(8년이상 경작기간은 이를 적용하지 아니한다)로서 농지세 과세대상이 되는 토지에 한한다]···제112조 제1항 제2호의 규정에 의한 감면”이라고 규정하고 있으며, 같은법 시행령 제4조 제7항에서 “법 또는 이 령에서 농어촌특별세 비과세대상으로 규정된 조세감면규제법의 당해 규정과 같은 취지의 감면을 규정한 법률 제4666호 조세감면규제법 개정법률의 당해 규정에 대하여 동법 부칙 제13조 내지 제19조의 규정에 의한 경과조치 또는 특례가 적용되는 경우에 동 경과조치 또는 특례에 대하여서도 농어촌특별세를 부과하지 아니한다.”라고 규정하고 있다.

(2) 쟁점토지 양도당시에 시행된 조세감면규제법(93.12.31 법률 제4666호로 개정된 것) 제63조에서 “다음 각호의 1에 해당하는 토지 또는 건물(이하 『토지 등』이라 한다)의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 30(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 45)에 상당하는 세액을 감면한다. 다만, 당해토지등이 속한 사업지역에 대한 사업인정고시일(사업인정고시전에 양도하는 경우에는 양도일)부터 소급하여 5년 이전에 취득한 것의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세 또는 특별부가세의 100분의 50(토지양도대금을 대통령령이 정하는 채권으로 지급받는 분에 대하여는 100분의 75)에 상당하는 세액을 감면한다.

1. 공공용지의 취득 및 손실보상에 관한 특례법이 적용되는 공공사업에 필요한 토지등을 당해 공공사업의 시행자에게 양도함으로써 발생하는 소득

2. 생략

3. 토지수용법 기타 법률에 의한 수용으로 인하여 발생하는 소득 이라고 규정하고 있고,

같은법 제119조에서 개인이 제43조·제55조·제63조 내지 제66조·제70조·제71조 및 이법 부칙 제16조 제2항(동항 제1호 및 제3호를 제외한다) 내지 제4항 및 제6항의 규정에 의하여 감면받을 양도소득세액의 합계액이 과세기간별로 1억원을 초과하는 경우에는 그 초과하는 부분에 상당하는 금액은 이를 감면하지 아니한다 고 규정하고 있으며,

같은법부칙 제7조 제1항에서 이법중 양도소득세 또는 특별부가세에 관한 개정규정은 이 법 시행후 최초로 양도하는 분부터 적용한다 고 규정하고 있고, 그 제16조 제1항에서 ”이 법 시행전 종전의 제140조의6…제57조 제1항 제1호…제67조의15의 규정에 의하여 토지등을 양도 또한 증여한 경우에 세액의 감면 및 추진등에 관하여는 종전의 규정에 의한다“고 규정하고 있으며, 그 제16조 제3항에서 이 법 시행전에 토지수용법 기타 법률에 의하여 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대한 양도소득세등의 감면 및 추징등에 관하여는 제63조 및 제78조의 개정규정에 불구하고 다음 각호에 의한다.

1. 92.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 양도소득세 또는 특별부가세를 면제한다.

2. 제1호외의 경우로서 93.12.31 이전에 사업인정고시된 사업지역안에 있는 토지등을 양도한 경우에는 종전의 제57조의 규정에 의한다 라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 쟁점부동산이 소재한 지역은 91.12.30 충주시 제O공업단지부지로 사업인정고시된 후, 충주시로부터 토지보상금을 수령하기 이전인 97.1.15 공공용지 협의취득을 등기원인으로 충주시 명의로 소유권이전등기 되었으며 그 후 97.1.22 충주시로부터 토지보상금을 수령하였음이 토지수용(협의매수)확인서 및 처분청의 과세자료전 등에 의하여 확인된다.

(2) 쟁점부동산은 청구인이 주택을 신축하여 거주하던 곳으로 실제 사용용도는 대지로서 농지가 아니며 토지보상금 수령 이전인 97.1.15에 충주시 명의로 소유권이전등기되었으므로 쟁점부동산의 양도시기는 97.1.15(등기접수일)이라는 사실에 대하여는 다툼이 없는 사항이다.

(3) 먼저 쟁점 (1)에 대하여 본다.

청구인은 쟁점부동산이 소재한 지역에 대한 사업인정고시(91.12.30) 당시에는 농어촌특별세법이 제정되기 이전이므로 사업인정고시후에 제정된 새로운 농어촌특별세법에 의하여 이 건 과세한 것은 소급과세금지원칙에 위배된다고 주장하나

94.7.1부터 시행하고 있는 농어촌특별세법에서 양도소득세 감면세액에 부과되는 농어촌특별세는 같은법 시행기간중에 양도하는 분에 대하여 적용한다고 농어촌특별세법부칙 제3조에 규정하고 있고 이 법 시행이전에 사업인정고시된 사업지역내에 있는 토지에 관하여 농어촌특별세를 부과하지 않는다는 특례규정을 두고 있지 아니하므로 양도당시(97.1.5)의 농어촌특별세법에 의하여 당연히 납부의무가 생기는 것이라 할 것이다(같은 뜻 : 국심 97부 2876, 98.2.16외 다수).

(3) 다음으로 쟁점 (2)에 대하여 본다.

청구인은 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 규정에 의하더라도 이 건 농어촌특별세는 비과세되어야 한다고 주장하나, 동 규정은 조세감면규제법에 의한 양도소득세 감면이 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 농어촌특별세 비과세대상에 해당되고 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제13조 내지 제19조에 규정된 양도소득세 등의 감면에 관한 경과조치 또는 특례의 적용대상에도 해당되는 경우에 그 경과조치 또는 특례에 대하여도 농어촌특별세를 비과세한다는 의미인 바, 쟁점부동산의 경우 93.12.31 이전에 사업인정 고시된 사업지역안의 공공사업용 토지로서 당해 공공사업의 시행자에게 양도하였으므로 전시 93.12.31 개정된 조세감면규제법 부칙 제16조 제3항 제1호의 양도소득세 감면에 관한 경과조치의 적용대상에 해당된다 하겠으나, 농지소재지에 거주하는 농민이 직접 경작한 농지가 아닌 쟁점부동산에 대한 양도소득세 감면은 농어촌특별세법 제4조 및 같은법시행령 제4조에 열거된 비과세대상에 해당되지 아니하므로 위 농어촌특별세법시행령 제4조 제7항의 적용대상은 아닌 것으로 판단된다(같은 뜻 : 국심 97부 2876, 98.2.16 외 다수).

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.