2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 1999. 3. 24. 설립되어 제조업을 영위하는 법인인데, 피고는 2007. 4. 2.

부터 2007. 4. 13.까지 원고에 대하여 세무조사를 실시한 결과 원고가 2002년 사업연도부터 2006년 사업연도에 이르기까지 차명계좌를 이용하는 방법으로 364,088,000원 상당의 매출을 누락한 사실 등을 발견하고 이와 관련하여 2007. 7. 18. 원고에 대하여 부가가치세 45,571,760원, 법인세 3,658,480원을 경정고지하는 한편, 익금산입액 중 400,496,500원이 사외 유출되었으나 귀속자가 불분명한 경우에 해당한다는 이유로 대표자상여로 소득처분하고 원고에 대하여 소득금액변동통지를 하였다.

나. 피고는 원고가 위 소득금액변동통지에 따라 대표자로부터 2005년 사업연도 귀속 근로소득세 55,037,750원, 2006년 사업연도 귀속 근로소득세 49,084,610원 합계 104,122,360원을 원천징수하여 납부하여야 함에도 이를 이행하지 아니하자 2007. 10. 9. 원고에게 대표자에 대한 원천징수 근로소득세 104,122,360원을 경정 ・ 고지하였다.

다. 그 후 원고는 2010. 6. 28. 피고가 경정 ・ 고지한 위 원천징수 근로소득세를 감액 ・ 경정하여 줄 것을 청구하였으나[원고는 원천징수 근로소득세 126,000,000원의 경정을 구하고 있으나 납세자별 고지내역 조회(을 제3호증의1)에 의하면, 피고가 경정 ・ 고지한 원천징수 근로소득세는 104,122,360원으로 보인다], 피고로부터 아무런 회신을 받지 못하였다.

라. 이에 원고는 2010. 12. 1. 조세심판원에 심판청구를 제기하였으나, 조세심판원은 2011. 2. 24. 경정청구기간이 도과하였음을 이유로 각하결정을 하였다.

마. 한편, 원고는 2005년 및 2006년 사업연도에 사업을 영위하면서 관련세법 규정에 따라 근로소득에 대한 원천징수의무를 이행하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 3호증, 을 제1 내지 3호증(가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 소의 적법 여부에 대한 판단

가. 당사자의 주장

1) 원고의 주장

가) 원고는 피고가 원고에게 세액을 경정 ・ 고지한 2007. 7. 18. 이후 3년이 경과하기 이전인 2010. 6. 28. 경정청구를 한 것이므로 경정청구기간이 도과하였다고 볼 수 없고, 원고가 법인세 과세표준 및 세액을 신고하면서 착오로 수입금액에서 일부 매출액을 누락하였으나 그 매출에 따른 수입금은 모두 사외로 유출되지 아니하고 원고 회사에 입금되었음에도 피고가 이를 사외로 유출되어 귀속자가 불분명하다는 이유로 대표자상여로 소득처분하고 원고에게 근로소득세를 부과한 것은 실질과세원칙에 위반하여 위법하다.

나) 그런데 원고가 2010. 6. 28. 피고에게 피고가 경정 ・ 고지한 2005년 및 2006년 사업연도 귀속 원고 대표자에 대한 원천징수 근로소득세 126,000,000원을 감액하여 달라는 경정청구를 한 이상, 피고는 구 국세기본법(2010. 12. 27. 법률 제10405호로 개정되기 전의 것, 이하 '구 국세기본법'이라 한다) 제45조의2 제3항의 기간인 2월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 함에도 아무런 회신을 하지 않았으므로, 피고가 통지의무기간의 만료일 다음 날인 2010. 8. 28.자로 원고에게 거부처분을 한 것으로 의제되었다고 보아야 한다.

다) 따라서 피고의 2010. 8. 28.자 경정거부처분은 위법하므로 취소되어야 한다.

2) 피고의 주장

원고는 경정청구기간인 3년을 도과한 상태에서 이 사건 경정청구를 한 것이므로 이 사건 소는 부적법하여 각하되어야 한다.

나. 관계법령

별지 관계법령 기재와 같다.

다. 판단

1) 구 국세기본법 제45조의2 제4항, 제1항은 "연말정산 또는 원천징수하여 소득세를 납부하고 「소득세법」 제164조・제164조의2 및 「법인세법」 제120조, 제120조의 2에 따라 지급명세서를 제출기한 내에 제출한 원천징수의무자 또는 원천징수대상자는 다음 각호의 1에 해당하는 때에는 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 관할세무서장에게 청구할 수 있다"고 규정하고 있는바, 신고납세방식의 조세이든 부과 과세방식의 조세이든 납세의무자의 성실하고 정확한 신고가 적정한 과세권 행사의 기초가 된다는 점을 감안하면 위 조항이 경정청구기간을 제한하고 있는 것은 납세의무자에 대하여 그 기한 내에 자신의 과세표준 및 세액에 대한 계산을 충분히 검토하도록 하여 기한 내 신고의 적정화를 기함과 함께 조세채무의 존부와 범위를 장기간 불확정한 상태에 두는 것을 방지하여 조세법률관계의 조속한 안정과 세무행정의 능률적 운용 등 제반 요청을 만족시키기 위한 것이다(헌법재판소 2004. 12. 16. 선고 2003헌바78 결정 참조). 이러한 경정청구기간의 입법취지를 고려할 때 위 기한을 경과하여 이루어 진 경정청구는 납세의무자가 주관적 공권의 행사로서가 아니고 단순히 과세관청에 대하여 경정청구를 요망하는 사실행위에 지나지 않기 때문에 이러한 경정청구에 대하여 과세관청이 어떠한 응답을 하여야 할 법적인 의무는 없고, 설사 과세관청이 당해 경정 청구에 기한 경정을 거부하였다고 하더라도 이는 경정청구가 불가능하다는 안내를 한 것에 불과한 것으로서 행정소송의 대상이 되는 처분 등으로 볼 수는 없다.

2) 또한 구 소득세법(2007. 12. 27. 법률 제8825호로 개정되기 전의 것) 제137조는 제1항은 "주된 근무지의 원천징수의무자가 당해 연도의 다음 연도 1월분의 근로소득을 지급하는 때에는 이를 받는 자의 당해 연도의 근로소득금액에서 그 근로소득자가 제140조의 규정에 의하여 선고한 내용에 따라 종합소득공제를 한 후 이를 종합소득과세 표준으로 하여 종합소득산출세액을 계산하고 제134조 제4항 각호의 세액 공제를 한 후 당해 연도에 이미 원천징수하여 납부한 소득세를 공제하고 그 차액을 원천징수한 다"고 규정하고, 같은 법 제128조는 "원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 달의 다음달 10일까지 대통령령이 정하는 바에 의하여 원천정수 관할세무서・한국은행 또는 체신관서에 납부하여야 한다. 다만, 상시고용인원수 및 업종 등을 참 작하여 대통령령이 정하는 원천징수의무자는 원천징수한 소득세를 그 징수일이 속하는 반기의 마지막 달의 다음달 10일까지 납부할 수 있다"고 규정하고 있으며, 구 국세기 본법 제45조의2 제4항 제1호는 "원천징수의무자가 「소득세법」 제137조・제138조・제 143조의4・제144조의2에 따른 연말정산에 의하여 소득세를 납부하고 같은 법 제164조 또는 제164조의2에 따라 지급명세서를 제출기한 내에 제출한 경우"에 위와 같이 원천 징수의무자 등으로 하여금 연말정산세액 또는 원천징수세액의 납부기한 경과 후 3년 이내에 국세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있도록 규정하고 있으므로, 원칙으로 원천징수의무자인 법인은 근로자에게 지급한 특정 연도의 근로소득에 대하여 종합소득공제와 이미 원천징수납부된 소득세의 공제를 거쳐 원천징수한 차액을 다음 연도 2월 10일까지 납부할 의무가 있고, 위 일자로부터 3년 이내에 위 원천징수 근로소득세의 과세표준 및 세액의 경정을 청구할 수 있다.

3) 이 사건에 대해 보건대, 앞서 본 바와 같이 원고는 2005년 및 2006년 사업연도 귀속 원천징수 근로소득세의 최종 납부기한인 2006. 2. 10. 및 2007. 2. 10. 이후 경정청구기간인 3년이 도과한 2010. 6. 28.에 이르러서야 비로소 피고에게 위 각 사업 연도 귀속 대표자에 대한 원천징수 근로소득세에 대하여 경정청구를 하였는바, 앞서 본 법리에 따르면 경정청구기간을 도과한 원고의 위 경정청구는 단순히 과세관청인 피고에게 경정청구를 요망하는 사실행위를 한 것에 불과하여 이러한 경정청구에 대하여 피고가 아무런 회신을 하지 아니하였다 하여 이를 경정청구에 대한 거부처분으로 의제할 수는 없다고 할 것이고, 설사 원고의 주장과 같이 구 국세기본법 제45조의2 제3항에서 정한 기간 내에 피고가 응답을 하지 아니한 것을 가리켜 피고가 원고의 경정청구를 거부하는 의사표시로 의제된다고 하더라도 이는 경정청구가 불가능하다는 안내를 한 것에 불과한 것으로서 행정소송의 대상이 되는 처분 등으로 볼 수는 없다.

3. 결론

그렇다면, 이 사건 소는 부적법하므로 이를 각하하기로 하고 주문과 같이 판결한다.