가. 청구법인은 2005.4.20. 설립되어 OOO 394-2에서 오리생고기와 훈제오리 공급을 주된 사업으로 영위하고 있는 사업자로서 2007년～2010년 관련 부가가치세 및 법인세를 신고·납부하였다.

나. 처분청은 2011년 6월 청구법인에 대한 세무조사를 실시하여 청구법인이 보관중인 전산장부와 수기장부 등을 상호 대사한 결과, 거래처에 대한 도소매분 매출누락, 세금계산서(계산서)의 미발행 및 가공발행한 사실 등을 조사하여 2011.7.6. 외 청구법인에게 별지와 같이 부가가치세 OOO원 및 법인세 OOO원을 경정·고지하고 법인소득금액 계산상 익금산입한 금액 OOO원을 대표자에 대한 상여로 소득처분하여 2011.8.1. 청구법인에게 소득금액변동통지를 하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.9.30. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 처분청의 조사당시 손금으로 용인한 운송비 외에 2007～2010 사업연도 중에 법인통장에서 지출한 사실이 확인되는 운송비, 인건비 등O,OOO,OOO,OOO원(이하 “쟁점비용”이라 한다)에서 매입세액 OOO원을손금불산입하여 계산한 순액 OOO원을 손금산입하여야 한다.

(2) 대표자에 대한 상여처분에서 제외되어야 할 금액은 ① 청구법인 도매매출의 경우 모든 매출처의 매출금액 전부가 거래처에서 직접 청구법인 통장으로 금융이체 되어 법인의 운영자금으로 사용하였는 바, 매출신고 여부와 관계없이 모든 도매매출금액이 법인의 통장으로 유입되기에 처분청이 사외유출로 본 금액 중 OOO원(이하 “쟁점도매매출액”이라 한다), ② 2009.5.27.부터 청구법인의 부외통장으로 입금된 소매매출 누락액 OOO원(이하 “쟁점소매매출액”이라 한다) 중 그 부외통장에서 지출한 사실이 확인되는 OOO원, ③ 과소신고 비용 O,OOO,OOO,OOO원 중 단순히 회계장부상에 대체 처리한 것으로 증빙서류가 없어 부인된 가공경비 OOO원(이하 “쟁점가공경비”라 한다), 합계 OOO원이다.

(3) 쟁점도매매출액이 모두 법인통장에 기록되고 매출신고 유무에 관계없이 법인자금으로 사용되었음에도 불구하고 단순히 거래상대방의 세금계산서 및 계산서 수취거부로 세무신고서상 수입금액으로 신고하지 못한 것은 부당과소신고가산세 대상으로 볼 수 없고, 처분청의 조세포탈범 고발에 대하여 검찰에서도 법인통장으로 입금되지 아니한 쟁점소매매출액을 제외하고 법인통장으로 입금된 쟁점도매매출액에 대하여는 “사기 기타 부정한 행위”에 해당하지 아니한다고 보아 “혐의 없음”으로 처분하였으므로 일반과소신고가산세를 적용하여야 하고, 그 적용대상이 되는 소득금액에 대하여는 중소기업특별세액감면을 하여야 한다.

(4) 2007년 제1기～2008년 제2기 부가가치세 훈제매출 관련 매입세액, 2007년 제1기～2010년 제2기 공통매입세액 및 과세대상인 훈제제품 생산에 사용된 면세생산물에 대한 의제매입세액공제신청의 누락 등 매입세액 합계 OOO원(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 신고누락 하였으므로 이를 추가로 공제하여야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 당초 세무조사시 부외비용으로 확인된 경비는 이미 원가 추인하였고, 쟁점비용에 대한 추가 인정은 세무조사시 미제출하였다가 이 건 심판청구시 제출한 것으로 이에 대한 사실여부 확인이 필요하다.

(2) 대표자에 대한 상여처분과 관련하여 당초 세무조사시 쟁점도매매출액이 사내유보로 되어 있다가 부외비용으로 대체된 사실이 확인되지 않고 연관성도 없었으며, 쟁점비용도 매출누락 등으로 실제 지급하였는지 여부가 불분명하고그 관련성도 확인되지 아니하므로 매출누락액과 쟁점비용에 대하여 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것은 정당하다.

(3) 매출누락 및 세금계산서, 계산서 미발행은 「조세범처벌법」 제3조 제6항 규정에 의거 “사기나 그 밖의 부정한 행위”에 해당되며, 일일직판대장 및 부산물 관리대장을 별도 관리하여 수익을 은폐한 행위 역시 부당과소신고 가산세 적용대상이고 따라서 중소기업특별세액감면도 적용할 수 없다.

(4) 쟁점매입세액과 관련하여 청구법인이 부가가치세 신고시 의제매입세액공제를 하지 아니하여 누락여부검토한 바, 전산상으로는 정상으로 확인되나 청구법인이 제출한 자료에 대한 관련인과의 실지 거래여부 등에 대하여 추가 검토가 요구된다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

① 쟁점비용에 대한 공제 여부

② 쟁점도매매출액, 쟁점소매매출액 및 쟁점가공경비를 대표자에 대한 상여로 소득처분한 금액에서 제외할지 여부

③부당과소신고가산세 및 중소기업특별세액감면 적용의 당부

④ 쟁점매입세액에 대한 공제 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

제67조【소득처분】제60조의 규정에 의하여 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준을 신고하거나 제66조 또는 제69조의 규정에 의하여 법인세의 과세표준을 결정 또는 경정함에 있어서 익금에 산입한 금액은 그 귀속자 등에게 상여ㆍ배당ㆍ기타 사외유출ㆍ사내유보 등 대통령령이 정하는 바에 따라 처분한다.

(2) 법인세법 시행령

제106조【소득처분】① 법 제67조에 따라 익금에 산입한 금액은 다음 각 호의 규정에 의하여 처분한다. 비영리내국법인과 비영리외국법인에 대하여도 또한 같다.

1. 익금에 산입한 금액이 사외에 유출된 것이 분명한 경우에는 그 귀속자에 따라 다음 각 목에 따라 배당, 이익처분에 의한 상여, 기타소득, 기타 사외유출로 할 것. 다만, 귀속이 불분명한 경우에는 대표자(괄호 안 생략)에게 귀속된 것으로 본다.

(3) 국세기본법

제47조의 3【과소신고가산세】② 제1항에도 불구하고 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준이 있는 경우에는 다음 각 호의 금액을 합한 금액을 납부할 세액에 가산하거나 환급받을 세액에서 공제한다.

1. 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 대한 가산세액: 과세표준 중 부당한 방법으로 과소신고한 과세표준에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고과세표준”이라 한다)이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 40에 상당하는 금액(이하 이 항에서 “부당과소신고가산세액”이라 한다). (단서 생략)

2. 제1호 외의 부분에 대한 가산세액: 과소신고한 과세표준 상당액 중 부당과소신고과세표준을 뺀 과세표준이 과세표준에서 차지하는 비율을 산출세액에 곱하여 계산한 금액의 100분의 10에 상당하는 금액

(4) 국세기본법 시행령

제27조【무신고가산세】② 법 제47조의 2 제2항 각 호 외의 부분에서 “대통령령으로 정하는 방법”이란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 방법을 말한다.

1. 이중장부의 작성 등 장부의 거짓 기록

2. 거짓 증명 또는 거짓 문서(이하 이 조에서 “거짓증명 등”이라 한다)의 작성

3. 거짓증명 등의 수취(거짓임을 알고 수취한 경우만 해당한다)

4. 장부와 기록의 파기

5. 재산의 은닉이나 소득ㆍ수익ㆍ행위ㆍ거래의 조작 또는 은폐

6. 그 밖에 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받기 위한 사기, 그 밖의 부정한 행위

(5) 조세범처벌법

제3조【조세포탈 등】⑥ 제1항에서 “사기나 그 밖의 부정한 행위”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 행위로서 조세의 부과와 징수를 불가능하게 하거나 현저히 곤란하게 하는 적극적 행위를 말한다.

5. 고의적으로 장부를 작성하지 아니하거나 비치하지 아니하는 행위 또는 계산서, 세금계산서 또는 계산서합계표, 세금계산서합계표의 조작

7. 그 밖에 위계(僞計)에 의한 행위 또는 부정한 행위

(6) 조세특례제한법

제128조【추계과세 시 등의 감면배제】③ 「소득세법」 제80조 제2항 또는 「법인세법」 제66조 제2항에 따라 경정(괄호 안 생략)을 하는 경우와 「국세기본법」 제81조의 7에 따른 세무조사 사전통지를 받은 후 수정신고를 하는 경우에는 대통령령으로 정하는 과소신고금액에 대하여 제6조, 제7조, (이하 중간 생략), 제121조의 17 제2항을 적용하지 아니한다.

(7) 조세특례제한법 시행령

제122조【과소신고소득금액의 범위】① 법 제128조 제3항에서 “대통령령으로 정하는 과소신고금액”이란 법인의 경우에는 「국세기본법」 제47조의 3 제2항 제1호에 따른 부당과소신고과세표준을 말하며, 개인의 경우에는 이를 준용하여 계산한 금액을 말한다.

(8) 부가가치세법

제17조【납부세액】① 사업자가 납부하여야 할 부가가치세액(이하 “납부세액”이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 “매출세액”이라 한다)에서 다음 각 호의 세액(이하 “매입세액”이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. (단서 생략)

1. 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액

③ 사업자가 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(이하 “면세농산물 등”이라 한다)을 원재료로 하여 제조ㆍ가공한 재화 또는 창출한 용역의 공급이 과세되는 경우(제12조 제4항의 규정에 의하여 부가가치세 면제를 받지 아니하기로 하고, 제11조의 규정에 의하여 영세율이 적용되는 경우를 제외한다)에는 대통령령이 정하는 바에 의하여 계산한 금액을 매입세액으로서 공제할 수 있다

(9) 부가가치세법 시행령

제61조【매입세액의 안분계산】① 사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지귀속을 구분할 수 없는 매입세액(이하 “공통매입세액”이라 한다)은 다음 산식에 의하여 계산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다.

제62조【의제매입세액계산】① 법 제17조 제3항의 규정에 의하여 매입세액으로서 공제할 수 있는 금액은 부가가치세의 면제를 받아 공급받은 농산물ㆍ축산물ㆍ수산물 또는 임산물(제28조 제1항에 규정하는 1차가공을 거친 것, 동조 제2항 각호의 것 및 소금을 포함한다. 이하 “면세농산물 등”이라 한다)의 가액에 기획재정부령이 정하는 율을 곱하여 계산한 금액으로 한다.

(10) 부가가치세법 시행규칙

제19조【의제매입세액계산】① 영 제62조 제1항에서 “재정경제부령이 정하는 율”이라 함은 102분의 2(음식점업의 경우에는 103분의 3)를 말한다. (단서생략)

⑤ 영 제62조의 규정을 적용함에 있어서 과세사업과 기타의 사업을 겸영하는 경우에는 영 제61조의 규정을 준용한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 2011년 6월 처분청 조사공무원의 청구법인에 대한 세무조사종결보고서의 주요 내용은 다음과 같다.

(가) 전산장부 및 수동장부를 확인한 결과 도매 매출누락 금액이 OOO원으로, 일일직판대장 및 부산물관리대장을 검토한 결과 소매 매출누락금액이 OOO원으로 나타난다.

(나) 불법체류 외국인 근로자의 신분노출 등으로 인하여 인건비를 결산서에 반영하지 못한 OOO원 및 생체차·사료차·냉동차 운송비 지급과 관련하여 차주들이 수입금액 노출을 꺼려함으로 인하여 결산서상 반영하지 못하여 위탁수수료 등 계정에 과다하게 계상OOO한 것으로 확인되어 이를 원가로 추인하였음이 나타난다.

(2) 청구법인이 사용한 계좌 내역은 법인통장으로 OOO(계좌번호 671-01-OOO), OOO(계좌번호 895-01-OOO), OOO(177577-51-OOO, 사용기간 2008.6.2.～2008.6.4.), OOO(177577-51-OOO, 사용기간 2008.6.3.～현재)이고, 직판통장은 OOO(356-0090-OOO, 352-0200-OOO, 예금주 이OOO)으로 나타난다(이하 법인통장과 직판통장을 합하여 “청구법인통장”이라 한다).

(3) 쟁점①에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 쟁점비용에 대하여 손금 추인하여야 한다고 주장하면서 그 증빙으로 운송비 지급 내역서, 외국인 근로자 현장 임금 지급명세서, 부식비 및 식자재 경비 누락 명세서, 누락 경비 인출 내역서 등을 제출하였다.

1) 운송비로 손금 추인할 금액은 OOO원(2007～2010년)으로서 이는 청구법인통장에 나타나는 OOO원에서 경정시 인정한 운송비 금액 OOO원을 차감한 것이다.

2) 계좌 미개설로 부인한 외국인 인건비 중 급여대장 및 통장 현금 인출 내역으로 지급사실 확인된 금액인 OOO원(2007～2010년, 인건비 통장 지출액 OOO원에서 경정시 손금 인정된 OOO원을 차감한 금액)을 손금추인하여야 한다.

3) 법인 결산시 세금계산서 및 현금 영수증 미수취로 장부에 미 계상된 부식비 중 법인 통장 등에서 거래처 계좌로 직접 이체된 부식비 OOO원(2007～2010년)을 손금으로 추인하여야 한다.

4) 2007.3.21.～2010.6.11. 공장 매입시 승계한 차입금 및 사료대금 차입금 등 OOO원(2007.3.21.～2011.6.11. OOO원 상환)에 대한 지급이자로서 법인 계좌에서 채권자 계좌로 이체한 것으로서 법인 결산시 장부에 미계상된 지급이자 OOO,OOO,OOO원(2009～2010년)을 손금으로 추인하여야 한다.

5) 화물 적재를 위해 회사 지게차 운전 중 지게차 전복으로 사망한 박OOO에 대한 장례비 및 유족 보상금 OOO,OOO,OOO원에 대하여 그 지불사실이 금융계좌OOO로 확인되고 2009.3.6. OOO경찰서의 사건사고사실확인원에 의해 회사 업무와 관련성 있기에 손금 추인하여야 한다.

6) 법인 결산시 세금계산서(계산서) 및 현금 영수증 미수취로 장부에 미계상된 임차료, 경영 컨설팅 수수료, 판매촉진비, 광고선전비, 부재료비 및 잡비 중에서 법인 통장에서 거래처의 계좌로 직접 이체된금액 OOO원(2009～2010년), OOO원(2009년), OOO원(2009～2010년),OOO원(2009년), OOO원(2009～2010년), OOO원(2009～2010년)을 각각 손금으로 추인하여야 한다.

(나) 이에 대하여 처분청은 실제 지급내역 등을 확인 후 손금추인 여부를 판단하여야 한다는 의견이다.

(다) 살피건대, 청구법인이 쟁점비용에 대한 증빙으로 제시한 청구법인통장 내역 등이 신빙성이 있다고 보여지나, 당초 세무조사시 미제출되어 이에 대한 사실여부를 처분청이 추가 확인하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 쟁점②에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 아래와 같이 대표자에 대한 상여로 소득처분한 것이 부당하다고 주장하면서 그 증빙으로 통장별 수입지출 내역 분석표, 매출누락 상세 내역서 및 보통예금 거래명세표 등을 제출하였다.

1) 2008년 면세매출 과다신고분 OOO원을 상계하지 아니하고, 과세매출 누락액 전액을 상여 처분한 것은 합리성을 결여한 처분이고, 세무조사 당시 법인통장 미확인으로 매출누락액OOO 중 쟁점도매매출액을 법인통장 입금으로 사내유보 후 법인 운영자금으로 사용된 사실관계를 확인하지 못한 것은 위법한 처분이다.

2) 쟁점소매매출액이 직판통장에 입금되고 이 금액 중 2009년 OOO원, 2010년 OOO원, 합계 OOO원이 법인의 부외비용으로 인출된 사실이 확인되기에 동 금액을 대표자에 대한 상여처분 대상에서 제외하여야 한다.

3) 처분청의 문답서에 나타난 바와 같이 청구법인은 정규영수증을 수취할 수 없어 인건비 등을 결산서에 반영하지 못하여 위탁사육비 등을 과다 계상(OOOO, O,OOO,OOO,OOOO)한 것이기에, 총부외비용 범위내에서 가공경비가 지급된 것으로 보아 상여처분에서 제외하여야 한다.

(나) 이에 대하여 처분청은 매출누락금액이 법인에 입금된 사실이 확인되지 아니하고, 그 누락된 매출금액으로 손금 용인한 추가 비용 지출 사실이 입증되지 아니하기에 대표자에 대한 상여로 처분하여야 하며, 가공경비와 손금용인한 추가 경비와의 관련성이 확인되지 아니하여 그 전부를 대표자 상여로 처분하여야 한다는 의견이다.

(다) 살피건대, 청구법인이 제시한 청구법인통장 내역을 통해 매출누락금액이 입금되고 관련 비용이 지출되었다는 청구법인의 주장이 신빙성이 있어 보이나, 쟁점①과 연계시켜 처분청이 이를 추가 확인하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

(4) 쟁점③에 대하여 본다.

(가) 청구법인은 아래와 같이 부당과소신고가산세 적용배제 및 중소기업특별세액감면 적용을 주장한다.

1) 부가가치세(2007년 제1기～2010년 제2기)와 관련하여 쟁점소매매출액 중 훈제 직판매출누락액 OOO원에 대하여는 부당과소신고가산세를 적용하고 나머지 매출누락 OOO원에 대하여는 일반과소신고가산세를 적용하여야 한다.

2) 법인세(2009사업연도 및 2010사업연도)와 관련하여 익금산입항목 중 쟁점소매매출액에 대하여는 부당과소신고가산세 대상으로 하고, 손금산입 항목에 대하여는 쟁점소매매출액에서 지출된 부외비용OOO과 쟁점소매매출액에 대한 매출부가가치세OOO를 대상으로 하며, 과다비용 부인액의 경우 사실상 신고 누락 비용의 계정대체에 불과함으로 허위장부의 작성 등으로 볼 수 없기에 일반과소신고가산세 대상으로 하여야 한다.

3) 일반과소신고가산세 적용 대상이 되는 소득금액에 대하여는 중소기업특별세액감면을 계산하여 공제하여야 한다.

(나) 이에 대하여 처분청은 매출누락 및 세금계산서 미발행 등은 “사기나 그 밖의 부정한 행위”에 해당되어 부당과소신고가산세 적용대상이고 중소기업특별세액감면도 적용할 수 없다는 의견이다.

(다) 살피건대, 청구법인이 제시한 청구법인통장 내역 등이 신빙성이 있어 보이나, 쟁점① 및 쟁점②와 연계시켜 처분청이 부당과소신고가산세 및 중소기업특별세액감면 적용 여부를 재조사함이 타당하다고 판단된다.

(6) 쟁점④에 대하여 본다.

(가) 청구법인의 매입세액 공제에 대한 주장은 다음과 같다.

1) 청구법인이 당초 매입세액불공제로 신고한 금액 중 (주)OOO식품산업, OOO물산, OOO(주), OOO포장공업사로부터 매입한 훈제실 시설장치 및 훈제 첨가물, 훈제 제품 포장박스 관련한 매입세액 OOO원(2007년 제1기～2008년 제2기)은 과세매출(훈제) 관련 매입세액으로 전액 공제하여야 한다.

2) 청구법인이 당초 전액 매입세액불공제로 신고한 공통매입세액 및 과다 계산한 금액을 경정 매출금액 중 면세매출 금액 기준으로 재계산하여 공통매입세액 OO,OOO,OOO원(2007년 제1기～2010년 제2기)을 공제하여야 한다.

3) 청구법인이 당초 신고 누락한 과세대상 훈제제품 관련 의제매입세액공제금액을 면세농산물(오리 등) 매입액을 기초로 계산하여 의제매입세액공제액 OOO원을 공제하여야 한다.

(나) 이에 대하여 처분청은 관련인과의 실지 거래여부 등에 대하여 추가 검토가 요구된다는 의견이다.

(다) 살피건대, 청구법인이 제시한 매입세액(공통매입세액, 의제매입세액 포함) 자료가 신빙성이 있다고 보여지나, 처분청이 관련인 등에 대한 실지 거래여부 등을 추가 확인하여 그 과세표준 및 세액을 경정하는 것이 타당하다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

OOOOOOOOOO OOOO OO O OOOOOOOO OO

O OOOOO

(OO: O)