가. 도급계약의 체결 1) 원고는 큰빛종합건설 주식회사와 함께(지분비율 원고 40%, 큰빛종합건설 60%) 2011. 11. 25. 서울 서초구 내곡동, 신원동, 연곡동, 원지동 일원 769,000㎡의 서울내곡 보금자리주택지구(이하 ‘이 사건 사업지구’라고 한다

) 조성사업의 사업시행자인 피고로부터 위 사업지구 택지조성 및 기반시설공사(이하 ‘이 사건 공사’라 한다

)를 공사대금 20,041,859,800원으로 정하여 도급받았다(이처럼 체결된 도급계약을 이하 ‘이 사건 도급계약’이라 한다

). 2) 한편 위 공사대금은 주택법 제2조 제3항의 국민주택(주거전용면적이 1호 또는 1세대당 85㎡인 주택)에 대한 부가가치세를 면세하는 조세특례제한법 제106조 제1항 제4호 및 같은 법 시행령 제106조 제4항, 제51조의2 제3항에 따라 이 사건 공사의 총 공급가액 중 주택단지의 총 유상공급면적에서 국민주택면적이 차지하는 비율에 해당하는 공급가액(면세비율 48.75%)에 관하여는 부가가치세가 면세된다고 보아, 나머지 공급가액(과세비율 51.25%)에 대해서만 10% 상당의 부가가치세 상당액을 가산한 금액으로 결정된 것이었다.

나. 원고에 대한 과세처분 경과 1) 원고는 이 사건 도급계약에 따라 피고에게 공동수급체 중 원고의 지분비율에 해당하는 공사대금을 청구하면서 이 사건 공사대금 중 면세용역의 공급에 해당하는 것으로 본 부분인 2,348,760,358원에 대해서는 법인세법상의 일반계산서를, 나머지 부분에 대해서는 부가가치세법에서 정한 세금계산서를 발행하였으며, 일반계산서를 발행한 부분에 대해서는 부가가치세를 신고하지 아니하였다. 원고가 각 과세기간별로 일반계산서를 발행한 구체적인 내역은 아래와 같다. 2) 그런데 서울지방국세청장은 2013년 5월경...

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