처분청은 청구인이 1993.5.1. 전용면적 60㎡이하의 임대주택을 건축하기 위하여 청구외 ㅇㅇ공사와ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지대지 27,872.5㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대한 연부 매매계약을 체결하고, 1993.5.1.～1996.5.2.까지 12회에 걸쳐 연부금을 납부하고 이건 토지를 취득한 후 이건 토지의 총 취득가액(6,117,686,260원)에 지방세법 제131조제1항제3호2목의 세율을 적용하여 산출한 등록세 183,530,580원, 교육세36,706,110원, 합계 220,236,690원을 1996.6.26. 신고납부하자 같은날 이를 수납하여 징수결정하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 주택건설 및 임대를 목적사업으로 하는 법인으로서 전용면적 60㎡ 이하의 임대주택을 건설하기 위하여 이건 토지를 취득하였고, 이건 토지를 취득한 후 그 지상에 당초 취득목적대로 전용면적 60㎡ 이하의 임대주택을 건축하여 임대중에 있으며, 청구인이 이건 토지에 대한 소유권 이전등기를 한 1996.6.27. 당시의 경상남도세감면조례 제13조(1996.5.9. 조례 제2425호로 개정된 것)에 의하여 등록세 면제대상에 해당하는데도 착오로 이를 신고납부하였다. 청구인은 이러한 착오 납부를 확인하고 1998.4.29. 처분청에 환부요청을 하였으나 처분청은 이건 토지에 대한 등록세의 감면 여부는 이건 토지 취득 당시의 감면조례를 적용하여야 하고 1996.5.9. 조례 제2425호로 개정되기 전의 감면조례에 의하면 이건 토지는 등록세 면제대상에 해당되지 아니한다고 하여 1998.5.7. 청구인의 환부신청을 반려하였는 바, 등록세의 납세의무는 재산권 기타 권리를 등기 또는 등록하는 때에 성립하는 것이므로 이러한 납세의무 성립당시의 법률을 적용하여 과세면제 대상인지 여부를 판단하여야 할 것이고, 다른 지방자치단체도 이와 같이 등기 당시의 법률을 적용하여 이미 납부한 등록세 등을 환부하였는데도, 처분청은 취득당시의 법률을 적용하여 과세면제 대상이 아니라고 판단하여 환부신청을 거부한 것은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 임대주택용 건설토지에 대한 감면조례가 개정되었을 경우 취득 당시의 감면조례를 적용하여 감면대상이 아니라고 보아 이미 납부한 등록세 등을 환부하지 아니한 것이 적법한지 여부에 관한 다툼이라 하겠다.

먼저 본안심의에 앞서 이건 심사청구의 대상이 되는 행정처분이 있었는지 여부에 대하여 살펴보면, 1998.4.29. 청구인이 신고납부한 등록세 등에 대한 환부를 청구하자 처분청은 1998.5.7. 환부대상에 해당하지 아니한다는 회신하였고, 이러한 통보에 따라 청구인은 1998.7.6. 이의신청을 제기하자 이의신청결정권자인 울산광역시장은 1998.8.13. 각하결정 통보를 한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있는 바, 세법상의 명문규정이 있는 경우외에는 신고납부방식의 납세의무자라도 과세관청에 대하여 이미 신고납부한 세액의 환급을 신청할 조리상의 권리는 인정되지 아니하므로 과세관청이 세법상의 근거규정이나 조리상의 신청권에 기하지 않은 세액의 환급신청의 거부를 항고소송의 대상이 되는 행정처분이라고 할 수 없다(같은 취지의 대법원판결 1988.6.28. 88누2069)할 것이므로, 처분청의 과오납 환부거부 통보는 단순히 환부거부 의사의 통보에 불과할 뿐 심사청구의 대상이 되는 행정처분이 있었다고 볼 수 없다. 또한 청구인이 당초 등록세 등의 신고납부일로부터 2년이 경과하여 이의신청을 제기하였으므로 적법한 기간내에 이의신청을 제기하지도 아니하였으므로 이건 심사청구는 본안심의대상에 해당되지 아니하여 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 11. 28.

행 정 자 치 부 장 관