가. 청구법인은 경기도 OOO 외 임야 3필지 24,066㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)와 같은 동 379-65 답 1,175㎡를 2016.2.15. 공공용지의 협의취득을 원인으로 양도하고, 2016.4.26. 위 양도 토지 4필지 전체를 과세대상으로 하여 비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서를 제출한 후, 2016.6.28. 처분청에 쟁점토지의 양도소득을 「법인세법」제3조 제3항및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 “처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접사용한 고정자산의 처분이익”으로 보아 기 납부한 법인세 OOO원 및 농어촌특별세 OOO원을 환급해 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점토지가 분필을 통해 종중의 묘역이 있는 부분을 제외하고 공공용지의 협의취득을 원인으로 소유권이전된 필지로서, 그 지상에 선조의 묘역이 존재하지 않으므로 위 법인세법령의 “처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산”으로 볼 수 없다고 하여 2016.10.7. 이를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.23. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1)쟁점토지는 청구법인의 재산이므로 법인세 신고는 정당하다.

청구법인은 처분청에서 통지한 “법인으로 보는 단체의 승인여부통지서”와 같이 2016.2.5. 법인으로 보는 단체로 승인을 받고 쟁점토지를 2016.2.15. 경기도 의정부시장에게 양도하였으므로 법인세 신고는 정당하며, 등록일(2016.2.24.)을 기준으로 하더라도 쟁점토지의 양도대금이 청구법인에 귀속되어 ‘법인으로 보는 단체’인 청구법인의 최초 사업연도의 손익에 산입되므로 「법인세법」의 법리가 적용되어야 한다(대구지방법원 2016.6.3. 선고 2016구합20182 판결, 같은 뜻임).

(2) 청구법인의 법인세 경정청구는 정당하다.

「법인세법」제62조의2는 비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례조항을 두어 같은 조 제1항에서 비영리내국법인의 일정 수입 중 토지의 양도로 인하여 발생하는 소득에 대해 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있도록 규정하고 있고, 제2항에서는 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대해서는 「소득세법」을 준용하여 계산한 세액을 법인세로 납부하도록 하고 있다.

또한, 같은 조 제6항에서 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관하여는 자산의 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세 과세표준의 신고·납부·결정·경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고·납부·결정·경정 및 징수하고,

제7항과 제8항에서 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 하는데, “비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다”고 규정하고 있다.

따라서, 청구법인은 위 「법인세법」제62조의2 규정에 따라 양도소득과세표준 예정신고를 하고 법인세로 세액을 납부하였으므로 청구법인의 법인세 경정청구는 정당하다(조심 2015중2337, 2015.9.7.)

(3) 쟁점토지는 3년 이상 청구법인의 고유목적사업에 직접 사용한 토지로 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 따라 법인세 과세대상 소득에서 제외되어야 한다.

(가) 쟁점토지는 오직 고유목적사업에만 직접 사용한 토지이다.

쟁점토지는 청구법인이 1500년대경 사패받은 경기도OOO 종산(宗山)(이하 “분할전종산”이라 한다)에서 분할된 토지로서,이는 경기도 의정부시장이 필요에 따라 임의로 분할한 것이지 청구법인이 쟁점토지를 고유목적사업 이외의 목적으로 분할한 것이 아니다.

분할전종산은 명의신탁해지 관련 소송 판결서(서울고등법원 1997.2.21.선고 96나35639 판결)에 나타나는 것과 같이 “OOO 및 그 아들, 손자 등의 묘가 있는 경기도 OOO 임야 6.3정보에서 분묘수호와 제사봉행”을 위해 사용된 토지이며, 1968.11.21. 작성된 청구법인의 정관상 사업목적인 “OOO의 유덕추모, 묘소의 수호 및 보수 등”에 직접 사용되어 OOO·아들·손자 등의 묘터로만 사용되었다.

또한, 분할전종산은 1968.11.21.작성된 청구법인의 회의록제5의안(종산입묘 금지의 건)에서 “누백년 이래 종산을 완전수보하여 주신 조선의 유지를 받들어 향후 우리 후손들도 종산입묘를 절대금지하자”고 결의한 것과 같이 수백년 전부터 현재까지 종산으로만 사용된 토지로서, 수용일 현재까지 수익목적으로 제3자에게 토지 이용권을 주거나 담보로 이용한 사실이 전혀 없는 종산이다.

(나) 분할전종산에서 묘지부분을 제외하고 잔여부분을 양도하였더라도, 잔여부분도 고유목적사업에 직접 사용한 토지이다.

경기도 의정부시장은 수용 목적으로 경기도 분할전종산을 임의분할한 후, OOO·아들·손자 및 증손자의 묘터 3,778㎡를 제외한 쟁점토지 24,066㎡를 협의매수하였는데, 묘소가 소재한 임야 중 일부(=묘지가 없는 부분으로 추정)를 양도한 경우에 해당 부동산을 고유목적사업에 직접 사용하였는지 여부는 부동산의 사용용도·면적 등 사용현황, 임대차 여부 등 제반사항을 고려하여 사실판단하고, 정관에 규정된 고유목적사업에 직접적으로 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 경우에 적용되는 것인바(국세청 사전법령해석, 법인 2015-35., 서면2팀-993, 같은 뜻임), 청구법인은 쟁점토지를 수백년 동안 종산으로 사용하였을 뿐, 임대 또는 저당 목적 등에 사용한 사실이 없고, 종중 회의록 및 위 서울고등법원 판결서 등으로 볼 때 쟁점토지는 고유목적사업에 직접 사용한 토지임이 명확하다.

한편, 청구법인이 수취한 쟁점토지의 양도대금 OOO원은 전액 청구법인에 귀속되어, 2016.5.11. 경기도 OOO 소재 건물 중 5∼6층과 9층 일부를 청구법인 명의로 OOO원(대출금 포함)에 취득하여 임대업을 하고 있으며, 임대료는 오직 청구법인의 고유목적사업에 필요한 자금으로 사용되고 있다.

(다) 위와 같이 쟁점토지의 양도로 발생한 소득은 법인세 과세소득에서 제외하여야 한다.

쟁점토지는 위와 같이 청구법인의 수익을 위해 사용된 사실이 없고 오로지 ‘OOO’의 유덕을 추모하기 위한 용도로 사용되었고,쟁점토지가 분할전종산에서 분할된 것은 청구법인의 양도 목적이 아니라 경기도 의정부시장의 택지개발구획정리계획에 따른 것이고, 이후 동 사업계획 취소로 무산되었다가, 금번 추동근린공원 조성사업으로 부득이 양도하게 된 것인바, 「법인세법」제3조 및 같은 법 시행령 제2조에 따라 그 처분으로 생기는 수입은 법인세 과세소득에서 제외함이 타당하다.

나. 처분청 의견

(1) 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 의한 비영리법인의 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 양도차익에 대한 과세제외는 「국세기본법」제13조 제1항에 의하여 종중이 법인격을 가진 경우로서 보유 중인 부동산이 당해 종중의 고유목적사업에 직접적으로 사용된 사실이 객관적으로 인정되는 부분에 대하여만 적용되는 것이며,선조의 묘역이 아닌 임야 일부를 수용하는 경우 비영리내국법인의 고유목적사업에 직접 사용한 자산의 양도차익에 대한 과세제외 규정이 적용되지 않는다(국세청 질의회신 서면2팀-1521, 2005.9.23., 같은 뜻임).

(가) 분필전종산(59,901㎡) 중 1996년 분할되어 택지개발된경기도 OOO(이하 “용현동”이라 한다)산9-4 토지를 제외하고 같은 동 OOO 지번으로 등록전환된 40,257㎡의 토지 중 2005년 이전까지 10,285㎡의 토지가 수용(3,404㎡) 및 개인매매(6,881㎡)되어 종중의 관리대상에서 제외되고, 금번에 4필지 25,241㎡의 토지가 수용되어 현재 종중 소유로 잔존하는 토지의 면적은 OOO 토지 3,778㎡를 포함하여 4,731㎡이다.

또한, 묘소가 위치한 OOO 토지의 면적은 3,778㎡이고, 이 중 잔디가 조성된 묘소부분을 국세청 정보분석 GIS 면적으로 측정하여 보면 790㎡(분할전종산 59,901㎡의 1.3%, 금번 양도분 4필지 25,241㎡의 3.1%, 금번 양도분 중 비과세신청 3필지 24,066㎡의 3.3%, 379-80 토지 3,778㎡의 20.9%)로 확인되는바, 결론적으로 금번 양도된 임야(쟁점토지)에는 종중의 묘소가 포함되어 있지 않다.

(나) 처분청 직원이 2016.7.26. 오전 9시30분에 출장하여 확인한바, 수용되지 않고 종중 소유로 남은 OOO에만 OOO 부부의 쌍분(2기), OOO 부부 합장묘소(1기)가 산위에서 아래로 일렬로 위치하고, OOO 부부 합장묘소(1기)가 동남쪽 아랫방향에 위치하여 총 5기의 묘소가 확인되는바,수용된 쟁점토지에는 종중의 묘소가 전무하다.

(다) 경기도 의정부시장(민간투자사업과장)에게 토지수용 및 지장물 보상내역에 대하여 확인 요청한바, 쟁점토지는 처분청 직원이 현장에 출장하여 확인한 내용과 같이 묘소 등 지장물 보상 내역이 없음을 회신받았다.

(2) 조상의 묘터로 사용하던 선산에서 분리된 임야를 처분함에 따라 발생한 수입은 고유목적사업에 직접 사용하지 아니한 정당한 사유 여부에 불구하고 수익사업에 생기는 소득에 해당되는바(국세청 법규법인 2013-9, 2013.3.12.),상기 종중의 묘소 5기가 위치한 묘역(OOO)은 쟁점토지와 무관하게 종중의 명의로 계속 남아있고, 묘역부분에서 분리된 임야가 처분되어 발생한 소득은 고유목적사업에 직접적으로 사용한 고정자산 처분이익이라고 볼 수 없어 과세대상이다.

(3) 분할전종산(59,901㎡)의 분필 내역을 볼 때, 묘소가 존재한 부분(1.3%)을 제외하고 계속적으로 수용 및 매매거래가 있었고, 금번에도 묘역이 없는 부분만 양도하였으며, 이 수용보상금을 대체 선산을 매입하거나 이장비용으로 사용한다든지 하지 않고 종중의 존재이유인 고유목적사업과 무관한 수익사업인 부동산임대업에 전용한 점 등으로 판단해 볼 때에도, 쟁점토지는 종중의 고유목적사업, 즉 묘소의 수호 및 보수에 반드시 필요한 토지는 아니었던 것으로 판단된다.

즉, 청구법인은 쟁점토지의 수용보상금 OOO원을 사용함에 있어, 보통 선산이 수용된 여느 종중처럼 다른 선산부지를 매입하거나 묘소를 이장하는데 사용하지는 않았으며, 수용되지 않고 묘소가 존재한 OOO 토지만을 선산으로 사용하고 있는 것으로 확인되고, 같은시 OOO 소재 근린생활시설을 OOO원에 분양매입하여 2016.2.24. 수익사업에 해당하는 부동산임대업을 업종에 추가하였다.

따라서, 쟁점토지의 양도를 「법인세법」제3조 제3항 제5호 및 같은 법 시행령 제2조 제2항에 규정한 고유목적사업에 직접적으로 사용한 고정자산의 처분으로 볼 수 없으므로 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점토지를 청구법인이 고유목적사업에 직접 사용한 토지로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.

5. 고정자산(고유목적사업에 직접 사용하는 고정자산으로서 대통령령으로 정하는 것은 제외한다)의 처분으로 인하여 생기는 수입

제60조(과세표준 등의 신고) ① 납세의무가 있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일이 속하는 달의 말일부터 3개월 이내에 대통령령으로 정하는 바에 따라 그 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

제62조의2(비영리내국법인의 자산양도소득에 대한 과세특례) ① 비영리내국법인(제3조 제3항 제1호에서 규정하는 수익사업을 하는 비영리내국법인은 제외한다. 이하 이 조에서 같다)이 제3조 제3항 제4호부터 제6호까지의 수입으로서 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자산의 양도로 인하여 발생하는 소득(이하 이 조에서 "자산양도소득"이라 한다)이 있는 경우에는 제60조 제1항에도 불구하고 과세표준 신고를 하지 아니할 수 있다. 이 경우 과세표준 신고를 하지 아니한 소득은 제14조에 따른 각 사업연도의 소득금액을 계산할 때 포함하지 아니한다.

2. 토지 또는 건물(건물에 부속된 시설물과 구축물을 포함한다)

② 제1항에 따라 과세표준의 신고를 하지 아니한 자산양도소득에 대하여는 「소득세법」 제92조를 준용하여 계산한 과세표준에 같은 법 제104조 제1항 각 호의 세율을 적용하여 계산한 금액을 법인세로 납부하여야 한다. 이 경우 같은 법 제104조 제4항에 따라 가중된 세율을 적용하는 경우에는 제55조의2를 적용하지 아니한다.

⑤ 자산양도소득에 대한 과세표준의 계산에 관하여는 「소득세법」 제101조 및 제102조를 준용하고, 자산양도소득에 대한 세액계산에 관하여는 같은 법 제93조를 준용한다.

⑥ 제2항에 따른 법인세의 과세표준에 대한 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관하여는 자산 양도일이 속하는 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준의 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수에 관한 규정을 준용하되, 그 밖의 법인세액에 합산하여 신고ㆍ납부ㆍ결정ㆍ경정 및 징수한다. 이 경우 제76조 제1항을 준용한다.

⑦ 제2항에 따라 계산한 법인세는 「소득세법」 제105조부터 제107조까지의 규정을 준용하여 양도소득과세표준 예정신고 및 자진납부를 하여야 한다. 이 경우 「소득세법」 제112조를 준용한다.

⑧ 비영리내국법인이 제7항에 따른 양도소득과세표준 예정신고를 한 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 한 것으로 본다. 다만, 「소득세법」 제110조 제4항 단서에 해당하는 경우에는 제6항에 따른 과세표준에 대한 신고를 하여야 한다.

(2) 법인세법 시행령

제2조(수익사업의 범위) ② 법 제3조 제3항 제5호에서 "대통령령으로 정하는 것"이란 해당 고정자산의 처분일 현재 3년 이상 계속하여 법령 또는 정관에 규정된 고유목적사업(제1항에 따른 수익사업은 제외한다)에 직접 사용한 것을 말한다. 이 경우 해당 고정자산의 유지·관리 등을 위한 관람료·입장료수입 등 부수수익이 있는 경우에도 이를 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 본다.

제3조(사업연도의 개시일) ① 법인의 최초사업연도의 개시일은 다음 각 호의 날로 한다.

1. 내국법인의 경우에는 설립등기일. 다만, 법 제1조 제2호 다목의 규정에 의한 법인으로 보는 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 경우에는 다음 각목의 날로 한다.

라. 「국세기본법」 제13조 제2항의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장의 승인을 얻은 단체의 경우에는 그 승인일

② 제1항의 규정을 적용함에 있어서 최초사업연도의 개시일전에 생긴 손익을 사실상 그 법인에 귀속시킨 것이 있는 경우 조세포탈의 우려가 없을 때에는 최초사업연도의 기간이 1년을 초과하지 아니하는 범위내에서 이를 당해 법인의 최초사업연도의 손익에 산입할 수 있다. 이 경우 최초사업연도의 개시일은 당해 법인에 귀속시킨 손익이 최초로 발생한 날로 한다.

(3) 국세기본법

제13조(법인으로 보는 단체) ① 법인( 「법인세법」 제1조 제1호 및 제3호에 따른 내국법인 및 외국법인을 말한다. 이하 같다)이 아닌 사단, 재단, 그 밖의 단체(이하 "법인 아닌 단체"라 한다) 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것으로서 수익을 구성원에게 분배하지 아니하는 것은 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다.

1. 주무관청의 허가 또는 인가를 받아 설립되거나 법령에 따라 주무관청에 등록한 사단, 재단, 그 밖의 단체로서 등기되지 아니한 것

2. 공익을 목적으로 출연(出捐)된 기본재산이 있는 재단으로서 등기되지 아니한 것

② 제1항에 따라 법인으로 보는 사단, 재단, 그 밖의 단체 외의 법인 아닌 단체 중다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 것으로서 대표자나 관리인이 관할 세무서장에게 신청하여 승인을 받은 것도 법인으로 보아 이 법과 세법을 적용한다. 이 경우 해당 사단, 재단, 그 밖의 단체의 계속성과 동질성이 유지되는 것으로 본다.

1. 사단, 재단, 그 밖의 단체의 조직과 운영에 관한 규정(規程)을 가지고 대표자나 관리인을 선임하고 있을 것

2. 사단, 재단, 그 밖의 단체 자신의 계산과 명의로 수익과 재산을 독립적으로 소유·관리할 것

3.사단, 재단, 그 밖의 단체의 수익을 구성원에게 분배하지 아니할 것

④ 제1항과 제2항에 따라 법인으로 보는 법인 아닌 단체(이하 "법인으로 보는 단체"라 한다)의 국세에 관한 의무는 그 대표자나 관리인이 이행하여야 한다.

⑤ 법인으로 보는 단체는 국세에 관한 의무 이행을 위하여 대표자나 관리인을 선임하거나 변경한 경우에는 대통령령으로 정하는 바에 따라 관할 세무서장에게 신고하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 제출한 심리자료 등에 의하면 아래와 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 쟁점토지 및 OOO 답 1,175㎡를 2016.2.15. 공공용지의 협의취득을 원인으로 양도하고, 2016.4.26. 위 양도 토지 전체를 과세대상으로 하여 「비영리내국법인의 양도소득과세표준예정신고서」를 제출한 후, 2016.6.28. 이 중 쟁점토지의 양도소득을 「법인세법」제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 “처분일 현재 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산의 처분이익”으로 보아 법인세 OOO을 환급하여 줄 것을 경정청구하였으나,처분청은 쟁점토지가 분필을 통해 종중의 묘역이 있는 부분을 제외하고 소유권이전된 필지로서, 선조의 묘역이 존재하지 않는 등 “처분일 현재 3년 이상 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산”으로 볼 수 없다고 하여 2016.10.7. 경정청구를 거부하였다.

(나) 청구법인은 족보상 의령남씨 8세 OOO 남수를 중시조로 한 종중으로, 1968.11.21. 총회를 구성하고 정관을 작성·의결한 것이 서울고등법원 판결서(서울고등법원 1997.2.21. 선고 96나35639 판결) 및정관을 통해 확인되고, 2009.9.15. 경기도 OOO세무서장에게 OOO로 고유번호(127-80-*****) 등록하였으며, 공공용지의 협의취득이 완료된 후 고유목적사업 목적용 처분자산의 비과세 적용을 받기 위하여 2016.2.24. OOO로 하여 법인으로 보는 단체로 등록하였다.

청구법인의 정관에 고유목적사업은 ① OOO의 유덕추모, ② 묘소의 수호 및 보수, ③ 시향행례, ④ 종회 회원간의 친목 및 협조 등(이하 생략)으로 나타난다.

(다) 쟁점토지의 면적 및 양도가액 내역 등은 아래 <표1>과 같고, 그 등기사항전부증명서에는 청구법인의 소유권 및 한국전력공사가 철탑 및 송전선의 건설과 소유를 목적으로 설정한 지상권 이외에 다른 제한물권 등은 나타나지 아니한다.

<표1> 쟁점토지의 면적 및 양도가액 내역 등

(단위 : ㎡, 원)

(라) 청구법인이 경정청구시 제출한 종중의 부동산목록의 내용은 아래와 같다.

(마) 분할전종산의 분할 및 소유권 변동 이력 등은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 분할전종산의 분할 및 소유권 변동 이력 등

(단위 : ㎡)

(바) 분할전종산의 임야대장 및 고등법원 판결서(서울고등법원 1997.2.21. 선고 96나35639 판결)등을 살펴보면, 청구법인은 분할전종산을 종중원인 남OOO 외 2인에게 명의신탁하였다가 1968.11.21. 총회를 개최하여 종중 소유로 명의신탁 해지하기로 결의하여 1969.1.7. 종중명의로 소유권 이전등기하였음이 확인된다.

(사) 쟁점토지 중OOO 토지는 당초 2004.11.3. 경기도 의정부시장이 ‘공공용지 협의취득에 따른 소유권이전등기를 받아야 할 청구권의 채권보전’을 대위원인으로 하여 분할·대위등기한 토지로, 지적도를 살펴보면 묘역이 소재한 OOO 토지와 연접한 것으로 나타난다.

(2) 청구법인이 처분청으로부터 2016.10.7. 송달받은 법인세 경정청구에 대한 처리 결과 회신에는 “법인세 경정청구에 대한 검토결과(과세자문 결과 비과세 대상 아님), 비과세 대상으로 청구하신 임야 3필지는 분필을 통해 묘역이 있는 부분을 제외하고 수용된 필지이며, 해당 임야에는 선조의 묘역이 존재하지 않아 「법인세법 시행령」제2조 제2항에 규정한 처분일 현재 3년 이상 정관에 규정된 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산으로 볼 수 없어 거부처리함을 알려드립니다”라고 기재되어 있다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 처분청은 쟁점토지에 선조의 묘역이 존재하지 않으므로 쟁점토지를 「법인세법」제3조 제3항 및 같은 법 시행령 제2조 제2항의 “처분일 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산”으로 볼 수 없다는 의견이다.

그러나, 쟁점토지의 등기사항전부증명서 및 토지대장 등을 살펴보면, 쟁점토지 중 OOO 토지로부터 2016.2.15. 분할되어 같은 날 수용된 사실이 나타나고, 모지번인 OOO 토지는 당초 수백년 동안 청구법인의 정관상 고유목적사업에 직접 사용된 것으로 보이는 분할전종산에서 분할된 것임에 비추어 이들 토지가 처분일(수용일) 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이 아니라고 보기는 어렵다 하겠다.

또한, 쟁점토지 중 나머지 OOO 토지의 경우 그 등기사항전부증명서에 경기도 의정부시장이 수용 등을 위하여 2004년에 이미 분할·대위등기했던 것으로 나타나는 점, 쟁점토지의 지적도상 묘역이 소재한 OOO 토지와 연접해 있었던 것으로 나타나는 점, 항공사진 및 등기사항전부증명서 등으로 보아 수용시까지 다른 목적으로 사용된 사실이 확인되지 않는 점 등에 비추어 동 토지 또한 처분일(수용일) 현재 3년 이상 계속하여 고유목적사업에 직접 사용한 고정자산이 아니라고 보기는 어렵다 하겠다.

따라서, 처분청이 쟁점토지가 청구법인의 고유목적사업에 3년 이상 직접 사용되지 아니한 것으로 보아 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.