가. 청구인은 1993.12.18. 매매로 취득한 서울특별시OOO(이하 “구주택”이라 한다)가 재건축됨에 따라 신축주택인 서울특별시 OOO(이하 “신축주택”이라 한다)를 2001.12.21. 준공(사용승인일)하여 2006.5.15. 양도한 후, 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에 의거 양도소득세를 100% 감면하여 2006.7.31. 처분청에 신고하고 농어촌특별세 OOO원을 납부하였다.

나. 이에 처분청은 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면 규정을 적용함에 있어서 자기가 건설한 신축주택(재건축ㆍ재개발 포함)의 경우 구주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 감면 소득에 해당하지 않음에도 양도소득금액 전체에 대하여 감면 신고한 양도소득금액 중 구주택에 해당하는 부분은 감면 배제하여 2012.4.25. 청구인에게 2006년 귀속 양도소득세OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.6. 이의신청을 거쳐 2012.10.30. 심판청구하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

「조세특례제한법」 제99조의3의 입법취지는 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도시에는 발생하는 양도소득세를 100% 감면하는 것이므로 아래와 같은 이유로 구주택 취득일로부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득금액도 감면대상으로 보아야 한다.

① 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석해야 할 것이고 합리적인 이유없이 확장 해석하거나 유추 해석하는 것은 허용될 수 없는 바, 청구인은 신축주택을 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도한 것이므로 법문 그대로 발생하는 양도소득세의 100% 전체를 감면하면 족한 것이며, 처분청에서 신축주택 취득일로부터 5년 동안의 양도소득만 감면대상이라는 주장을 뒷받침할 수 있는 근거는 관련 세법 어디에도 찾아볼 수 없고, 또한, 신축주택 취득한 지 5년이 경과하기 전에 양도한 경우에 일부 세액만이 감면되는 것이라면 감면되는 세액을 계산하기 위한 산식이 세법에 명확히 규정되어야 할 것이나 관련 세법에는 이에 대한 산식이 규정되어 있지 아니하여 신설 당시부터 세액이 전액 감면되므로 산식이 필요하지 않았기 때문이며, 신축주택의 취득일로부터 5년 이내 양도하는경우에는 5년 이후에 양도하는 경우와 달리 전자에 대하여는 세액을 감면하는 방식으로, 후자에 대하여는 과세대상 소득금액에서 차감하는 방식으로 달리 적용하여야 한다는 최근 대법원의 판례(대법원 2010두3725, 2012.6.28.)에 비추어 볼 때, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는 경우에는 산식을 준용할 필요도 없이 전체 양도소득에 대해 100% 세액을 감면하는 것이 입법취지에도 부합한 것이다.

② 처분청은 「조세특례제한법 시행령」 제40조 제1항의 산식을 적용하여 신축주택에 대한 감면대상 양도소득을 산출하면서 동일한 법령을 준용하여 어떠한 법적인 근거도 없이 산식을 임의로 변형하여 적용하였는바, 위 산식을 적용하더라도 분자 및 분모의 “취득당시 기준시가”를 “신축주택 취득당시 기준시가”로 동일한 금액을 적용하여야 함에도 처분청은 분자는 “신축주택 취득당시 기준시가”로, 분모는 “구주택의 취득당시 기준시가”로 적용하여 법령의 입법취지 및 조세법률주의를 심히 위배하였다.

③ 「조세특례제한법」 제99조의3 규정을 적용하면서, 일반분양자는 분양계약일부터 분양주택 취득일(잔금지급일) 전일까지 발생한 분양권 양도소득까지 양도소득세 감면대상인 반면, 청구인과 같은 재건축주택 취득자는 신축주택 취득일(준공일) 전일까지 발생한 양도소득은 감면대상이 아니라고 하여 일반분양자와 재건축주택 취득자에 대하여 다르게 해석하고 있으며, 또한, 재건축 사업승인일 이후 재건축 입주권 형태로 취득하여 신축주택을 양도하는 자와의 과세형평에도 맞지 아니한다.

④ 「조세특례제한법」 제99조의3이 2001.8.14. 최초로 신설된 이 후 과세당국에서도 수많은 재건축주택에 대한 양도소득세 감면 신고내용에 대하여 아무런 문제를 제기하지 않고 있다가 10년이 경과된 지금에 와서야 법적인 근거없이 재건축 신축주택의 취득일 전일까지 발생한 양도소득은 양도소득세 감면대상이 아니라고 주장하는 것은 부당한 처분이며, 특히 청구인에 대한 국세기본법상 양도소득세 부과제척기간이 도과하기 한 달 전에 과세예고도 없이 바로 고지하였고, 거액의 불성실가산세까지 고지한 점은 모든 책임을 청구인에게만 떠넘기는 부당한 처분이며, 이미 부과제척기간이 도과한 2006년 이전 양도분에 대하여는 누구든지 책임을 져야하고, 이러한 과세당국의 책임을 전적으로 납세자에게만 부담시키는 것은 국세기본법상 신의성실의 원칙에도 어긋난다.

나. 처분청 의견

「조세특례제한법」제99조의3 규정에 따라 양도소득세 감면을 적용받는 신축주택(재건축·재개발 포함)의 경우 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여만 감면하고, 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일(완공일)전일까지의 양도소득(준공전 양도소득)은 감면소득에 해당하지 않으므로,

구주택의 취득일로부터 양도일까지의 전체기간의 기준시가에 의한 양도소득을 구한 후, 신축주택 취득일로부터 5년간 발생한 양도소득금액을 구하는 것은 「조세특례제한법」 제99조의3 및 같은 법 시행령 제40조에서 규정하고 있는 산식{양도소득금액×(취득일로부터 5년이 되는 날의 기준시가 - 취득당시의 기준시가)/(양도당시 기준시가 - 취득당시 기준시가)}을 적용하고, 이 경우 분자의 취득당시 기준시가는 신축주택의 취득당시(완공일)의 기준시가를, 분모의 취득당시 기준시가는 구주택의 취득당시 기준시가를 적용하는 것이 감면대상 소득을 구하는 적법한 방법이므로, 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일(완공일) 전일까지의 양도소득금액은 감면소득에 해당하지 않으므로 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

「조세특례제한법」 제99조의3에서 규정하고 있는 과세특례적용대상인 신축주택에 대하여, 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도하는경우에는 구주택 취득일로부터 신축주택 양도일까지 발생하는 양도소득금액 전부를 감면받을 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 조세특례제한법

제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】① 거주자(주택건설사업자를 제외한다)가 전국소비자물가상승률 및 전국주택매매가격상승률을 감안하여 부동산가격이 급등하거나 급등할 우려가 있는 지역으로서 대통령령이 정하는 지역외의 지역에 소재하는 다음 각호의 1에 해당하는 신축주택(동주택에 부수되는 토지로서 당해 건물의 연면적의 2배 이내의 것을 포함한다. 이하 이 조에서 같다)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고, 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다. 다만, 당해 신축주택이 소득세법 제89조제3호의 규정에 의하여 양도소득세의 비과세대상에서 제외되는 고가주택에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 주택건설사업자로부터 취득한 신축주택의 경우

2001년 5월 23일부터 2003년 6월 30일까지의 기간(이하 이 조에서 "신축주택취득기간"이라 한다)중에 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 계약금을 납부한 자가 취득한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 취득하는 주택으로서 대통령령이 정하는 주택을 포함한다). 다만, 매매계약일 현재 입주한 사실이 있거나 신축주택취득기간중 대통령령이 정하는 사유에 해당하는 사실이 있는 주택을 제외한다.

2. 자기가 건설한 신축주택(주택법에 의한 주택조합 또는 도시및주거환경정비법에 의한 정비사업조합을 통하여 대통령령이 정하는 조합원이 취득하는 주택을 포함한다)의 경우

신축주택취득기간내에 사용승인 또는 사용검사(임시사용승인을 포함한다)를 받은 신축주택

④ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액의 계산 기타 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(2) 조세특례제한법 시행령

제40조【구조조정대상부동산의 취득자에 대한 양도소득세의 감면 등】① 법 제43조 제1항에서 "당해 구조조정대상부동산을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액"이라 함은 소득세법 제95조 제1항의 규정에 의한 양도소득금액 또는 법인세법 제99조 제1항의 규정에 의한 양도차익(이하 이 항에서 "양도소득금액"이라 한다)중 다음 산식에 의하여 계산한 금액을 말한다.

｛양도소득 금액 ×([취득일부터 5년이 되는 날의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])/([양도당시의 기준시가] - [취득당시의 기준시가])｝

제99조의3 【신축주택의 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례】② 법 제99조의3 제1항 본문의 규정을 적용함에 있어서 당해 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액은 제40조 제1항의 규정을 준용하여 계산한 금액으로 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청의 심리자료 및 청구인의 제출 자료에 의하면, 청구인의 지분(50%)에 대한 신축주택 양도소득감면 세액 산출내용 및 처분청의 신축주택 감면대상 양도소득금액 및 감면세액 계산내역은 아래 [표]와 같이 나타난다.

OOO OOOO OOOO OOOO OO OO

(2) 청구인은 「조세특례제한법」 제99조의3은 신축주택 취득일로부터 5년 이내에 양도시에는 발생하는 양도소득세를 100% 감면하는 것으로 같은 법 시행령 제40조의 산식을 적용할 필요가 없으며, 산식을 적용하면서도 임의로 변형하여 적용하였고, 이는 일반분양자 및 입주권 취득자와의 과세형평에도 맞지 아니하며, 납부불성실가산세를 부과하는 것은 신의성실의 원칙에 어긋난다고 주장하고 있다.

(3) 살피건대, 「조세특례제한법」 제99조의3 소정의 신축주택 취득자에 대한 양도소득세의 과세특례 규정은 “신축국민주택에 대한 수요를 진작시킴으로써 건설경기의 활성화”에 그 입법취지가 있는 점, 「조세특례제한법」 제99조의3 제1항에 의하면 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우 과세특례대상 양도소득금액을 “해당 신축주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액”으로 규정하고 있어 명문상 종전주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액이 동 규정의 과세특례대상에 포함되는 것으로 보기 어려운 점 등으로 볼 때, 양도소득세의 감면 대상이 되는 취득일부터 5년 이내에 발생하는 소득이라 함은 신축주택의 취득일로부터 양도시까지 발생하는 소득을 의미한다고 할 것이므로(조심 2010부415, 2010.9.17. 등 다수 같은 뜻) 청구주장은 받아들이기 어려워 보인다.

또한, 세법상 가산세는 과세권의 행사 및 조세채권의 실현을 용이하게 하기 위하여 납세자가 정당한 이유 없이 법에 규정된 신고·납부의무 등을 위반한 경우에 법이 정하는 바에 의하여 부과하는 행정상의 제재로서 납세자의 고의·과실은 고려되지 아니하며, 그 의무의 이행을 납세의무자에게 기대하는 것이 무리인 사정이 있을 때 등 그 의무해태를 탓할 수 없는 정당한 사유가 있는 경우에는 이를 부과할 수 없다 할 것인바(대법원 2004두930, 2005.11.25. 참조), 이 건의 경우, 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 되는 공적인 견해 표명을 하였다고 인정하기 어려운 점, 국세청 예규(재산세과-227, 2009.1.20.)에서 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3 규정에 따른 감면소득에 해당하지 아니한 것으로 해석하고 있는 점 등으로 보아, 처분청이 신의성실의 원칙을 위배하여 과세하였다고 보기 어렵다 할 것이다.

따라서, 처분청이 구주택의 취득일로부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득금액은 「조세특례제한법」 제99조의3에 의한 양도소득세 과세특례 적용대상이 아닌 것으로 보아 청구인에게 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 부과한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.