가. 원고는 2003. 10. 11.부터 이천시 B에서 ‘C주유소’라는 상호로 주유소를 운영하는 개인사업자이다.

나. 원고는 2008년 2기부터 2010년 1기 부가가치세 과세기간 중 주식회사 D(이하 ‘D’라고 한다)로부터 2008년 2기분 176,581,000원, 2009년 1기분 420,781,000원, 2009년 2기분 571,436,000원, 2010년 1기분 47,054,000원 공급가액 합계 1,215,852,000원 상당의 매입세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라고 한다)를 교부받고, 그 매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 신고납부하였다.

다. 중부지방국세청장은 2009. 8. 26.부터 2010. 1. 14.까지 D에 대한 자료상 조사 결과 D가 2009년 1기 및 2기 과세기간에 실물거래 없이 세금계산서를 발행하였음을 확인하고 이를 피고에게 통보하였다. 라.

이에 피고는 이 사건 각 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 해당 매입세액을 매출세액에서 공제하지 아니하고, 종합소득세에 대하여 증빙불비가산세를 부과하여 2011. 5. 11. 원고에게 2008년 2기분 부가가치세 32,469,660원, 2009년 1기분 부가가치세 75,088,320원, 2009년 2기분 부가가치세 98,819,470원, 2010년 1기분 부가가치세 7,881,520원, 2008년 귀속 종합소득세 3,531,620원, 2009년 귀속 종합소득세 19,844,340원을 각 경정ㆍ고지하였다

(이하 통틀어 ‘이 사건 각 처분’이라 한다). 마.

원고는 이에 불복하여 2011. 8. 3. 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 2012. 11. 26. 기각되었다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1, 2, 6, 35호증, 을 제4, 6호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함, 이하 같다)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 각 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장 (1) 피고는 원고에 대한 세무조사를 실시하면서 조사대상세목은 ‘부가가치세’로,...