가. 청구법인은 2012.10.8.부터 OOO에서 ‘주식회사 OOO’라는 상호로 주택 건설업을 영위하고 있는 사업자로,

‘OOO(2007.10.16. 개업한 후 2008.12.31. 직권폐업, 이하 “쟁점매입처”라 한다)’라는 상호로 건설업을 영위하는 개인사업자 OOO으로부터 2014년 제1기 과세기간 중 공급가액 합계 OOO원(매입세액OOO원, 이하 “쟁점매입세액①”이라 한다)의 세금계산서 19매를, 2014년 제2기 과세기간 중 공급가액 합계 OOO원(매입세액 OOO원, 이하 “쟁점매입세액②”라 하고, 쟁점매입세액①과 합하여 “쟁점매입세액”이라 한다)의 세금계산서 5매(이하 24매의 세금계산서를 합하여 “쟁점세금계산서”라 한다)를 각각 교부받아,

2014년 제1기 부가가치세 신고시(예정, 확정) 쟁점매입세액①을 매출세액에서 공제하였으나, 2014년 제2기 부가가치세 신고시(예정) 교부받은 세금계산서 5매에 대하여는 신고하지 아니하였다.

나. 청구법인은 2014년 9월경 쟁점매입처가 직권폐업된 사업자임을 확인하고 2014년 제1기 부가가치세에 대하여 2014.10.21. 수정신고·납부하였다가, 2016.9.26. 청구법인은 선의의 거래당사자이므로 쟁점매입세액을 해당 과세기간 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급하여 달라는 취지의 경정청구를 하였다.

다. 처분청은 2016.11.28. 쟁점매입처는 직권폐업되어 세금계산서를 발행할 수 없는 사업자이고, 청구법인을 선의의 거래당사자로 볼 수 없다는 이유로 거부처분을 하였다.

라. 청구법인은 이에 불복하여 2017.1.16. 이의신청을 거쳐 2017.6.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점매입처와의 거래는 처분청에서 실시한 청구법인의 2014사업연도법인세 사후검증 과정에서 각종 자료(계약서, 대금 지급 내용 등)에의해 처분청 담당자가 사실 거래로 인정하였고, 이에 따라 쟁점매입처관할 OOO세무서에 쟁점세금계산서 관련 거래를 매출누락으로 과세자료를 파생하였으며, 이 건 경정청구 검토 과정에서도쟁점매입처와의거래가 사실거래인지 여부에 대하여는 청구법인과 처분청 간 다툼이 없다.

한편 청구법인은 쟁점매입처 대표자 OOO을 사기죄 혐의로 경찰에고소하였고 쟁점매입처가 직권폐업되었다는 사실은 처분청이 아니라청구법인이 확인하였으며, 쟁점매입처와의 거래와 관련하여 청구법인은쟁점매입처의 사업자등록증 확인, 쟁점매입처 대표자 명의의 통장으로거래대금 송금 등 주의의무를 다하였음에도 단순히 국세청 홈페이지에서 쟁점매입처의 폐업여부를 미확인하였다 하여 쟁점매입세액을 매출세액에서 불공제한 것은 가혹한 처분이다.

국세청 홈페이지에서 사업자 등록 여부를 확인하는 것은 너무나도당연한 제도로 일반적으로 알고 있지만 회계를 보지 않는 사람은 그런제도가 있는지 모르고, 쟁점매입처와의 거래 당시 청구법인의 대표자는전국 각지에 산재해 있는 현장에서 건축을 담당하면서 현장 관리를 주로 하는 관계로 관련 자료를 세무사에게만 넘겨주는 상황이었으며, 쟁점매입처가 거래 당시 오래 전에 폐업된 상태를 알고 있었다면 청구법인은 하도급을 주지도 않았을 것이며, 폐업사실을 속이고 거래하려는 쟁점매입처에 대하여 청구법인은 당시 관리 수준에서 할 수 있는최선의 주의의무를 다하였다.

처분청은 쟁점매입처의 부가가치세 신고 내역이 없으므로 계속 사업을 영위하였다고 볼 수 없다는 의견이나, 정상거래를 통하여 청구법인이 발급한 세금계산서도 신고하지 아니한 쟁점매입처가 정상적으로사업을 하였더라도 부가가치세 신고를 하지 않을 가능성이 큰 점에서 직권폐업된 이후 정상적으로 사업을 영위하였는지 여부에 대하여는 청구법인이 아니라 처분청에게 그 입증책임이 있다고 할 것이다.

한편 처분청은 동종업계에서 7년간 사업을 영위한 이력이 있는 청구법인의 대표자에게 요구되는 정당한 주의의무를 다하지 아니하였다는 의견이나, 관리인원의 부족 등 주어진 여건 내에서 가능한 최선의 주의의무를 다하였고, 이전까지 단 한건도 문제되는 거래처가 없었으며, 쟁점매입처의 폐업사실도 청구법인이 먼저 알았던 점 등에 비추어 처분청의 의견은 논리의 비약으로 판단된다.

또한 쟁점매입처는 2008.12.31. 직권폐업된 이후 2014.10.7. 관할 OOO세무서에서 다시 사업자등록이 된 점에서 당연히 상대 거래처인 청구법인의 쟁점매입세액 공제 주장도 받아들여져야 한다.

나. 처분청 의견

청구법인은 쟁점매입처와 청구법인 간의 거래는 실제 있었던 사실거래이고 당시로서는 할 수 있는 선의의 주의의무를 다하였으므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 세금계산서는사업자가 교부하는 것이라 사업자가 아닌 자(폐업자 포함)로부터 교부받은 세금계산서에 의한 매입세액은 「부가가치세법」제39조 제1항의 규정에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 없는 것인바, 쟁점매입처는 2008.12.31.를 폐업일자로 하여 2009.9.25. OOO세무서장으로부터 직권폐업 처리되어 세금계산서를 발행할 수 있는 사업자가 아니었고, 쟁점매입처는 2009년 제2기 과세기간부터 부가가치세 등 관련제세 신고를이행한 사실이 전혀 없다.

또한 청구법인은 쟁점매입처가 정당한 사업자인지 국세청 홈페이지를조회하거나 거래 당시의 사업자등록증 등을 징취하는 등 최소한의 거래 당사자에 대한 확인 노력을 하지 아니하고 쟁점세금계산서를 교부받은 점에서 청구인을 선량한 관리자로서의 주의의무를 다한 선의의 거래당사자로 보기 어렵다고 판단된다.

청구법인은 쟁점매입처가 관할 세무서에서 사업자등록이 이루어졌으므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나, 쟁점매입처는 2014.10.7. 사업자등록을 하였는데, 쟁점세금계산서 귀속시기인 2014년 제1기(예정, 확정) 및 2014년 제2기(예정) 과세기간과일치하지 아니하고, 당해 사업자등록 사실이 쟁점매입처가 사업을 계속하고 있었으며 쟁점세금계산서가「부가가치세법」상 공제하는 매입세액에 해당한다는 사실을 증명하는 것도 아닌 점에서도 청구주장은 타당하지 아니하다.

따라서 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여 부가가치세를 환급하여 달라는 청구법인의 경정청구에 대한 거부처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점매입처가 직권폐업된 사업자임을 모르고 거래한 선의의 거래당사자이므로 관련 매입세액을 공제하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령

(1)부가가치세법

제32조【세금계산서 등】① 사업자가 재화 또는 용역을 공급(부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역의 공급은 제외한다)하는 경우에는 다음각 호의 사항을 적은 계산서(이하 "세금계산서"라 한다)를 그 공급을 받는 자에게 발급하여야 한다.

1. 공급하는 사업자의 등록번호와 성명 또는 명칭

2. 공급받는 자의 등록번호. 다만, 공급받는 자가 사업자가 아니거나등록한 사업자가 아닌 경우에는 대통령령으로 정하는 고유번호 또는공급받는 자의 주민등록번호

3. 공급가액과 부가가치세액

4. 작성 연월일

5. 그 밖에 대통령령으로 정하는 사항

제39조【공제하지 아니하는 매입세액】① 제38조에도 불구하고 다음 각 호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

2. 세금계산서 또는 수입세금계산서를 발급받지 아니한 경우 또는 발급받은 세금계산서 또는 수입세금계산서에 제32조 제1항 제1호부터 제4호까지의 규정에 따른 기재사항(이하 "필요적 기재사항"이라 한다)의 전부 또는 일부가 적히지 아니하였거나 사실과 다르게 적힌 경우의 매입세액. 다만, 대통령령으로 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

(2)부가가치세법 시행령

제60조【매입세액의 범위】② 법 제17조 제2항 제2호 단서에서 “대통령령으로 정하는 경우”란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다.

2. 법 제16조에 따라 발급받은 세금계산서의 필요적 기재사항 중 일부가 착오로 적혔으나 해당 세금계산서의 그 밖의 필요적 기재사항 또는 임의적 기재사항으로 보아 거래사실이 확인되는 경우

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 심판청구서, 처분청 답변서, 및 국세청 대내포털시스템 등의 심리자료를 종합하면 다음의 사실이 나타난다.

(가) 청구법인은 2012.10.8.부터 OOO 에서 주택 건설업을 주업종으로 영위하는 사업자로, 대표자 OOO은 청구법인 설립 이전 2005.6.20.부터 2012.12.1.까지 ‘OOO’이라는 상호로 콘테이너 하우스 제조업을 영위한 개인사업자이다.

(나) 쟁점매입처는 2007.10.16. OOO에서(2008.10.10. OOO으로 사업장 이전) 건설업을주업종으로 개업하였으나, OOO세무서장은 2008.12.31.을 폐업일로 하여쟁점매입처를 2009.9.25. 직권폐업 처리하였고, 쟁점매입처는 2009년 제2기 과세기간 이후 부가가치세 신고 및 결정 내역이 없으며, 쟁점매입처 대표자 OOO의 사업이력은 아래 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점매입처 대표자의 사업이력

(다) 청구법인의 2014년 제1기 및 제2기 과세기간 부가가치세 신고내역은 아래 <표2>와 같다.

<표2> 청구법인의 부가가치세 신고내역

(라) 청구법인이 쟁점매입처로부터 교부받았다고 주장하는 쟁점세금계산서는 종이세금계산서이며, 과세기간별 수취 내역은 아래 <표3>과 같다.

<표3> 과세기간별 쟁점세금계산서 수취내역

(마) 청구법인은 2014사업연도 법인세 신고시 쟁점세금계산서상 공급대가를 손금으로 하여 신고하였으며, 처분청은 청구법인의 2014사업연도 법인세를 사후검증하면서 쟁점세금계산서에 대하여 직권폐업된 업체와 하도급 계약하고 세금계산서 수수한 것으로 해당 거래내역에 대하여 쟁점세금계산서 상 공급대가를 손금으로 인정하여 사후검증 종결하면서 쟁점매입처 관할 OOO세무서에 ‘기타부가세종류’로 자료통보 하였고 심판청구 심리일 현재 과세예고 상태임이 국세청 대내포털 시스템상 과세자료 납세자별 통합조회에서 확인된다.

(2) 청구법인은 쟁점매입처의 폐업사실을 모른 상태에서 하도급계약을 실제 체결하고 공사대금을 지급한 후 쟁점세금계산서를 수취하였다고 주장하면서 아래와 같이 증빙을 제출하였다.

(가) 청구법인은 실제 쟁점매입처와 하도급 공사를 진행하였다고주장하면서 하도급 공사와 관련한 건축주와의 건축시공계약서 5부, 건축주에게 교부한 세금계산서 사본, 각 하도급 계약 건별 관련 세금계산서 수취 내역을 제출하였다.

<표4> 하도급 계약 건별 세금계산서 수취 내역

(나) 청구법인의 금융거래 이체내역을 보면 청구법인 명의의 OOO에서 도급 계약서에 기재된 쟁점매입처의 금융계좌OOO로 총 24회에걸쳐 쟁점세금계산서상 공급대가 OOO원을 이체하였음이 확인된다.

(다) 쟁점매입처의 사업자등록증 사본을 살펴보면 OOO세무서장이 사업자등록 정정을 사유로 2008.10.10. 교부하였으며, 대표자 OOO, 개업연월일 2007.10.16., 사업장 소재지 OOO, 사업의 종류 건설업/인테리어, 목조주택으로 기재되어 있음이 나타난다.

(라) 청구법인은 쟁점매입처 대표자를 사기 혐의로 2016.3.8. 고소하였으나, OOO찰청장은 2016.7.15. ‘혐의없음(증거불충분)’으로 처분하였음이 고소·고발사건 처분결과 통지서(사건번호:2016형제18988)를 통하여 확인된다.

(마) 청구법인은 쟁점매입처 대표자 OOO을 채무자로, 대한민국(미래창조과학부 우정사업본부)을 제3채무자로 하는 채권가압류신청서를 OOO법원 OOO지원에 2014.10.14. 접수하였고, 동 법원은 2014.10.31. 가압류결정 하였으나, 제3채무자 대한민국의 진술최고서 답변(계좌 없음)을 확인한 후 청구법인은 2014.11.14. 신청취하 및 집행해제를 신청하였음이 대법원 나의 사건 진행내용(사건번호 2014카단101210)에서 확인된다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 쟁점세금계산서를 수취함에 있어서 선량한 관리자로서의 주의의무를 다하였으므로 선의의 거래당사자라고 주장하나,

세금계산서는 사업자가 교부하는 것으로 사업자가 아닌 자(폐업자 포함)로부터 교부받은 세금계산서에 의한 매입세액은 「부가가치세법」제39조 제1항에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 없는 것인바, 쟁점매입처는 OOO세무서장이 직권폐업하여 세금계산서를 발행할 수 없는 사업자이며 2009년 제2기 과세기간부터 부가가치세 등 관련 제세의 신고를 이행한 사실이 나타나지 아니하는 점,

세금계산서 수수거래에서 선의의 거래당사자인지는 이를 주장하는 납세자가 상당한 입증을 한 경우에 예외적으로 인정하여야 할 것(조심 2014부870, 2015.3.2. 등, 같은 뜻임)인바, 청구법인은 쟁점매입처와 이 건 거래를 할 당시 계속사업자 여부 관련 증빙 또는 사업자등록증명원을 제출받아 확인하였더라면 정당한 사업자가 아니었음을 쉽게알 수 있었음에도 동종업계에서 7년간 사업을 영위한 이력이 있는 청구법인의 대표자가 쟁점매입처와 처음으로 거래하면서 교부된 지 6년이 지난 쟁점매입처의 사업자등록증 사본만을 확인한 채 정상사업자라고 신뢰한 점,

이미 직권폐업된 쟁점매입처와 하도급계약을 체결하고 OOO원(공급대가) 상당의 적지 않은 공사대금을 24회에 걸쳐 지급하는 과정에서 청구법인은 국세청 홈페이지나 관할 세무서에 쟁점매입처가계속사업자인지 여부 등을 확인하지 아니한 점 등에 비추어 청구주장을받아들이기는 어렵다고 할 것이다.

한편, 청구법인은 쟁점매입처가 직권폐업된 이후 관할 세무서에서 다시 사업자등록을 하였으므로 쟁점매입세액을 매출세액에서 공제하여야 한다고 주장하나,

사업자등록을 다시 한 사실이 쟁점매입처가 직권폐업된 이후에도사업을 계속하고 있었으며 쟁점매입세액이「부가가치세법」상 공제하는매입세액에 해당함을 증명하는 것도 아니하는 점 등에 비추어 청구주장을 받아들이기는 어렵다 하겠다.

따라서 처분청이 쟁점매입처는 직권폐업되어 세금계산서를 발행할 수 없는 사업자이며 또한 청구법인을 선의의 거래당사자로 인정할 수없다고 보아 경정청구를 거부한 이 건 처분은 달리 잘못이 없는 것으로판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.