처분청은 청구인이 2002.2.28. ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지 ㅇㅇ유치원 건물 429.75㎡, 부속토지 374.44㎡(이하 이 사건 부동산 이라 한다)를 취득한 데 대하여 비영리사업자가 취득하는 부동산으로 보아 취득세 등을 비과세하였으나, 2004.2.13. 담당세무공무원이 현지출장 조사결과 유예기간 내에 목적사업에 직접 사용하지 아니하고 있어 이 사건 부동산의 시가표준액(352,294,810원)에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 취득세 8,455,060원, 농어촌특별세 775,030원, 등록세 12,682,590원, 지방교육세 2,325,120원, 합계 24,237,800원(가산세 포함)을 2004.5.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 유치원을 경영할 목적으로 이 사건 부동산을 2002.2.28. 취득하였으나, 전문적인 운영능력의 결여 및 자금부족으로 인하여 부득이 유치원을 폐업하고, 2003.6.17.부터 청구인이 담임목사로 재직 중인 ㅇㅇ교회의 예배당 용도로 사용하고 있으므로 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 유치원용으로 취득한 부동산을 유예기간 내에 교회용으로 사용하는 경우, 비과세한 취득세 등을 부과 고지한 처분이 적법한 지의 여부에 있다 하겠다.

먼저 관계법령의 규정을 살펴보면, 지방세법 제107조 본문 및 그 제1호, 같은 법 제127조제1항 및 그 제1호 규정에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득 및 등기하는 부동산에 대하여는 취득세 및 등록세를 비과세하나, 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세 및 등록세를 부과한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 살펴보면, 2001.8.5. 및 2002.2.3. 등의 교회 회의록상 이 사건 부동산을 취득하고자 하는 사항이 기재된 사실이 있고, 2002.2.28. 이 사건 부동산을 청구인 개인명의로 취득하였으며, 2002.3.8. 성남교육청 제221-1호로 청구인 명의의 유치원 설립인가를 받았고, 2002.3.11. 이 사건 부동산에 대하여 취득신고 및 비과세 처분를 받았으나, 그 후 2004.2.13. 처분청에서 현지출장 조사한 바 유치원으로 사용하지 않고 교회용으로 사용하는 것을 확인하였으며, 2004.4.2. 처분청은 관할관청으로부터 유치원이 2003.6.17. 폐지된 증빙자료를 통보받자 2004.5.15. 이 사건 취득세 등을 부과고지한 사실을 제출된 관계 증빙자료를 통하여 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 전문적인 운영능력의 결여 및 자금부족으로 인하여 부득이 유치원을 폐업하였으나, 비영리사업인 예배당 용도로 사용하고 있어 취득세 등을 추징하는 것이 부당하다고 주장하므로 이에 대하여 보면, 지방세법 제107조본문 및 그 제1호와 같은 법 제127조제1항 및 그 제1호에서 공익사업을 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접사용하기 위하여 취득(등기)하는 부동산에 대하여 취득세 등을 비과세하나, 사용일로부터 2년 이상 그 용도에 직접사용하지 아니하고 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 취득세 등을 부과한다고 하고 있는 바, 이는 비록 다른 용도로 사용하는 경우가 비과세되는 다른 유형의 비영리사업에 해당하더라도 그것이 관련법령상 그 사업의 비영리사업자가 아닌 자가 할 때는 당초 취득목적에 직접사용하지 않는다고 보아 추징할 수 있다고 볼 수 있는 바, 청구인은 대한예수교장로회 ㅇㅇ교회 담임목사로서 이 사건 부동산을 유치원 사업에 사용하기 위하여 청구인 개인명의로 취득한 후, 2년 이상을 취득목적에 직접 사용하여야 함에도 취득일로부터 1년 4개월이 채 경과하지 아니한 2003.6.17. 유치원 사업을 폐업하고 ㅇㅇ교회 예배당 등으로 사용하고 있는 사실이 2004.2.13. 세무공무원 현지조사서 등에서 확인되고 있는 것을 보면, 이 사건 부동산을 유치원 용도로 취득하고, 유예기간내 유치원 사업을 폐업하여 다른 용도로 사용하고 있는 이상, 설사 이 사건 부동산을 비영리사업인 종교용으로 사용하고 있다하더라도, 당초 취득목적에 직접 사용하지 않는 것에 대하여 이를 달리 볼 수는 없다 하겠으므로 처분청에서 취득세 등을 부과 고지한 처분은 타당하다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2004. 9. 23.

행 정 자 치 부 장 관