청구법인은 2006.11.30. (주)OOOO O OOOOOO(주)과 OOOOO OOO OOO OOOO OO OOOOOOO OO OOOO OOO OO(이하 “쟁점공사”라 한다) 계약을 체결한 후, 2007.1.8. 선급금 3,524,000천원을 지급하고 전액 (주)OOOO 명의로 발행된 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 매입세액을 공제하였다.

처분청은 쟁점세금계산서가 공사도급계약서상 공동수급인의 공사 지분인 80% 및 20%의 비율로 각각 발행되지 아니하였음을 이유로 (주)OOOO의 지분을 초과하는 20% 상당 금액(640,800천원)의 매입세액 64,080천원을 사실과 다른 세금계산서로 보아, 2007.8.24. 부가가치세 환급신고액 527,730,139원에서 이를 공제하고 위장매입세금계산서에 대한 가산세 12,816천원 및 환급불성실가산세 2,056,768원 합계 78,952,968원을 차감한 448,777,170원을 환급하였다.

청구법인은 이에 불복하여 2007.12.26. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

처분청은 2007.8.13. 청구법인에게 과세전예고통지한 후 청구법인이 조기결정신청서를 제출하지 아니하였음에도 2007.8.24. 환급금을 지급하여, 청구법인은 결과적으로 2007.9.12.까지 청구할 수 있는 과세전적부심사 절차를 거치지 못하였던 바, 이는 조기결정신청서가 제출되어야 조기결정처분을 하는 과세전적부심사사무처리규정 제7조의 3(조기결정신청서 제출)의 규정에 위배되어 무효인 처분이며, 무효인 처분은 행정심판법 제18조(심판청구기간) 제7항의 규정에 의하여 불복청구기한에 관계없이 제기할 수 있는 것이므로 이 건 청구는 본안심리 대상이다.

청구법인은 쟁점공사의 공동수급자인 (주)OOOO과 OOOOOO(주)중 공동수급체의 대표이면서 대금을 청구한 (주)OOOO에게 선급금 전액을 지급하고, (주)OOOO이 발행한 쟁점세금계산서를 받았으며, 이후 1～3차의 기성고는 각각의 지분율(80:20)에 따라 대금을 지급하고 각사가 발행한 세금계산서를 받았던 바, 쟁점세금계산서는 대금지급 사실과 일치하는 세금계산서이므로 이를 위장세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

처분청이 2007.8.13. 청구인에게 과세전예고통지하였으나 청구법인은 추가 소명자료 제출 없이 처분내용을 수용하겠다는 의사를 표시하여 조기환급을 통보하고 2007.8.24. 청구법인의 계좌로 환급금을 지급하였던 바, 환급금 지급일을 처분일로 볼 때 심판청구는 90일 (2007.11.21) 이내에 제기되어야 하나 125일(2007.12.26)이 경과된 후 청구되었으므로 각하되어야 한다.

쟁점공사는 2개 업체가 공동으로 수행하는 공사로서 공동수급자는 계약된 지분에 해당하는 공사를 수행하고 각각 세금계산서를 발행하여야 하나 쟁점세금계산서는 지급금액 전액에 대하여 1개 업체가 발행한 세금계산서로서, 쟁점세금계산서의 매입세액중 발행업체의 지분을 초과하는 매입세액은 사실과 다른 세액이므로 이를 불공제한 처분은 정당하다.

3. 먼저, 본안 심리에 앞서 적법한 심판청구인지에 대하여 살펴본다.

가. 관련법령

(1)국세기본법

제68조 【청구기간】

① 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하여야 한다.

제81조의 12 【과세전적부심사】

① 다음 각호의 1에 해당하는 통지를 받은 자는 그 통지를 받은 날부터 30일 이내에 당해 세무서장 또는 지방국세청장에게 통지내용에 대한 적법성 여부에 관하여 심사(이하 이 조에서 “과세전적부심사”라 한다)를 청구할 수 있다. (단서 생략)

1. 제81조의 9의 규정에 따른 세무조사결과에 대한 서면통지

2. 기타 대통령령이 정하는 과세예고통지

국세기본법시행령

제63조의 9 【과세전적부심사의 범위 등】

② 법 제81조의 12 제1항 제2호에서 “기타 대통령령이 정하는 과세예고통지”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 것을 말한다.

2. 제63조의 3의 규정에 의한 실지조사에서 확인된 당해 납세자외의 자에 대한 과세자료 및 현지확인조사에 따라 세무서장 또는 지방국세청장이 행하는 과세예고통지

제63조의 3 【부과처분을 위한 실지조사의 범위】

법 제81조의 5 및 법 제81조의 9에서 “대통령령이 정하는 부과처분을 위한 실지조사”라 함은 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 조사를 말한다.

2. 국세의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정하기 위한 조사

(2) 과세전적부심사사무처리규정(국세청 훈령 제1645호, 2007.6.1)

제7조의 3 【조기결정신청서 제출】

① 「세무조사결과 등 통지」를 받은 자가 과세전적부심사를 청구하지 않는 경우에는 그 통지를 한 세무서장(민원봉사실장 또는 통지 담당과장)·지방국세청장(총무과장 또는 통지 담당과장)에게 「조기결정 신청서(별지 제20호 서식)」에 의하여 통지한 내용대로 즉시 결정하여 줄 것을 신청할 수 있다.

② 조기결정신청서를 접수한 세무서장·지방국세청장은 「세무조사결과 등 통지」한 세액 중 조기결정 신청한 세액에 대하여 즉시 결정·고지하여야 한다. 이 때 결정결의서의 고지일은 조기결정신청서의 접수일로 한다.

③ 세무공무원은 조기결정신청서의 제출을 강요해서는 아니 된다.

나. 사실관계 및 판단

(1) 국세기본법 제68조 제1항은, 심판청구는 당해 처분이 있은 것을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내에 제기하도록 규정하고 있다.

(2) 처분청은 2007.8.13. 청구법인에게 환급금액에 대한 과세예고 통지를 하였고, 청구법인이 추가소명자료 제출 없이 처분내용을 수용하겠다는 의사를 표시하여 2007.8.16. 청구법인에게 조기결정신청서 양식을 전송하고 2007.8.24. 청구법인의 환급금수령계좌로 환급금을 지급한 사실이 확인된다.

(3) 처분청이 청구법인의 조기결정신청서가 제출되지 아니한 상태에서 조기환급하였으나 청구법인의 의사표시에 근거한 것으로서 유효한 처분이라 할 것이다. 그렇다면 청구인은 환급금 지급일부터 90일 이내인 2007.11.22.까지는 심판청구를 제기하여야 함에도 불복청구기간이 경과한 2007.12.26. 제기하였으므로 이 건 청구는 청구기간이 경과된 부적법한 청구에 해당된다. 설령 과세전적부심사청구 기한일(2007.9.12)을 처분일로 보더라도 이 건 청구는 90일 이내인 2007.12.11.까지 청구되지 아니하여 역시 청구기간이 경과된 부적법한 청구이다.

(4) 따라서, 이 건 심판청구는 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제1호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.