청구법인은 2000.4.7. 개업하여 화물운송 알선업을 영위하는 법인으로서, 2001년 1기～2002년 2기 과세기간중 OOOOOO(OO OOO, OO OOOOOOOO OO)으로부터 공급가액 합계 95,966천원의 매입세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 부가가치세 신고시 매입세액을 공제하고 법인세 신고시 손금에 산입하였다.

처분청은 쟁점거래처에 대한 자료상조사 결과 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 판단하고 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 2007.11.15. 청구법인에 부가가치세 21,912,640원(2001년 1기 2,409,660원, 2001년 2기 8,875,710원, 2002년 1기 5,516,170원, 2002년 2기 5,111,100원) 및 법인세 34,215,540원(2001 사업연도16,982,480원, 2002 사업연도 17,233,060원)을 각각 경정고지하였다.

청구인은이에 불복하여 2008.1.28. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 OO로부터 운송의뢰를 받아 차량을 소유한 쟁점거래처 등 운송업자에게 의뢰하고 OO로부터 받은 운송수수료 중 일부를 지급하는 형태의 영업을 하고 있으며, 쟁점거래처는 청구법인과 같은 건물에 위치하고 있어 쟁점거래처 대표가 청구법인에 와서 거래대금 결제를 요구할 때 현금으로 지급하였다.

처분청 조사시에는 서류보관창고 누수로 당시 자료가 없는 것으로 판단하여 증빙자료를 제출하지 못하였으나, 그 후 일부 발견된 청구법인 영업일보의 내용과 청구법인이 쟁점거래처에 운송을 의뢰한 OO(OOOOOO, OOOOO)들이 확인해 준 운송대수가 일치하고 있고, 쟁점거래처의 운전기사들도 운송사실확인서를 제출하고 있으며, 쟁점거래처 대표도 청구법인과의 거래가 실거래임을 진술하고 있음에도 거래대금을 현금으로 지급하였다 하여 쟁점거래처와의 거래를 가공거래로 보는 것은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인 소유차량이 없어 용차운송료가 발생할 수밖에 없는 상황과 같은 건물을 사용하여 현금지급이 있을 수 있었던 정황은 인정되나, 쟁점거래처도 소유차량이 몇 대 없어 차량을 임차하여 운송용역을 제공해야 하는 상황에서 쟁점거래처의 전체 매입액중 70.9%가 가공매입액인 점을 감안할 때 쟁점거래처에서 정상적으로 운송용역을 제공했는지 여부는 청구법인의 운송기록부나 대금지급증빙을 보고 판단해야 하는 것으로 사료되는 바,

청구법인은 날인 없는 거래명세표 외에는 원시자료를 제출하지 못하고 있고, OOOOOO과 OOOOO의 확인서에는 청구법인이 운반한 운송대수와 날짜만 기록되어 있어 쟁점거래처와 거래한 증빙이 되지 못하며, 같은 건물을 사용하고 있어 현금시재 또는 통장출금하여 지급하였다고 주장하나 현금시재에서 지급한 적이 없고 모두 법인통장에서 출금하여 현금지급 처리하였고, 소액까지도 계좌이체를 사용하고 있으면서 쟁점거래처와의 거래에 있어서만 통장출금 후 현금지급한 점 등으로 볼 때 청구법인 주장은 신빙성이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제하고 손금불산입하여 부가가치세 및 법인세를 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법

제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1. 제20조 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니한 경우의 매입세액 또는 제출한 매입처별세금계산서합계표의 기재사항중 거래처별등록번호 또는 공급가액의 전부또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우그 기재사항이 기재되지 아니한 분 또는 사실과 다르게 기재된 분의매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 “필요적 기재사항”이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

제21조【경 정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

3. 확정신고에 있어서 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표를 제출하지 아니하거나 제출한 매출처별세금계산서합계표 또는 매입처별세금계산서합계표의 기재사항의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하거나 사실과 다르게 기재된 때

4. 제1호 내지 제3호 이외에 대통령령이 정하는 사유로 인하여 부가가치세를 포탈할 우려가 있는 때

(2) 법인세법

제19조【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

제66조【결정 및 경정】② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점거래처에 대한 자료상조사 결과 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 판단하고 매입세액 불공제 및 손금불산입하여 이 건 과세한 사실이 경정결의서 등 심리자료에 의하여 확인된다.

(2) 처분청의 쟁점거래처에 대한 자료상조사 종결복명서(2006.12.)에 따르면, 쟁점거래처는 자료상혐의는 없는 것으로 보이고 조사대상기간 중 매출에 대응하는 매입자료를 구하지 못해 2001.2기～2002.2기까지 1,315,897천원(공급가액)의 가공세금계산서를 수취한 것으로 조사되었으며, 청구법인과 현금거래를 주장하며 거래명세표를 제출하였으나 거래명세표에 날인이 없고 이름도 다르게 기재되어 있는 등 객관적인 대금결제 관련증빙을 제시하지 못하고 있어 가공 혐의자료 통보한 것으로 나타난다.

(3) 청구법인은 쟁점거래처와 실지거래하였고, 쟁점거래처가 당시 청구법인과 같은 건물에 입주하고 있어 거래대금을 현금으로 지급하였다고 주장하면서, 그 증빙으로 청구법인의 영업일보 원본 및 통장 사본, 쟁점거래처 대표 및 운반기사의 사실확인서 등을 제출하고 있으므로 이에 대하여 본다.

(가) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서 내역과 현금으로 지급했다고 주장하는 대금지급 내역은 아래 <표1>과 같다.

OOOOOOOOOO OOOOOOO O OOOO OO

(OO O OO)

(나) 국세통합전산망 조회자료에 따르면, 청구법인은 사업장을 2001.8.14.(실제로는 2001.2월경 이전하였다고 주장하고 있다) OOOOO OO OO OO OOOO OOOOOO OO으로 이전하여 2008.3.19.까지 화물운송 알선업을 영위하였고, 쟁점거래처는 1997.9.10. 위와 같은 주소지의 OOOO(OOOOOOO OOO OOOO)에서 개업하여 운송주선업을 영위하다 2004.5.20. 폐업한 것으로 나타난다.

(다) 청구법인은 처분청 조사 후 발견되었다고 주장하는 영업일보 원본을 제출하면서 청구법인이 쟁점거래처에 화물운반을 의뢰하고 쟁점거래처는 소유차량이나 다른 운반차량을 임차하여 화물을 운반하였다고 주장하고 있는 바, 영업일보에는 날짜별로 OO, 차량번호, 발지, 착지, 품명/규격, 컨테이너번호, 금액 등이 기재되어 있으나, 그 내용만으로는 쟁점거래처를 통해 운반한 거래인지 여부가 확인되지 아니한다.

OOOOOOOOOO OOOO OOO OOOOOO OO OOOOOO OOO OO(OO)

(OO O OO)

(라) 청구법인은 청구법인 통장에서 현금출금하여 거래대금을 지급하였다고 주장하면서 대체전표 및 통장(OOOO OOOOOOOOOOOOOOO) 사본을 제출하였는 바, 대금을 지급하였다고 주장하는 날짜에 대체전표에 기장하고 현금을 출금한 사실은 확인되나 현금출금액이 거래대금으로 쟁점거래처에 지급되었는지 여부는 확인되지 아니한다.

OOOOOOOOOO OOOO OO O OOOO OO

(OO O OO)

(마) 쟁점거래처 대표 신OO은 거래사실확인서(인감증명서 첨부)에서 2001.5월～2003.3월까지 청구법인의 운송지시에 의하여 쟁점거래처 소유차량과 부족시 다른 차량을 용차하여 콘테이너를 운송한 사실이 있으며, 자금이 부족하여 쟁점거래처와 같은 건물에 있는 청구법인에 부탁하여 수시로 운송대금을 선급받고 그 후 운송대금과 상계하는 방식으로 대금지급이 이루어졌다고 확인하고 있으며, 쟁점거래처 직영차량과 지입차량의 일부 운반기사(OOO, OOO, OOO, OOO, OOO)들도 운송사실확인서(인감증명서 첨부)를 제출하고 있다.

한편, 청구법인의 OOO OOOOO(주) 및 OOOOOO(주)는 확인서에서 2001.5월～2002.6월중 OOOOO(주)는 1,627대, OOOOOO(주)는 352대를 청구법인을 통해 운송한 것으로 확인하고 있으나, 청구법인이 운송한 날짜, 운송대수, 선사만 기록되어 있고 날인이 없다.

(4) 위 사실관계를 종합해 보면, 처분청은 청구법인 소유차량이 없어 용차운송료가 발생할 수밖에 없는 상황과 같은 건물을 사용하여 현금지급이 있을 수 있었던 정황은 인정하면서도, 청구법인이 원시자료를 제출하지 못하고 있고 현금으로만 거래대금을 지급한 점 등으로 볼 때 쟁점거래처와 실제거래를 하였다는 청구법인의 주장이 신빙성이 없다고 판단하였으나,

처분청 조사시 쟁점거래처가 자료상 혐의는 없는 것으로 조사되었고, 청구법인과 쟁점거래처가 같은 건물에 위치하고 있어 현금으로 거래대금을 지급하였다는 주장이 신빙성이 있어 보이며, 쟁점거래처와 운반기사, OO들이 거래사실을 확인하고 있음에도 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 단정하여 과세한 처분은 무리가 있다 할 것이다.

다만, 청구법인이 심판청구시 제출한 영업일보와 제시된 증빙만으로는 청구법인이 쟁점거래처를 통해 운반하였다고 주장하는 거래가 실제로 쟁점거래처를 통한 거래인지 여부가 확인되지 아니하므로, 이 건의 경우 처분청이 청구법인, 쟁점거래처 및 OO 등을 상대로 쟁점세금계산서 관련 거래에 대하여 실지조사를 실시하여 그 결과에 따라 부가가치세 및 법인세를 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.