2. 소송비용은 원고가 부담한다.

가. 원고는 단종과 사육신 등을 모신 AA전, 고려시대 충혼을 모신 BB각, 신라시대충혼을 모신 CC사의 수호 및 그곳에 모셔진 충혼에 대한 제사의 봉행과 충의 선양사업 등을 목적으로 설립된 법인이다.

나. 원고는 1963. 6. 25. 공주시 반포면 XX리 000 답 2,190㎡(이하 '이 사건 토지' 라고 한다)에 관하여 1962. 6. 29. 증여를 원인으로 한 소유권이전등기를 마치고 이를 소유해 오다가 2008. 7. 30. 양AA에게 이 사건 토지를 000원에 매도하고 2008. 9. 22. 소유권이전등기를 마쳐 주었다.

다. 원고는 2008년 귀속 법인세를 신고하면서 이 사건 토지의 양도소득을 000원으로 보아 000원을 신고•납부하였다.

라. 원고는 2009. 4. 27. 피고에게 '이 사건 토지에 대한 장부가액이 없었다고 하더라도 그 재산적 가치는 취득 당시부터 양도 당시까지 계속 있었고, 구 법인세법(1998. 12. 28. 법률 제5581호로 개정된 것) 제3조 제2항 제5호, 부칙 제8조 제2항(이하 '이 사건 부칙조항'이라고 한다)은 1990. 12. 31. 이전에 취득한 비사업용토지의 취득가액은 장부가액과 1991. 1. 1. 현재 상속세 및 증여세법(이하 '상속세및증여세법'이라고 한다) 제60조, 제61조 제1항 내지 제3항의 평가액 중 큰 금액을 취득가액으로 한다고 규정하고 있으므로, 이 사건 토지의 1991. 1. 1. 기준 평가액 000원을 장부가액으로 보아 양도소득 산정에 있어 차감하여야 한다'는 취지로 주장하면서 이미 납부한 이 사건 토지의 양도소득에 관한 법인세 000원에서 정당하게 계산한 법인세 000원[= 양도소득 000원(= 000원 - 000원) x 세율 30%]을 제 한 나머지 000원(= 000원 - 000원)을 환급해 달라는 경정신청 을 하였으나, 피고는 2009. 7. 7. 원고에 대하여 '이 사건 부칙조항은 법인세법 제3조 제2항 제5호 규정에 의한 고정자산 처분으로 인한 수입에 대하여 각 사업연도의 소득 을 산정할 때 적용되는 것일 뿐 이 사건 토지와 같이 비사업용 토지의 양도소득에 대 한 과세특례의 경우에는 적용되지 않는다'는 이유로 원고의 신청을 거부하는 처분을 하였다(이하 '이 사건 거부처분'이라고 한다).

마. 원고는 조세심판원에 심판청구를 하였으나, 조세심판원은 2009. 11. 23. 심판청구를 기각하였다.

[인정근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5, 8호증(가지번호 있는 것은 가지번호 포함)의 각 기재, 변론 전체의 취지

2. 이 사건 처분의 적법 여부

가. 원고의 주장

구 법인세법(2008. 12. 26. 법률 제9267호로 개정되기 전의 것. 이하 같다) 제55조의2에 따른 비사업용 토지의 양도소득에 관한 법인세의 경우에도 이 사건 부칙조항을 유추적용하여 상속세및증여세법 제61조 제1 내지 3항에 의해 계산한 가액을 장부가액으로 보아 양도금액에서 이를 공제한 금액을 양도소득으로 보아야 함에도, 이와 다른 전제에 선 이 사건 거부처분은 형평과 정의에 반하는 것으로 헌법상 평등의 원칙, 비례의 원칙에 반함은 물론, 실질과세 및 소급과세 금지의 원칙, 조세법률주의에 위반한 것으로 위법하다.

나. 관계 법령

별지 관계 법령 기재와 같다.

다. 판단

법인세법은 법인이 토지 등을 처분하는 경우 제3조 제3항 제5호에서 그 처분으로 인하여 생기는 수입을 각 사업연도의 소득으로 삼아 '각 사업연도 소득에 관한 법인세'를 신고•납부하도록 규정하고 있는 한편, 이와 별도로 법인세법 제55조의2를 두어 양도대상 토지 등이 비사업용 토지이거나 지가가 상승한 지역에 있는 등 일정한 요건을 갖춘 경우에는 '토지 등 양도소득에 대한 법인세'를 산출하여 이를 '각 사업연도 소득에 대한 법인세'에 추가하여 납부하도록 규정하고 있다.

위와 같이 법인세법이 비사업용 토지의 경우 '토지 등 양도소득에 대한 법인세'를 추가로 납부하도록 하고 있는 것은 비영리 내국법인의 목적사업과는 직접적인 관련이 없는 비사업용 토지에 대한 투기적 수요를 억제하고 투기이익을 환수하여 부동산 시장을 안정시키기 위한 것인바, 법인세법이 그 취득가액 산정기준이 되는 의제취득일 규정을 두지 않거나 이 사건 부칙조항과 같은 취득가액 산정에 관한 규정을 두지 않은 것은 비영리 내국법인의 목적사업과는 직접 관계없이 보유하여 온 비사업용 토지의 가액 상승분에 대한 실효적인 과세를 통하여 그 입법목적을 달성하고자 하는 것으로서 비사업용 토지의 장기 보유 욕구를 차단함으로써 투기적 수요를 억제하기 위한 유효하고도 적절한 수단으로 보이고, 실질과세의 원칙을 실현한다는 관점에서는 오히려 실제 양도소득에 착안한 과세를 추구함으로써 담세력에도 상응하는 과세라는 또 다른 공익적 목적에도 부합하는 것이 되며, 구 법인세법 하의 특별부가세의 경우 의제취득일 규정이 있었다고 하더라도 그와 같은 조세감면조치의 하나인 의제취득일 규정을 두는 것

이 조세법의 영역에 있어서 일반적이고도 항구적이라고는 할 수 없으므로(헌법재판소 2011. 7. 28. 선고 2009헌바311 전원재판부 결정 참조), 비사업용 토지의 양도소득에 관한 법인세를 산정함에 있어서의 취득가액은 법인세법 제55조의2 제6항에 따라 산정 하면 족하고, 이 사건 부칙조항을 유추적용할 수는 없다.

따라서 이 사건 처분은 적법하고, 이 사건 부칙조항을 유추적용하지 않은 것이 헌법상 평등의 원칙, 비례의 원칙에 반한다거나, 실질과세 원칙, 소급과세 금지의 원칙, 조세법률주의에 위반한 것이라는 원고의 주장은 이유 없다.

3. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각하기로 하여, 주문과 같이 판결한다.