2.항소비용은 원고가 부담한다.

청구취지및항소취지

제1심 판결을 취소한다. 주위적으로, 피고가 2005. 3. 14. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 법인세 65,757,518원, 2002년 귀속 법인세 1,197,922,160원, 2003년 귀속 법인세 1,982,467,638원, 2002년 2기분 부가가치세 272,009,500원, 2003년 1기분 부가가치세 54,796,000원, 2003년 2기분 부가가치세 439,109,800원의 각 부과처분은 무효임을 확인한다. 예비적으로, 피고가 2005. 3. 14. 원고에 대하여 한 2001년 귀속 법인세 65,757,518원, 2002년 귀속 법인세 1,197,922,160원, 2003년 귀속 법인세 1,982,467,638원, 2002년 2기분 부가가치세 272,009,500원, 2003년 1기분 부가가치세 54,796,000원, 2003년 2기분 부가가치세 439,109,800원의 각 부과처분을 취소한다.

이 사건의 쟁점은, (i) 원고가 □□기 주식회사(이하 '□□기'라고 한다), △△ 시스템, ◇◇기계공업 주식회사(이하 '◇◇기계공업'이라고 한다), 주식회사 ♤♤개발(이하 '♤♤개발'이라고 한다) 등으로부터 가공의 세금계산서를 수취하였는지 여부, (ii) 원고가 31억 4,000만 원 상당의 법인자금을 부당유출 하였는지 여부, (iii) 이 사건 처분 이 사실상 원고의 의견진술 기회를 박탈하는 등 적정절차의 원칙을 위반하여 행해졌는지 여부, (iv) 이 사건 처분이 수사기관에서 통보해온 내용만을 토대로 실시조사 없이 이루어진 것으로서 근거과세원칙을 위반한 위법한 처분인지 여부 등이라 할 것이다.

제1심은, 위 (i)의 쟁점에 관하여, 그 채택 ・ 조사한 증거들을 토대로 ① ▽▽산업의 경우, ▽▽산업이 자금 사정으로 ◁◁트 ○○공장 ○○로 신축공사와 RIM 증설 부대공사에 참여하지 못하였음에도, ▽▽산업의 대표이사인 소외 유AA과 친분이 있는 원고의 이사 소외 최BB가 위 유AA에게 대가로 부가가치세 10%와 수수료 2-3%를 지급하겠다고 하면서 가공세금계산서의 발행을 부탁하는 관계로, 2002년 ○○로 신축공사 관련 세금계산서 3장 합계780,000,000원 상당(각 부가가치세 별도, 이하 같다), RIM 증설 부대공사 관련 세금계산서 3장 합계450,000,000원 상당을 발행하여 준 사실,② ♤♤개발의 경우, 원고와 실제 거래사실이 없음에도, 원고의 대표이사인 이CC이 자신의 동생인 소외 이DD 명의로 설립하여 실제로는 위 이CC이 운영하는 회사인 관계로, 2002년 ○○로 신축공사 관련 세금계산서 3장 합계 830,000,000원 상당, 2003년 RIM 증설 부대공사 관련 세금계산서 1장 400,000,000원 상당을 발행하여 준 사실,③ □□기의 경우, 위 최BB의 요청에 따라 2003년 한국 시멘트 ○○공장의 RIM 증설 부대공사와 관련하여 □□기가 실제 공사하지 않은 부분(분쇄제조 투입설비 교체공사 등)이나 실제 공사한 부분에 있어 공사금액을 초과하는 금액에 관한세금계산서 5장 합계 1,160,000,000원 상당을 발행하여 주고, 수회에 걸쳐 이중계약서를 작성하여 주었으며, 그 대가로 위 1,160,000,000원 중 700,000,000원의 10%에 해당하는 70,000,000원을 부가가치세 명목으로, 3%에 해당하는 21,000,000원을 수수료 명목으로 원고로부터 각 지급받은 사실,④ △△시스템의 경우, ◁◁트 ○○공장 전기공사(추가공사 2건 포함)의 실제공사금액 합계가 3,670,000,000원임에도, 위 최BB의 요청에 따라 공사금액의 합계가 4,670,000,000원인 것처럼 2003년 세금계산서 3장 합계 1,000,000,000원 상당을 추가로 발행하여 주고, 위 1,000,000,000원을 포함한 1,120,000,000원의 10%에 해당하는 112,000,000원을 부가가치세 명목으로, 위 1,000,000,000원의 5%에 해당하는 50,000,000원을 수수료 명목으로 원고로부터 각 지급받은 사실,⑤ ◇◇기계의 경우, ◁◁트 ○○공장 SLAG MILL PLANT 부대설비공사의 실제 공사금액이 3,900,000,000원임에도, 위 최BB가 공사대금 지급을 위한 자금마련을 위하여 은행시설자금 융자를 추가로 받아야 하니 도급계약서를 변경하여 작성하여 달라고 요구하는 관계로, 공사금액의 합계가 4,630,000,000원인 것처럼 2003년 세금계산서 2장 합계 730,000,000원 상당을 추가로 발행하여 주고, 그 대가로 위 730,000,000원의 10%에 해당하는 73,000,000원을 부가가치세 명목으로,2%에 해당하는 14,500,000원을 수수료 명목으로 원고로부터 각 지급받은 사실을 인정한 다음, 원고가 ▽▽산업, ♤♤개발, □□기, △△시스템, ◇◇기계로부터 합계 5,350,000,000원 상당의 허위의 이 사건 각 세금계산서를 수취하였다고 판단하였다. 또한 위 (ii)의 쟁점에 대하여는, 그 채택・조사한 증거들을 종합하여, ① 원고가 수령한 공사대금 중 2001. 2. 15. 100,000,000원을, 같은 해 9. 25. 40,000,000원을 당시◁◁트의 대표이사였던 소외 이EE에게 공사사례금으로 각 지급하고, ② 2002. 5. 20. 원고 명의로 2,500,000,000원을 대출받아 위 이EE에게 지급한 후 같은 해 10. 24. 그 중 1,500,000,000원을 원고가 수령한 공사대금으로 상환하였으며(나머지 1,000,000,000원은 위 이CC이 개인 명의로 대출받은 금원으로 상환하였다), ③ 2003. 1. 6. 위 이EE에게 원고가 수령한 공사대금 중 1,500,000,000원을 다시 공사사례금으로 지급하여, 합계 3,140,000,000원의 법인자금을 부당유출한 사실을 인정하고 있으며, 위 (iii)의 쟁점에 관하여는, 원고가 갑 제2, 3호증(각 가지번호 포함)의 각 서류를 등초한 사실은 당사자 사이에 다툼이 없고, 이에 의하면 원고에게 과세근거 등을 확인하여 의견 진술을 하기에 충분한 자료가 제공되었다고 보인다고 판단한 후 원고의 이에 관한 주장도 배척하고 있는바, 이 법원의 변론결과 등에 비추어 보면, 위와 같은 제1심의 판단은 모두정당하다고 인정된다. 다만, 위 (iv)의 쟁점에 대하여는 원고가 제1심에서부터 주장하고 있으나, 이에 관한 판단이 없으므로, 이하 추가판단사항에서 살펴보기로 한다.

2. 제1심 판결의인용

이 법원이 이 사건에 관하여 설시할 이유는, 원고가 주장하는 사항에 관하여 다음과 같은 판단을 해당부분에 추가하는 외에는 제1심 판결의 이유 부분 기재와 같으므로, 행정소송법 제8조 제2항, 민사소송법 제420조 본문에 의하여 이를 그대로 인용한다.

3. 추가판단사항

가. 원고의주장

세무공무원이 수사기관에서 통보해온 메모지와 잡기장 등 수사서류에 대한 진부 확인이나 실지조사를 한 바도 없이 이를 진실한 것이라고 믿고 이를 기초로 하여 부과 처분을 하였다면 이는 근거과세의 원칙에 위배한 위법한 처분이라고 할 것인데, 이 사건의 경우 피고는 수사기관에서 통보해온 내용에 따라 실지조사도 없이 확인서 1통만 작성 받아 부과처분을 한 것으로서 위법한 처분에 해당한다.

나. 이법원의판단

(1) 일반적으로 납세의무자의 신고 내용에 오류 또는 탈루가 있어 이를 경정함에 있어서는 장부와 이에 관계되는 증거자료에 의함이 원칙이라고 하겠으나(국세기본법 제16조 제1항), 장부의 기록내용이 사실과 다르거나 장부의 기록에 누락된 것이 있을 때에는 그 부분에 대해서만 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있고(국세기본법 제 16조 제2항), 나아가 진정 성립과 내용의 합리성이 인정되는 다른 자료에 의하여 그 신 고내용에 오류 또는 탈루가 있음이 인정되고 실지조사가 가능한 때에는 그 다른 자료 에 의해서도 이를 경정할 수 있으므로(대법원 1992. 8. 18. 선고 92누1247 판결 등 참조), 수사기관에서의 진술내용을 담은 문서도 그 진정 성립과 내용의 합리성이 인정되는 경우에는 그 다른 자료의 하나로서의 적격을 갖는다(대법원 1991. 12. 10. 선고 19누4997 판결 참조). 또한 과세관청이 세무조사를 하는 과정에서 납세의무자 등으로부터 일정한 부분의 거래가 가공거래임을 자인하는 내용의 확인서를 작성 받았다면 그 확인서가 작성자의 의사에 반하여 강제로 작성되었거나 혹은 그 내용의 미비 등으로 인하여 구체적인 사실에 대한 입증자료로 삼기 어렵다는 등의 특별한 사정이 없는 한 그 확인서의 증거가치는 쉽게 부인할 수 없는 것이다(대법원 2002. 12. 6. 선고 2001두2560 판결 참조).

(2) 그런데 이 사건의 경우, 갑 제3호증의 2 내지 7, 갑 제21호증의 3, 4(원고는 갑 제21호증의 3이 수사기관의 강요에 의해 작성된 것이라는 취지의 주장을 하나, 이를 인정할 만한증거가 없다), 을 제1호증, 을 제6호증의 2 내지 21, 을 제7호증(원고는 을 제7호증에 대하여도, 이는 이CC이 형사상 불이익이 있을 것을 두려워하여 검찰의 일방적인 강요에 따라 작성된 것이라는 취지로 주장하고 있으나, 이 또한 인정할 증거가 없다), 을 제10호증의 1, 을 제12호증의 1 내지 5, 을 제13호증의 1 내지 7, 을 제18호증의 1 내지 4, 을 제19호증 내지 23(각 가지번호 포함), 을 제38, 39, 40호증의 각 기재에 변론 전체의 취지를 종합하면,① ○○지방국세청장은 ○○지방검찰청으로부터 원고의 대표이사인 이CC의 진술에 의하여 원고 법인이 2001 - 2003 사업연도 중 시공한 ◁◁트 주식회사 ○○공장의 '슬래그시멘트 생산시설 증설공사'와 관련하여 하도급업체로부터 고액의 가공세금계산서를 수취하여 공사이익을 고의로 축소한 혐의가 있다는 통보를 받고 2004. 11. 30.경 조세범칙 조사계획을 수립한 후 2004. 12. 1.부터 2005. 2. 25.까지(당초 조사기간이 2005. 1. 25.까지였으나, 이후 조사기간을 연장함) 조세범칙조사를 실시한 사실.② 위 조사를 위해피고의 직원들이 원고의 사무실에 임하여 회계장부를 예치하였으나, 당시 원고 대표이사 이CC은 도피중이고, 일부 서류는 검찰에서 2003. 11.경 압수수색해간 상태여서 중요서류 및 원시기록 장부는 거의 없었던 사실.③ 피고는 ▽▽산업 외 4개 업체로부터 가공으로 수취한 매입세금계산서를 근거로 원고의 가공매입에 따른 외주비 허위계상분을 적출하고, 거래 증거자료의 진위여부를 확인하기 위하여 각 거래처에 확인조사를 실시하여 각 업체의 대표자들로부터 원고 법인의 요구에 따라 가공세금계산서를 발행하였다는 취지의 확인서 또는 문답서를 작성 받았으며, 나아가 ○○지방법원으로부터 압수수색영장을 발부받아 원고 법인의 주거래은행인 ○○ ○○구 ○○동 소재 우리은행에 압수수색을 실시하여 거래 명세서와 출금전표 등을 확보한 사실.④ 피고는 위 각 가공세금계산서와 관련하여 관할 세무서장에게 범칙조사 과세자료를 각 통보하였고, 그 후 각 관할세무서장이 ▽▽산업 등에 대한 부가가치세 부과처분을 경정처분 하였는데, ▽▽산업 등이 이에 대해 불복을 제기하지 않음에 따라 모두 그대로 확정된 사실 등을 인정할 수 있는바, 위 인정사실에 의하면 피고가 다른 증빙서류에 대한 실지조사도 하지 않고 단지 검찰의 세무조사 통보만에 의해 이 사건 과세처분을 한 것은 아니라 할 것이어서 근거과세원칙에 위배된다고 할 수 없다. 따라서 이에 관한 원고의 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 이를 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 같이하여 정당하므로 원고의 항소는 이유 없어 이를 기각하기로 하여 주문과 같이 판결한다.