청구인은 2002.11.12 OOOO시 OO구 OOO OOOOO 대지 408.6㎡(이하 “쟁점토지”라 한다)를 양도하고 2002.12.20 쟁점토지에 대한 1992년도분 토지초과이득세 납부액 OO,OOO,OOO원(이하 “쟁점세액”이라 한다)을 양도소득세 산출세액에서 공제하여 양도소득과세표준예정신고를 하였다.

처분청은 쟁점세액을 필요경비로 공제하고 당해 연도에 양도한 타자산의 양도소득금액 OO,OOO,OOO원을 합산하여, 2003.4.5 청구인에게 2002년도 귀속 양도소득세 OO,OOO,OOO원을 결정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2003.5.2이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구인은 1992.9.29 쟁점토지에 대해 부과된 토지초과이득세OO,OOO,OOO원을 기 납부하였는 데 토지초과이득세가 위헌결정됨에 따라 1998.12.28 동 법률이 폐지되면서 폐지법률 부칙 제2조에 구법 제26조 규정은 계속하여 적용한다고 경과규정을 두었으므로 기납부한 쟁점세액에 대한 세액공제를 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

폐지된 토지초과이득세법 부칙 제2조의 규정에 의하면, 토지초과이득세가 부과된 토지를 세액 결정일로부터 6년 이내에 양도하는 경우 기부과된 토지초과이득세를 세액공제 할 수 있으며 6년을 경과한 후 양도하는 경우에는 필요경비로 공제할 수 있도록 되어 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일로부터 6년을 경과하여 쟁점토지를 양도하였으므로 세액공제가 아닌 필요경비로 공제함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

양도소득세 산정시 기납부한 토지초과이득세가 필요경비 공제대상인지 아니면 세액공제대상에 해당하는지의 여부

나. 관련법령

(1)1998.12.28 법률 제5586호로 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조【양도소득세등의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세】① 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대한 양도소득세 또는 특별부가세의 계산에 있어서 제16조 및 제23조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세는 그 세액에 따라서 다음 각호의 율을 적용하여 계산한 금액을 당해 양도소득세 또는 특별부가세에서 공제한다. 다만, 그 공제세액이 양도소득세 또는 특별부가세의 납부세액을 초과하는 경우에는 그러하지 아니하다.

1. 토지초과이득세의 결정일부터 3년이내에 유휴토지 등 을 양도하는 경우 : 100분의 100

2. 토지초과이득세의 결정일부터 3년후 6년이내에 유휴 토지 등을 양도하는 경우 : 100분의 60

④ 토지초과이득세가 부과된 유휴토지 등을 양도함으로써 발생한 소득에 대하여 유휴토지 등의 소유자가 제16조의 규정에 의하여 결정된 토지초과이득세를 소득세법 제105조 또는 제110조의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 법인세법 제59조의 5 내지 제59조의 7의 규정에 의한 과세표준신고를 함에 있어서 특별부가세의 양도차익에서 공제한 때에는 제1항의 규정을 적용하지 아니하고 그 토지초과이득세 전액을 당해 양도소득세의 필요경비에 산입하거나 특별부가세의 양도차익에서 공제한다.

토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조【일반적 경과조치】이 법 시행 당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다.

(2) 소득세법시행규칙 제84조【예정신고납부세액공제】①법 제108조의 규정에 의한 예정신고납부세액공제는 그 신고하는 금액에 대하여 납부할 세액에서 당해 예정신고납부세액공제를 한 금액을 전액 자진신고납부하는 경우에 한한다.

② 제1항에서 납부할 세액이라 함은 산출세액에서 조세특례제한법에 의하여 감면되는 세액과 법률 제5586호 토지초과이득세법 폐지법률에 의하여 폐지되기 전의 토지초과이득세법 제26조의 규정에 의하여 양도소득세의 납부세액에서 공제되는 토지초과이득세를 차감한 것을 말한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구인은 2002.12.20 양도소득과세표준예정신고시 기 납부(1992.9.29)한 토지초과이득세 OO,OOO,OOO원(쟁점세액)을 세액공제로 신고하였고, 처분청은 이에 대하여 폐지된 토지초과이득세법 부칙 제2조의 규정에 의하여 기 납부한 쟁점세액은 필요경비에서 공제하는 것으로 보아 이 건 양도소득세를 과세하였음이 결정결의서 등에 의하여 확인된다.

(2) 토지초과이득세가 위헌결정된 이후에 제정된 토지초과이득세법 폐지법률 부칙 제2조에서 “이 법 시행당시 종전의 토지초과이득세법에 의하여 부과하였거나 부과 또는 환급하여야 할 토지초과이득세에 관하여는 종전의 규정에 의한다”고 규정하고 있는 바, 이 건의 경우 토지초과이득세 결정일(1992년)로부터 6년을 초과하여 쟁점토지를 양도(2002년)하였으므로 폐지법률 제26조 제4항의 규정에 의거 쟁점세액을 필요경비로 공제함이 타당하다고 판단된다(국심2002전31, 2002.5.31 같은 뜻임).

따라서 처분청에서 이 건 양도소득세 결정시 청구인이 기납부한 쟁점세액을 양도소득세의 필요경비에 산입하여 과세한 처분은 달리 잘못이 없다 하겠다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세 기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.