가. 원고는 서울 강남구 D에 위치한 미국 대학수학능력시험(Scholastic Aptitude Test, SAT) 준비학원이다.

나. 피고 서울지방국세청장은 2011. 8. 31.부터 2011. 10. 10.까지 원고와 원고의 관계회사인 소외 주식회사 E(이하 ‘E’이라 한다), 주식회사 F(이하 ‘F’라 한다)에 대하여 2008사업연도 내지 2010사업연도의 법인세 세무조사를 실시한 결과, 원고가 사용하는 ACA 프로그램(수강생 관리, 수강료 납입 및 환불을 관리하는 프로그램) 상의 수강료 수입금액과 신고한 수입금액에 차이가 있다고 보고 이를 신고누락 금액으로 파악하여, 2011. 10. 18. 원고에게 2008년 법인세 4,372,370원 및 2009년 법인세 71,466,300원의 부과를 과세예고하는 세무조사결과통지를 하였다.

다. 원고는 여기에 불복하여 2011. 11. 22. 피고 서울지방국세청장에게 과세전적부심사 청구를 하였고, 피고 서울지방국세청장은 2012. 1. 13. 과세전적부심사에서 재조사결정을 하였으며, 이에 따라 피고 서울지방국세청장은 2012. 2. 1.부터 2012. 4. 16.까지 원고에 대하여 재조사를 실시하였고, 그 결과 ACA 프로그램 상의 수입금액에 ACA 프로그램에 반영이 누락된 통장거래내역 등에 의해 확인된 환불액 등을 반영하여 2008년에 28,545,000원, 2010년에 76,570,929원의 매출누락이 있었다고 판단하였으며, 피고 삼성세무서장에게 여기에 따라 부과처분을 할 것을 통보하였다. 라.

피고 삼성세무서장은 위 통보에 따라 2012. 6. 11. 원고에게 2008년 법인세 4,544,760원, 2009년 법인세 58,854,920원의 부과처분을 하였고(이하 ‘이 사건 부과처분’이라 한다), 2008년 귀속 28,545,000원, 2010년 귀속 18,670,720원의 수입누락에 대해서는 대표이사 B에게, 2010년 귀속 57,900,209원에 대해서는 대표이사 C에게 각각...