가. 청구법인은 OOO부터 OOO까지 OOO에서 의약품 도매업을 영위한 법인으로서 2006년 제1기 부가가치세 과세기간에 주식회사 OOO(이하 “쟁점거래처”라 한다)으로부터 공급가액 OOO의 세금계산서(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하고, 부가가치세 신고시 쟁점세금계산서상 매입세액을 매출세액에서 공제하고 법인세 신고시 쟁점세금계산서 공급가액을 손금에 산입하였다.

나.처분청은OOO세무서장으로부터 통보받은 과세자료에 따라 청구법인이쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서를 가공세금계산서에 해당하는 것으로 보아 매입세액을 불공제하고 손금불산입하여 OOO 및 OOO 청구법인에게 2006년 제1기 부가가치세OOO과 2006사업연도 법인세 OOO을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 OOO 이의신청을 거쳐 OOO 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 쟁점거래처로부터 OOO 등 약품을 정상적으로 매입한 사실이 청구법인의 거래처원장, 상품수불부 및 현금출납장 등의 장부에 의하여 확인되고, 매입대금 OOO 중 일부OOO는 쟁점거래처의 영업부장인 OOO과 처 OOO의 예금계좌로 송금하고 일부는 현금으로 결제한 사실이 확인됨에도 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 봄은 부당하다.

나. 처분청 의견

OOO세무서장이 쟁점거래처를 조사할 당시 청구법인은 물품대금을 현금으로 지급하였다고 주장하였다가 나중에 예금거래내역을 제출함은 신빙성이 없고, 예금계좌의 입금자 및 입금받는자가 청구법인과 쟁점거래처의 대표자가 아니고 송금한 금액이 약품의 구입대금인지 여부도 명확하지 아니하여 이를 인정하기 어렵다

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 부가가치세 및 법인세를 부과한 처분의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인이 쟁점거래처로부터 수취한 쟁점세금계산서의 내역은 다음의 <표1>과 같다.

<표1> 쟁점세금계산서 수취내역

(2) 처분청이 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서로 본 이유는 다음과 같다.

(가) OOO세무서장이 실시한 쟁점거래처의 조사종결보고서에 대표자 OOO는 약품도매업이 사업성이 있다는 OOO(약품회사의 영업이사로 활동하면서 2004년 자료상 행위자로 고발된 자)의 권유로 OOO영업을 개시하여 OOO폐업을 하였고, 영업과 회계처리 전반의 업무는 실행위자가 하였다고 진술하였으며, 쟁점거래처는 2006년 제1기에 매출액 OOO 중 OOO의 가공매출 및 매입액 OOO 중 OOO을 가공매입한 것으로 확인되어 자료상으로 확정하고 고발조치하였다고 기재되어 있다.

(나) OOO세무서장이 쟁점거래처를 조사할 당시 청구법인은 물품대금을 현금으로 지급하였다고 주장하였다가 나중에 예금거래내역을 제출함은 신빙성이 없고, 예금계좌의 입금자 및 입금받는자가 청구법인과 쟁점거래처의 대표자가 아니므로 송금한 금액이 약품의 구입대금인지 여부도 명확하지 아니하여 이를 인정하기 어렵다.

(3) 청구법인이 쟁점세금계산서를 실지거래에 따른 정상적인 세금계산서라고 주장하는 근거는 다음과 같다.

(가) 청구법인은 쟁점거래처로부터 약품을 구매한 후 즉시 현금을 결제하거나 청구법인의 영업이사 OOO의 예금계좌에서 쟁점거래처의 영업부장인 OOO과 그의 처 OOO의 예금계좌로 텔레뱅킹을 통하여 OOO을 입금하였는바, 그 결제내역은 다음 <표2>와 같다(입금의 증빙으로 예금거래내역서를 제시하였다).

<표2> 매입대금 결제내역

(나) 처분청은 입금자가 청구법인이 아닌 영업이사인 OOO이어서 송금한 금액이 약품의 매입대금인지 여부가 불분명하다는 의견이나, 청구법인은 법인이 사업용 계좌를 의무적으로 사용하기 이전까지는 관행적으로 영업이사가 직접 결제하기도 하였고 OOO이 다른 거래처에 약품대금을 텔레뱅킹을 통하여 결제한 사실을 보아도 OOO이 송금한 금액은 약품의 매입대금으로 보아야 한다고 주장하며, OOO의 OOO에서 텔레뱅킹을 통하여 OOO에 OOO과 OOO을 송금한 예금거래내역을 증빙으로 제시하였다.

(다) 청구법인이 쟁점거래처로부터 실지 약품을 구입한 사실은 거래처원장, 현금출납장 및 상품수불부 등 청구법인의 장부에 기장되어 있음에도 이를 가공거래로 봄은 부당하다.

(4) 위의 사실관계 및 관련 법령을 종합하여 살피건대, 쟁점거래처가 100% 자료상이 아니고 쟁점세금계산서는 과세기간 중 16회에 걸쳐 교부받은 다수의 소액 세금계산서인 점을 감안할 때 청구법인이 수취한 쟁점세금계산서를 가공의 세금계산서라고 보기 보다는 그 매입대금의 지급사실 등에 따라 정상거래여부를 판정하여야 할 것인바, 청구법인이 쟁점거래처에 매입대금을 현금으로 지급하였다는 사실은 그 증빙이 불분명하여 이를 인정하기 어렵고, 청구법인이 쟁점세금계산서상 매입금액의 일부를 정상적으로 지급하였다 하더라도 쟁점거래처의 대표자 OOO는 명의상 사업자이고 실지 사업자가 따로 있었던 것으로 확인되는 점을 감안하면 쟁점세금계산서는 사실과 다른 세금계산서에 해당하므로 처분청이 쟁점세금계산서상 매입세액을 불공제하고 부가가치세를 부과한 처분은 잘못이 없다 할 것이다. 다만, 청구법인이 쟁점세금계산서를 수취할 당시 청구법인의 영업이사였던 OOO이 쟁점거래처의 영업부장인 OOO과 그의 처 OOO의 예금계좌로 텔레뱅킹을 통하여 입금한 것으로 예금거래내역에 의하여 확인되는 OOO은 청구법인이 약품의 매입대금을 지급한 것으로 보는 것이 타당하다 하겠다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.