청구법인은 1999.5.4.부터 2004.1.31.까지 OOOOO OO OOO OOOOOOOO에서 소프트웨어 개발 및 공과금고지서 전산인쇄용역사업을 영위한 법인으로, 2000년 제2기 중 주식회사 OOO(OOOOOOO OOOOOOOOOOOO, O OOOO OOOOOOO, OO OOOOOO OO)로부터 공급대가 34,320천원(이하 “쟁점금액”이라 한다)의 세금계산서 2매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를 수취하여 2000년 제2기분 부가가치세 신고시 매입세액 공제하고, 2000사업연도 소득금액 계산시 손금산입하여 신고하였다.

처분청은 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제하여 2006.3.20. 및 2006.3.28. 청구법인에게 2000년 제2기분 부가가치세 6,973,090원 및 2000사업연도 법인세 18,950,630원을 경정고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2006.5.20. 이의신청을 거쳐 2006.8.7. 이 건 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

청구법인은 2000년 10월 OOO로부터 공급대가 17,270천원 상당의 컴퓨터 전산 소모품 등을 구입하고, 그 대금은 2001.1.26. OO 거래계좌(OOOOOOOOOOOOO)에서 현금 17,000천원을 인출하여 보유중인 현금 270천원을 합쳐 지급하였고, 2000년 11월 OOO로부터 공급대가 17,050천원 상당의 컴퓨터 주변기기 등을 구입하고, 그 대금은 2001.2.13. OO은행 거래계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)에서 현금 17,000천원을 인출하여 보유 중이던 현금 50천원을 합쳐 지급하였다.

2000년 총 수입금액이 250,000천원 이상인 청구법인은 월 평균 25,000천원 상당의 컴퓨터 주변기기·전산인쇄용지 등 소모품을 사용하였는 데, 처분청의 주장대로 쟁점금액의 거래가 가공거래라고 한다면, 청구법인의 2000년 10월 및 11월의 소모품 사용액에서 가공세금계산서 공급가액을 차감하면 소모품 사용액이 3,834천원 및 2,351천원에 불과하여 청구법인이 정상적인 영업을 할 수 없는 것인 바, 단지 2000년 제2기 중 가공세금계산서 발행비율이 4.2%에 불과한 OOO가 자료상이라는 이유만으로 처분청이 청구법인에게 아무런 통보나 확인절차없이 과세한 이 건 처분은 국세기본법상의 근거과세의 원칙을 위배한 것이다.

나. 처분청 의견

청구법인이 이의신청시 2000.10.31. OOO로부터 구입한 컴퓨터주변기기 등의 외상대금 17,270천원(공급대가)을 2001.1.26. OOOO은행 거래계좌(OOOOOOOOOOOOOOOOO)에서 현금 21,446천원을 인출하여 지급하였다고 주장하다가, 이의신청에 대한 검토과정에서 동 인출금액이 2000년 제2기 부가가치세 납부를 위한 인출액으로 판명되자 OOOOO 거래계좌(OOOOOOOOOOOOO)에서 현금 17,000천원을 인출하여 위 외상대금을 지급하였다고 당초 주장을 번복하는 등 증빙자료의 제출에 일관성이 없을 뿐만 아니라 위 OO 거래계좌에서 인출된 금액이 OOO에게 실제 지급되었다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있다.

OOO의 2000년 제2기 가공자료 발행비율이 4.2%에 불과한 것은 거래금액 50,000천원 이상 63개 매출처에 대한 거래내역 조회결과이므로 OOO의 나머지 거래가 전부 정상이라는 의미는 아니며, 쟁점금액의 거래를 제외하면 청구법인이 2004.1.31. 폐업할 때까지 OOO로부터 소모품을 구입한 거래실적이 없는 점으로 보아 OOO와 2000년 10월부터 거래하였다는 청구법인의 주장은 설득력이 없다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 쟁점세금계산서상의공급가액을 매입세액 불공제하고 손금불산입한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 국세기본법 제16조 【근거과세】① 납세의무자가 세법에 의하여 장부를 비치ㆍ기장하고 있는 때에는 당해 국세의 과세표준의 조사와 결정은 그 비치ㆍ기장한 장부와 이에 관계되는 증빙자료에 의하여야 한다.

② 제1항의 규정에 의하여 국세를 조사ㆍ결정함에 있어서 기장의 내용이 사실과 다르거나 기장에 누락된 것이 있는 때에는 그 부분에 한하여 정부가 조사한 사실에 따라 결정할 수 있다.

(2) 부가가치세법 제21조 【경 정】① 사업장 관할세무서장ㆍ사업장 관할지방국세청장 또는 국세청장은 사업자가 다음 각호의 1에 해당하는 경우에 한하여 그 과세기간에 대한 부가가치세의 과세표준과 납부세액 또는 환급세액을 조사에 의하여 경정한다.

1. 확정신고를 하지 아니한 때

2. 확정신고의 내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

(3) 법인세법 제19조 【손금의 범위】① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(4) 같은법 시행령 제19조 【손비의 범위】법 제19조 제1항의 규정에 의한 손비는 법 및 이 영에서 달리 정하는 것을 제외하고는 다음 각호에 규정하는 것으로 한다.

1. 판매한 상품 또는 제품에 대한 원료의 매입가액(기업회계기준에 의한 매입에누리금액 및 매입할인금액을 제외한다)과 그 부대비용

(5) 같은법 제66조 【결정 및 경정】① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

2. 제120조의 규정에 의한 지급조서, 제121조의 규정에 의한 매출ㆍ매입처별계산서합계표 또는 매출ㆍ매입처별세금계산서합계표의 전부 또는 일부를 제출하지 아니한 때

③ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제1항 및 제2항의 규정에 의하여 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정하는 경우에는 장부 기타 증빙서류를 근거로 하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 사유로 장부 기타 증빙서류에 의하여 소득금액을 계산할 수 없는 경우에는 대통령령이 정하는 바에 따라 추계할 수 있다.

④ 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 법인세의 과세표준과 세액을 결정 또는 경정한 후 그 결정 또는 경정에 오류 또는 탈루가 있는 것을 발견한 때에는 즉시 이를 다시 경정한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 2000년 제2기 중 OOO로부터 2차례에 걸쳐 공급대가 34,320천원(쟁점금액) 상당의 컴퓨터 전산 소모품 등을 구입하고, 그 대금은 2001년 제1기 중 청구인의 OOOOO 및 OO은행 거래계좌에서 인출한 현금 34,000천원 등으로 지급하였다고 주장하므로 이에 대하여 살펴본다.

(가) 처분청은 청구법인이 OOO로부터 2000.10.31. 및 2000.11.30. 수취한 공급대가 17,270천원 및 17,050천원 합계 34,320천원의 쟁점세금계산서 2매를 가공세금계산서로 보아 매입세액 불공제하고 필요경비 불산입하였음이 심리자료에 의하여 확인된다.

(나) 청구법인이 2001.1.26. OOOOO 거래계좌(OOOOOOOOOOOOO)에서 17,000천원 및 2001.2.13. OO은행 거래계좌(OOOOOOOOOOOOOOOO)에서 17,000천원을 현금으로 인출하였음이 청구법인이 제출한 위 각 은행 거래계좌 사본에 의하여 확인되나 위 거래통장에서 인출된 각 금액이 쟁점세금계산서상의 각 공급대가와 일치하지 아니할 뿐만 아니라 당해 매입거래처인 OOO에게 지급되었다는 증빙도 없다.

(다) 따라서, 청구법인이 청구법인의 거래통장에서 인출하여 지급하였다고 주장하는 금액이 쟁점세금계산서상의 각 공급대가와 일치하지 아니하는 점, 동 인출금액이 매입거래처에 지급되었다는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있는 점 등을 감안할 때, 처분청이 쟁점세금계산서를 가공세금계산서로 보아 청구법인에게 과세한 이 건 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구인의 주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제 65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.