처분청은 청구인이 2000.11.3. ○○시 ○○구 ○○동 ○○번지 토지상에 주상복합건축물을 신축한 후, 그 중 임대주택부분(전용면적 60㎡이하 8세대, 이하 “이 사건 주택”이라 한다)에 대하여 감면신청을 하자 이를 임대사업자가 임대를 목적으로 취득한 주택으로 보아 취득세와 등록세를 면제하였으나, 그 후 세무조사 결과 청구인은 이 사건 주택을 취득한 이후인 2000.11.24.에 임대주택법에 의한 임대사업자 등록을 하였으므로 면제대상에 해당되지 않는 사실을 확인하고, 이 사건 주택의 취득가액(60,035,052원)에 지방세법 제112조 제1항 및 제131조 제1항 제4호의 세율을 적용하여 산출한 취득세 1,200,700원, 등록세 480,280원, 교육세 96,050원, 합계 1,777,030원을 2001.11.15.에 부과고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 2001.1월에 착공하여 11월에 이 사건 주택을 신축한 후 처분청으로부터 감면확인서를 발급받아 소유권 보존등기를 하고 임대주택으로 사용하고 있는 바, 일반납세자의 경우 세법적인 전문지식을 갖추고 있지 아니하므로 세무공무원의 안내에 따라 납부하게 되는 것으로서, 납세자 권리헌장에 의하여 과세권자는 납세자의 권리가 보호되고 실현될 수 있도록 최선을 다하여 협력하여야 할 의무가 있으며, 청구인은 처분청의 납세안내에 따라 취득세를 감면받은 것인데도, 같은 과세권자가 임대사업자 등록을 늦게 하였다 하여 납세자인 청구인의 과실을 이유로 일방적으로 감면한 취득세 등을 추징하는 것은 납세자 권리헌장에 비추어 부당하므로 이 사건 부과처분은 취소되어야 한다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 신축한 임대주택에 대하여 세무담당공무원의 납세안내에 따라 취득세 등을 감면받았음에도 그 후 임대사업자 등록을 신축 이후에 하였다 하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분이 적법한 지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면, 구○○시세감면조례(2000.12.30. 조례 제3813호로 개정되기 전의 것, 이하 “감면조례”라 한다) 제15조 제1항에서 공공단체, 주택건설사업자 및 임대주택법에 의하여 등록한 임대사업자가 임대할 목적으로 건축한 전용면적 60제곱미터 이하인 2세대 이상의 공동주택에 대하여는 취득세와 등록세를 면제하되, 사용승인서 교부일부터 2월 이내에 보존등기를 하지 아니하거나 임대주택법 제12조의 규정에 의한 정당한 사유없이 임대의무기간내에 임대 이외의 용도로 사용 또는 매각하는 경우에는 면제된 취득세와 등록세를 추징한다고 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 이 사건 주택을 신축한 후 처분청 담당공무원의 납세안내에 따라 취득세 등을 감면받은 것인데도, 그 후 임대사업자 등록이 늦게 되었다 하여 감면한 취득세 등을 추징한 처분은 납세자 권리헌장의 취지에 비추어 부당하다고 주장하고 있지만, 청구인은 임대주택인 이 사건 주택을 신축한 이후에 임대사업자 등록을 한 사실이 명백히 확인되고 있으므로 취득 당시 이 사건 주택은 취득세 등 면제대상에 해당되지 않는데도 처분청이 이를 감면한 것은 명백한 착오라고 보아야 하겠고, 처분청이 이러한 착오를 바로잡기 위하여 과세누락된 취득세 등을 추징한 처분은 적법하다 하겠으며, 취득세 등이 신고납부방식의 지방세로서 신고납부에 대한 1차적인 책임이 납세자에게 있는 점과 임대주택에 대한 지방세 감면조례가 청구인이 이 사건 주택을 취득하기 이전부터 시행되어 오던 제도임을 볼 때, 처분청 세무담당공무원이 사전에 납세자 권리헌장에서 보장된 납세안내를 충분히 하지 아니하여 임대사업자 등록이 지연되었다 하여 이 사건 부과처분이 부당하다고 할 수는 없다 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2002. 3. 25.

행 정 자 치 부 장 관