상고비용은 피고가 부담한다.

1. 상고이유 제1점에 관하여

가. 구 국제조세조정에 관한 법률(2008. 12. 26. 법률 제9266호로 개정되기 전의 것, 이하 '국제조세조정에관한법률'이라 한다) 제4조 제1항은 "과세당국은 거래당사자의 일방이 국외 특수관계자인 국제거래에 있어서 그 거래가격이 정상가격에 미달하거나 초과하는 경우에는 정상가격을 기준으로 거주자의 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정할 수 있다"고 규정하고, 제5조 제1항 제1호는 정상가격을 산정하는 방법의 하나로 '비교가능 제3자 가격방법: 거주자와 국외 특수관계자 간의 국제거래에 있어 당해 거래와 유사한 거래상황에서 특수관계가 없는 독립된 사업자 간의 거래가격을 정상가격으로 보는 방법'을 규정하고 있다. 그리고 구 국제조세조정에 관한 법률 시행령(2004. 12. 31. 대통령령 제18628호로 개정되기 전의 것) 제5조 제1항은 "법 제5조 제1항의 규정에 의하여 정상가격을 산출하는 경우에는 다음 각 호에서 정하는 기준을 고려하여 가장 합리적인 방법을 선택하여야 한다"고 규정하면서, 제1호에서 '특수관계가 있는 자 간의 국제거래와 특수관계가 없는 자 간의 국제거래 사이에 비교가능성이 높을 것. 이 경우 비교가능성이 높다는 것은 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 거래의 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주지 아니하는 경우(가목) 또는 비교되는 상황 간의 차이가 비교되는 가격이나 순이익에 중대한 영향을 주는 경우에도 동 영향에 의한 차이를 제거할 수 있는 합리적 조정이 가능한 경우(나목)를 말한다'고 규정하고 있다.

나. (1) 원심은 채용 증거에 의하여, ① 원고가 PP은행으로부터 장부가액 합계 000원 상당의 대출채권 등을 000원에 양수한 다음 이를 기초자산으로 하여 2001. 2. 23. 그 발행가액의 1/7인 000원 상당은 주식형 유동화증권을, 나머지 6/7인 미화 000달러(약 000원) 상당은 만기 7년, 이자율 연 17% 조건의 채권형 유동화증권을 발행하였고, 이를 원고의 국외 특수관계자인 XX XX 원 엘티디(XXXX Ⅰ, Ltd.)가 인수하여 그 중 위 채권형 유동화증권(이하 '이 사건 채권형 유동화증권'이라 한다)을 2001. 4. 20. 원고의 다른 국외 특수관계자인 YY YY 엘티디(YY YY, Ltd., 이하 'YYYY'라 한다)에 매도한 사실, ② YYYY는 이 사건 채권형 유동화증권을 매수하기 위하여 주식회사 QQ은행(이하 'QQ은행'이라 한다)으로부터 2001. 4. 23. 그 최초 발행가액의 70%에 상당하는 미화 000달러를 만기는 2003. 10. 20.로, 이자율은 연 8.5%로 정하여 차입한 사실(이하 '이 사건 차입거래'라 한다), ③ 피고는 이 사건 채권형 유동화증권의 이자율이 정상이자율을 초과하는 것으로 보고, 이 사건 차입거래를 비교대상거래로 선정하여 그 이자율인 연 8.5%를 국제조세조정에관한법률 제5조 제1항 제1호에서 규정한 비교가능 제3자 가격방법에 의한 정상이자율로 산정한 다음, 원고가 YYYY에게 지급한 이자 중 위와 같이 산정된 정상이자율을 초과하는 부분을 손금불산입하는 등으로 원고에게 각 사업연도 법인세를 부과하는 이 사건 각 처분(여기에는 아래 제2항에서 보는 2001. 3. 사업연도 법인세 부과처분 중 이 사건 컨설팅 용역비와 관련된 부분도 포함된다)을 한 사실 등을 인정하였다.

(2) 원심은 위와 같은 사실관계를 토대로 하여, ① 이 사건 채권형 유동화증권 발행거래는 부실대출채권을 기초로 한 것으로서 부실대출채권 외에는 아무런 담보가 없는 고위험거래인 반면, 이 사건 차입거래는 기초 부실대출채권의 회수액이 담보로 제공된 것 외에 YYYY가 차입거래 당사자로서 차입금의 궁극적인 책임을 부담하는 등 그 자체 신용이 제공되었을 뿐만 아니라, 이 사건 채권형 유동화증권의 인수자금 중 YYYY가 직접 출연한 30%의 금액 또한 이 사건 차입거래에 대한 담보장치 역할을 하여 채무불이행 위험이 상당 부분 제거된 비교적 저위험거래로 보이는 점, ② 이 사건 채권형 유동화증권의 담보가치비율과 이 사건 차입거래의 담보가치비율을 비교하여 보면, 이 사건 채권형 유동화증권이 이 사건 차입거래보다 채무불이행에 빠질 가능성이 더 큰 점, ③ 비록 피고가 정상이자율을 적용함에 있어 위와 같은 담보가치비율의 차이를 고려하여 이 사건 채권형 유동화증권의 발행가액 중 YYYY가 QQ은행으로부터 차입한 금액에 해당하는 부분에 대해서만 정상이자율을 초과하는 이자를 손금불산입하였다고 하더라도, 그러한 사정만으로 위와 같은 담보가치비율의 차이를 조정할 필요성이 없게 되었다고 볼 수는 없는 점, ④ 이 사건 채권형 유동화증권의 만기는 7년인 반면, 이 사건 차입거래의 만기는 약 2.5년에 불과한 점 등의 여러 사정을 종합하여 보면, 이 사건 채권형 유동화증권 발행거래와 이 사건 차입거래의 비교되는 상황의 차이가 정상이자율의 산정에 중대한 영향을 줄 뿐만 아니라, 이러한 상황의 차이들은 이자율의 산정에 적용되는 중요한 요소들인데 그 본질적인 차이가 너무 커 합리적인 조정이 곤란하거나 거의 불가능해 보이므로, 이 사건 차입거래는 비교가능성이 높다고 할 수 없어 이 사건 채권형 유동화증권 발행거래의 비교대상거래가 될 수 없다는 이유로, 이 사건 각 처분 중 피고가 이 사건 차입거래를 비교대상거래로 선정하여 정상이자율을 산정한 다음 원고가 YYYY에게 지급한 이자 중 위 정상이자율을 초과하는 부분을 손금불산입하여 원고에게 각 사업연도 법인세를 부과한 부분(2001. 3. 사업연도 법인세의 경우에는 아래 제2항에서 보는 이 사건 컨설팅 용역비와 관련된 부분을 제외한 나머지 부분을 말한다)은 위법하다고 판단하였다.

다. 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 정상가격 산정에 있어 비교대상거래의 선정과 증명책임에 관한 법리를 오해한 잘못이 없다.

2. 상고이유 제2점에 관하여

가. 구 법인세법(2006. 12. 30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제51조의2 제1항 제1호는 '자산유동화에 관한 법률에 의한 유동화전문회사가 대통령령이 정하는 배당가능이익의 100분의 90 이상을 배당한 경우 그 금액은 당해 사업연도의 소득금액에서 이를 공제한다'고 규정하고, 그 위임에 따른 구 법인세법 시행령(2001. 12. 31. 대통령령 제17457호로 개정되기 전의 것) 제86조의2 제1항은 배당가능이익을 '당기순이익(유가증권의 평가에 따른 손익을 제외한 금액을 말한다)에 이월이익잉여금을 가산하거나 이월결손금을 공제하고, 상법 제458조의 규정에 의하여 적립한 이익준비금을 차감한 금액'으로 규정하고 있다.

나. (1) 원심은 채용 증거에 의하여, ① 원고가 YY OO 엘엘씨(YY OO, LLC., 이하 'YYOO'라 한다)에 대한 이 사건 컨설팅 용역비 000원을 손금에 산입하여 2001. 3. 사업연도 법인세 과세표준을 신고한 사실, ② 그 후 서울지방국세청의 세무조사과정에서 이 사건 컨설팅 용역비가 실제로는 용역의 제공 없이 지급된 가공경비라는 것이 밝혀지자, 원고는 그에 대한 조사를 벌여 YYOO의 대표이사였던 SS 리가 이를 횡령하였음을 확인하고 이 사건 컨설팅 용역비를 손금불산입함과 아울러 이를 기타소득으로 소득처분하는 한편, 임시주주총회를 개최하여 이 사건 컨설팅 용역비 000원에서 000원을 차감한 000원을 주주에게 추가 배당하는 안과 이를 반영한 수정이익잉여금처분계산서를 승인한 다음, 2005. 10. 18. 피고에게 '위 추가 배당금을 2001. 3. 사업연도 소득금액에서 공제하고 과세표준 000원을 증액한다'는 내용의 법인세 과세표준 수정신고를 한 사실, ③ SS 리는 이 사건 컨설팅 용역비 등의 횡령사실을 자인하였고, YYOO는 2006. 5. 26.경 원고에게 이 사건 컨설팅 용역비 상당액을 반환한 사실, ④ 그런데 피고는 그 무렵 위 수정신고의 효력을 부인하고 이 사건 컨설팅 용역비를 손금불산입하는 등으로 원고에게 2001. 3. 사업연도 법인세 부과처분(이 사건 각 처분의 일부이다)을 한 사실 등을 인정하였다.

(2) 원심은 위와 같은 사실관계를 토대로 하여, 원고가 이 사건 컨설팅 용역비를 손금불산입하면서 사내유보로 소득처분하지 아니하고 기타소득(사외유출)으로 소득처분하였다고 하더라도, 원고가 이 사건 컨설팅 용역비 상당액에 대하여 SS 리의 사용자인 YYOO에게 손해배상청구권 또는 부당이득반환청구권 등의 권리를 가지고 있었고, 이를 포기하거나 위 횡령행위를 추인하지 아니하였으며, 나아가 2006. 5. 26. YYOO로부터 이 사건 컨설팅 용역비 상당액을 회수한 이상, 이 사건 컨설팅 용역비의 손금불산입으로 인한 소득금액의 증가분은 원고에게 유보되어 있다고 보아야 하므로, 그에 대한 추가 배당결의는 적법하고 그 배당금은 구 법인세법 제51조의2 제1항에 의하여 원고의 2001. 3. 사업연도 소득금액에서 공제되어야 한다는 이유로, 2001. 3. 사업연도 법인세 부과처분 중 피고가 위 수정신고의 효력을 부인하여 한 부분은 위법하다고 판단하였다.

(3) 앞서 본 규정과 관련 법리 및 기록에 비추어 살펴보면, 원심의 위와 같은 사실인정과 판단은 정당한 것으로 수긍이 가고, 거기에 유동화전문회사의 배당금 소득공제에 관한 법리를 오해하거나 논리와 경험의 법칙에 반하여 자유심증주의의 한계를 벗어난 잘못이 없다.

3. 판단누락 주장에 관하여

판결서의 이유에는 주문이 정당하다는 것을 인정할 수 있을 정도로 당사자의 주장, 그 밖의 공격・방어방법에 관한 판단을 표시하면 되고 당사자의 모든 주장이나 공격・방어방법에 관하여 판단할 필요는 없다(민사소송법 제208조).

원심은 원고의 중복세무조사 금지 원칙 위반 주장에 관하여 더 나아가 살펴볼 필요없이 이 사건 각 처분이 위법하다는 이유로, 위 주장에 대한 판단을 하지 아니한 채 원고의 청구를 모두 인용하여 이 사건 각 처분을 취소하였다. 앞서 본 법리에 비추어 살펴보면, 원심의 이러한 조치에 판단누락의 잘못이 있다고 할 수 없다.

4. 결론

그러므로 상고를 기각하고, 상고비용은 패소자가 부담하기로 하여, 관여 대법관의 일치된 의견으로 주문과 같이 판결한다.