청구인은 1982.11.24 경기도 양주군 회천읍 OO리 OOOOOOO 소재 공장용지 4,800㎡ 및 그 위 건물 494.48㎡와 같은 곳 OOOOOOO 소재 전 1,091㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 취득(단, 쟁점부동산 중 건물의 신축·취득일은 1993.4.30임)하여 1999.11.30 청구외 OOO 등 3인에게 양도한 후 1999.12.21 양도 및 취득 당시 실지거래가액을 각각 498백만원(토지분 : 498백만원, 건물분 : “0”) 및 129백만원(토지분 : 27백만원, 건물분 : 102백만원)으로 하는 자산양도차익예정신고를 하면서 양도소득세 46,533,610원을 자진 납부하였다.

처분청은 양도소득세 실지조사 결과, 위 신고거래가액의 총액은 실지거래가액으로 인정하되 양도 당시 토지·건물간 실지거래가액의 구분이 불분명한 때에 해당한다 하여 소득세법 제100조 제2항의 규정에 따라 위 토지·건물의 일괄 양도금액 498백만원을 양도 당시 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분한 가액을 토지·건물의 실지양도가액으로 조정·결정하여 양도차익을 산정하고 이를 토대로 2000.10.14 청구인에게 1999년 귀속 양도소득세 6,697,140원을 결정·고지하였다.

청구인은 이에 불복하여 2000.10.26 이의신청을 거쳐 2000.12.20 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

처분청에서 실시한 양도소득세 실지조사 과정에서 신고한 양도 당시 실지거래가액 498백만원이 사실과 같은 것으로 확인되었고 거래사실확인서에 의하여 토지분에 대하여만 위 금액으로 유상 양도되고 건물은 무상으로 이전된 사실이 명백하게 밝혀지고 있음에도 토지와 건물가액의 구분이 불분명한 경우에 해당하는 것으로 단정하고 이 건 양도소득세를 부과한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

현지 실지조사한 결과에 따라 문제가 되는 건물의 이용현황을 보면 청구인이 1993.4.30 철근콘크리트조로 신축 후 공동 양수자인 OOO에게 임대하여 1994.3.1부터 OO악기(사업자등록번호 : OOOOOOOOOOOO)라는 상호아래 조사일 현재까지 개축이나 대수선을 함이 없이 악기제조공장으로 사용되고 있는 건물인 데다가 이 건 거래 당시 양수자가 거래은행(OO은행 OO지점)의 주선으로 한국감정원으로 하여금 쟁점부동산을 감정평가하게 한 바 건물가액이 61,550,000원(부동산 전체 감정가액의 13.3%에 해당)으로 평가되었던 점등에 비추어 보아 건물을 무상으로 이전하였다는 청구주장은 부동산 거래관행 및 기타 일반 사회통념에서 크게 벗어나는 것이어서 인정하기 어려우므로 토지와 건물의 가액의 구분이 불분명한 때에 해당한다고 보아 건물분 양도차익 과소계상분에 대하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분은 정당하다.

3. 쟁점 및 판단

가. 쟁점

양도 당시 실지거래가액의 토지·건물간 구분이 불분명한 경우에 해당한다 하여 토지·건물의 기준시가로 안분 계산하여 이 건 양도소득세를 과세한 처분의 당부

나. 관계법령

소득세법 제100조【양도차익의 산정】제1항에서 『양도차익을 산정함에 있어서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나를 실지거래가액에 의하는 때에는 다른 하나도 실지거래가액에 의하여야 하고, 어느 하나를 기준시가에 의하는 때에는 다른 하나도 기준시가에 의하여야 한다. 다만, 대통령령이 정하는 경우로서 양도가액 또는 취득가액 중 어느 하나만의 실지거래가액을 확인할 수 있는 때에는 실지거래가액을 확인할 수 있는 것은 실지거래가액에 의하여야 하고, 실지거래가액을 확인할 수 없는 다른 하나는 대통령령이 정하는 방법에 의하여 환산한 가액에 의하여야 한다』고 규정하고 있고,

같은법 제2항에서 『제1항의 규정을 적용함에 있어서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분 계산한다. 이 경우 공통되는 취득가액과 양도비용은 당해 자산의 가액에 비례하여 안분 계산한다』고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 관련법 규정을 보면 소득세법 제100조【양도차익의 산정】 제2항에서 양도가액 또는 취득가액을 실지거래가액에 의하여 산정하는 경우로서 토지와 건물 등을 함께 취득하거나 양도한 경우에는 이를 각각 구분하여 기장하되 토지와 건물 등의 가액의 구분이 불분명한 때에는 취득 또는 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분 계산하도록 규정하고 있음을 알 수 있다.

(2) 쟁점부동산에 관하여 실지거래가액에 의하여 양도차익을 산정함에 있어 양도 당시 실지거래가액이 498백만원이라는데에 다툼이 없는 이 건의 경우 그 사실관계를 살펴보면, 쟁점부동산중 건물은 1993.4.30 철근콘크리트 구조의 공장건물로 청구인에 의하여 신축·취득된 후 이 건 양수인인 청구외 OOO에게 이미 임차되어 콘크리트 양생실 및 공장건물로 사용되다가 1999.11.30 쟁점부동산의 일부로서 동인(위 OOO 등 3인)에게 양도된 사실과 양수인이 쟁점부동산을 적정 시가로 매수하기 위하여 주식회사 OO은행 OO지점(양수인이 쟁점부동산 매수자금을 대출 받은 곳)의 알선하에 한국감정원으로 하여금 감정·평가하게 한 결과, 토지와 건물의 가액이 각각 398,185,000원과 61,550,000원으로 평가된 사실을 처분청의 당초 조사서 및 그 부속서류의 각 기재내용에 의하여 인정할 수 있는 바,

(3) 이러한 사실을 놓고 볼 때 쟁점부동산중 건물은 이 건 양도일 현재 신축일부터 6년 7월 밖에 경과되지 않은 건축물로서 양도일 이후에도 개축·대수선 등의 별도 조치없이 공장건물로 계속 사용하고 있다는 점에서 그 경제적 가치를 부인하기는 어려운 것으로 인정되거니와 한국감정원도 그 가액을 61,550,000원으로 평가하고 있어 청구인이 건물가액이 0이라고 주장하는 것이 객관적이거나 합리적이라고 볼 수 없으므로 토지와 건물의 가액 구분이 불분명한 때에 해당한다 할 것이고, 따라서 처분청이 쟁점부동산에 관하여 토지와 건물의 실지양도가액을 양도당시의 기준시가에 의하여 계산한 가액에 비례하여 안분계산한 가액으로 각각 산정하여 양도차익을 계산하고 이를 토대로 이 건 양도소득세를 부과한 처분에는 잘못이 없다고 판단된다.

라. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없다고 인정되므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.