가. 청구법인은 2002.6.19. 개업하여 2003.8.26. 폐업할 때까지 OOO에서 ‘의류·가전제품 도소매업 및 차량운송알선업’으로 사업자등록을 하고, 사실상 의류 및 가전제품등과 관련된 상품권 매매업을 영위한 법인으로, 2002사업연도에 OOO 소재 주식회사 OOO(이하 “OOO”이라 한다)으로부터 공급대가 74,527,000원의 계산서(이하 “쟁점계산서”라 한다)를 교부받아 법인소득금액 계산상 손금산입하여 법인세 신고를 하였다.

나. 처분청은 OOO에 대해 자료상혐의자 조사를 실시하고, 쟁점계산서상의 상품권은 청구법인이 영위하는 업종과 상이할 뿐만 아니라 OOO으로부터 위 상품권을 매입하였다는 객관적인 증빙을 제시하지 못한다 하여 쟁점계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보고, 쟁점계산서상의 매입액을 손금불산입하여 2009.8.11. 청구법인에게 2002사업연도 법인세 19,577,620원을 경정·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2009.9.25. 이의신청을 거쳐 2010.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

청구법인은 ‘차량운송알선업’을 영위하기 위하여 2002.6.19. ‘차량운송알선업’으로 사업자등록을 하였으나 OOO경찰서에서 ‘차량운송알선업’은 불법이라는 공문을 받고나서 위 사업을 포기하고 상품권거래를 하기 위하여 ‘가전제품·의류 도소매업종’을 추가하였고, 2002사업연도에 OOO으로부터 쟁점계산서상의 상품권을 매입하고 계산서를 교부받아 정상적으로 신고하였으며, 청구법인의 세무대리인은 쟁점계산서상의 상품권거래와 관련된 증빙서류를 그 법적 보관기간이 경과되어 모두 파기하였음에도 불구하고, 처분청은 쟁점계산서상의 상품권거래가 발생한지 7년이 경과하였을 뿐만 아니라, 장부의 보존기한 및 부과제척기간이 모두 경과하여 청구법인이 장부와 증빙자료를 제시하기 어려운 시점에 세무조사를 실시하여 한민족유통이 자료상으로 확정되었다는 이유로 쟁점계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 본 것이므로 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 OOO으로부터 쟁점계산서상의 상품권을 매입하였다고 주장하나 이를 뒷받침할 수 있는 객관적인 증빙을 제시하지 못하고 있고, OOO의 거래처 대부분이 ‘카드깡’을 한 후 상품권을 소액으로 매출한 것으로 위장하기 위하여 OOO으로부터 계산서를 수취한 것으로 확인되는 바, 청구법인이 쟁점계산서상의 상품권을 실제로 매입하였는지 여부를 확인하기 어려우므로 처분청이 쟁점계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 관련 매입액을 손금불산입하여 청구법인에게 이 건 법인세를 과세한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

부과제척기간 경과 여부 및 청구법인이 쟁점계산서상의 상품권을 실제로 매입한 것으로 볼 수 있는지 여부

나. 관련 법령

(1) 국세기본법(2002.12.18. 법률 제6782호로 개정되기 전의 것) 제26조의2 【국세부과의 제척기간】 ① 국세는 다음 각호에 규정하는 기간이 만료된 날 후에는 부과할 수 없다. (단서 생략)

1. 납세자가 사기 기타 부정한 행위로써 국세를 포탈하거나 환급ㆍ공제받는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 10년간

2. 납세자가 법정신고기한내에 과세표준신고서를 제출하지 아니한 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 7년간

3. 제1호 및 제2호에 해당하지 아니하는 경우에는 당해 국세를 부과할 수 있는 날부터 5년간

(2) 국세기본법 시행령(2002.12.30. 대통령령 제17830호로 개정되기 전의 것) 제12조의 3 【국세부과 제척기간의 기산일】① 법 제26조의 2 제3항의 규정에 의한 국세를 부과할 수 있는 날은 다음 각호의 날로 한다.

1. 과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음 날. 이 경우 중간예납ㆍ예정신고 및 수정신고기한은 과세표준 신고기한에 포함되지 아니한다.

(3) 법인세법(2002.12.30. 법률 제6852호로 개정되기 전의 것)제19조 【손금의 범위】 ① 손금은 자본 또는 출자의 환급, 잉여금의 처분 및 이 법에서 규정하는 것을 제외하고 당해 법인의 순자산을 감소시키는 거래로 인하여 발생하는 손비의 금액으로 한다.

② 제1항의 규정에 의한 손비는 이 법 및 다른 법률에 달리 정하고 있는 것을 제외하고는 그 법인의 사업과 관련하여 발생하거나 지출된 손실 또는 비용으로서 일반적으로 용인되는 통상적인 것이거나 수익과 직접 관련된 것으로 한다.

③ 제1항 및 제2항의 규정에 의한 손비의 범위 및 구분 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

제60조 【과세표준 등의 신고】 ① 납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 대통령령이 정하는 바에 따라 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다.

제66조 【결정 및 경정】 ① 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 내국법인이 제60조의 규정에 의한 신고를 하지 아니한 때에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 결정한다.

② 납세지 관할세무서장 또는 관할지방국세청장은 제60조의 규정에 의한 신고를 한 내국법인이 다음 각호의 1에 해당하는 경우에는 당해 법인의 각 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 경정한다.

1. 신고내용에 오류 또는 탈루가 있는 때

제116조 【지출증빙서류의 수취 및 보관】 ① 법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 처분청이 2008년 6월 OOO에 대한 자료상혐의자 조사를 실시하고 작성한 보고서에 의하면, 그 조사내용은 아래와 같이 기재되어 있다.

(가) OOO이 영위하는 업종은 농산물 및 상품권 도매업이나 실제 거래처는 상품권 유통업체가 대부분이고, 거래처의 상당수는 6개월 미만의 단기사업자이며 상품권 유통업으로 사업자등록을 하였으나 실제 다량의 신용카드 매출자료를 발생하는 등 속칭 ‘카드깡’을 한 후 상품권을 소매한 것으로 위장하기 위하여 OOO의 계산서(상품권)을 수취한 것으로 판단된다.

(나) OOO의 대표이사 OOO가 제시한 법인계좌의 거래내역서를 검토한 바, 대부분 상품권대금으로 입금되었으나 상품권 매출은 계산서의 교부대상(재화 및 용역의 공급)이 아니며 거래상대방은 OOO으로부터 수취한 계산서를 상품권 매입증빙으로 제시하여 속칭 ‘카드깡’을 한 신용카드위장가맹점 혐의가 있으므로 전액 가공계산서로 확정하여 거래처 사업장의 관할세무서장에게 과세자료로 파생할 예정이다.

(다) 위 보고서의 첨부자료인 ‘OOO 매출계산서 교부내역 검토서’ 등에 의하면, OOO은 2002년 제2기 부가가치세 과세기간에 청구법인에게 65,237천원 상당의 상품권을 매출한 것으로 신고한 반면, 청구법인은 같은 기간에 74,527천원 상당의 상품권을 매입한 것으로 신고하였고, 처분청은 OOO의 거래처에 대하여 거래경위 확인안내문을 발송하였으며, 청구법인은 OOO과의 상품권거래가 실거래라고 소명하였으나, 위 (나)에서 살펴본 바와 같이 OOO이 신용카드위장가맹점 혐의가 있으므로 쟁점계산서를 가공계산서로 확정한 것으로 기재되어 있으며, 동 검토서에는 쟁점계산서와 관련된 조사내용이 아래 <표1>과 같이 기재되어 있다.

〈표1〉OOO 매출계산서 교부내역 검토서

OOO

(2) 위 조사내용에 기초하여 처분청은2009.8.11. 청구법인에게 이 건 법인세를 과세하였다.

(3) 이에 대하여 청구법인은 쟁점계산서상의 거래가 실거래라고 주장하면서 청구법인의 대표이사 OOO은행 예금거래실적증명서, 세무대리인 OOO의 회계자료 파기 확인서 및 주식회사 OOO의 사실확인서 등을 제출하였는 바,

(가) 청구법인이 제출한 예금거래실적증명서내역에 의하면, 청구법인의 대표이사 OOO의 계좌OOO에서 2002.7.24.부터 2002.10.14.까지 8차례에 걸쳐 65,245천원을 OOO에 송금된 것으로 확인된다.

〈표2〉OOO은행 거래계좌 거래내역

OOO

(나) 청구법인의 세무대리인 OOO의 확인서(2010.1.21.)에 의하면, ‘OOO는 2002년부터 2003년까지 청구법인의 기장을 대리하였고, 청구법인의 회계자료는 법적 보존기한인 5년이 경과하여 모든 자료를 파기하였다’는 취지의 확인내용이 기재되어 있다.

(다) 주식회사 OOO의 확인서(2010.1.20.)에 의하면, ‘주식회사 OOO은 2002년부터 2003년까지 OOO으로부터 상품권을 매입하였고, 청구법인도 OOO으로부터 상품권을 매입하였다’는 취지의 확인내용이 기재되어 있다.

(라) 이 밖에도 청구법인은 위 <표1>의 신고내역 차이와 관련하여 OOO으로 매입한 상품권 가액은 쟁점계산서상의 매입가액인 총74,527,000원이고, 사업장이 인근에 있어 일부는 현금으로 지급하였는데, OOO측에서 무통장입금된 금액만 매출로 신고한 것으로 보인다는 취지의 의견을 제시하였다,

(4) 또한,청구법인은 2010.7.20.(화)개최된 조세심판관회의에 출석하여 차량운송알선업을 하기 위하여 사업자등록을 하고 사무실을 1년 계약으로 임대하였는데, OOO경찰서에서 차량운송알선업은 불법이라는 공문이 날아와서 차량운송알선업은 포기하고, 대신 상품권거래를 하기 위하여 OOO세무서 민원실을 방문하여 상담한 결과, 업무담당자가 가전제품·의류 도소매업종을 추가하면 가전제품 상품권 및 의류 상품권을 취급할 수 있다고 하여 위 업종을 추가하여 상품권 거래을 하였다는 취지의 의견진술을 하였다.

(5) 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제3호 및 같은 법 시행령 제12조의3 제1항 제1호에서 “과세표준과 세액을 신고하는 국세에 있어서는 당해 국세의 과세표준과 세액에 대한 신고기한 또는 신고서 제출기한(이하 “과세표준 신고기한”이라 한다)의 다음 날부터 5년의 기간이 만료된 날 후에는 국세를 부과할 수 없다”고 규정하고 있고, 「법인세법」제60조 제1항에는 “납세의무있는 내국법인은 각 사업연도의 종료일부터 3월 이내에 당해 사업연도의 소득에 대한 법인세의 과세표준과 세액을 납세지 관할세무서장에게 신고하여야 한다”고 규정하면서, 같은 법 제116조 제1항에서 “법인은 각 사업연도에 그 사업과 관련된 모든 거래에 관한 증빙서류를 작성 또는 수취하여 제60조의 규정에 의한 신고기한이 경과한 날부터 5년간 이를 보관하여야 한다”고 규정하고 있다.

(6) 이상의 사실관계와 관련법령 등을 종합하여 살피건대, 과세관청의 조사 등에 의하여 계산서 등을 발행한 사업자가 자료상 행위 등을 한 사실이 확인된 경우, 그 사업자로부터 수취한 계산서 등이 가공자료가 아니라는 사실은 그 사업자로부터 계산서 등을 수취하여 관련매입액 등을 손금산입한 사업자가 입증하는 것이 원칙이라 하겠으나, 「법인세법」 제116조 제1항에서 법인은 자신이 비치·기장한 장부와 증빙자료를 확정신고기간 종료일로부터 5년간 보관하도록 하고 있는 점을 감안할 때, 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하여 과세자료 등이 통보된 경우에는 당해 사업자에게 장부와 증빙자료의 보관기간이 경과하지 아니한 경우와 동일한 정도의 입증책임을 부담시키는 것은 무리라고 판단되므로 이러한 경우에는 과세관청이 계산서 등을 발행한 사업자로부터 가공거래를 시인하는 내용의 확인을 받는등 당해 계산서 등이 실물거래없이 발행되었음을 확신하기에 충분한 정도의 입증을 하여야 할 것이다OOO.

이 건의 경우, 처분청은 이 건 법인세와 관련된장부와 증빙자료의 보관기간(2008.3.31.) 및 「국세기본법」 제26조의2 제1항 제3호에서 규정한 부과제척기간(2008.3.31.)이 모두 경과한 상태에서 2008년 6월경 청구법인의 거래처인 OOO에 대한 세무조사를 실시하였고, 쟁점계산서상의 거래대금이 OOO에게 지급되었는지 여부와 이러한 거래대금이 청구법인에게 재입금된 사실이 있는지 여부 등은 전혀 조사하지 아니하고, OOO이 신용카드위장가맹점 혐의가 있다는 이유로 쟁점계산서상의 거래를 가공거래로 확정한 점이 있는 반면,청구법인은 ‘차량운송알선, 가전제품·의류 도소매업’으로 사업자등록을 하였으나 실제 상품권거래를 한 것으로 보이고, 쟁점계산서상의 상품권 거래대금 74,527천원 중 65,245천원이 텔레뱅킹의 방법으로 OOO에게 송금된 사실이 확인되며, 동거래대금이 청구법인에게 송금된 내역은 나타나지 아니하고, 모든 거래대금을 무통장입금 방식으로 지급하여야만 하는 것은 아닌 점에 비추어일부 현금으로 지급된 부분에 대하여 OOO측에서 매출신고를 누락한 것으로 보인다는 청구주장을 사실이 아니라고 확인할 근거가 없는 바, 쟁점계산서상의 거래는 정상거래로 인정할 수 밖에 없다고 판단된다.

따라서,쟁점계산서를 실물거래가 없는 가공자료로 보아 관련 매입액을 손금불산입한 처분은잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유있으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.