가. 청구법인은 2013.2.26. OOO을 신고․납부하였다.

나. 청구법인은 2013.2.28. OOO을 신고․납부하였다.

다. 청구법인은 2014.2.25. OOO(이하 “이 건 제3취득세 등”이라 하고, 이 건 제1․2취득세 등을 포함하여 이하 “이 건 취득세 등”이라 한다)을 신고․납부하였다.

라. 청구법인은 2015.11.11. 이 건 아파트는OOO 제13조 제1항 및 부칙 제3조 제1항에 따라 취득세 면제대상인바, 이 건 취득세 등은 전액 환급되어야 한다는 취지로 경정청구를 하였으나, 처분청은 2015.12.22. 이를 거부하였다.

마. 청구법인은 이에 불복하여 2016.3.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인은 지방공사인 청구법인이 그 고유 업무인 주택신축사업에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대한 취득세는 전액 면제 대상이라는OOO제13조 제1항을 적용하는 것이 타당하다 할 뿐만 아니라 조세심판원도 건축공사 등을 착공한 후에 지방세 관계법령이 납세의무자에게 불리하게 개정된 경우에는 그 취득시기에 관계 없이 종전 법령을 적용하여 지방세 면제 여부를 판단하여야 한다고 결정(조심 2015지423, 2015.8.12., 같은 뜻임)하였으므로 이 건 아파트에 대한 취득세는 전액면제 대상이라고 할 것임에도 처분청이 이 건 아파트의 사용승인일이 제13조 제1항이 삭제된 2011.12.31. 이후라는 사실만으로 이 건 취득세 등의 경정청구를 거부한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

취득세의 과세 또는 면제에 관한 법령이 개정된 경우 취득세 납세의무가 성립한 당시에 시행되는 법령을 적용하여야 함은 당연하다 할 것이나, 해당 법령이 납세자에게 불리하게 개정된 경우에는 납세자의 기득권 내지 신뢰보호를 위하여 특별히 경과규정을 두어 납세자에게 유리한 종전 법령을 적용하도록 하고 있는 경우에는 종전 법령을 적용하여야 할 것이나, 「제13조 제1항이 삭제된 후, 이에 대응하여 신설된「지방세특례제한법」(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것, 이하 같다) 제85조의2 제1항에서 청구법인과 같은 지방공사가 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75 (2014.1.1.부터는 100분의 50)를 감면한다고 규정하여 그 감면율을 낮추었고, 같은 법 부칙 제8조에서 이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 당해 지방공사에 대한 지방자치단체의 출자비율에 따라 감면율을 결정하도록 규정함에 따라 이 건 제1․2아파트 중 청구법인이 이미 분양한 아파트에 대하여는 취득세를 면제하고, 나머지 아파트에 대하여는 100분의 75를 감면하였으며, 이 건 제3아파트의 경우 2014.1.1. 개정된 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항에 따라 취득세 감면율을 100분의 50으로 하였는바, 이 건 아파트의 취득세 감면 관련 규정은「경기도 도세감면조례」제13조 제1항을 적용할 것이 아니라 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항을 적용하여야 하고 그 부칙도 마찬가지이므로 처분청이 청구법인의 경정청구를 거부한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

이 건 아파트에 대한 취득세는 그 사용승인일에 관계 없이OOO제13조 제1항을 적용하여야 한다는 청구주장의 당부

나. 관련 법령 등

(1) 지방세특례제한법(2011.12.31. 법률 제11138호로 개정된 것)

제85조의2【지방공기업 등에 대한 감면】①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2013년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 75(100분의 75의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식( 「지방공기업법」제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.

부칙

제1조【시행일】이 법은 2012년 1월 1일부터 시행한다. 다만, 제10조제1항 및 제57조 제3항의 개정규정은 2012년 3월 2일부터 시행한다.

제2조【일반적 적용례】이 법은 이 법 시행 후 최초로 납세의무가 성립하는 경우부터 적용한다.

제8조【지방공사에 대한 감면 적용특례】이 법 시행 당시 주택사업 또는 토지개발사업을 목적으로 하는 지방공사가 이 법 시행 전에 분양한 부동산에 대해 해당 지방공사에 부과하는 지방세는 제85조의2의 개정규정에도 불구하고 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 감면한다.

1. 취득세의 100분의 100에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식( 「지방공기업법」제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 감면한다.

(2) 지방세특례제한법(2014.1.14. 법률 제12251호로 개정된 것)

제85조의2【지방공기업 등에 대한 감면】①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사(농수산물공사 및 도시철도공사를 제외한다)에 대하여는 다음 각 호에서 정하는 바에 따라 2016년 12월 31일까지 지방세를 경감한다.

1. 그 고유업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50(100분의 50의 범위에서 조례로 따로 정하는 경우에는 그 율)에 지방자치단체의 주식소유비율[해당 지방공사의 발행주식총수에 대한 지방자치단체의 소유주식( 「지방공기업법」제53조 제4항에 따라 지방자치단체가 출자한 것으로 보는 주식을 포함한다) 수의 비율을 말한다. 이하 이 조에서 같다]을 곱한 금액을 경감한다.

(3) 경기도 도세감면조례(2011.12.26. 경기도 조례 제4295호로 개정되기 전의 것)

제13조【지방공사 등에 대한 감면】①「지방공기업법」에 따라 설립된 지방공사 또는 지방공단이 그 고유의 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산과 전동차에 대하여는 취득세를 면제하고, 그 법인등기와 구분지상권 설정등기(지하철공사에 한정한다)에 대하여는 등록면허세를 면제하며, 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 부동산에 대하여는 「지방세법」제146조 제2항에 따른 지역자원시설세를 면제한다. 다만, 총 자산 중 민간출자분 또는 민간출연분이 있는 경우 그 부분에 대하여는 그러하지 아니한다.

부칙

제1조【시행일】이 조례는 2012년 1월 1일부터 시행한다.

제3조【일반적 경과조치】① 이 조례 시행 당시 종전의 규정에 따라 감면하였거나 부과 또는 감면하여야 할 지방세에 대하여는 종전의 규정에 따른다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 청구법인은「지방공기업」에 따라 OOO가 100% 출자한 지방공사로서 처분청으로부터 아래 ＜표1＞과 같이 이 건 아파트의 신축 관련 허가를 받았다.

(나) 이 건 아파트의 취득에 따른 취득세 감면 현황은 아래 ＜표2＞와 같다.

(다) 청구법인은 ＜표2＞에 따라 사용승인일을 기준으로 분양 여부 등에 따라 취득세 감면율을 달리하여 아래 ＜표3＞과 같이 산출한 취득세 등을 처분청에 신고․납부하였다.

(2) 청구법인에 대한 취득세 감면 규정을 살펴보면, 청구법인이 그 고유 업무에 직접 사용하고자 취득하는 부동산에 대하여 2011.12.31.까지는제13조 제1항에 따라 취득세를 전액 면제하다가 2012.1.1.제13조 제1항을 삭제하고, 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항을 신설하여 청구법인과 같은 지방공사가 그 고유 업무에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대하여 취득세 감면율을 종전 전액 면제에서 75%로 인하하면서 지방공사의 갑작스런 세부담 상승을 방지하고자 부칙 제8조에 이 법 시행 당시 분양한 부분에 대하여는 지방자치단체의 출자비율에 해당하는 만큼 감면한다는 특별 경과 규정을 두었으며, 그 후 2014.1.1. 「지방세특례제한법」제85조의2 제1항을 개정하여 지방공사에 대한 감면율을 종전 75%에서 50%로 다시 인하하였고, 위 규정의 시행과 관련하여 일반적인 경과규정 외에 다른 규정을 신설하지는 않았다.

(3) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인에 대한 취득세 면제 규정은 1995.1.18. 제정된 제21조 제1항에 규정된 후 2011.12.26. 제13조 제1항이 삭제되기 전까지 조항만 수 차례 변경되었을 뿐 그 내용은 15년 이상 동일하게 유지되었고, 청구법인은「제13조 제1항을 근거로 사업기간이 장기간 소요되는 이 건 아파트 신축 및 분양사업을 시작한 것으로 보이는 점, 2011.12.26. 개정되어 2012.1.1.부터 시행하는부칙 제3조 제1항은 과세요건이 완성된 경우에도 유리한 종전 규정의 적용에 관한 납세의무자의 정당한 신뢰를 보호하기 위하여 종전 규정을 적용할 수 있다는 의미로 해석하여야 하므로 제13조 제1항은 청구법인이 2011.12.31. 이전에 취득한 부동산 뿐만 아니라 그 이전에 공사를 착공하여 2011.12.31.이후 사용승인된 건축물에 대하여도 동일하게 적용하여야 하는 점, 청구법인은 제13조 제1항에 따라 이 건 아파트의 취득세가 면제될 것임을 신뢰하고 2010.5.19.부터 2011.8.29. 사이에 이 건 아파트의 신축공사를 착공한 점 등에 비추어 이 건 아파트의 취득세 면제와 관련한 청구법인의 신뢰는 시․도세감면조례를 포함한 지방세 관련 법령의 개폐에 불구하고 보호되어야 할 것인바, 처분청이 청구법인의 취득세 등 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 있다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 있으므로 「지방세기본법」제123조 제4항과 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.