가. 청구법인은 2016.1.18. OOO등 6필지 토지 35,237㎡ 및 지상건축물 5,269.08㎡(이하 “이 건 부동산”이라 한다)를 취득하고, 같은 날 취득세 신고를 하면서 이 건 부동산 중 OOO외 6필지 34,972.74㎡ 및 지상건물 5,170.08㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)는 「지방세특례제한법」 제11조에 따른 농업법인이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 내에 취득하는 부동산으로 신고하여 처분청으로부터 취득세 등을 면제받았다.

나. 처분청은 2016.3.2. 이 건 부동산의 소유권이 청구법인에서 가등기권자인 OOO으로 이전되자, 2016.9.8. 청구법인에게 쟁점부동산에 대하여 감면한 취득세 OOO농어촌특별세 OOO지방교육세 OOO합계 OOO(가산세 포함)을 부과·고지하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2016.12.23. 이의신청을 거쳐 2017.7.24. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

(1) 청구법인은 2015.11.23. 설립된 후 2016.1.18. 이 건 부동산을 OOO억원에 취득하고, 소유권이전등기를 완료하였으나, 이 건 부동산의 가등기권자인 OOO은 2016.3.2. 「가등기담보등에 관한 법률」제14조 규정에 의거 강제경매진행중인 경우 본등기를 청구할 수 없음에도 불구하고, 청산절차를 거치지 않은 채 가등기에 기한 소유권이전등기를 완료하는 바람에 청구법인의 소유권이 말소되었다.

(2) 매매계약체결 당시에 잔금시까지 가등기, 가압류, 근저당설정, 부동산경매 등 현 부동산에 등기되어 있는 법적 등기는 매도인이 잔금시까지 모두 말소하기로 계약을 체결했었고, 채무관계가 정리가 되지 않자 잔금이 지불되지도 않은 상황에서, OOO은 2016.3.2. 이 건 부동산에 대하여 담보 가등기에 기해 소유권이전등기절차를 마친 후, 2016.3.9. 청구법인으로 청산통고를 하였다.

(3) 이에 청구법인은 2016.4.27.(이 건 부동산에 대한 채무 청산기한은 2016.5.12.까지 이다) 이 사건 가등기 및 소유권이전등기의 말소등기절차를 이행받기 위하여 자기앞수표 OOO억원을 소지하고 OOO에게 지급하려고 하였으나, OOO은 수령을 거절하였고, 청구법인이 2016.5.4. 재차 제주지방법원에서 열린 조정기일에 자기앞수표 OOO억원을 지참하고 출석하여 OOO의 소송대리인에게 교부하려 하였으나, OOO의 소송대리인은 그 수령을 거부하였기에, 청구법인은 2015.5.20. OOO을 고소하여 소송을 제기(제주지방법원 2016가합10878)하였다.

(4) 청구법인은 2016.1.15. 이 건 부동산의 매매계약 체결 당시 OOO에 의해 소유권이전청구권가등기가 된 사실도 몰랐었고, 이 건 부동산에 대한 농장 경영을 단 하루도 해보지 못함을 물론, 소유권도 상실되어, 농장을 되찾는데 엄청난 소송비용을 감내하며 어려운 법적 재판을 벌이고 있는 상황에서 감면받았던 취득세 등의 추징은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 당초 가등기된 부동산을 취득하는 시점에서는 가등기에 기한 본등기로 소유권이 말소될 수도 있다는 사실을 충분히 알 수 있었던 점, 「지방세특례제한법」제11조 제3항 제2호에 의한 추징요건의 경우는 정당한 사유를 불문하고 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 소유권을 매각·증여하는 경우에는 추징토록 하고 있으며 이때의 매각은 모든 소유권 변동을 포함하는 의미로 볼 수 있어 감면받은 부동산에 대해 취득세 등을 부과·고지한 것은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 영농을 목적으로 쟁점부동산을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 가등기에 기한 본등기로 소유권이전등기가 말소된 경우 감면된 취득세 등이 추징대상인지 여부

나. 관련 법령 : <별지> 기재

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실이 나타난다.

(가) 청구법인이 설립되기 이전의 OOO는 2013.9.11. OOO(이하 “OOO등”이라 한다)와 이 건 부동산의 매매금액을 OOO억원(계약금 OOO억원, 중도금 OOO억원, 잔금 OOO억원)으로 하고, 특약사항으로 돼지 6,000두가 포함되며, 가등기·가압류·근저당설정·부동산경매 등 현 부동산에 등기되어 있는 사항은 잔금시까지 매도인이 모두 말소한다는 내용으로 이 건 부동산의 매매계약을 체결하였다.

(나) 청구법인은 2015.11.23. 본점소재지를 OOO대표이사를 OOO목적사업을 가축사육업, 농산물, 축산물의 유통, 가공, 판매업, 농산물, 축산물의 전부 또는 일부 대행, 농산물, 축산물의 배취, 비축사업 등으로 하여 설립되었다.

(다) 이 건 부동산에 대한 등기부등본을 보면, 2015.11.16. 소유권이전청구권가등기 권리에 따라 OOO이 가등기권자로 기재되어 있는 것이 확인된다.

(라) 청구법인은 2016.1.15. 이 건 부동산의 매수인을 OOO에서 청구법인으로 변경하고 매매계약을 새로 체결하였다. 세부내용은 다음과 같다.

(마) 이 건 부동산은 2016.1.18. 매매를 원인으로 하여 청구법인 명의로 소유권이전등기가 완료되었다. 다만, 매도인은 잔금이 지급되지 않은 상황에서, 청구법인 앞으로 소유권이전등기를 해주면서 매매대금이 지급되지 않을 경우를 대비하여 청구법인의 인감이 날인된 ‘매매계약 해제증서’ 등을 법무사 OOO사무실에 보관하였다.

(바) 이 건 부동산은 2016.3.2. 가등기에 기한 본등기로 인하여 청구법인 명의의 소유권이전등기가 말소되어 가등기권자인 OOO명의로 소유권이전 등기가 되었다.

(사) 이 건 부동산에 대한 소유권이전등기와 관련하여 2016.5.20. 소송이 다음과 같이 접수되었다.

(아) 이 건 부동산에 대하여 2016.8.19. 제주지방법원의 가처분결정이 다음과 같이 이루어졌다.

(자) 청구법인이 이 사건 관련 소송 청구(2016카합10132)에 대하여 2017.2.16 제주지방법원은 다음과 같이 선고하였다.

(2) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 청구법인은 이 건 취득세 등을 추징한 처분이 부당하다고 주장하나,

청구법인은 2016.1.18. 쟁점부동산을 취득하여 취득세 등을 감면받은 후 2016.3.2. 쟁점부동산의 소유권이 OOO으로 이전된 점, 쟁점부동산의 등기부등본 등에 의하면 청구법인이 2016.1.18. 쟁점부동산을 취득하기 이전인 2015.11.16. 이미 소유권이전청구권가등기가 설정되어 있어 이에 따른 가등기 등으로 인하여 청구법인이 쟁점부동산의 사용에 제한이 있었던 사정을 충분히 알 수 있었거나 설령 몰랐다 하더라도 조금만 주의를 기울였다면 이를 알 수 있었던 것으로 보이는 점 등에 비추어 청구법인이 정당한 사유없이 쟁점부동산을 유예기간 내에 영농에 직접 사용하지 못하였거나 매각·증여한 것으로 보는 것이 타당하므로 처분청이 이 건 취득세 등을 추징한 처분은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「지방세기본법」 제96조 제6항, 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.

(1) 지방세법

제11조(부동산 취득의 세율) ① 부동산에 대한 취득세는 제10조의 과세표준액에 다음 각 호에 해당하는 표준세율을 적용하여 계산한 금액을 그 세액으로 한다.

3. 원시취득 : 1천분의 28

7. 그 밖의 원인으로 인한 취득

가. 농지 : 1천분의 30

나. 농지 외의 것 : 1천분의 40

(2) 지방세특례제한법

제11조(농업법인에 대한 감면) ① 「농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률」 제16조에 따른 영농조합법인과 같은 법 제19조에 따른 농업회사법인(이하 이 조에서 "농업법인"이라 한다)이 영농에 사용하기 위하여 법인설립등기일부터 2년 이내에 취득하는 부동산에 대해서는 취득세를, 농업법인의 설립등기에 대해서는 등록면허세를 각각 2017년 12월 31일까지 면제한다.

② 농업법인이 영농·유통·가공에 직접 사용하기 위하여 취득하는 부동산에 대해서는 취득세의 100분의 50을, 과세기준일 현재 해당 용도에 직접 사용하는 부동산에 대해서는 재산세의 100분의 50을 각각 2016년 12월 31일까지 경감한다.

③ 제1항 및 제2항에 대한 감면을 적용할 때 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우 그 해당 부분에 대해서는 감면된 취득세를 추징한다.

1. 정당한 사유 없이 그 취득일부터 1년이 경과할 때까지 해당 용도로 직접 사용하지 아니하는 경우

2. 해당 용도로 직접 사용한 기간이 3년 미만인 상태에서 매각·증여하거나 다른 용도로 사용하는 경우

(3) 지방세법 시행령

제20조(취득의 시기 등) ② 유상승계취득의 경우에는 다음 각 호에서 정하는 날에 취득한 것으로 본다.

1. 법 제10조 제5항 제1호부터 제4호까지의 규정 중 어느 하나에 해당하는 유상승계취득의 경우에는 그 사실상의 잔금지급일

2. 제1호에 해당하지 아니하는 유상승계취득의 경우에는 그 계약상의 잔금지급일(계약상 잔금지급일이 명시되지 아니한 경우에는 계약일부터 60일이 경과한 날을 말한다). 다만, 해당 취득물건을 등기·등록하지 아니하고 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 서류에 의하여 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우에는 취득한 것으로 보지 아니한다.

가. 화해조서·인낙조서(해당 조서에서 취득일부터 60일 이내에 계약이 해제된 사실이 입증되는 경우만 해당한다)

나. 공정증서(공증인이 인증한 사서증서를 포함하되, 취득일부터 60일 이내에 공증받은 것만 해당한다)

다. 행정자치부령으로 정하는 계약해제신고서(취득일부터 60일 이내에 제출된 것만 해당한다)

⑬ 제1항, 제2항 및 제5항에 따른 취득일 전에 등기 또는 등록을 한 경우에는 그 등기일 또는 등록일에 취득한 것으로 본다.

(4) 농어업경영체 육성 및 지원에 관한 법률

제19조(농업회사법인 및 어업회사법인의 설립 등) ① 농업의 경영이나 농산물의 유통·가공·판매를 기업적으로 하려는 자나 농업인의 농작업을 대행하거나 농어촌 관광휴양사업을 하려는 자는 대통령령으로 정하는 바에 따라 농업회사법인(農業會社法人)을 설립할 수 있다.

② 농업회사법인을 설립할 수 있는 자는 농업인과 농업생산자단체로 하되, 농업인이나 농업생산자단체가 아닌 자도 대통령령으로 정하는 비율 또는 금액의 범위에서 농업회사법인에 출자할 수 있다.

⑤ 농업회사법인 및 어업회사법인은 설립등기 또는 변경등기를 한 경우에는 30일 이내에 주된 사무소 소재지를 관할하는 시장·군수·구청장에게 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 설립등기 또는 변경등기 사실을 통지하여야 한다. 이 경우 시장·군수·구청장은 농업회사법인 및 어업회사법인의 명부를 농림축산식품부령 또는 해양수산부령으로 정하는 바에 따라 관리하여야 한다.

⑥ 농업회사법인 및 어업회사법인의 설립·출자, 부대사업의 범위 등에 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

⑦ 농업회사법인의 농업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조제4항을 준용하고 어업회사법인의 어업생산자단체 조합원이나 준조합원 가입에 관하여는 제17조제5항과 제6항을 준용한다.

⑧ 농업회사법인 및 어업회사법인에 관하여 이 법에서 규정한 사항 외에는 「상법」중 회사에 관한 규정을 준용한다.

(5) 가등기담보 등에 관한 법률

제4조(청산금의 지급과 소유권의 취득) ② 채권자는 담보목적부동산에 관하여 이미 소유권이전등기를 마친 경우에는 청산기간이 지난 후 청산금을 채무자등에게 지급한 때에 담보목적부동산의 소유권을 취득하며, 담보가등기를 마친 경우에는 청산기간이 지나야 그 가등기에 따른 본등기(本登記)를 청구할 수 있다.

제14조(강제경매등의 경우의 담보가등기) 담보가등기를 마친 부동산에 대하여 강제경매등의 개시 결정이 있는 경우에 그 경매의 신청이 청산금을 지급하기 전에 행하여진 경우(청산금이 없는 경우에는 청산기간이 지나기 전)에는 담보가등기권리자는 그 가등기에 따른 본등기를 청구할 수 없다.