가. 청구법인은 1996년 5월 OOO그룹사와 「연구개발 및 기술 판매 서비스 비용배분 합의서(Research & Development and Technical Sales Service Cost Sharing Agreement), 이하 “쟁점협약서”라 한다」를 체결하고 쟁점협약서에 따라 위탁 및 공동연구개발활동을 진행하였고, 연구개발 과제를 수행하면서 2006～2008사업연도에 쟁점협약서에 따른 분담액 OOO원(2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원이고, 이하 “쟁점금액”이라 한다)을 지출하였다.

청구법인은 2006～2008사업연도에 대한 법인세 신고 시 쟁점금액이 「조세특례제한법」상 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제(이하 “쟁점세액공제”라 한다) 대상임에도 이를 신청하지 아니함에 따라, 2010.3.31. 처분청에 법인세 OOO원(2006사업연도 OOO원, 2007사업연도 OOO원, 2008사업연도 OOO원)을 환급해 달라는 경정청구를 하였다.

나. 처분청은 쟁점협약서에 공동기술개발에 대한 세부적인 규정이 없고, 청구법인이 연구개발을 먼저 요청할 수 있는 절차 및 권리가 없으며, 그룹에서 탈퇴시 더 이상 당해 기술들을 사용할 수 없게 되는 등 청구법인이 실제적으로 공동연구개발을 수행한 것으로 보기 어렵다고 보아 2010.11.10. 경정청구를 거부하였다.

다. 청구법인은 이에 불복하여 2011.1.21. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

쟁점금액은 원가분담약정(Cost Contribution Arrangement)에 의한 분담액으로서 공동연구개발활동 따른「국제조세조정에 관한 법률」 제6조의 2에 따른 정상원가분담액에 해당하는 것이며, 과세관청은 정상원가분담액이 쟁점세액공제 대상인 것으로 해석(서면2팀-327, 2007.2.22.)하였고, 쟁점금액이 「조세특례제한법 시행령」 별표6의 기술개발과 관련하여 발생한 비용이면 쟁점세액공제 대상으로 충분한 것으로 회계상 또는 세무상으로 반드시 무형자산으로 계상되어야 함을 요건으로 하는 것은 아니며, 처분청 답변서에서도 쟁점세액공제 대상이 되는 지출이 비용발생 단계임을 전제하고 있듯이 단순히 자산으로 계상되지 않았다고 하여 공동연구개발임을 부정하는 것은 논리에 맞지 않는다.

쟁점협약서에 공동연구개발활동의 수행 및 연구개발활동의 결과물에 대한 소유권, 관련 비용의 집계 및 분담방식에 대한 규정이 포함되어 있으며 이는 청구법인이 제출한 공동연구개발 활동내역 및 원가분담내역을 통하여 확인할 수 있으므로 사실상 공동연구개발에 대한 세부적인 규정이 있는 것과 같다.

쟁점협약서상 청구법인이 사업을 영위하던 중 연구개발이 필요할 경우에 OOO 독일(Gmbh)에게 연구개발을 먼저 요청할 수 있는 절차가 명확하게 규정되어 있지는 않으나, 실제로 국내시장의 환경변화에 의해 연구개발이 필요한 경우 언제든지 공동연구개발을 먼저 요청하여 이를 진행하는 것에 대해서는 실질적으로 아무런 제약이 없고, 개별 회사들이 필요한 연구개발과제를 직접 요청할 수 있다는 명시적인 조항은 없으나, “청구회사는 피청구회사의 이익을 위해 연구소 및 연구개발인력을 유지하면서 연구개발활동을 진행하고 이를 통한 업무결과를 요약하여 피청구회사에 제공하며, 피청구회사는 피청구회사의 이익을 위한 결과물을 청구회사로부터 제공받도록 한다”라고 규정되어 있어 누가 먼저 요청하는 것과 상관없이 피청구회사의 이익을 위한 연구활동은 언제든지 가능함을 내포하고 있으며, 청구법인이 직접 OOO 독일(Gmbh)에게 연구개발을 의뢰하였던 실제 사례들을 통해서도 개별회사의 요청에 의한 그룹 차원의 공동연구개발은 충분히 가능함을 확인할 수 있다.

청구법인이 OOO그룹에서 탈퇴시 기술을 사용할 수 없는 경우에는 청구법인이 소유한 공동연구개발에 대한 권리에 대하여 독립적인 제3자 기관의 평가를 득한 보상금액을 청구할 권리를 가지므로 탈퇴시 기술을 사용할 수 없어 공동연구개발로 볼 수 없다는 처분청의 의견은 사실관계의 일부만을 판단근거로 한 자의적인 것이다.

청구법인은 외국인투자기업으로서 세법상 동일한 권리 및 의무를 가지는 내국법인이고, 외국인투자기업의 경우 효율성 제고를 위해 각 기능별로 법인을 설립 운영하고 있는 실정인바, 대다수의 연구개발활동이 그룹내에서 공동으로 이루어질 수 밖에 없고, 이러한 공동연구개발을 통한 원천기술 또한 공동으로 소유하여 전 세계적으로 수익을 창출하는 것이 글로벌 기업의 기본적인 사업 구조임에도 이를 인정하지 않는 것은 글로벌 시대에 걸맞지 않는 차별적인 처사이며, 청구법인이 이러한 공동연구개발에 투자함으로서 전사적으로 다른 경쟁사보다 시장우위를 점한다면 청구법인 입장에서는 다른 경쟁사보다 대외경쟁력이 향상된 것이며 청구법인의 국제경쟁력이 제고됨으로 쟁점세액공제의 입법취지에 부합되는 것이다.

나. 처분청 의견

무형자산이라 함은 자산구분의 일종으로 고정자산 중 실체를 갖지 않은 유상으로 취득한 경제상의 지위 또는 법률상의 권리를 말하고, 세법상 무형자산은 감가상각자산에 포함되며 법령에서 정하는 방법에 의해서 상각해야 하나, 청구법인의 법인세 신고서상 재무제표에 무형자산은 없으며 소유내역이 확인되지 아니할 뿐만 아니라 공동연구건의 예시로 든 LCD Project건은 2007년 개발이 시작되어 현재까지 진행중인 건으로 자산계상이 되지 아니한 상태에서 발생연도에 전액 비용처리한 것으로 확인되므로 당초 개발비로 인식하지 아니한 것으로 판단된다.

연구개발결과를 공동으로 소유하였다고 주장하나, 향후 매출에 대한 예상이익, 관련 수익권에 대하여 언급이 없는 점 등으로 보아 기술의 공동소유를 위한 공동연구로 보기 어렵다.

청구법인은 연구개발의 요청 및 권한의 유무는 OOO그룹사가 수행한 공동연구개발활동 판단과 무관한 것이라 하였으나, 연구개발을 요구할 수 있는 권한 없이 개발된 기술만을 사용하는 것은 공동연구나 위탁연구로 보기 어려우며 기반기술을 가진 곳이 어느 쪽인지 연구개발 시 동등한 자격을 가지고 있는지 여부는 중요한 판단 기준으로 이는 쟁점협약서에서 확인되지 아니한다.

청구법인은 탈퇴시 더 이상 정보를 사용할 수 없으며 이에 대해 보상금액을 청구할 권리를 가진다고 하였으나, 특허권이나 기타 무형자산을 이전하여 특허권 및 무형자산 상실에 대한 보상을 요구할 수 있는 것으로 언급되어 있으며, 청구법인의 경우 특허증 등 실질적인 증빙서류의 제출이 없으며 재무제표상 구체적인 무형자산이 확인되지 아니하므로 공동소유를 하였다고 보기 어렵다.

기업의 연구·인력개발을 촉진하여 기술을 축적하고 우수한 인력확보를 용이하게 함으로써 기업의 대외경쟁력 향상과 산업의 국제경쟁력 제고를 동시에 달성하고자 마련된 단계별 조세지원제도 중 비용발생단계에 해당되는 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제제도의 입법취지에 비추어 볼 때, 청구법인의 지출내용은 그룹사의 전체적인 연구개발비를 분담하는 것으로 청구법인의 원천기술에 대한 경쟁력을 강화한다고 보기 어려우므로 입법취지에 부합하지 아니한다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 원가분담약정에 따라 공동연구개발비로 분담하였다는 쟁점금액이연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상인지 여부

나. 사실관계 및 판단

(1) 처분청은 쟁점금액이연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상이 아니라고 하면서, 청구법인의 경정청구서 등을 제시하였다.

(2) 청구법인은 쟁점금액이 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상이라고 하면서, 기업회계기준서(제3호 무형자산), 공동연구개발 세부 내역(SAP project, LCD project, ZINNIEL project), 공동연구개발 활동에 따른 효과(SAP project의 경제적 효과) 및 분담액 산정방법, 쟁점협약서, 질의회신문(서면2팀-1227, 2007.6.26., 서면2팀-1426, 2005.9.06., 서면2팀-694, 2007.4.20.), 쟁점협약서상 공동연구 또는 위탁연구로 볼 수 없다는 처분청 의견에 대한 반박 주장, 원가분담약정 규정(OECD Guideline의 Cost Contribution Arrangement) 등을 제출하였다.

(3) 청구법인의 경정청구서(2010.7.28.)에 의하면, 원가분담약정에 관여하였다고 주장하는 연구소 직원은 강OOO 1인이고, 근무기간은 2007년 8월부터 현재까지이며, 인건비 지급액은 2008년 OOO원(2007년 OOO원)이고, 해외파견기간은 2007년 11월(2～3주), 2008년2월(2～3주), 2008년 3월(2～3주)로 나타난다.

한편, 이 건 경정청구와 별도로 2006～2008사업연도에 청구법인의 자체 연구소(8명)를 통해 연구 및 인력개발비 세액공제를 적용받은 금액은 OOO원으로 나타난다.

(4) 「조세특례제한법」(법률 제9272호, 2008.12.26. 개정되기 전의 것) 제10조 제1항에 “내국인이 각 과세연도에 연구 및 인력개발을 위한 비용 중 대통령령이 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)이 있는 경우에는 일정 금액을 해당 과세연도의 법인세에서 공제한다”고 규정되어 있고, 같은 법 시행령(대통령령 제21196호, 2008.12.31, 일부개정 되기 전의 것) 별표 6의 구분란 중 “1. 기술개발, 나. 위탁 및 공동기술개발”에 “국내외 기업의 연구기관(과학기술분야를 연구하는 경우에 한한다) 또는 전담부서에게 기술개발용역 등을 위탁함에 따른 비용 및 이들 기관과의 공동기술개발을 수행함에 따른 비용”을 연구ㆍ인력개발비 세액공제를 적용받는 비용으로 규정되어 있다.

「국제조세 조정에 관한 법률」(2008.12.26. 법률 제9266호로 일부개정되기 전의 것) 제6조의 2 제1항에 “과세당국은 거주자가 국외특수관계자와 무형자산을 공동으로 개발 또는 확보(이하 이 조에서 "공동개발"이라 한다)하기 위하여 사전에 원가ㆍ비용ㆍ위험(이하 이 조에서 "원가등"이라 한다)의 분담에 대한 약정을 체결하고 이에 따라 공동개발하는 경우 거주자의 원가등의 분담액이 정상원가분담액보다 적거나 많을 때에는 정상원가분담액을 기준으로 거주자의 원가등의 분담액을 조정하여 거주자의 과세표준과 세액을 결정하거나 경정할 수 있다”고 규정되어 있고,

같은 법 시행령(2009.2.4. 대통령령 제21299 호로 일부개정되기 전의 것) 제14조의 2 제1항 및 제2항에 “무형자산이라 함은 「특허법」에 따른 특허권, 「실용신안법」에 따른 실용신안권, 「디자인보호법」에 따른 디자인권, 「상표법」에 따른 상표권 또는 서비스표권, 「저작권법」에 따른 저작권, 그 밖에 설계, 모형 및 노하우 등 무형의 자산으로서 그 자체로 사용되거나 다른 사람에게 이전 또는 사용을 허락할 수 있는 것”으로, “법 제6조의 2 제1항에서 "정상원가분담액"이라 함은 거주자가 국외특수관계자가 아닌 자와의 통상적인 원가ㆍ비용 및 위험부담(이하 "원가등"이라 한다)의 분담에 대한 약정에서 적용되거나 적용될 것으로 판단되는 분담액으로서 무형자산의 개발을 위한 원가등을 그 무형자산에 대한 기대편익에 비례하여 배분한 금액을 말한다. 다만, 정상원가분담액에는 무형자산의 사용대가와 분담액 차입시 발생하는 지급이자를 제외한다”로 각각 규정되어 있다.

(5) 위 사실관계 및 제시증빙과 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 이 건 원가분담약정에 관여하였다고 주장하는 강OOO의 인건비가 OOO원인데 반하여, 청구법인이 공동연구개발비로 인정해 달라는 금액은 OOO원으로서 이는 약정을 통하여 실제 발생한 공동연구개발비를 지출한 것이 아니라 OOO그룹 전체에서 발생한 연구개발 명목의 비용을 국가별로 소재한 계열사 매출에 따라 단순 배분한 것으로 보이는 점, 쟁점협약서에 따라 어떤 위탁 및 공동연구개발을 수행하였는지가 불분명한 점 등을 고려하여 볼 때, 처분청이 쟁점금액을 「조세특례제한법」 제10조의 연구 및 인력개발비에 대한 세액공제 적용 대상이 아니라고 보아 이 건 경정청구를 거부한 처분은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.