처분청은 청구인이 1998년도 종합토지세 과세기준일(6.1.) 현재 소유하고 있는 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 ㅇㅇ번지외 6필지 토지 157,228.2㎡(이하 “이건 토지”라 한다)에 대하여 이건 토지의 과세표준액(47,667,685,010원)에 지방세법 제234조의16제2항 및 제3항의 세율을 적용하여 산출한 1998년도분 종합토지세 591,133,890원, 도시계획세 95,335,370원, 교육세 118,226,770원, 농어촌특별세 87,708,280원, 합계 892,404,310원을 1998.10.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 처분청이 한 이건 종합토지세 등 부과 처분의 취소를 청구하면서 그 이유로,

청구인은 국민에 대한 의료시혜를 확대하고 국가적 인재의 연구활동지원, 기타 사회 복지 증진에 기여할 수 있는 제반사업을 운영 또는 지원함으로써 국민보건향상과 국민생활의 향상을 도모함을 그 목적으로 하여 설립된 비영리재단법인이다. 청구인이 의료업을 영위함에 있어서는 서울대학교 병원, 국립대학교 병원, 사립대학교 의과대학 부속병원, 지방공사 병원, 의료법에 의하여 설립된 의료법인과 그 형태 및 기능면에서 동일한데도 이들이 의료업에 사용하고 있는 토지에 대하여는 종합토지세 등을 비과세 또는 면제하여 주고 있으면서도 청구인과 같은 비영리재단법인이 소유하면서 의료업에 사용하고 있는 토지에 대하여는 종합토지세 등을 비과세 또는 면제하지 않도록 규정한 지방세법 제234조의12의 규정은 헌법상 평등의 원칙에 위배된다고 하겠다. 따라서 청구인에 대한 종합토지세 등을 비과세 또는 면제하지 아니한 채 이건 종합토지세 등을 부과 고지한 처분은 위법하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 민법 제32조의 규정에 의거 설립된 비영리재단법인이 의료업에 직접 사용하고 있는 토지가 종합토지세 등의 비과세 또는 면제 대상에 해당되는지 여부에 있다.

지방세법 제234조의12 본문 및 제2호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 부과하지 아니한다고 규정하고 있고, 지방세법시행령 제194조의6제2항 및 제79조제1항제1호 내지 제7호에서 비영리사업자의 범위가 규정되어 있으며, 지방세법 제290조제1항 본문 및 그 제15호, 제16호, 제17호에서 서울대학교 병원설치법 및 국립대학교 병원 설치법에 의하여 설립된 서울대학교 병원 및 국립대학교 병원, 지방공기업법에 의하여 의료사업을 목적으로 설립된 지방공사, 의료법에 의하여 설립된 의료법인이 과세기준일 현재 그 고유업무에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세를 면제한다고 규정하고 있다.

청구인은 지방세법상 국립대학교 병원 등이 의료업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 종합토지세 등을 비과세 또는 면제한다고 명문으로 규정하고 있으면서, 청구인과 같은 비영리 재단법인이 의료업에 직접 사용하는 토지에 대하여는 비과세 또는 면제하지 않도록 규정한 것은 헌법상 평등의 원칙에 위배된다고 주장하고 있다.

그러나 헌법상의 평등이란 배분적 정의에 기초한 상대적 평등을 의미하는 것으로서 합리적인 사유와 기준에 의한 차별 대우까지를 금지하는 것은 아니라 할 것이다. 그리고 국립대학교 병원이나 의료사업이 목적인 지방공사, 사회복지법인 또는 의료법에 의하여 설립된 의료법인 등은 자연인인 의사 등이나 민법 또는 특별법에 의하여 설립된 비영리법인에 비하여 그 설립목적이나 그에 대한 법적 규제 등의 측면에서 공공성과 공익성이 특히 강하여 그 고유업무에 직접 사용하는 토지에 대하여는 조세부담을 경감할 필요성이 훨씬 크다고 인정되기 때문에 종합토지세 등을 비과세 또는 면제하도록 규정한 것이므로, 의료기관 개설자 가운데 그 공공성과 공익성이 비교적 적은 민법상의 비영리 재단법인과 자연인인 의사 등을 비과세 또는 면제 대상에서 제외하였다고 하여 이를 불합리하거나 자의적인 차별이라고 할 수는 없다.

또한 의료기관을 운영하려는 법인의 설립자로서 종합토지세 등의 면제 혜택을 받고자 하는 경우에는 비영리법인으로서 병원을 운영할 것이 아니라 의료법이 정한 바에 따라 의료법인을 설립하여 의료기관을 운영하면 종합토지세 등의 면제를 받을 수 있는 길도 열려 있다 할 것(같은 취지의 ㅇㅇ고등법원 1998.10.21. 98누3619, 대법원 1999.1.13. 98두18367)이므로 지방세법 제234조의12의 규정이 헌법상 평등의 원칙에 위배되었다는 청구인의 주장을 받아 들일 수 없다고 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1999. 4. 28.

행 정 자 치 부 장 관