가. 청구법인은 「은행법」제3조에서 규정하는 금융기관으로 2008사업연도에 주식회사 OOO 주식회사 등 수탁업체들에게 전산시스템 구축용역 등을 위탁하였으나 해당 사업연도 법인세 신고시 「조세특례제한법」제10조의 연구․인력개발비 세액공제 적용을 누락하였고, 이에 2009년 10월경 위 위탁연구개발에 대하여 OOO원의 세액공제를 적용하여 줄 것을 경정청구하였으며, 처분청은 2009.12.23. 청구법인에게 수탁업체들이 제3자에게 재위탁한 개발비용 OOO원을 제외한 나머지 금액에 대하여 연구․인력개발비 세액공제를 적용하여 OOO원을 환급하였다.

나. 이에 불복한 청구법인은 2010.3.22. 심판청구를 제기하였고, 우리 원은 2012.6.22. 제3자에게 재위탁한 비용 중 전담부서를 보유한 업체에 재위탁한 금액에 대하여는 연구․인력개발비 세액공제를 적용하여야 한다며 이에 해당하는 금액을 재조사하여 세액을 경정하라는 취지의 결정(조심 2010서1139, 2012.6.22. 참조)을 하였으며, 처분청은 위 결정에 따라 연구개발 전담부서가 있는 제3자에게 재위탁된 연구개발비에 대한 세액공제액 OOO원을 청구법인에게 추가로 환급하였다(청구법인의 2008사업연도 법인세 과세표준은 결손이어서 2009사업연도 법인세에서 이월공제함).

다. 청구법인은 2012.10.25. 2008사업연도에 발생한 연구․인력개발비 세액공제액 중 인정되지 아니한 OOO, 이하 “쟁점①금액”이라 한다)을 2009사업연도 법인세에서 이월하여 공제하여 줄 것을 다시 처분청에 경정청구하였으나, 2012.12.18. 서울지방국세청장으로부터 동 경정청구가 거부되었음을 통지받았다.

라. 또한, 2012.11.13. 청구법인은 2009사업연도 법인세 신고시 누락한 연구․인력개발비 세액공제액 OOO원(이하 “쟁점②금액”이라 한다)의 환급을 구하는 경정청구를 제기하였으나 2013.1.9. 서울지방국세청장으로부터 청구내용의 확인에 많은 시간이 소요됨에 따라 기한내 결정하지 못한다는 통지를 받았다.

[위 “다”와 “라”에서 경정청구에 대한 서울지방국세청장의 거부통지와 관련하여 「국세기본법」제45조의2(경정 등의 청구) 제1항 및 제3항에 따라 경정청구에 대한 처분권은 OOO세무서장에게 있는 것이어서 서울지방국세청장의 경정청구 거부는 권한 없는 자의 행위에 해당한다 할 것이나, 이는 곧 제3항 및 같은 법 제55조 제1항에 의하여 세무서장이 경정청구를 받은 날로부터 2월 이내에 경정하지 아니하거나 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻의 통지를 하지 아니한 경우로서 부작위에 해당한다고 볼 수 있음]

마. 청구법인은 위 “다”와 “라”에 불복하여 2013.2.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

국세청 유권해석(법인 22601-1189, 1992.5.30.), 조세심판원의 결정(조심 2010서1139, 2012.6.22.), 법원 판결(서울행정법원 2013.6.14. 선고 2012구합31878 판결 참조) 등에서 금융업 영위 법인의 전산시스템 구축용역에 따른 지출비용은 연구․인력개발비에 해당하는 것으로 보고 있고, 연구․인력개발비 세액공제 대상액을 계산함에 있어 청구법인으로부터 기술개발용역을 수탁받은 자가 제3자에게 재위탁한 부분을 제외하는 것은 세법상 근거가 없어 조세법률주의원칙상 엄격해석의 원칙에 반한다 할 것이며, 수탁업체가 발주용역을 수행함에 있어 발주자인 청구법인이 전혀 관여할 수 없었음에도 재위탁분 연구개발비 또는 전담부서를 보유하지 아니한 업체에 위탁한 비용에 관한 세액공제를 배제하는 것은 자기책임의 원리 및 조세평등의 원리에 반하고, 수탁업체의 재위탁 여부에 따라 발주처가 세제상 불이익을 받는 것은 조세형평성을 침해한다. 또한, 발주한 기술개발용역의 이행에 대한 책임과 위험은 수탁업체가 부담하므로 재위탁분 연구개발비를 공제대상에서 제외하는 것은 타당하지 않으며, 재위탁은 개발 결과물의 완성도를 높이기 위한 합리적인 선택이므로 세제 측면에서 이를 규제할 경우 정상적인 기술개발을 저해하여 연구개발에 대한 세제혜택의 취지를 침훼할 소지가 있으므로 쟁점①금액과 쟁점②금액 또는 적어도 쟁점②금액 중 연구개발 전담부서를 보유한 제3자에게 재위탁한 연구․인력개발비에 관한 세액공제만큼은 인정하여야 한다.

나. 처분청 의견

연구․인력개발비에 대한 세액공제는 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 창의적 연구개발 활동에 소요된 비용에 대해 적용하는 것이나, 수탁기업 전담부서의 연구개발 결과 개발된 범용소프트웨어 패키지 등을 비전담부서에서 프로젝트 수행시 활용하여 프로그램 설치, 단순 시스템 변경(커스터마이징), 시스템 업그레이드 및 테스트 등을 하는 것은 창의적 연구개발 활동이 아니고, 「조세특례제한법 시행령」별표6은 연구전담부서에서 위탁받아 직접 기술개발용역을 제공하여야 하는 것으로 해석하여야 함에도 동 규정을 재수탁업체에까지 적용하는 것은 오히려 엄격해석의 원칙에 반하며, 기획재정부 유권해석(조세특례제도과-844, 2009.9.25.)에서도 연구․인력개발비 중 수탁자가 제3자에게 재위탁한 비용은 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하지 않는 것으로 보고 있다. 또한, 청구법인이 제출한 전산자원구매계약서상 수탁업체가 전산시스템 개발용역을 재위탁시 청구법인의 사전승인을 요하는 것으로 되어 있는 등 청구법인에게 재위탁에 관한 관리․통제권이 있었던 것으로 보이므로 자기책임의 원리 또는 조세평등의 원칙에 반한다는 주장은 받아들일 수 없다. 아울러, 수탁자가 위탁개발용역을 직접 수행하지 않고 재위탁하게 되면 결과적으로 수탁자는 연구개발 보다는 프로젝트 계약을 위한 영업 확대에 치중하므로 연구인력개발을 촉진시키거나 기술 축적에 따른 대외경쟁력 향상이라는 연구․인력개발비 세액공제 제도의 취지를 달성하지 못하게 되므로 재위탁분 연구․인력개발비는 세액공제 대상에서 제외하는 것이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

① 2008년 발생 연구․인력개발비 세액공제 신고누락분에 관하여 해당 사업연도 법인세에서 공제해 줄 것을 1차로 경정청구하였다가 거부되자 심판청구 절차를 거친 후, 2008사업연도가 결손이라는 이유로 동 세액공제액을 2009사업연도 이월공제로 적용하여 줄 것을 청구하는 2차 경정청구를 제기하였는데, 이에 관한 처분청의 부작위가 불복대상인 처분인지 여부(직권 심리)

② 2009사업연도에 청구법인으로부터 연구개발용역을 위탁받은 수탁자가 그 중 일부를 제3자에게 재위탁한 경우, 관련 비용이 연구․인력개발비 세액공제 대상에 해당하는지 여부

나. 관련법령

(쟁점① 관련)

(1) 국세기본법

제45조의2(경정 등의 청구) ① 과세표준신고서를 법정신고기한까지 제출한 자는 다음 각 호의 어느 하나에 해당할 때에는 최초신고 및 수정신고한 국세의 과세표준 및 세액의 결정 또는 경정을 법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 관할 세무서장에게 청구할 수 있다. 다만, 결정 또는 경정으로 인하여 증가된 과세표준 및 세액에 대하여는 해당 처분이 있음을 안 날(처분의 통지를 받은 때에는 그 받은 날)부터 90일 이내(법정신고기한이 지난 후 3년 이내에 한한다)에 경정을 청구할 수 있다.

③ 제1항과 제2항에 따라 결정 또는 경정의 청구를 받은 세무서장은 그 청구를 받은 날부터 2개월 이내에 과세표준 및 세액을 결정 또는 경정하거나 결정 또는 경정하여야 할 이유가 없다는 뜻을 그 청구를 한 자에게 통지하여야 한다.

제55조(불복) ① 이 법 또는 세법에 따른 처분으로서 위법 또는 부당한 처분을 받거나 필요한 처분을 받지 못함으로 인하여 권리나 이익을 침해당한 자는 이 장의 규정에 따라 그 처분의 취소 또는 변경을 청구하거나 필요한 처분을 청구할 수 있다.

⑤ 다음 각 호의 처분은 제1항의 처분에 포함되지 아니한다.

1. 이 장의 규정에 따른 이의신청·심사청구 또는 심판청구에 대한 처분. 다만, 이의신청에 대한 처분에 대하여 심사청구 또는 심판청구를 하는 경우는 제외한다.

제65조(결정) ① 심사청구에 대한 결정은 다음 각 호의 규정에 따라 하여야 한다.

1. 심사청구가 적법하지 아니하거나[괄호안 생략] 제61조에서 규정한 청구기간이 지난 후에 청구되었거나 심사청구 후 제63조 제1항에 규정된 보정기간에 필요한 보정을 하지 아니하였을 때에는 그 청구를 각하하는 결정을 한다.

제81조(심사청구에 관한 규정의 준용) 심판청구에 관하여는 제61조 제3항·제4항, 제63조, 제65조(괄호안 생략) 및 제65조의2를 준용한다. 이 경우 제63조 제1항 중 "20일 이내의 기간"은 "상당한 기간"으로 본다.

(2) 조세특례제한법

제144조(세액공제액의 이월공제) 제5조, 제7조의2, 제10조, 제11조, 제12조 제2항, 제24조 내지 제26조, 제94조, 제104조의5, 제104조의8 및 법률 제5584호 조세감면규제법개정법률 부칙 제12조 제2항(종전 제37조의 개정규정에 한한다)의 規定에 의하여 공제할 세액중 당해 과세연도에 납부할 세액이 없거나 제132조의 규정에 의한 최저한세의 적용으로 공제받지 못한 부분에 상당하는 금액은 당해 과세연도의 다음 과세연도의 개시일부터 5년이내에 종료하는 각 과세연도에 이월하여 그 이월된 각 과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 이를 공제한다.

(쟁점② 관련)

(1) 조세특례제한법(2010.1.1. 법률 제9921호로 개정되기 전의 것)

제9조(연구·인력개발준비금의 손금산입) ① 내국인이 2013년 12월 31일 이전에 끝나는 과세연도까지 연구개발 및 인력개발(이하 "연구·인력개발"이라 한다)에 필요한 비용에 충당하기 위하여 연구·인력개발준비금을 적립한 때에는 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조의 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다)에 100분의 3을 곱하여 산출한 금액의 범위에서 해당 과세연도의 소득금액을 계산할 때 해당 금액을 손금에 산입한다.

② 제1항에 따라 손금에 산입한 연구·인력개발준비금은 다음 각 호에 따라 익금에 산입한다.

1. 해당 준비금을 손금에 산입한 과세연도가 끝나는 날 이후 3년이 되는 날이 속하는 과세연도가 끝나는 날까지 연구·인력개발에 필요한 비용 중 대통령령으로 정하는 비용(이하 "연구·인력개발비"라 한다)에 사용한 금액에 상당하는 준비금은 그 3년이 되는 날이 속하는 과세연도부터 각 과세연도의 소득금액을 계산할 때 그 준비금을 36으로 나눈 금액에 해당 과세연도의 개월 수를 곱하여 산출한 금액을 익금에 산입한다

⑤ 제1항에 따른 연구개발은 과학적 또는 기술적 진전을 이루기 위한 활동을 말하고, 인력개발은 내국인이 고용하고 있는 임원 또는 사용인을 교육·훈련시키는 활동을 말하며 그 구체적인 범위는 대통령령으로 정한다.

제10조(연구·인력개발비에 대한 세액공제) ① 내국인[도박장·무도장·유흥주점업 등 대통령령이 정하는 소비성서비스업(이하 "소비성서비스업"이라 한다)을 영위하는 내국인을 제외한다]이 각 과세연도에 연구·인력개발비가 있는 경우에는 다음 각 호에 따른 금액을 해당과세연도의 소득세(사업소득에 대한 소득세에 한한다) 또는 법인세에서 공제한다.

1. 중소기업 : 다음 각 목 중에서 선택하는 어느 하나에 해당하는 금액

가. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 100분의 25를 곱하여 계산한 금액

2. 제1호 외의 내국인 : 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액. 다만, 해당 과세연도의 수입금액( 「법인세법」 제43조에 따른 기업회계기준에 따라 계산한 매출액을 말한다. 이하 이 조에서 같다)에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율이 직전 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율보다 높거나 같을 때 또는 해당 과세연도의 연구·인력개발비가 직전연도보다 높거나 같을 때에는 가목과 나목에 해당하는 금액을 합한 금액과 다목에 해당하는 금액 중에서 선택하는 금액으로 한다.

가. 해당과세연도에 발생한 대학 또는 중소기업 등에게 위탁한 대통령령이 정하는 연구·인력개발비(이하 "중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비"라 한다)가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 50에 상당하는 금액

나. 해당과세연도에 발생한 연구·인력개발비 중 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비가 해당과세연도의 개시일부터 소급하여 4년간 발생한 중소기업 등에의 위탁 연구·인력개발비 외의 연구·인력개발비의 연평균발생액을 초과하는 경우 그 초과하는 금액의 100분의 40에 상당하는 금액

다. 해당 과세연도에 발생한 연구·인력개발비에 다음 산식에 따른 비율(100분의 6을 한도로 한다)을 곱하여 계산한 금액

100분의 3의 비율 + 해당 과세연도의 수입금액에서 연구·인력개발비가 차지하는 비율 × 2분의 1

(2) 조세특례제한법 시행령(2010.2.18. 대통령령 제22037호로 개정되기 전의 것)

제8조(연구 및 인력개발준비금의 범위 등) ① 법 제9조 제2항 제1호에서 "대통령령으로 정하는 비용"이란 법 제9조 제5항에 따른 연구개발활동 및 인력개발활동을 위한 비용으로서 별표 6의 비용을 말한다.

② 제1항의 연구개발활동에는 다음 각 호의 활동을 포함하지 아니한다.

1. 일반적인 관리 및 지원활동

2. 시장조사와 판촉활동 및 일상적인 품질시험

3. 반복적인 정보수집 활동

4. 경영이나 사업의 효율성을 조사·분석하는 활동

5. 특허권의 신청·보호 등 법률 및 행정 업무

6. 광물 등 자원 매장량 확인, 위치확인 등을 조사·탐사하는 활동

7. 위탁받아 수행하는 연구활동

〔별표6〕