갑제1호증, 을제1호증의 1, 3, 을제2, 3호증의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 아래의 사실을 인정할 수 있다.

가. 원고가 1989. 2. 21. ㅇㅇ ㅇㅇ구 ㅇㅇ동 132의 8 대지에 지하 1층, 지상 4층인 근린생활시설 및 주택의 건축허가를 받아 그 시경부터 그 신축공사를 시행하여 같은해 12. 11.경 완공하고 준공검사를 마쳤다.

나. 원고는 위 건축공사중이던 같은해 4. 1.경 피고에게 사업장 소재지는 위 ㅇㅇ동 132의 8, 업태는 서비스, 부동산, 종목은 목욕, 임대로 하는 일반과세자로 사업자신규등록을 하고 1990. 1. 초경 그 사업을 개시하였는데 1989년도 2기분 부가가치세 신고시 위 건물의 신축과 관련된 매입세로 금25,849,147원을 신고하여 공제 매입세액으로 인정받아 같은액을 환급받았으며 위 사업개시 이후로도 과세특례포기신고는 한 바 없이 계속 일반과세자로 부가가치세의 예정 및 확정신고를 하고 피고가 이를 받아왔다.

다. 그런데 원고가 위 사업개시후 용역등을 제공하고 대가로 받은 가액이 1990년도 1기분의 기간중은 합계금 4,600,000원, 같은해 2기분의 기간중은 합계금 8,940,000원, 1991년도 1기분의 기간중은 합계금 8,985,000원, 같은해 2기분의 기간중은 합계금 9,820,000원, 1992년도 1기분의 기간중은 합계금 5,854,548원등이자 피고는 부가가치세법 제25조 제1항 , 제2항, 같은법 시행령 제74조의2 제1항 단서 , 제3항등에 의거하여 원고가 1991년도 1기분부터 과세특례자로 변경되어 계속 과세특례자에 해당한다고 보고 1993. 11. 16. 원고에 대하여 위 공제받은 매입세액을 부가가치세액에 가산하는 등으로 별지기재 부과세액란 기재와 같이 산출한 1991년도 1기분 부가가치세 금13,427,230원, 1992년도 1기분 부가가치세 금22,330원의 부과처분(이하 이 사건 처분이라고 한다)을 하였다.

2. 처분의 적법성 여부

가. 원고의 주장

(1) 원고가 당초부터 일반사업자로 등록하였고 이에는 과세특례적용포기의 의사가 포함되어 있어 원고의 위 사업에 대하여는 부가가치세법 제30조 제4항 에 의하여 3년간 과세특례에 관한 규정의 적용이 배제됨에도 그 가긴중 이를 적용하여 한 이 사건 처분은 위법하다.

(2) 부가가치세법 시행령 제74조의2 제2항 에 의하면 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우 소관세무서장이 당해사업자에게 미리 그 사실을 통지하도록 되어 있는데 피고는 원고에게 그와 같은 통지를 한 바 없이 이 사건 처분을 하였으므로 이는 헌법상의 적법절차원칙, 국세기본법 제15조 의 신의성실의 원칙 및 정의와 형평의 원칙에 위반되는 것이고 또한 일반과세자를 그의 의사에 반하여 직권으로 과세특례자로 전환시키는 것은 부가가치세 제도의 원리에 반하는 것이다.

(3) 부가가치세법 시행령 제74조의2 제3항 에 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 그 제2항 소정의 소관세무서장의 통지가 있은 이후부터 일반과세자에 관한 규정을 적용하고, 그 반대의 경우에는 위 통지가 없어도 과세특례자에 관한 규정을 적용하게 되어 있는 바, 부가가치세법 제25조 제1항 , 제3항, 제30조 가 부가가치세의 과세에 있어 일반과세를 근간으로 하여 과세특례의 범위를 제한하고 있는 취지로 규정되어 있음에 비추어 볼 때 위 시행령 제74조의2 제3항 은 그 본말이 전도되어 모법인 위 부가가치세법 제25조 제1항 , 제3항, 제30조 에 위배되는 것이므로 위 시행령 제74조의2 제3항 을 근거로 하고 있는 이 사건 처분은 위법하다.

나. 관계법규

부가가치세법 제25조 제1항 에 직전 1역년의 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가(이하 공급대가라 한다)가 대통령령이 정하는 금액에 미달하는 개인사업자(이하 과세특례자라 한다)에 대하여는 제4장 내지 제6장의 규정에 불구하고 이 장의 규정에 의하여 부가가치세를 부과 징수한다. 다만… , 같은조 제2항에 직전년 또는 직전 과세기간에 신규로 사업을 개시한 개인사업자에 대하여는 그 사업개시일부터 그 과세기간 종료일까지의 공급가액의 합계액을 12월로 환산한 금액을 기준으로 하여 제1항의 규정을 적용한다. 이 경우에 1월 미만의 단수가 있을 때에는 이를 1월로 한다 , 같은법 제30조 제1항 에 과세특례자는 이 장의 규정에 불구하고 제4장 내지 제6장의 규정의 적용을 받을 수 있다 , 같은조 제2항에 제1항의 적용을 받고자 하는 자는 그 적용받고자 하는 과세기간 개시 10일전에 대통령령이 정하는 바에 의하여 정부에 신고하여야 한다 , 같은조 제4항은 제2항의 규정에 의하여 신고한 개인사업자는 그 신고를 한 과세기간의 개시일부터 3년간은 이 장의 규정의 적용을 받지 못한다 (위 제2, 4항은 1993. 12. 31. 법률 제4663호로 개정되기 전의 것임), 같은법 제17조 제1항 은 사업자가 정부에 납부하여야 할 부가가치세액(이하 납부세액이라 한다)은 자기가 공급한 재화 또는 용역에 대한 세액(이하 매출세액이라 한다)에서 다음 각호의 세액9이하 매입세액이라 한다)을 공제한 금액으로 한다. 다만, 매출세액을 초과하는 매입세액은 환급받을 세액(이하 환급세액이라 한다)으로 한다 , 그 제1호에 자기의 사업을 위하여 사용되었거나 사용될 재화 또는 용역의 공급에 대한 세액 , 같은법 시행령 제74조 제1항 에 개인사업자가 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 법제25조 제1항 의 규정에 의하여 이를 과세특례자로 한다 , 그 제1호에 대리, 중개, 주선, 위탁매매 및 도급 이외의 경우에는 당해 공급대가의 합계액이 3,600만원에 미달하는 때 , 제74조의2 제1항 에 법제25조 의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 기간은 1역년의 공급대가가 제74조 제1항 각 호의 금액에 미달되거나 그 이상이 되는 해외 다음해의 제2 과세기간으로부터 그 다음해의 제1 과세기간까지로 한다. 다만 신규로 사업을 개시하는 경우에는 최초의 과세기간에 대한 확정신고 후 개시하는 과세기간부터 기산한다 , 같은조 제2항에 제1항의 경우에 당해 사업자의 소관세무서장은 법제25조 의 규정이 적용되거나 적용되지 아니하게 되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하여야 하며 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시 전일까지 교부하여야 한다 , 같은조 제3항에 제1항에 규정한 시기에 법제25조 의 규정이 적용되는 사업자에 대하여는 제2항의 규정에 의한 통지에 관계없이 제1항에 규정한 시기에 법제25조 의 규정을 적용하며, 제1항에 규정한 시기에 법제25조 의 규정이 적용되지 아니하는 사업자에 대하여는 제1항의 규정에 불구하고 제2항의 규정에 의한 통지를 받은 날이 속하는 과세기간 까지는 법제25조 의 규정을 적용한다 , 제74조의3 제3항 에 일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 재무부령이 정하는 바에 의하여 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 법제27조 의 규정에 의한 납부에 있어서 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다 , 제78조 제1항 에 법제30조 제2항 의 규정에 의한 신고에 있어서는 다음 각 호의 사항을 기재한 과세특례포기서를 소관세무서장에게 제출하여야 한다 , 그 제1호에 사업자의 인적사항 , 그 제2호에 과세특례를 포기하고자 하는 과세기간, 그 제3호에 기타 참고사항 이라고 각 규정하고 있다.

다. 원고의 주장에 관한 판단

(1) 첫번째 주장

부가가치세법 제25조 제1항 , 제2항, 제30조 제1항, 제2항, 같은법 시행령 제78조 제1항 의 규정을 종합하면 일반과세자로 사업자등록을 하였으나 과세특례의 기준에 해당하게 된 개인사업자가 일반과세자에 관한 규정의 적용을 받고자 할 때에는 부가가치세법 제30조 제2항 , 같은법 시행령 제78조 제1항 에 따라 소관세무서장에게 과세특례포기신고서를 제출하여야 하므로 위 포기신고서를 제출하지 아니한 채 단순히 일반과세자로 사업자등록을 하고 이를 유지하면서 부가가치세의 예정 및 확정신고를 하여온 사실만으로는 과세특례포기의 의사표시가 있었다고는 볼 수 없고, 원고가 1990. 1. 초순경 사업을 개시하여 1991년도 1기분의 기간 중 용역등을 제공하고 대가로 받은 가액이 합계금 4,600,000원이어서 부가가치세법 제25조 제1항 , 제2항, 같은법 시행령 제74조 제1항 제1호 , 제74조의2 제1항 단서 규정등에 따라 최초의 과세기간에 대한 확정신고시인 1990. 7. 25. 이후 개시되는 과세기간인 1991년도 1기분부터 과세특례자로 변경되었다고 본 것은 정당하므로 위 주장은 이유없다.

(2) 두번째 주장

부가가치세법 시행령 제74조의2 제2항 에 사업자가 일반과세자에게 과세특례자로 변경될 경우 소과 세무서장은 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용하게 되는 과세기간 개시 20일전까지 그 사실을 통지하고 사업자등록증을 정정하여 과세기간 개시 전일까지 교부하도록 되어 있으나 같은조 제3항에 일반과세자에서 과세특례자로 변경될 경우 위 통지에 관계없이 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용하도록 명시되어 있어 과세유형 전환사실에 대한 통지없이 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용하여 부가가치세의 부과처분을 하였다고 하더라도 이를 헌법상의 적법절차원칙, 국세기본법 제15조 의 신의성실의 원칙 및 정의와 형평의 원칙에 위반되는 것이라고는 할 수 없고, 또한 부가가치세법 제25조 제1항 , 제2항에 과세특례에 관한 규정의 적용요건이 법정되어 있어 과세특례의 적용요건에 해당하는 지의 여부가 과세관청의 재량에 맡겨져 있는 것은 아닐 뿐만 아니라 부가가치세법 제30조 제1항 , 제2항, 같은법 시행령 제78조 제1항 에 의하여 과세특례의 기준에 해당하게 된 개인사업자가 일반과세자에 관한 규정의 적용을 받고자 할 때에는 과세특례포기신고를 할 수 있도록 되어 있음에 비추어 과세특례의 적용요건에 관한 위 법령들이 부가가치세 제도의 원리에 반한다고 볼 수 없으므로 위 주장도 이유없다.

(3) 세번째 주장

부가가치세법 시행령 제74조의2 제3항 에 일반과세자의 과세특례자로 변경되는 경우에는 그 제2항의 통지에 관계없이 부가가치세법 제25조 의 규정을 적용하여 부가가치세의 부과처분을 하고, 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 경우에는 위 통지를 받은 날이 속하는 과세기간까지는 법제25조 의 규정을 적용하여 부가가치세의 부과처분을 하도록 되어 있으나 과세특례자가 일반과세자로 변경되는 부분에 관한 그 규정은 과세특례자가 일반과세자로 변경되면 부가가치세법 제4장 내지 6장의 규정의 적용을 받게 되어 부가가치세법상의 각 종 부담이 증가됨에 대한 배려인 것이므로 비록 부가가치세법상 일반과세가 근간으로 되어 있다고 하더라도 단지 부가가치세법 시행령 제74조의2 제3항 에 일반과세자가 과세특례자로 변경되는 경우와 그 반대되는 경우간에 위 통지의 유무에 관한 효력을 달리 하였다고 하는 점만으로는 위 규정이 모법인 부가가치세법 제25조 , 제30조 등의 규정에 위반된다고 할 수 없으므로 위 주장도 이유없다.

라. 피고의 세액산출 내역의 적법성여부

"(1) 을제1호증의 1, 3의 각 기재에 변론의 전취지를 종합하면 피고는 이 사건 처분을 함에 있어 위1. 다'에서 본 바와 같은 용역등을 제공하고 대가로 받은 가액의 합계금인 1991년도 1기분의 기간중의 금8,940,000원, 1992년도 1기분의 기간중의 금5,854,548원을 각 같은 기간분의 부가가치세 산출의 과세표준으로 삼았는데 이는 각 부가가치세가 포함되지 아니한 대가임을 알 수 있는 바, 부가가치세법 제25조 제1항 , 제26조 제1항 에 의하면 과세특례자에 대한 부가가치세 산출시 재화와 용역의 공급에 대한 부가가치세가 포함된 대가를 과세표준으로 삼도록 하고 있으니 위 1991년도 1기분의 과세표준은 금9,883,500원(8,985,000 × 1.1)이고, 1992년도 1기분의 과세표준은 금6,440,000원(5,854,548 × 1.1)이다.",(2) 을제1호증의 1의 기재에 의하면 피고가 이 사건 처분중 1991년도 1기분 부가가치세를 산출함에 있어 재고납부세액을 금12,924,573원으로 계산하고 있음을 알 수 있으나, 위에서 본 바와 같이 매입세액 공제를 받은 위 건물은 사업자가 신축한 자산으로서 부가가치세법 시행령 제74조의3 제3항 , 같은법 시행규칙 제23조의3 제1항 제4호 , 제3항 제3호(1991. 3. 5. 재무부령 제1846호로 개정되기 전의 것), 같은법 시행령 제63조 제2항 제3호(1990. 12. 31. 대통령령 제13199호로 개정되기 전의 것 , 1990. 12. 31. 개정된 같은법 시행령 부칙 제3조 에 제63조 의 개정규정은 1991. 1. 1. 이후에 취득하는 분부터 시행한다고 규정되어 있으므로 그 이전에 취득한 위 건물에 대하여 그 개정되기 전의 규정을 적용한다)에 따라 재고납부세액을 계산하면 금12,278,344원{(공제받은 매입세액 25,849,147 × 50/100 × (1 - 5/100)}이다.

(3) 위 잘못된 부분을 바로 잡아 그 부가가치세액을 산출하면 별지기재 정당한 세액란 기재와 같이 1991년도 1기분은 금13,214,630원이고 1992년도 1기분은 금34,040원이다.

3. 결론

그렇다면 이 사건 처분중 1991년도 1기분 부가가치세로 위 금13,214,630원을 초과하는 부분은 위법하므로 이를 취소하고 나머지 부분에 대한 원고의 청구는 이유없어 이를 기각하며 (1992년도 1기분은 부과세액이 오히려 정당한 세액에 미달한다) 소송비용의 부담에 관하여는 행정소송법 제8조 제2항 , 민사소송법 제92조 단서 , 제89조 를 적용하여 주문과 같이 판결한다.

1994. 7. 21.

심급 사건

참조조문