가. 청구인은 1981.8.17. OOO26동 406호(이하 “종전주택”이라 한다)를 취득하여 보유하다가 이를 재건축하여 1998.9.18. OOO 200동 706호(이하 “쟁점주택”이라 한다)를 취득하였다.

나. 청구인은 2006.5.24. 쟁점주택을 OOO원에 양도한 후, 양도소득금액을 OOO원으로 하여 산출한 양도소득세 OOO원 중OO,OOO,OOO원이「조세특례제한법」(2006.12.30 법률 제8146호로 개정되기전의 것, 이하 같다)제99조 제1항의 규정에 따라 양도소득세가 감면되는것으로 하여 양도소득세를 신고하였다.

다. 그 후 처분청은 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세 감면 소득은쟁점주택을 취득한 후 5년 간 발생한 양도차익이므로「조세특례제한법시행령」제40조 제1항 산식의 분모에서 취득당시의 기준시가는 쟁점주택의 신축 당시 기준시가가 아니라 종전주택의 취득 당시 기준시가라고 보아 양도소득세를 재산정하여 산출한 양도소득세 OOO원(납부불성실 가산세 포함)을 2012.4.27. 청구인에게 결정 고지하였다.

라. 청구인은 이에 불복하여 2012.7.13. 이의신청을 거쳐 2012.11.9. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

(1) 「조세특례제한법」제99조 제1항은 해당 신축주택을 취득한 날부터 5년이 지난 후에 양도하는 경우 그 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상금액에서 차감하도록규정하고 있으므로, 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득금액(OOO원)에서 처분청이 계산한 양도소득세 감면대상 금액(OOO원)을 차감하여 과세표준을 산정하고 과세하여야 한다.

(2) 과세관청이 2009.1.20. 종전 해석(재산세과-227, 2009.1.20.)을 변경하여 종전주택 취득일부터 신축주택 취득일 전일까지 양도소득금액은「조세특례제한법」에 의한 감면소득에 해당하지 아니한다고 하였다고하더라도 청구인은 2006.5.24.에 양도된 쟁점주택에 대하여 과세관청의기존예규(서면4팀-2109, 2005.11.8.)에 따라 양도소득세를 적법하게 신고납부하였으므로 청구인에게 양도소득세를 과소 납부하였다고 할 만한 귀책사유가 없는바, 납부불성실가산세는 취소되어야 한다.

나. 처분청 의견

(1) 「소득세법」제90조에서 양도소득금액에「소득세법」또는「소득세법」외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있을 때에는 「소득세법」제92조 제2항에 따른 양도소득세 과세표준에 제104조에 따른 세율을 적용하여 계산한 금액에 해당 감면소득금액에서 제103조 제2항에 따른 양도소득 기본공제를 한 후의 금액이 양도소득 과세표준에서 차지하는 비율을 곱하여 감면 양도소득세액을 계산하도록 규정하고 있으므로 이와 다른 청구인의 주장은 받아들일 수 없다.

(2) 「조세특례제한법」제99조의 입법 취지는 신규주택의 수요를 촉진하여 주택건설경기를 부양하고자 도입된 것으로서 신축주택을 취득 후양도 시 신축주택의 보유기간 중에 발생한 양도소득세를 감면해주는 조항일 뿐 당초부터 보유하던 종전주택에서 발생한 양도소득금액까지 감면대상으로 하는 것은 아니므로 처분청이 쟁점주택에 대하여 양도소득세를 결정 고지한 것은 소급과세에 해당되지 않는다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

(1) 「조세특례제한법」제99조의 규정에 의한 신축주택을 취득하고 5년이 경과한 후에 신축주택을 양도한 경우 양도소득세 계산에 있어그 감면 소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 과세표준과 세액을 산출하여야 한다는 청구주장의 당부

(2) 청구인이 양도소득세를 과소 납부하였다고 하더라도 청구인에게 귀책이 없으므로 납부불성실가산세는 부당하다는 청구 주장의 당부

나. 사실관계 및 판단

(1) 사실관계에 대하여 살펴본다.

청구인과 처분청이 제출한 심리자료에 의하면 다음과 같은 사실을 알 수 있다.

(가) 처분청은 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득금액을 OOO원으로 하고, 위 소득금액 중 OOO원을 감면소득금액으로 결정 하였으며, 청구인은 이에 대하여 부당함을 주장하지는 않고 있다.

(나) 처분청은 쟁점주택의 양도에 따른 양도소득세 과세표준을OOO,OOO,OOO원으로, 산출세액을 OOO원으로 결정하고 「소득세법」제90조의 규정을 적용하여 산출세액에해당 감면소득금액(양도소득 기본공제를 한 후의 금액이다)이 양도소득 과세표준에서 차지하는비율을 곱하여 산출한 OOO원을 감면세액으로 보아 이를 산출세액에서 차감하여 결정세액을 산출하였다.

(2) 쟁점(1)에 대하여 살펴본다.

(가) 「조세특례제한법」제99조 제1항은 신축주택 취득자에 대한 양도소득세 감면을 규정하면서 취득한 날로부터 5년이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하되, 5년이 경과한 후에 양도하는 경우에는 취득한 날로 부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감하도록 규정하고 있다.

쟁점주택은 청구인이 1998.9.18. 취득하여 5년이 경과한 2006.5.24. 양도하였으므로 위 조항의 후단이 적용되어야 할 것이다.

(나) 한편, 2010.5.14. 법률 제10285호로 신설된「조세특례제한법」 제98조의5는 2010.2.11. 현재 수도권을 제외한 지방의 미분양 주택으로서 2011.4.30.까지 주택건설업자와 최초로 매매계약을 체결하고 취득하는 주택에 대하여 그 취득일로부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 그 산출세액에 감면율을 곱하여 계산한 세액을 감면하고, 5년이 지난 후에 양도하는 경우에는 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액에 감면율을 곱하여 계산한 감면소득금액을 해당 미분양주택의 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하도록 규정하였고, 이에 대하여 기획재정부는 후단이 적용되는 경우 양도소득세 계산시 양도소득금액에서 감면율에 따라 계산한 감면소득금액을 직접 차감하여 과세표준 및 세액을 계산하여야 한다는 취지의 보도자료를 배포(2010.4.22.)하였다.

(다) 처분청은 「소득세법」제90조에서 양도소득금액에「소득세법」또는「소득세법」외의 법률에서 규정하는 감면소득금액이 있는 때에는양도소득과세표준에 따른 산출세액에 당해 감면소득금액에서 양도소득기본공제를 한 후의 금액이 양도소득과세표준에서 차지하는 비율을곱하여 계산한 금액에 상당하는 양도소득세를 면제하도록 규정하고 있으므로 처분청의 양도소득세 계산 방법은 정당하다는 의견이나,

조세법률주의의 원칙상 과세요건이거나 비과세요건 또는조세감면요건을 막론하고 조세법규의 해석은 특별한 사정이 없는 한 법문대로 해석하여야 하는 점, 「조세특례제한법」제99조 제1항은 신축주택을취득한 날부터 5년 이내에 양도하는 경우와그 이후에 양도하는 경우를구분하여 전자에 대하여는 세액을 감면하고,후자에 대하여는 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 과세대상 소득금액에서 차감하도록 명문으로 달리 규정하고 있는 점, 양자에 대하여 동일한 방법으로양도소득세를 감면하여야만 「조세특례제한법」제99조의 입법 목적을 달성할 수 있다고 보기도 어려운 점 등을 종합하여 볼 때,

「조세특례제한법」제99조 제1항에서 규정한 신축주택을 그 취득한 날부터 5년이 경과한 후에 양도하는 경우 그에 따른 양도소득세의 과세표준 및 세액은 신축주택을 취득한 날부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감하는 방법으로 산정하여야 할 것이다(대법원 2012.6.28. 선고 2010두3725 판결, 같은 뜻).

(라) 따라서, 이 건 양도소득세 과세처분은 처분청이 계산한 감면 대상 양도소득금액을 양도소득금액에서 직접 차감하여 그 과세표준과 세액을 경정하는 것이 타당한 것으로 판단된다.

(3) 쟁점(2)에 대하여 살펴본다.

(가) 청구인은 과세관청의 세법해석과 세무행정을 신뢰하고 납세의무자로서 납세의무를 성실히 이행하였고청구인에게 양도소득세를 과소납부 하였다고 할 만한 귀책사유가 있다고 볼 수 없으므로 납부불성실가산세는 부당하다고 주장하나,

(나) 과세관청의 종전 예규(서면4팀-2109, 2005.11.8. 등)에서 종전 주택의 보유로 인한 양도소득금액을 감면소득으로 본다고 명확하게규정하고 있지 않은 점, 종전 예규만으로 과세관청이 청구인에게 신뢰대상이 될 만한 공적인 견해 표명을 하였다고 보기도 어렵고 청구인이과세관청의 세법해석을 신뢰하고 양도소득세를 신고하였다는 사실만으로 청구인에게 양도소득세 과소 납부의 귀책이 없다고 볼 수 없는 점등을 종합하여 볼 때,

처분청이 「국세기본법」제18조 제3항을 위배하여 양도소득세를 소급과세하였다거나 청구인에게 가산세를 면제할 만한 정당한 사유가 있다고 보기도 어려우므로 처분청이 납부불성실가산세를 포함하여 양도소득세를 부과한 것은 달리 잘못이 없다고 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 일부 이유 있으므로 「국세기본법」제81조, 제65조 제1항 제2호 및 제3호에 의하여 주문과 같이 결정한다.