가. 피고 대한민국은 1957. 10. 1. 서울 동대문구 E 대 9,223평(이하, ‘이 사건 E 토지’)에 관하여 소유권보존등기를 마쳤는데, 위 토지의 행정구역상 표시가 1967. 10. 5. 토지구획정리사업에 따른 환지처분으로 서울 동대문구 F 대 1,075.8평 외 24필지로(환지등기를 하지 않아 행정구역상 지번과 등기부상 지번이 불일치하게 되었고, 면적도 9,223평에서 5,793.2평으로 감소됨), 2001. 3.경 공유물토지분할에 따라 서울 동대문구 C 대 90.8㎡(이하, ‘이 사건 1 토지’) 외 244필지로 각 변동되었고(분할등기를 하지 않아 행정구역상 지번과 등기부상 지번이 불일치하게 됨), 그에 따른 등기는 2003. 2. 25. ‘공유토지분할에 관한 특례법에 의한 분할확정으로 소유권취득’을 원인으로 이루어졌다.

나. 한편 위 환지처분 당시 도로부지로 환지예정이었던 서울시 동대문구 G 대 5,835평은 1969. 2. 13. 서울특별시 명의로 소유권보존등기가 마쳐졌고, 이후 피고 서울특별시 동대문구에게 승계되어 1988. 8. 16. 위 피고 명의의 소유권이전등기가 마쳐졌으며, 2008. 6. 26. ① H 도로 697.6㎡, ② D 도로 3,252.1㎡(이하, ‘이 사건 2 토지’), ③ I 도로 332.4㎡, ④ J 도로 308.2㎡로 분할되었으나, 실제 도로가 개설되지는 못하고 종전 토지 이용상태를 그대로 유지하고 있다.

다. 피고 대한민국이 이 사건 E 토지에 대한 소유권보존등기를 할 당시 그 지상에 무허가건물들이 다수 존재하였고, 각 건물의 소유자가 그 건물의 대지를 배타적으로 점유하고 있었기에 피고 대한민국은 그 점유 관계를 인정하여 무허가건물의 소유자들에게 각 점유 부분을 특정하여 총 7,392.12평을 매각하였는데, 그 등기는 전체 토지 면적 중 매각한 면적에 해당하는 비율로 공유 지분 이전등기를 마쳐...

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