가. 특수관계에 있는 청구인들OOO은 OOO, OOO 등과 경기도 OOO 11-10 소재 주식회사 OOO(이하 “이 건 법인”이라 한다)의 발행주식 1,166,660주(주식소유비율 49.85% : OOO 34.18%, OOO 8.55%, OOO 0.43%, OOO 1.99%, OOO 0.0%, OOO 4.70%)를 소유한 상태에서 2006.12.8. 청구인들이 이 건 법인의 다른 주주인 OOO 등 2인 소유의 주식 690,000주(주식소유비율 29.48%)를 취득함으로써 그 주식소유비율이 79.33%OOO가 되어 이 건 법인의 과점주주가 되었다.

나. 그 후 처분청은 청구인들이 과점주주에 따른 취득세 등을 신고납부하지 아니하자 2006.12.8. 현재 이 건 법인의 취득세 과세물건에 대한 장부상 가액(6,729,912,721원) 중 그 주식소유비율(79.33%)에 해당하는 금액(5,338,839,760원)을 과세표준으로 하고 구 「지방세법」(2006.12.30. 법률 제8147호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제112조 제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 155,042,480원, 농어촌특별세 15,504,180원, 합계 170,546,660원(가산세 포함)을 2009.6.19. 청구인들에게 부과고지 하였다.

다.청구인들은 이에 불복하여 2009.9.14. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구인 주장 및 처분청 의견

가. 청구인 주장

1993년 이 건 법인 설립 당시 과점주주가 되면 기업경영에 애로가 많다는 주변의 권고에 따라 청구인들 중 OOO과 OOO가 이 건 법인의 발행주식 50%를 소유하는 것으로, 나머지 주식 50%는 이 건 법인의 전임 이사인 OOO과 OOO의 친구인 OOO 등의 명의를 차용하여 이들이 소유하는 것으로 하였고,

그 후 차명주주의 변경과 주식양수도 과정을 거쳐 OOO과 그 차명주주들의 주식소유비율 합계가 1993년부터 1999년까지는100%, 2000.7.21.에는 62.67%, 2000.12.27.에는 87.88%, 2001년에는79.33%, 2002년부터 2005년까지는 62.67%로 변동된 상태에서 2006년 12월 차명주주인 OOO이 이민으로 인한 주권행사의 어려움과 다른 차명주주인 OOO이 자금사정을 이유로 한 주식매도 필요성 등을 이유로 OOO에게 주식매수를 요청함에 따라 OOO 보유주식 300,000주는 OOO 명의로, OOO 보유주식 390,000주 중 343,340주는 OOO 명의로, 나머지 46,660주는 OOO의 명의로 전환함으로써 청구인들의 주식소유비율이 49.85%에서 79.33%로 증가된 것으로 되어 있다고는 하나,

이는 명의상으로만 주주인 자들의 소유지분을 실질주주인 OOO 명의로 변경한 것에 불과하므로 구 「지방세법」 제105조 제6항의 규정에 의한 주식취득에 해당되지 아니한다 하겠고,

더구나 이 건 법인 설립 당시부터 청구인들의 주식소유비율은 사실상 100%로서 그 이후 증가된 사실이 없으므로 과점주주에 따른 취득세 납세의무가 없다 할 것임에도 명목상 주식소유비율이 증가하였다고 하여 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 「국세기본법」 제14조의 규정에 의한 실질과세의 원칙을 위반한 처분에 해당되므로 취소되어야 할 것이며,

또한, 구 「지방세법」 제105조 제6항 및 구 「지방세법 시행령」(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제78조에서 법인설립시 과점주주인 경우에는 지분이 증가하면 증가된 비율만큼 취득세가 과세되는데 반하여 비과점주주가 과점주주가 되는 경우 전체를 취득한 것으로 보아 취득세를 부과한다고 규정함으로써 50.99%를 보유한 주주가 1%를 추가 취득한 경우에는 51.99%의 취득세를 부과하는 반면 51%를 보유한 과점주주가 0.99%를 추가 취득하는 경우에는 0.99%의 취득세를 부과토록 한 것은 「국세기본법」 제18조의 규정을 위반한규정에 해당된다 하겠으므로 이에 근거한 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

주식을 명의신탁으로 취득한 경우 이를 공시하지 않으면 실제 소유자를 알 수 없고 주주명부에 등재되어 있어야 과세관청은 비로소 과세요건을 판단할 수 있는 것이므로, 소유주식을 타인에게 명의신탁 하였다면 일단 주식의 소유권이 수탁자에게 이전(증여)된 것으로 보아야 하겠고, 그 후 명의신탁을 해지하여 실제 소유자 명의로 주주명부를 개서하고 주권을 양도받은 경우에는 해당 주식에 대한 소유권이 변동되어 이때 실제 소유주가 해당 주식에 대한 배타적 권리를 취득한 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로 「지방세법」상의 과점주주 여부는 명의개서에 의한 소유권의 변동에 따라 판단하여야 할 것OOO인바,

청구인들의 이 건 주식취득은 이 건 법인이 주주명부상의 주주별 주식보유현황과 변동상황 등을 기재하여 OOO세무서장에게 제출한 “주식등변동상황명세서”에 의하여 판단하여야 하고, 위명세서상에 청구인들이 다른 주주인 OOO 등 2인으로부터 이 건 주식(지분율29.48%)을 2006.12.8. 취득한 것으로 기재되어 있는 이상, 이때 청구인들은 이 건 주식을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로 이 건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

관할 세무서장에게 제출한 주식등변동상황명세서 등을 근거로 청구인들이 이 건 법인의 과점주주에 해당된다고 보아 취득세 등을 부과고지한 것이 적법한지 여부

나. 관련 법령

(1) 구 지방세법

제22조【출자자의 제2차납세의무】법인(주식을 한국증권거래소에 상장한 법인을 제외한다)의 재산으로 그 법인에게 부과되거나 그 법인이 납부 또는 납입할 지방자치단체의 징수금에 충당하여도 부족한 경우에는 그 지방자치단체의 징수금의 과세기준일 또는 납세의무성립일(이에 관한 규정이 없는 세목에 있어서는 납기개시일) 현재 다음 각 호의 1에 해당하는 자는 그 부족액에 대하여 제2차납세의무를 진다. (단서 생략)

2. 과점주주(주주 또는 유한책임사원 1인과 그와 대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자들의 소유주식의 합계 또는 출자액의 합계가 당해 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 51 이상인 자들을 말한다. 이하 같다)중 다음 각목의 1에 해당하는 자

제105조【납세의무자 등】⑥ 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 때에는 그 과점주주는 당해 법인의 부동산·차량·기계장비·입목·항공기·선박·광업권·어업권·골프회원권·승마회원권·콘도미니엄회원권 또는 종합체육시설이용회원권을 취득한 것으로 본다. 다만, 법인설립시에 발행하는 주식 또는 지분을 취득함으로써 과점주주가 된 경우에는 그러하지 아니하다.

⑦ 제6항의 경우 납세의무를 지는 과점주주에 대하여는 제18조의 규정을 준용한다.

(2) 구 지방세법 시행령(2006.12.30. 대통령령 제19817호로 개정되기 전의 것)

제6조【친족 기타 특수관계인의 범위】① 법 제22조 제2호에서 “대통령령이 정하는 친족 기타 특수관계에 있는 자”라 함은 다음 각 호의 1에 해당하는 자를 말한다. 다만, 주주 또는 유한책임사원이 출가녀인 경우에는 제9호 내지 제13호의 경우를 제외하고 그 남편과의 관계에 의한다.

3. 처의 2촌 이내의 부계혈족 및 그 배우자

5. 배우자(사실상 혼인관계에 있는 자를 포함한다)

제78조【과점주주의 취득 등】① 법인의 과점주주가 아닌 주주 또는 유한책임사원이 다른 주주 또는 유한책임사원의 주식 또는 지분을 취득함으로써 최초로 과점주주가 된 경우 또는 증자 등으로 인하여 최초로 과점주주가 된 경우에는 최초로 과점주주가 된 날 현재 당해 과점주주가 소유하고 있는 법인의 주식 또는 지분을 모두 취득한 것으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다.

② 이미 과점주주가 된 주주 또는 유한책임사원이 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득함으로써 당해 법인의 주식 또는 지분의 총액에 대한 과점주주가 가진 주식 또는 지분의 비율(이하 이 절에서 “주식 또는 지분의 비율”이라 한다)이 증가된 경우에는 그 증가된 분을 취득으로 보아 법 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세를 부과한다. 다만, 증가된 후의 주식 또는 지분의 비율이 그 증가된 날을 기준으로 그 이전 5년 이내에 당해 과점주주가 가지고 있던 주식 또는 지분의 최고비율보다 증가되지 아니한 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 과점주주이었던 자가 주식 또는 지분의 양도, 당해 법인의 증자 기타 사유로 인하여 과점주주에 해당되지 아니하는 주주 또는 유한책임사원이 된 자가 그로부터 5년 이내에 다시 당해 법인의 주식 또는 지분을 취득하여 과점주주가 된 경우에는 다시 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율이 그 이전에 과점주주가 된 당시의 주식 또는 지분의 비율보다 증가된 경우에 한하여 그 증가된 분만을 취득으로 보아 제2항의 예에 의하여 취득세를 부과한다.

(3) 구 상속세 및 증여세법(2006.12.30. 법률 제8139호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제45조의2【명의신탁재산의 증여의제】① 권리의 이전이나 그 행사에 등기 등을 요하는 재산(토지와 건물을 제외한다. 이하 이 조에서 같다)에 있어서 실제소유자와 명의자가 다른 경우에는 국세기본법 제14조의 규정에 불구하고 그 명의자로 등기 등을 한 날(그 재산이 명의개서를 요하는 재산인 경우에는 소유권취득일이 속하는 연도의 다음 연도 말일의 다음 날을 말한다)에 그 재산의 가액을 명의자가 실제소유자로부터 증여받은 것으로 본다. 다만, 다음 각 호의 1에 해당하는 경우에는 그러하지 아니하다.

2. 주식 또는 출자지분(이하 이 조에서 “주식 등”이라 한다)중 1997년 1월 1일전에 신탁 또는 약정에 의하여 타인명의로 주주명부 또는 사원명부에 기재되어 있거나 명의개서되어 있는 주식등에 대하여 1998년 12월 31일까지의 기간(이하 이 조에서 “유예기간”이라 한다)중 실제 소유자 명의로 전환한 경우. 다만, 당해 주식 등을 발행한 법인의 주주 또는 출자자(이하 이 조에서 “주주 등”이라 한다)와 특수관계에 있는 자 및 1997년 1월 1일 현재 미성년자인 자의 명의로 전환한 경우에는 그러하지 아니하다.

② 타인의 명의로 재산의 등기 등을 한 경우, 실제소유자 명의로 명의개서를 하지 아니한 경우와 유예기간 중에 주식 등의 명의를 실제소유자 명의로 전환하지 아니하는 경우에는 조세회피목적이 있는 것으로 추정한다. 다만, 양도자가 소득세법 제105조 및 제110조의 규정에 의한 양도소득과세표준신고 또는 증권거래세법 제10조의 규정에 의한 신고와 함께 소유권변경내역을 신고하는 경우에는 그러하지 아니하다.

③ 제1항의 규정을 적용함에 있어서 주주명부 또는 사원명부가 작성되지 아니한 경우에는 「법인세법」 제109조 제1항 및 제119조의 규정에 의하여 납세지 관할세무서장에게 제출한 주주 등에 관한 서류 및 주식등변동상황명세서에 의하여 명의개서 여부를 판정한다.

④ 제1항 제2호의 규정은 주식 등을 유예기간 중에 실제소유자 명의로 전환하는 자가 당해 주식을 발행한 법인 또는 그 출자된 법인의 본점 또는 주된 사무소의 관할세무서장에게 그 전환내용을 대통령령이 정하는 바에 따라 제출하는 경우에 한하여 이를 적용한다.

⑥ 제1항 제1호 및 제2항에서 “조세”라 함은 국세기본법 제2조 제1호및 제7호에 규정된 국세 및 지방세와 관세법에 규정된 관세를 말한다.

(4) 구 법인세법 (2006.12.30. 법률 제8141호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제118조【주주명부 등의 작성·비치】내국법인(비영리내국법인을 제외한다)은 주주 또는 사원(유한회사의 사원을 말한다. 이하 이 조에서같다)의 성명·주소 및 주민등록번호(법인인 주주 또는 사원의 경우는법인명과 법인본점소재지 및 사업자등록번호)등 대통령령이 정하는 사항이 기재된 주주명부 또는 사원명부를 작성하여 비치하여야 한다.

제119조【주식등변동상황명세서의 제출】① 사업연도 중에 주식 등의 변동사항이 있는 법인(대통령령이 정하는 조합법인 등을 제외한다)은 제60조의 규정에 의한 신고기한 내에 대통령령이 정하는 바에 따라 주식등변동상황명세서를 납세지 관할세무서장에게 제출하여야 한다.

(5) 구 법인세법 시행령(2007.2.28. 대통령령 제19891호로 개정되기 전의 것, 이하 같다)

제160조【주주명부 등의 작성·비치】법 제118조에서 “대통령령이 정하는 사항이 기재된 주주명부 또는 사원명부”라 함은 「상법」 제352조의 규정에 의한 주주명부 또는 동법 제566조의 규정에 의한 사원명부로서 다음 각 호의 구분에 의한 주주 또는 사원의 인적 사항이 기재된 것을 말한다.

1. 개인의 경우에는 성명·주소 및 주민등록번호(재외국민의 경우에는 여권번호 또는 「재외국민등록법」상의 등록번호)

2. 법인(법인으로 보는 단체를 포함한다)의 경우에는 법인명·본점등의 소재지 및 사업자등록번호(제154조 제3항에 규정하는 고유번호를 포함한다)

3. 법인이 아닌 단체의 경우에는 당해 단체를 대표하는 자의 성명·주소 및 주민등록번호. 다만, 「부가가치세법」에 의하여 고유번호를 부여받은 단체의 경우에는 그 단체명·소재지 및 고유번호

4. 외국인 및 외국단체의 경우에는 「출입국관리법」에 의한 등록외국인기록표 또는 외국단체등록대장에 기재된 성명·단체명·체류지 및 등록번호. 다만, 외국인등록증이 발급되지 아니한 자의 경우에는 여권 또는 신분증에 기재된 성명 및 번호

제161조【주식등변동상황명세서의 제출】⑤ 법 제119조의 규정에 의한 주식등변동상황명세서는 재정경제부령으로 정하며, 동 명세서에는 주주명부에 명의개서된 사항을 기준으로 다음 각 호의 내용을 기재하여야 한다.

1. 주주 등의 성명 또는 법인명, 주민등록번호·사업자등록번호 또는 고유번호

2. 주주 등별 주식 등의 보유현황

3. 사업연도 중의 주식 등의 변동사항

4. 삭제

⑥ 제5항 제3호에서 주식 등의 변동은 매매·증자·감자·상속·증여 및 출자 등에 의하여 주주 등·지분비율·보유주식액면총액 및 보유출자총액 등이 변동되는 경우를 말한다.

(6) 상법

제352조【주주명부의 기재사항】① 기명주식을 발행한 대에는 주주명부에 다음의 사항을 기재하여야 한다.

1. 주주의 성명과 주소

2. 각 주주가 가진 주식의 종류와 그 수

2의2. 각 주주가 가진 주식의 주권을 발행한 때에는 그 주권의 번호

3. 각 주식의 취득연월일

제396조【정관 등의 비치, 공시의무】① 이사는 회사의 정관, 주주총회의 의사록을 본점과 지점에, 주주명부, 사채원부를 본점에 비치하여야 한다. 이 경우 명의개서대리인을 둔 때에는 주주명부나 사채원부 또는 그 복본을 명의개서대리인의 영업소에 비치할 수 있다.

(7) 신탁법

제3조【신탁의 공시】② 유가증권에 관하여는 신탁은 대통령령의 정하는 바에 의하여 증권에 신탁재산인 사실을 표시하고 주권과 사채권에 관하여는 또한 주주명부 또는 사채원부에 신탁재산인 사실을 기재함으로써 제삼자에게 대항할 수 있다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 이 건 법인이 OOO세무서장에게 제출한 2006사업연도 주식등변동상황명세서를 보면 청구인들은 OOO, OOO 등과 이 건 법인의 발행주식 1,166,660주(주식소유비율 49.85%)를 소유한 상태에서 2006.12.8. 이 건 법인의 다른 주주인 OOO 등 2인 소유의 주식 690,000주(주식소유비율 29.48%)를 취득함으로써 그 주식소유비율이 79.33%로 증가한 것으로 되어 있다.

(2)청구인들이 심판청구와 관련하여 제출한 OOO과 OOO등이 2009년 9월 작성한 후 날인한 확인서에는 “이 건 법인의 대표이사인 OOO과 친구관계로 이 건 법인 인수시 주주명의를 빌려 본인 앞으로 분산시켰으면 좋겠다는 부탁을 하여 허락한바 있으나, 본인 앞으로 언제 몇 주를 어떻게 분산하였는지 내용은 본인은 전혀 모르고, 이 건 법인의 대표이사인 OOO의 필요에 따라 처리한 것으로 알고 있으며, 따라서 본인은 이 건 법인의 주식 취득 및 양도와 관련 주식취득 및 양도대금을 준 일도 받은 일도 없으며, 주식관련 세금도 모든 것을 이 건 법인의 대표이사가 처리하였음을 확인합니다”라고, OOO이 2009.9.14. 작성한 후 날인한 확인서에는 “이 건 법인의 대표이사인 OOO의 회사 경리부장으로 재직시 1996.4.15. 주주명의를 빌려 본인 앞으로 분산시켰으면 좋겠다는 부탁을 하여 허락한바 있으나, 본인 앞으로 언제 몇 주를 어떻게 분산하였는지 내용은 본인은 전혀 모르고, 이 건 법인의 대표이사인 OOO의 필요에 따라 처리한 것으로 알고 있으며, 따라서 본인은 이 건 법인의 주식 취득 및 양도와 관련 주식취득및 양도대금을 준 일도 받은 일도 없으며, 주식관련 세금도 모든 것을이 건 법인의 대표이사가 처리하였음을 확인합니다.”라고 되어 있다.

(3) 구 「지방세법」 제105조 제6항의 규정에 의하여 취득세 납세의무를 지는 과점주주는 주식을 취득함으로써 과점주주로서의 요건을 충족하는 때에 취득세 납세의무가 성립되는 것이고, 이러한 요건을 갖춘 과점주주에 해당되는지 여부는 과세관청이 입증하여야 하나 과세관청으로서는 주주명부나 주식등변동상황명세서 등에 의하여 과점주주라고 볼 수 있는 자료를 제출하면 일응의 입증을 하였다고 보아야 할 것으로,

청구인들이 2006.12.8. 이 건 법인의 주주인 OOO 등 2인 명의의 주식 690,000주(주식소유비율 29.48%)를 취득하여 그 주식소유비율이 79.33%가 됨으로써 최초로 과점주주가 된 사실이 이 건 법인의 2006사업연도 주식등변동상황명세서에서 확인되고 있고, 이러한 주식등변동상황명세서는 주주명부에 기초하여 작성된다는 점에서 이때 청구인들은 이 건 법인의 새로운 과점주주로서 취득세 납세의무가 성립되었다고 보아야 할 것이다.

설사 청구인들과 이 건 법인의 다른 주주가 명의신탁관계에 있다고 본다 하더라도 주식을 명의신탁으로 취득한 경우 이를 공시하지 않으면 실제 소유자를 알 수 없어 주주명부에 등재되어 있어야 과세관청은 비로소 과세요건을판단할 수 있는 것이므로, 소유주식을 타인에게 명의신탁하였다면 일단주식의 소유권이 수탁자에게 이전(증여)된 것으로 보아야 하며,

그 후 명의신탁을 해지하여 실제 소유자 명의로 주주명부를 개서하고 주권을 양도받은 경우에는 다시 당해 주식에 대한 소유권이 변동되어 이때 실제 소유자가 당해 주식에 대한 배타적 권리를 취득한 것으로 봄이 타당하다 하겠으므로, 구 「지방세법」상의 과점주주 여부는 명의개서에 의한 소유권의 변동에 따라 판단할 수 밖에 없다OOO 하겠다.

한편, 구 「지방세법」 제105조 제6항 단서에서 법인 설립 당시 과점주주인 경우와 그렇지 않은 과점주주를 구분하여 달리 적용토록 한 것은 입법정책적으로 판단 결정한 사항이라 할 것이어서 위 규정이 「국세기본법」 제18조의 규정에 위반되므로 이에 근거한 이 건 취득세 등의 부과처분은 부당하다는 주장 또한 받아들일 수 없는 것이라 할 것이다.

따라서 처분청이 이 건 취득세 등을 청구인들에게 부과고지한 것은 잘못이 없는 것으로 판단된다.

4. 결 론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유없으므로 「지방세법」 제77조 제5항과 「국세기본법」 제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.