2. 소송비용은 원고가 부담한다.

청 구 취 지

피고는 원고에게 00,000,000원과 이에 대하여 이 사건 소장 부본 송달 다음날부터 다

갚는 날까지 연 15%의 비율로 계산한 돈을 지급하라.

가. 원고는 1995. 4. 24. 서울 ○○구 ○○동 00-0 소재 주택(이하 '이 사건 종전 주택'이라 한다)을 취득하였다가 이 사건 종전주택이 재건축되어 2002. 7. 12. 서울 ○○구 ○○동 00 ○○○○타운 000동 0000호(이하 '이 사건 신축주택'이라 한다)를 취득하였다.

나. 원고는 2006. 6. 7. 이 사건 신축주택을 양도하였는데, 이 사건 신축주택을 취득한 날부터 5년 이내의 양도라는 이유로 구 조세특례제한법(2008. 12. 26. 법률 제9272호로 개정되기 전의 것, 이하 '조세제한특례법'이라 한다) 제99조의3 제1항에 따라 양도소득세 전액을 감면세액으로 하여 2006년 귀속 양도소득세를 신고하였다.

다. 서울 ○○세무서장은 이 사건 종전주택의 취득일부터 이 사건 신축주택의 취득일 전날까지 발생한 양도소득금액은 양도소득세 과세대상 소득금액에서 차감되는 금액이 아니라고 보아 2012. 5. 2. 원고에게 2006년 귀속 양도소득세 00,000,000원(가산세 포함)의 부과처분(이하 '이 사건 처분'이라 한다)을 하였다.

라. 원고는 이 사건 처분에 불복하여 2012. 8. 9. 국세청장에게 심사청구를 하였으나, 국세청장은 2012. 9. 4. 원고의 심사청구를 기각하는 결정을 하였고, 원고는 국세청장의 기각결정에 대해 행정소송을 제기하지 않음에 따라 위 결정이 확정되었다.

[인정 근거] 다툼 없는 사실, 갑 제1 내지 5호증, 을 제1호증의 각 기재, 변론 전체의 취지]

2. 원고의 주장 요지

원고는 조세특례제한법 제99조의3 제1항에 따르면 신축주택 취득일부터 5년 이내의 양도의 경우 양도소득세 전액이 감면됨에도 불구하고 ○○세무서장이 조세특례제한법 제99조의3 제1항을 잘못 해석하여 이 사건 처분을 하였고, 양도소득세액을 산정한 방법 또한 법령상의 근거 없이 임의로 선택한 방법에 따라 이루어졌는바, 어느 모로 보나 이 사건 처분은 무효이다. 따라서 피고는 원고에게 이 사건 처분에 따른 납부세액 전액을 부당이득으로 반환할 의무가 있다.

3. 판단

가. 조세의 과오납이 부당이득이 되기 위해서는 납세 또는 조세의 징수가 실체법적으로나 절차법적으로 전혀 법률상의 근거가 없거나 과세처분의 하자가 중대하고 명백하여 당연무효이어야 하고, 과세처분의 하자가 단지 취소할 수 있는 정도에 불과할 때에는 과세관청이 이를 스스로 취소하거나 항고소송절차에 의하여 취소되지 않는 한 그로 인한 조세의 납부가 부당이득이 된다고 할 수 없다. 행정처분이 아무리 위법하다고 하여도 그 하자가 중대하고 명백하여 당연무효라고 보아야 할 사유가 있는 경우를 제외하고는 아무도 그 하자를 이유로 무단히 그 효과를 부정하지 못하는 것으로, 이러한 행정행위의 공정력은 판결의 기판력과 같은 효력은 아니지만 그 공정력의 객관적 범위에 속하는 행정행위의 하자가 취소사유에 불과한 때에는 그 처분이 취소되지 않는 한 처분의 효력을 부정하여 그로 인한 이득을 법률상 원인 없는 이득이라고 말할 수 없는 것이다(대법원 1994. 11. 11. 선고 94다28000 판결 등 참조).

나. 하자 있는 행정처분이 당연무효가 되기 위해서는 그 하자가 법규의 중요한 부분을 위반한 중대한 것으로서 객관적으로 명백한 것이어야 하며, 하자가 중대하고 명백한지 여부를 판별함에 있어서는 그 법규의 목적, 의미, 기능 등을 목적론적으로 고찰함과 동시에 구체적 사안 자체의 특수성에 관하여도 합리적으로 고찰함을 요하는바, 행정청이 어느 법률관계나 사실관계에 대하여 어느 법률의 규정을 적용하여 행정처분을 한 경우에 그 법률관계나 사실관계에 대하여는 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀져 그 해석에 다툼의 여지가 없음에도 불구하고 행정청이 위 규정을 적용하여 처분을 한 때에는 그 하자가 중대하고도 명백하다고 할 것이나, 그 법률관계나 사실관계에 대하여 그 법률의 규정을 적용할 수 없다는 법리가 명백히 밝혀지지 아니하여 그 해석에 다툼의 여지가 있는 때에는 행정관청이 이를 잘못 해석하여 행정처분을 하였더라도 이는 그 처분 요건사실을 오인한 것에 불과하여 그 하자가 명백하다고 할 수 없다(대법원 2004. 10. 15. 선고 2002다68485 판결 등 참조).

다. 이 사건에 관하여 보건대, 조세제한특례법 제99조의3 제1항 본문은 "거주자가 …… 신축주택(……)을 취득하여 그 취득일부터 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득에 대하여는 양도소득세의 100분의 100에 상당하는 세액을 감면하고(이하 '전단'이라 한다), 당해 신축주택의 취득일부터 5년이 경과된 후에 양도하는 경우에는 당해 신축 주택의 취득일부터 5년간 발생한 양도소득금액을 양도소득세 과세대상소득금액에서 차감한다(이하 '후단'이라 한다)"고 규정하고 있는바, 이 사건 처분 당시 신축주택의 취득일로부터 5년 이내에 양도한 경우의 조세특례제한법의 해석에 있어서 양도소득의 발생 기산일이 '신축주택의 취득일'로 되어 있어 종전주택의 취득일부터 신축주택의 취득일 전일까지의 양도소득은 위 조항이 규정하고 있는 감면대상이 아니라는 견해와 조세제한특례법 제99조의3 제1항이 전단에서 감면대상이 되는 양도소득의 발생기산일은 특별히 명시하고 있지 않으며 후단과 달리 전단에서는 감면되는 세액을 안분하는 산식을 별도로 마련하지 아니한 점, 입법취지 등을 고려할 때 종전주택 취득일부터 신축주택을 양도한 때까지의 전 기간에 발생한 소득 전액이 감면되어야 한다는 견해 등으로 나뉘어 감면대상이 '신축주택을 취득하여 5년 이내에 양도함으로써 발생하는 소득'에 한정되는 것인지 '종전주택을 취득한 때로부터 신축주택을 양도한 때까지 전 기간에 발생한 소득'으로 확대할 것인지 그 해석에 다툼의 여지가 있었고, 전자의 경우에 해당하는 경우 양도소득세액을 산정하는 방법을 둘러싸고도 그 해석에 다툼의 여지가 있었다.

따라서 피고가 위 조문의 해석을 잘못하여 이 사건 처분을 하였다고 하더라도, 위와 같이 위 조문의 해석을 둘러싸고 다툼의 여지가 있는 상황에서 위와 같은 국세청의 입장과 다른 내용의 대법원 판결이 존재하지 않았다가 대법원 2014. 12. 11. 선고 2013두12690 판결에 이르러 최초로 이 사건 부과처분과 같은 내용의 과세처분이 위법하다는 확정판결이 나오게 된 점 등을 종합하여 보면, 원고가 주장하는 사정만으로는 이사건 처분의 하자가 명백한 것이었다고 인정하기 어렵고, 달리 이를 인정할 증거가 없다. 따라서 이 사건 처분이 당연무효임을 전제로 하는 원고의 위 주장은 이유 없다.

4. 결론

그렇다면, 원고의 이 사건 청구는 이유 없어 기각한다.