처분청은 청구인이 2003.10.7. 경기도 ○○시 ○○구 ○○동 150-2번지 ○○타운 상가동 203호외 1호 106.008㎡(부속토지 82.9778㎡를 포함하여 이하 “이 사건 부동산”이라 한다.)를 취득하고, 지방세법 제107조 본문 및 제1호와 같은 법 제127조제1항 본문 및 제1호의 규정에 따라 이 사건 부동산의 취득세 등을 비과세 하였으나, 2년 이상 종교용에 직접 사용하지 아니하고 2005.5.25. 매각하였으므로 이 사건 부동산의 취득가액 213,000,000원에 지방세법 제112조제1항 및 같은 법 제131조제1항의 세율을 적용하여 산출한 취득세 5,304,190원, 농어촌특별세 466,620원, 등록세 3,621,000원, 지방교육세 468,600원, 합계 9,860,410원(가산세 포함)을 2005.11.21. 부과고지 하였다

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이 사건 부동산을 취득하여 종교용으로 사용하던 중 청구외○○○○장로회 ○○교회(등록번호 ○○○○-00046) 담임목사 안○○과 교회합병을 서약하고, 교회의 최고의사결정기관인 공동의에서 각 2005.5.8.과 5.15. 합병을 결의한 후, 2005.10.18. 두 교회가 소속된 ○○○○○장로회 ○○○회 제15회 정기노회에서 합병허가를 받아 합병한 후 당초 취득 목적과 같이 예배, 선교, 교육 등 종교단체 고유목적으로 계속 사용하여 왔음에도 부동산등기부상 등기원인이 매매로 등재되어 있다는 사유로 2년 이상 직접 사용하지 않고 매각한 것으로 보아 취득세 등을 추징하는 것은 부당하다고 주장하고 있다

3. 우리부의 판단

이 사건 심사청구의 다툼은 종교단체가 종교용 부동산을 취득한 후 2년 이내에 타 종교단체에 매각한 경우 기 비과세한 취득세 등을 추징한 것이 적법한지 여부에 관한 것이라 하겠다.

먼저 관계법령을 보면,제107조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제122조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 취득세를 부과하지 아니하되 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 취득일부터 1년(제1호의 경우에는 3년) 이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당 부분에 대하여는 취득세를 부과한다고 규정하고 그 제1호에서 제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산의 취득을 규정하고 있으며, 같은 법 제127조에서 다음 각호의 1에 해당하는 것(제112조 제2항의 규정에 의한 과세대상을 제외한다)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니하되 다만 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기·등록일부터 1년(제1호의 경우는 3년)이내에 정당한 사유없이 그 용도에 직접 사용하지 아니하는 경우 또는 그 사용일부터 2년 이상 그 용도에 직접 사용하지 아니하고 매각하거나 다른 용도로 사용하는 경우 그 해당부분에 대하여 등록세를 부과한다고 규정하고, 그 제1호에서제사·종교·자선·학술·기예 기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로정하는 비영리사업자가 그 사업에 사용하기 위한 부동산에 대한 등기를 규정하고 있으며, 같은법시행령 제79조에서 법 제107조제1호에서 대통령령으로 정하는 비영리사업자라 함은 다음 각호의 자를 말한다고 그 제1호에서 종교 및 제사를 목적으로 하는 단체를 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 2003.10.7. 이 사건 부동산을 취득하여 종교용으로 사용하던 중 2005.4.27. 청구외○○교회(담임목사 안○○)와 이 사건 부동산의 매매계약을 체결하고 2005.5.15.과 같은달 25일 청구인과 청구외○○교회 공동의에서 합병을 결의한 후 2005.5.25. 이 사건 부동산을 매각하였으므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과한 사실은 제출된 관계증빙자료에서 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 이 사건 부동산을 취득한 후 종교용으로 사용하던 중 교회의 합병에 의하여 청구외○○○○장로회○○교회에 명의 이전하였으나 그 후에도 계속적으로 종교용에 직접 사용하고 있으므로 이 사건 부동산에 대한 취득세 등은 비과세되어야 한다고 주장하고 있지만, 이 사건 토지의 매수자인 청구외○○교회 안상을 목사가○○○○장로회○○노회에 제출한 교회합병 청원서(○○○회 접수번호 14-2)에는○○교회를 개척하여 많은 시간이 경과하였음에도 자립이 되지 않음에 따라 청구인인○○교회의 합병요청을 받아들여 매수자인 청구외○○교회에서 청구인의 채무를 부담하고 합병한 것으로 등재되어 있고, 2005.5.25. 처분청으로부터 검인받은 계약서(검인번호 제12827호)에서도 이 사건 부동산의 매매대금을 228,000,000원으로 하고, 청구외○○교회에서 잔금지급일 현재 이 사건 부동산과 관련된 채무 및 제세공과금을 변제한다고 등재되어 있을 뿐만 아니라 더구나 이 사건 부동산의 등기부상 매매를 원인으로 소유권이전등기를 필한 사실이 나타나고 있음을 종합하여 보면 이 사건 부동산은 교회간의 매매으로 보아야 할 것으로 비록 이 사건 부동산을 취득한 청구외○○교회에서 종교시설로 사용하고 있다하더라도 청구인은 이 사건 부동산을 그 사용일로부터 2년 이상 직접 사용하지 아니하고 매각한 것에 해당하므로 처분청에서 이 사건 취득세 등을 부과고지한 것은 적법하다고 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

2006. 3. 27.

행 정 자 치 부 장 관