가. 피고가 2013. 9. 6. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 1,063,067,235원의

경정거부처분 중 44,961,190원을 초과하는 부분, 2009 사업연도 법인세

590,717,960원의 경정거부처분, 2010 사업연도 법인세 557,531,958원의 경정거

부처분, 2011 사업연도 법인세 598,897,177원의 경정거부처분, 2012 사업연도

법인세 1,091,399,460원의 경정거부처분 중 442,433,586원을 초과하는 부분,

2008년 제2기분 부가가치세 293,303,194원의 경정거부처분 중 60,124,712원을

초과하는 부분 및 2009년 제1기분 부가가치세 110,091,577원의 경정거부처분을

각 취소한다.

나. 원고의 나머지 청구를 기각한다.

2. 소송총비용 중 5분의 1은 원고가, 나머지는 피고가 각 부담한다.

피고가 2013. 9. 6. 원고에 대하여 한 2008 사업연도 법인세 1,063,067,235원, 2009

사업연도 법인세 590,717,960원, 2010 사업연도 법인세 557,531,958원, 2011 사업연도

법인세 598,897,177원, 2012 사업연도 법인세 1,091,399,460원, 2008년 제2기분 부가가

치세 293,303,194원, 2009년 제1기분 부가가치세 110,091,577원의 각 경정거부처분을

모두 취소한다.

2. 항소취지

가. 원고

제1심 판결 중 원고 패소 부분을 취소한다. 피고가 2013. 9. 6. 원고에 대하여 한

2008 사업연도 법인세 1,063,067,235원, 2009 사업연도 법인세 590,717,960원, 2010 사

업연도 법인세 557,531,958원, 2011 사업연도 법인세 598,897,177원, 2012 사업연도

법인세 1,091,399,460원의 각 경정거부처분을 모두 취소한다.

나. 피고

제1심 판결 중 피고 패소 부분을 취소하고, 그 취소 부분에 해당하는 원고의 청구

를 기각한다.

가) 법인세법 제40조 제2항의 위임에 의한 법인세법 시행령 제71조 제1항은 본

문에서 '자산의 임대로 인한 익금과 손금의 귀속사업연도는 다음 각 호의 날이 속하는

사업연도로 한다'고 규정하면서 제1호에서 '계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하

여진 경우에는 그 지급일'을, 제2호에서 '계약 등에 의하여 임대료의 지급일이 정하여

지지 아니한 경우에는 그 지급을 받은 날'을 규정하고 있는 한편, 제71조 제1항 단서의 후단에서는 '임대료 지급기간이 1년을 초과하는 경우 이미 경과한 기간에 대응하는 임대료 상당액과 비용은 이를 각각 당해 사업연도의 익금과 손금으로 한다'고 규정하고 있는데, 이는 1년 이상 장기간의 임대료를 임대 개시 후 1년 이상 경과하여 수수하기로 한 경우 손비만 계상되고 수익이 계상되지 않아 과세가 이연되는 문제점을 해결함으로써 과세기간별 손익의 적정화를 도모하기 위한 데에 그 입법취지가 있다(대법원 2011. 10. 13. 선고 2008두21713 판결 참조). 그리고 자산의 취득가액에 관한 법인세법 제41조 제1항 제3호 및 제2항2)의 위임에 의한 구 법인세법 시행령(2009. 2. 4. 대통령령 제21032호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제5호, 구 법인세법 시행령(2010. 12.30. 대통령령 제22577호로 개정되기 전의 것) 제72조 제1항 제6호 및 구 법인세법 시행령(2014. 2. 21. 대통령령 제25194호로 개정되기 전의 것) 제72조 제2항 제6호는 같은 항 제1 내지 4호 또는 제1 내지 5호에서 취득가액 산정방법을 별도로 규정한 매입자산, 자가 제조‧생산‧건설 자산, 합병‧분할‧현물출자에 의한 자산 등 이외의 방법으로 취득한 자산의 취득가액은 '취득 당시의 시가'로 한다고 규정하고 있다.

나) 그런데 원고가 토지사용기간 만료 후에 이 사건 건축물들의 소유권을 취득하는 것이 이 사건 건축물들의 부지에 대한 토지 임대료의 후불지급에 해당한다는 점은

앞서 본 바와 같으므로, 위 각 규정에 의하면 이 사건 거부처분의 대상에 포함된 2008 내지 2012 사업연도 각 법인세의 과세표준을 산정함에 있어서는 법인세법 시행령 제71조 제1항 단서 후단 및 위 각 구 법인세법 시행령 제72조 제1항(또는 제2항) 제5호(또는 제6호)에 의하여 토지사용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가 중 그 사업연도에 대응하는 부분을 익금에 산입하여야 한다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조).

다) 한편, 원고가 실제로 이 사건 건축물들의 소유권을 취득하여 후불지급에 해당

하는 토지 임대료를 취득하는 시점은 토지사용기간이 만료된 때이고, 앞서 본 토지사

용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가(감정평가액) 합계 177,785,688,330원은 그 만료시점의 명목가액이므로, 2008 내지 2012 사업연도 각 법인세의 과세표준을 산정하기 위하여 위 시가 중 2008 내지 2012 사업연도에 대응하는 부분을 익금에 산입하기 위해서는 위 시가에 화폐의 시간가치를 반영하여 과세기간인 2008 내지 2012 사업연도의 이 사건 건축물들의 가격을 추산할 필요가 있다. 따라서 해당 사업연도에 원고가 토지 임대료의 일부로 받은 것으로 의제되는 이 사건 건축물들의 시가는 토지사용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가를 상당한 이율에 의한 중간이자 공제를 통하여 각 해당 사업연도의 현재가치로 할인한 금액으로 봄이 타당하다.

라) 이때 중간이자 공제를 위한 상당한 이율에 대하여 원고는 이 사건 건축물들에

대한 감정평가 당시 적용된 재조달원가 상승률 연 4%를, 피고는 당심 변론종결일 무렵의 시중은행 정기예금 평균이자율인 연 1.35%를 각각 적용하여야 한다고 주장하나, 갑제5, 16호증의 각 기재에 의하면 이 사건 건축물들에 대한 감정평가 당시 적용된 재조달원가 상승률 연 4%는 생산자물가상승률, 건설업 인건비상승률, 건설공사비상승률, 건설기술의 발달 등 다양한 요소를 고려하여 결정된 수치인 사실이 인정되는 점, 시중은행 정기예금 평균이자율은 객관적으로 형성‧공시되는 자료에 기초한 것으로서 특별한

노력이나 비용을 들이지 않고도 통상 얻을 수 있는 자본의 수익률로 볼 수 있으나 그

시기마다 변동이 있는 점을 고려할 때, 중간이자 공제를 위한 상당한 이율로는 2008

내지 2012 사업연도의 각 해당 사업연도별로 그 사업연도의 시중은행 정기예금 평균

이자율을 적용하는 것이 상당하다고 할 것이다.

마) 그런데 해당 사업연도의 시중은행 정기예금 평균이자율을 적용하여 그 사업연

도의 현재가치로 할인한 이 사건 건축물들의 시가를 익금에 산입하여 산정한 법인세의

정당한 세액(이 사건 건축물들을 위한 부지의 임대로 인한 소득 이외에 다른 소득으로

인한 세액도 포함된 금액이다)이 2008 사업연도 102,574,941,392원, 2009 사업연도

100,192,275,499원, 2010 사업연도 132,420,549,992원, 2011 사업연도 152,608,233,807원, 2012 사업연도 168,401,084,268원인 사실 및 당초의 세액과 위 정당한 세액의 차액 가운데 원고의 경정청구에 따라 피고가 이미 경정하여 환급한 세액을 공제한 나머지 금액이 2008 사업연도 1,018,106,045원, 2009 사업연도 672,273,315원, 2010 사업연도 651,362,048원, 2011 사업연도 693,132,590원, 2012 사업연도 648,965,874원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

바) 따라서 이 사건 거부처분 중 2008 사업연도 법인세 1,063,067,235원의 경정거

부처분 중 44,961,190원(= 1,063,067,235원 - 1,018,106,045원)을 초과하는 부분(즉

1,018,106,045원의 감액경정을 거부한 부분), 2009 사업연도 법인세 590,717,960원의 경정거부처분, 2010 사업연도 법인세 557,531,958원의 경정거부처분, 2011 사업연도 법인세 598,897,177원의 경정거부처분, 2012 사업연도 법인세 1,091,399,460원의 경정거부처분 중 442,433,586원(= 1,091,399,460원 - 648,965,874원)을 초과하는 부분(즉 648,965,874원의 감액경정을 거부한 부분)은 위법하여 취소되어야 한다.』

4) 이 사건 거부처분 중 각 부가가치세에 대한 부분에 관한 판단

가) 구 부가가치세법 제13조 제1항 본문은 '재화 또는 용역의 공급에 대한 부가가

치세의 과세표준은 다음 각 호의 가액의 합계액으로 한다'고 규정하면서, 제1호에서

'금전으로 대가를 받는 경우에는 그 대가'를, 제2호에서 '금전 이외의 대가를 받는 경우에는 자기가 공급한 재화 또는 용역의 시가'를 각 규정하고 있다.

나) 앞서 살펴본 바와 같이 원고가 이 사건 실시협약에 따라 이 사건 임차인들로

부터 금전으로 토지 임대료를 지급받는 것 이외에 토지사용기간 만료 후에 이 사건 건

축물들의 소유권을 취득하는 것도 토지 임대료의 후불지급에 해당되고, 이와 같이 토

지 임대용역 일부의 대가로 금전을, 나머지 부분의 대가로 금전 이외의 대가인 이 사

건 건축물들을 수취하는 경우, 구 부가가치세법 제13조 제1항 제1, 2호의 규정 취지상

부가가치세의 과세표준은 각 과세기간별로 당해 과세기간에 원고가 금전으로 지급받은

임대료에 원고가 같은 기간 실제로 공급한 토지 임대용역 중 이 사건 건축물들과 대가

관계에 있는 부분의 시가를 합산한 금액이 된다고 할 것이다(대법원 2011. 6. 30. 선고 2008두18939 판결 참조).

다) 그런데 원고가 이 사건 임차인들과 체결한 이 사건 실시협약상의 토지 사용대

가가 과다하거나 과소하게 책정되었다고 볼 특별한 사정이 없는 이상, 원고가 금전으

로 지급받은 임대료와 원고가 제공한 토지 임대용역 중 이 사건 건축물들과 대가관계

에 있는 부분의 시가의 합산액은 일응 원고가 제공한 토지 임대용역의 감정가로 추정

함이 상당하다고 할 것인바, 이 사건 건축물들의 부지인 토지들의 임대용역의 감정가

액이 2008년 제2기분 합계 2,051,126,000원, 2009년 제1기분 합계2,024,661,500원인 사실(모두 이 사건 건축물들 중 세차장의 경우 2008. 10. 토지사용기간이 만료된 점을 반영한 금액이다) 및 위 가액을 과세표준으로 하여 산정한 부가가치세의 정당한 세액을 기준으로 할 때 추가 감액경정해야 할 세액이 2008년 제2기분 부가가치세의 경우 233,178,482원, 2009년 제1기분 부가가치세의 경우 112,161,011원인 사실은 당사자 사이에 다툼이 없다.

라) 따라서 이 사건 거부처분 중 2008년 제2기분 부가가치세 293,303,194원의 경

정거부처분 중 60,124,712원을 초과하는 부분(즉 233,178,482원의 감액경정을 거부한 부분) 및 2009년 제1기분 부가가치세 110,091,577원의 경정거부처분은 위법하여 취소되어야 한다.

마) 이에 대하여 피고는, 구 부가가치세법 시행령(2012. 2. 2. 대통령령 제23595호

로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제49조의2 제4항에 따라 '해당 과세기간에 원고가 실제로 공급한 토지 임대용역의 시가 중 이 사건 건축물들과 대가관계에 있는 부분의 시가'는 결국 '토지사용기간 만료 시의 이 사건 건축물들의 시가를 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액'이라고 주장한다.

그러나 구 부가가치세법 시행령 제49조의2 제4항 전문은 "사업자가 2과세기간 이상

에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 선불 또는 후불로 받는 경우에는 당해

금액을 계약기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 그 과세표준으로

한다."라고 규정하고 있는데, 대가를 금전 이외의 것으로 받는 경우에는 임대인이 공급

한 임대용역의 시가가 과세표준이 되어 위 규정에서 예정하고 있는 형태의 안분의 문

제는 생기지 않는다고 할 것이므로 위 규정은 '대가로 받은 금액'이 과세표준이 되는

경우, 즉 '대가를 금전으로 받는 경우'를 전제로 하고 있다고 봄이 상당하다. 따라서 2

과세기간 이상에 걸쳐 부동산임대용역을 공급하고 그 대가를 금전 및 금전 이외의 것

으로 받는 이 사안의 경우에는 위 규정이 적용되지 않는다고 할 것이므로[사업자가 '사회기반시설에 대한 민간투자법' 제4조 제3호의 방식을 준용하여 설치한 시설에 대하여 둘 이상의 과세기간에 걸쳐 용역을 제공하는 경우에는 그 용역을 제공하는 기간 동안 지급받는 대가와 그 시설의 설치가액을 그 용역제공 기간의 월수로 나눈 금액의 각 과세대상기간의 합계액을 과세표준으로 한다는 규정은 구 부가가치세법 시행령이 2013. 2. 15. 대통령령 제24359호로 개정되면서 제48조 제15항으로 신설되었다(현행 부가가치세법 시행령 제61조 제1항 제7호)], 피고의 위 주장은 받아들일 수 없다.』

3. 결론

그렇다면 원고의 이 사건 청구는 위 인정범위 내에서 이유 있어 이를 인용하고, 나머지 청구는 이유 없어 기각할 것인바, 제1심 판결은 이와 결론을 일부 달리하고 있으므로 원고와 피고의 항소를 각각 일부씩 받아들여 제1심 판결을 주문과 같이 변경한다.