청구법인은 2001.7.24.부터 여성용의류 제조업을 영위하는 사업자로서 2001년 2기 과세기간 중 주식회사 OOO(이하 “청구외법인”이라 한다)로부터 공급가액 26,810천원의 세금계산서 4매(이하 “쟁점세금계산서”라 한다)를교부받아 당해 매입세액을 공제하여 부가가치세 신고를 하고법인소득금액 계산시 쟁점세금계산서 상당액을 손금에 산입하였다.

처분청은 OOO세무서장으로부터 청구외법인이 자료상으로 고발되었으며 쟁점세금계산서가 자료상혐의자료라는 과세자료를 통보받고 쟁점세금계산서 중 청구법인이 청구외법인의 계좌에 송금한 공급가액 11,810천원은 정상거래로 인정하였으나, 청구법인이 OOO에게 송금한 15,000천원(공급가액, 이하 “쟁점금액”이라 한다)은 가공매입금액으로 보아 2006.12.11. 청구법인에게 2001년 2기 부가가치세 3,278,250원, 2001사업연도 법인세 4,925,990원을 경정고지하고 쟁점금액 상당을 대표자에게 상여로 처분하였다(청구법인은 2007.3.5. 이의신청을 제기하였고 처분청은 쟁점금액상당의 원가는 인정하여 법인세 및 대표자 상여처분을 취소하였다).

청구법인은 이에 불복하여 2007.3.5. 이의신청을 거쳐 2007.7.6. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

청구법인이 청구외법인과 거래한 매입금액 중 쟁점금액 상당의 거래는 정상적인 거래이며, 청구법인이 청구외법인과 관련있는 OOO의 계좌로 2002.1.11. 송금한 내역이 있음에도 처분청이 이를 사실과 다른 세금계산서로 보아 쟁점금액 상당의 매입세액을 불공제한 처분은 부당하다.

나. 처분청 의견

청구법인이 수취한 쟁점세금계산서 4매 중 2매의 세금계산서에 찍힌 청구외법인 명판이 서로 다르며, 청구법인이 OOO에게 계좌송금한 쟁점금액은 OOO(OOO의 남편)이 청구외법인에 운영자금을 빌려주고 처 OOO의 계좌로 돌려받았다고 주장하나 그에 대한 명확한 증빙서류가 없고, 청구법인은 청구외법인의 계좌로 거래대금을 송금한 사실이 있음에도 쟁점금액을 OOO에게 송금하였다는 주장은 사화통념상 벗어난 것으로 신빙성이 없으므로 당해 매입세액을 불공제한 당초 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁 점

청구법인이 청구외법인으로부터 수취한 쟁점세금계산서 중 쟁점금액 상당액이 실물거래없는 가공매입인지 여부

나. 관련법령

부가가치세법 제17조【납부세액】② 다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다.

1의 2. 제16조 제1항 및 제3항의 규정에 의한 세금계산서를 교부받지 아니한 경우 또는 교부받은 세금계산서에 제16조 제1항 제1호 내지 제4호의 규정에 의한 기재사항(이하 필요적 기재사항 이라 한다)의 전부 또는 일부가 기재되지 아니하였거나 사실과 다르게 기재된 경우의 매입세액. 다만, 대통령령이 정하는 경우의 매입세액은 제외한다.

다. 사실관계 및 판단

(1) OOO세무서장은 청구외법인(폐업일 : 2003.3.31.)을 조사한 결과 아래〈표〉와 같이 청구외법인이 2001년 제1기부터 2002년 제2기까지 4,771,642천원 상당의 가공매출세금계산서를 발행한 사실을 확인한 후 청구외법인과 자료상 실행위자로서 동 법인의 대표이사 OOO을 관계당국에 고발하고 청구법인과의 거래내역을 자료상거래혐의자료로 처분청에 통보한 사실이 심리자료에 의하여 확인된다.

【청구외법인의 세금계산서 발행 내역 및 가공발행내역】

(단위 : 천원)

(2) 처분청이 쟁점금액 상당의 매입세액을 불공제한 사유는 쟁점세금계산서위에 찍힌 청구외법인의 명판(2매)이 다르고, 쟁점세금계산서 중 2001.8.30., 2001.9.8.에 기재한 번호는 연번(22번, 23번)이나 2001.11.30.과 2001.12.30.에 기재한 번호(28호, 31호)가 2장 이상의 차이가 나므로 정상적 거래에 의한 세금계산서로 보기 어렵다는 의견이다.

(3) 청구법인은 제조공정상 임가공 하청없이는 제품완성이 불가능하므로 청구외법인과 실질거래 없이는 자켓 등의 매출자체가 불가능하다고 주장하면서, 청구법인의 쟁점세금계산서 관련 일자별 작업지시서(2001.8.30., 2001.9.16., 2001.11.16., 2001.12.8.)와 청구법인의 직원 OOO의 사실확인서 등을 제출하고 있는 바, 동 사실확인서에 의하면 OOO이 청구외법인을 방문하여 청구외법인 직원에게 작업지시에 대한 설명을 하였고, 한 제품당 2회 이상 청구외법인을 방문하였으며 방문시 건물 뒤 주차장에서 외부계단을 통하여 작업장까지 오르내렸다는 내용이 기재되어 있다.

(4) 이 건과 관련하여 청구인이 제기한 처분청의 이의신청결정문(2007.4.9.)에 의하면 “청구법인이 OOO에게 송금한 쟁점금액에 대하여 OOO의 남편 OOO에게 전화확인한 바, OOO은 청구외법인의 총괄관리자로서 청구외법인의 재봉사 급여관리 및 임가공업체등을 관리하면서 회사자금이 어려워 직원들의 급여를 지급하기 위하여 OOO에게 돈을 빌려오라고 하여 직원들의 급여지급 등 회사자금으로 사용하였고, 이에 회사에 빌려준 돈을 돌려받기 위하여 거래처인 청구법인으로부터 OOO계좌로 송금받은 것으로 기억하고 있다고 말하고 있다”고 기재되어 있어 청구법인이 OOO에게 계좌송금한 쟁점금액이 거래로 인하여 발생한 사실을 확인하고 있다.

(5) 위 사실관계를 종합하여 보면, 청구법인은 여성용의류를 제조하여 이마트 등에 납품하고 있고, OOO세무서장이 청구외법인에 대한 2002.4.8.～2002.5.24. 자료상 추적조사 당시 전기미싱 약 15대를 운영하고 직원 20명과 함께 정상적으로 제조활동을 하고 있는 것으로 확인된 점 등으로 보아 청구법인과 청구외법인과의 업무 연관성이 크며, 처분청은 청구법인이 OOO에게 계좌송금한 쟁점금액이 청구외법인의 총괄관리자인 OOO과 청구외법인의 채권채무관계에서 송금받은 거래대금이라는 사실을 이의신청 결정을 통하여 확인하고 있고, 그렇다면 세금계산서의 발행번호 및 명판이 다르다는 문제는 청구법인의 귀책사유로 보기 어려운 점을 고려하여 볼 때, 청구법인이 청구외법인과 거래한 금액 중 쟁점금액 상당의 거래가 정상적인 거래라는 청구법인의 주장은 신빙성이 있는 것으로 보인다.

따라서, 처분청이 쟁점금액 상당의 세금계산서를 사실과 다른 세금계산서로 보아 매입세액을 불공제한 처분은 잘못이라고 판단된다.

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구법인의 주장이 이유 있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.