청구인은 청구인이 1997.3.6. 취득한 ㅇㅇ도 ㅇㅇ시 ㅇㅇ구 ㅇㅇ동ㅇㅇ번지 토지 861.8㎡ 및 그 지상건축물 841.48㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)에 대하여 취득세 등을 비과세하였으나, 그중 일부(1층 건축물 373.86㎡ 및 그 부속토지, 이하 “쟁점 부동산”이라 한다)를 수익사업(임대)에 사용하였으므로 비과세된 취득세 등의 추징대상에 해당된다고 보아 그 취득가액(181,436,000원)에 지방세법 제112조제1항 및 제131조제1항제3호의 세율을 각각 적용하여 산출한 취득세 4,354,460원, 농어촌특별세 399,150원, 등록세6,531,690원, 교육세 1,197,470원, 합계 12,482,770원(가산세 포함)을1999.11.15. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 이건 부동산을 취득한 후 그중 1층 쟁점 부동산을 임대하였으나, 청구인의 경우 쟁점 부동산의 일부를 교회 사무실 및 주방 등으로 사용하고 있는데도 그 부분에 대하여 취득세 등을 추징한 처분은 부당하며, 또한 이건 부동산을 취득한 후 처분청으로부터 지방세법 제107조제1호 및 제127조제1항제1호의 규정에 의거 취득세가 비과세 된다는 통보를 받았으나, 수익사업에 사용하는 경우 취득세 등이 추징된다는 사실을 알지 못하였는데도 사전에 이러한 사실을 알려주지도 않고 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구의 다툼은 종교단체가 부동산을 취득한 후 그중 일부를 수익사업에 사용한 경우 비과세된 취득세 등을 부과한 처분이 적법한지 여부에 있다.

먼저 관계법령을 보면, 지방세법 제107조제1호·제127조제1항제1호 및 같은법시행령 제79조제1항제1호·제94조제1항에서 종교를 목적으로 하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위하여 취득·등기하는 경우에는 취득세와 등록세를 비과세 하지만, 임대사업과 같은 수익사업에 사용하는 경우에는 취득세와 등록세를 부과하도록 규정하고 있다.

다음으로 청구인의 경우를 보면, 청구인은 종교를 목적으로 하는 비영리사업자로서 이건 부동산을 취득한 후 그중 쟁점 부동산을 1999.7.14. ㅇㅇㅇ에게임대하여 현재까지 임대하고 있는 사실이 확인됨에 따라 이건 취득세 등을 부과한 사실을 알 수 있다.

이에 대하여 청구인은 쟁점 부동산의 일부를 교회사무실 및 주방 등으로 사용하고 있고, 수익사업에 사용하는 경우 취득세가 부과된다는 사실을알지 못하였는데도 사전에 이러한 사실을 알려주지도 않고 취득세 등을 부과한 처분은 부당하다고 주장하나, 청구인의 경우 1997.7.14. 임차인인 ㅇㅇㅇ와 쟁점 부동산에 대하여 임대차계약을 체결하면서 쟁점 부동산 전체를 임차인이 원할 때까지 임대하기로 하였고, 그 후 임차인(ㅇㅇㅇ)이 쟁점 부동산 전체에 보육시설을 설치하고 처분청에 신고를 하였음을 처분청 담당공무원이 확인한 후 취득세 등을 부과하였음이 입증되므로 이건 취득세 등이 비과세 되어야 한다는 청구인의 주장은 받아들일 수 없는 것이라 할 것이다. 또한 취득한 부동산을 수익사업에 사용하는 경우 취득세 등이 부과된다는 내용은 지방세법 제107조 및 제127조 본문단서에 명백히 규정하고 있으므로 이를 알지 못하였고, 처분청에서도 이를 알려주지 않았다는 사유도 이건 부과 처분에 영향을 줄 수는 없는 것이라 할 것이다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 인정되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.

2000. 2. 23.

행 정 자 치 부 장 관