처분청은 청구인이 1994.3.25.ㅇㅇ시ㅇㅇ구ㅇㅇ동ㅇㅇ번지토지 248.48㎡ 및 그 지상 건축물 378.05㎡(이하 “이건 부동산”이라 한다)를 청구외 로부터 증여를 원인으로 취득한 후, 1994.4.14. 등록세 비과세 신청을 하였으므로 같은날 구지방세법(1994.12.22. 법률 제4794호로 개정되기 전의 것, 이하 같다) 제127조제1항의 규정에 의거 등록세를 비과세하였으나, 1994.4.15. 청구인이 이건 부동산의 소유권 이전등기를 경료한 후 그 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 그 목적사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 부동산의 과세시가표준액(300,000,000원)에 지방세법 제151조의 규정에 의한 세율을 적용하여 산출한 등록세 14,400,000원, 교육세 2,640,000원, 합계 17,040,000원(가산세 포함)을 1997.9.10. 부과 고지하였다.

2. 청구의 취지 및 이유

청구인은 어린이집 운영 등 사회복지시설운영 지원사업을 목적사업으로 1992. 10.22. 사회복지사업법의 규정에 의거 설립된 비영리법인으로서 1994.3.25. 이건 부동산을 청구외 로부터 증여 취득한 후 취득세, 등록세 등을 비과세 받아 1994.4.15. 소유권 이전등기를 경료하였으나, 이건 부동산의 용도가 근린생활시설(다방, 대중음식점 등)로 되어 있어 어린이집을 운영하기 위한 용도변경허가가 불가능하고, 이건 부동산 임차인(청구외 ㅇㅇㅇ)이 건물명도를 거부하고 있을 뿐만 아니라, 주변환경이 상가지역으로서 노점상이 밀집되어 있고 건물이 노후화되어 어린이집을 운영할 경우 어린이들의 안전사고 발생이 우려되며, 또한 재건축을 할 경우 많은 비용의 투자가 현실적으로 불가능하다고 판단되어 이건 부동산을 임대한 다음, 그 임대수입금 전액을 어린이 교육사업 시설투자에 사용하고 있으므로 이건 부동산을 청구인의 고유목적사업에 직접 사용하고 있다고 보아야 할 것인데도 처분청이 이건 부동산을 취득·등기한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다고 하여 비과세된 등록세 등을 추징하고 또 대도시내에서의 부동산 취득·등기로 보아 등록세를 5배 중과세한 처분은 부당하다고 주장하면서 이건 부과 처분의 취소를 구하였다.

3. 우리부의 판단

이건 심사청구는 사회복지사업을 목적사업으로 하는 비영리법인이 부동산을 증여 취득한 후 1년 이내에 그 고유목적사업에 직접 사용하지 못한 정당한 사유가 있었는지 여부에 관한 다툼이라 하겠으므로

가. 먼저 관계법령의 규정을 살펴보면

구 지방세법 제127조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 것(...)에 대하여는 등록세를 부과하지 아니한다. 다만, 대통령령이 정하는 수익사업에 사용하는 경우와 등기 또는 등록일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 전부 또는 일부를 그 사업에 직접 사용하지 아니한 경우에는 그 부분에 대하여는 등록세를 부과한다”라고 규정하고, 그 제1호(1995.12.6. 법률 제4995호로 개정되기 전의 것)에서 “제사·종교·자선...기타 공익사업을 목적으로 하는 대통령령으로 정하는 비영리사업자가 그 사업에 직접 사용하기 위한 부동산에 대한 등기...”라고 규정하고, 지방세법시행령 제94조제1항에서 “법 제127조제1항제1호 본문에서 대통령령으로 정하는 비영리 사업자 라 함은 제79조의 규정에 의한 비영리사업자를 말한다”라고 규정하며, 같은법시행령 제79조제1항에서 “...대통령령으로 정하는 비영리사업자 라 함은 다음 각호에 게기하는 자를 말한다”라고 규정한 다음, 그 제3호에서 “사회복지사업법의 규정에 의하여 설립된 사회복지법인”이라고 규정하는 한편, 같은법 제138조제1항에서 “다음 각호의 1에 해당하는 등기를 하는 때에는 그 세율을 제131조 및 제137조에 규정한 당해 세율의 5배로 한다...”라고 규정하고, 그 제3호에서 “대도시내에서의 법인...설립...이후의 부동산 등기”라고 규정하고 있으며, 같은법시행령 제102조제2항에서 “법 제138조제1항제3호에서 “...법인 또는 지점등이 설립·설치·전입 이후 5년 이내에 취득하는 업무용·비업무용 또는 사업용·비사업용을 불문한 일체의 부동산 등기를 말한다...”라고 각각 규정하고 있다.

나. 다음으로 청구인의 경우에 대하여 살펴보면

처분청은 청구인이 이건 부동산을 증여 취득·등기한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하였으므로 이건 부동산을 대도시내에서 법인 설립 이후 5년 이내에 취득·등기하는 일체의 부동산 등기로 보아 비과세된 등록세를 5배 중과세하여 부과 고지한 사실은 제출된 관계 증빙자료에서 알 수 있다.

그런데 청구인은 이건 부동산을 증여 취득한 후, 청구인의 고유목적사업인 어린이집 운영 등 사회복지사업에 직접사용 하고자 하였으나, 이건 부동산(건물)에 대한 용도변경 허가가 불가능하고, 이건 부동산을 임차 사용중인 자가 건물을 명도해 주지 아니하여 고유목적사업에 직접 사용할 수 없었으며, 또한 건축물이 노후화되어 어린이집으로 사용이 불가능하다고 판단되어서 이건 부동산을 임대한 다음, 그 임대사업 수입금 전액을 어린이 교육사업 시설에 투자해 오고 있으므로 이건 부동산을 청구인의 고유목적사업에 직접 사용한 것으로 보아야 할 것인데도 처분청이 이건 부동산을 취득·등기한 후 1년 이내에 정당한 사유없이 고유업무에 직접 사용하지 아니하였다고 하여 비과세된 등록세를 추징하고, 또 대도시내에서의 법인설립 이후 5년이내에 취득한 부동산등기로 보아 등록세를 중과세한 처분은 부당하다고 주장하고 있다.

살피건대, 구 지방세법 제127조제1항제1호 및 지방세법시행령 제94조제1항, 제79조제1항제3호의 규정을 종합해 보면, 사회복지사업법에 의하여 설립된 비영리 법인이 자선사업 등을 목적으로 취득·등기하는 부동산에 대하여는 등록세를 면제하도록 규정하고 있으나, 그 부동산을 수익사업에 사용하거나, 등기일로부터 1년 이내에 정당한 사유없이 고유목적사업에 직접 사용하지 아니하는 경우에는 등록세를 부과하도록 규정하고 있고, 지방세법 제138조제1항제3호 및 같은법시행령 제102조제2항에서 대도시내의 법인이 법인설립 이후 5년 이내에 취득·등기하는 일체의 부동산 등기에 대하여 업무용·비업무용을 불문하고 등록세를 5배 중과세하도록 규정하고 있는 바, 청구인은 사회복지사업법의 규정에 의거 설립된 비영리법인으로서 1994.3.25. 이건 부동산을 청구외 로부터 증여를 원인으로 취득한 후 1994.4.15. 소유권 이전등기를 경료한 다음, 이건 부동산을 어린이집으로 운영하고자 하였으나, 이건 부동산을 임차사용중인 임차인이 2년이 넘도록 건물명도를 해 주지 아니하고, 이건 부동산 주변환경이 상가지역으로서 어린이집으로 건물용도변경 허가를 받을 수도 없으며, 또한 노점상들이 밀집되어 있는 등 주변환경이 열악하여 어린이집 운영에 부적합하고, 이건 부동산이 노후화되어 재건축을 하는데에는 많은 비용의 투자가 현실적으로 어려워 부득이 이건 부동산을 임대하여 임대수입금 전액을 어린이 교육시설에 투자해 오고 있으므로, 청구인이 이건 부동산을 취득한 후 1년 이내에 고유목적 사업에 직접 사용하였다고 보아야 할 것인데도, 처분청이 비과세된 등록세를 중과세하여 부과 고지한 처분은 부당하다고 주장하고 있으나, 여기서의 직접 사용이라 함은 비영리사업자가 취득·등기한 부동산을 그 사업에 직접 사용하는 것을 말하는 것이지 타에 임대하여 임대수입을 얻는 것은 직접 사용하는 것으로 볼 수 없다(대법원 1977.2.8, 76누194) 할 것인 바, 청구인이 이건 부동산을 청구외 ㅇㅇㅇ에게 임대한 사실이 입증되고 있으므로 청구인이 이건 부동산을 그 목적사업에 직접 사용하였다고 볼 수 없으므로 청구인의 주장은 받아들일 수 없다 하겠다. 다만, 등록세에 대한 가산세를 부과하기 위해서는 납세의무자에게 자진신고 납부의무가 있음을 전제로 한다 할 것인데 1994.12.22. 법률 제4794호로 개정된 지방세법 제150조의2의 규정에 의거 등록세 중과에 관하여 자진신고납부 의무를 새로이 규정하기 이전에는 대도시내에서 법인 설립이후 부동산에 등기에 대하여 중과되는 경우 납세의무자에게 중과되는 등록세를 자진신고 납부할 의무가 있다고 볼 수 없으므로 처분청이 청구인에게 등록세 중과에 대한 자진신고 납부의무가 있음을 전제로 부과 고지한 이건 등록세 가산세 부과처분은 법령의 근거없이 이루어진 것으로서 부당한 처분이라 하겠다.

따라서 청구인의 주장은 이유가 없다고 판단되나, 등록세 가산세 부과는 부당하다고 판단되므로 지방세법 제77조제1항의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.

1998. 2. 24.

내 무 부 장 관