청구인은 부동산 임대업을 영위하기 위하여 ’94.6.24 일반과세사업자로 등록하고 ’94.11.8 서울특별시 도봉구 O동 OOOOO 소재 대지 297.30㎡ 위에 근린생활시설(지하1층, 지상4층) 629.12㎡(이하 “쟁점부동산”이라 한다)를 신축하였다.

처분청은 청구인이 ’94.6.24 일반과세사업자로 등록하였으나 사업실적의 저조로 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달됨에 따라 ’95.7.1 일반과세사업자에서 과세특례자로 과세유형이 전환되었으므로 일반과세자로서 공제받은 매입세액에 대하여 재고납부세액을 계산하여 ’96.6.11 청구인에게 95년 제2기분 부가가치세 20,520,000원을 부과처분 하였다.

청구인은 이에 불복하여 ’96.7.30 심사청구를 거쳐 ’96.11.29 심판청구를 제기하였다.

2. 청구주장 및 국세청장 의견

가. 청구주장

청구인은 ’94.6.24 쟁점부동산을 임대에 공하기 위하여 과세특례자로 사업자등록을 신청하였으나, 처분청은 부가가치세법 시행령(’95.12.30 개정전의 것) 제74조 제5항의 규정에 의한 국세청장의 부동산 임대업 과세특례 배제기준을 제시하며 일반과세사업자등록을 안내하여 일반과세사업자로 등록하였고, 그 후 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달되어 과세유형 전환을 하고자 하였으나, 위 국세청장의 부동산 임대업 과세특례 배제기준에 해당되므로 일반과세사업자로 적법하게 신고납부하였는데도 처분청이 청구인의 과세유형이 일반과세자에서 과세특례자로 전환된 것으로 보아 재고납부세액을 부과한 처분은 위법부당하다.

나. 국세청장 의견

청구인이 ’94.6.24 일반과세사업자로 등록하였으나 1역년의 공급대가가 36,000,000원에 미달되므로 일반과세사업자로 계속하여 적용받기 위하여는 법정신고기한일인 ’95.6.20까지 처분청에 과세특례 포기신고를 하여야 하는데도 과세특례 포기신고서를 제출한 사실이 없으므로 ’95.7.1 부터는 과세유형 전환의 통지여부에 관계없이 과세특례자로 전환되는 것이므로 처분청이 재고납부세액을 부과한 처분은 정당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

일반과세사업자에서 과세특례사업자로 변경되는 경우 과세유형 전환 통지유무에 관계없이 과세특례의 규정을 적용 할 수 있는지 여부를 가리는데 있다.

나. 관련법령

부가가치세법 시행령 (95.12.30 개정 전의 것) 제74조의 2 제3항은 사업자가 일반과세사업자에서 과세특례자로 변경될 경우 과세유형전환통지와 관계없이 과세특례의 규정을 적용토록 규정하고, 부가가치세법(’95.12.30 개정전의 것) 제30조 제2항에서는 과세특례자가 일반과세사업자로 적용을 받고자 하는 자는 그 적용받고자 하는 달의 전 달 20일까지 대통령령이 정하는 바에 따라 정부에 신고토록 규정하고 있으며, 같은 법 시행령 (’95.12.30 개정전의 것) 제74조의 4 제3항에서『일반과세자가 과세특례자로 변경된 경우에는 재무부령이 정하는 바에 의하여 당해 변경일 현재의 재고품 및 감가상각자산에 대한 매입세액을 공제받은 경우 법 제27조의 규정에 의한 납부에 있어서 공제받은 매입세액을 납부세액에 가산하여 납부하여야 한다』라고 규정하고 있다.

다. 사실관계 및 판단

① 청구인은 ’94.6.24 일반과세사업자로 부동산임대업을 개시한 사실이 사업자등록증에 의하여 확인되고 1역년의 임대수입금 환산금액이 19,044,572원임이 ’95년 제2기 부가가치세 경정결의서에 의하여 확인된다.

② 처분청은 청구인이 부동산임대사업자로 등록할 당시에 국세청장의 부동산 임대업 과세특례 배제기준을 제시하며 일반과세사업자등록을 안내하였고 95년 6월 중순 1역년의 공급가액이 36,000,000원에 미달되어 과세특례 포기신고서를 제출하려 하였으나, 과세유형 전환대상자가 아니라고 하여 과세특례 포기신고서를 제출하지 않았다고 주장하나 이를 입증할 수 있는 자료를 제시한 바 없다.

③ 처분청은 ’95.7.1 청구인이 일반과세사업자에서 과세특례자로 과세유형이 전환된 사실을 통보하지 않았다.

이상의 사실을 종합하여 보면, 청구인은 사업자 등록시에 처분청이 국세청장의 부동산 임대업 과세특례 배제기준을 제시하며 일반사업자로 등록하도록 안내하였고, 그 후 1역년의 공급가액이 36,000,000원에 미달되어 과세특례 포기신고서를 제출하려 하였으나 처분청이 과세유형 전환대상이 아니라고 하여 일반과세사업자로 신고납부한 것이므로 본 건 재고납부세액과세는 부당하다고 주장하나, 앞의 관련법령 규정에 의하면 청구인이 사업자 등록시에 국세청장의 부동산 임대업 과세특례 배제기준에 의하여 일반과세사업자로 등록하였다 하더라도, 1역년의 공급가액이 36,000,000원 미만이면 과세유형 전환의 통지유무에 관계없이 과세특례자의 규정을 적용받는 것이므로, 청구인이 계속하여 일반과세사업자로 적용받기 위하여는 그 적용을 받고자 하는 과세기간(’95년 제1기)의 개시일에 속하는 달의 전 달 20일까지 과세특례 포기신고서를 정부에 신고하여야 하는데 이를 신고한 사실이 없는 바, 처분청이 재고납부세액을 계산하여 청구인에게 부가가치세를 부과한 처분에는 달리 잘못이 없는 것으로 판단된다.

라. 따라서 이 건 심판청구는 청구주장이 이유없으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제2호의 규정에 의하여 주문과 같이 결정한다.