A 주식회사(이하 ‘A’이라 한다)는 2006. 7. 4.부터 충남 당진군 C에서 비철금속 제조업을 영위하던 중 2012. 1. 17. 대전지방법원 2011회합41호로 회생절차개시결정 및 대표이사 B에 대한 관리인 선임결정이 이루어져 2012. 1. 26. B이 관리인으로 등기되었다.

A은 2011년 제1기 부가가치세 과세기간 중 아래 표 기재 각 매입거래처(이하 ‘이 사건 각 거래처’라 한다)로부터 폐동 등을 매입하면서 각 기재 매입내역에 해당하는 세금계산서(이하 ‘이 사건 각 세금계산서’라 한다)를 교부받아, 위 각 세금계산서에 따른 매입세액을 매출세액에서 공제하여 피고에게 해당 과세기간의 부가가치세를 신고하였다.

순번 이 사건 각 거래처 매입내역 신고세액 1 주식회사 D 3,328,337,000원 332,833,700원 2 E(F회사) 4,153,091,000원 415,309,100원 3 G회사(H) 224,355,000원 22,435,500원 4 I회사(J) 3,328,692,000원 332,869,200원 5 K회사(L) 8,862,655,000원 886,265,500원 6 M회사(N) 1,371,095,250원 137,109,500원 7 O회사(P) 112,645,400원 11,264,540원 합계 21,380,870,650원 2,138,087,040원 예산세무서장은 2012. 3. 6. A에 대하여, 이 사건 각 거래처 중 순번 1 내지 5의 각 업체가 실물거래 없이 허위의 세금계산서를 발행한 위장사업자(이른바 ‘資料商’)에 해당하므로 A이 위 각 거래처로부터 교부받은 이 사건 각 세금계산서도 사실과 다른 내용의 세금계산서라는 이유로 해당 매입세액 공제를 부인하고, 2011년 제1기 부가가치세 3,315,458,780원(가산세 포함)을 증액 경정하였고, 한편 피고는 2012. 12. 1. 원고에게 사실과 다른 세금계산서를 발급받은 경우 가산세를 법인세로서 징수하도록 규정한 법인세법 제75조 제5항에 따라 법인세 100,000,000원의 부과처분(이하 ‘이 사건 처분’이라 한다)을 하였다.

원고는 이...

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