가. 청구법인은 구「도시 및 주거환경정비법」제18조에 따라 설립된 정비사업조합으로, OOO아파트·상가 재건축과 관련 조합원들로부터 토지 또는 건축물을 현물출자 받아 OOO외 22필지에 아파트 3,726세대 및 상가 75호를 신축하였다.

나. 청구법인은 위 신축 아파트 OOO를 조합원에게, 나머지OOO대를 비조합원에게 각 분양하였고, 위 신축 상가 75호는 조합원에게 분양하였다.

다. 청구법인의 정관 제54조 제1항은 재건축아파트·상가를 분양받은 조합원이 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 토지 또는 건축물의 가격사이에 차이가 있는 경우에는 그 차액에 상당하는 금액(‘청산금’)을 지급하여야 한다고 규정하고 있다.

라. 청구법인은 법인세 신고시 위 청산금에 대하여 비수익사업으로 보아, 청산금을 익금에 산입하지 아니하였고, 청산금 관련 손비를 손금에 산입하지 아니하였다.

마. 처분청은 OOO지방국세청장의 청구법인에 대한 세무조사 결과 과세자료 통보에 따라, 청구법인이 조합원으로부터 지급받은 청산금에 대하여 수익사업으로 보아, 청산금을 익금에 산입하고, 청산금 관련 손비를 손금에 산입 등을 하여 2019.2.14. 청구법인에게 2016사업연도 법인세 OOO원을 경정·고지하였다.

바. 청구법인은 이에 불복하여 2019.5.15. 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장 및 처분청 의견

가. 청구법인 주장

아래와 같은 이유 등을 종합하여 보면, 재건축아파트·상가를 분양받은 조합원이 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 토지 또는 건축물의 가격사이에 차이가 있어 그 차액에 상당하는 금액(청산금)을 지급한 경우, 그 차액에 상당하는 금액(청산금)은 청구법인의 수익사업 익금에 해당하지 아니한다(대법원 2018.12.6. 선고 2018두54040 판결 참조).

(1) 「조세특례제한법 시행령」제104조의4는 정비사업조합이「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있으므로, 위 사업에서 어떠한 소득이 생기더라도 이는 법인세 과세대상인 수익사업에서 생긴 소득이라고 할 수 없다.

(2) 조합원이 현물출자한 가액을 초과하는 토지와 건물을 공급받고 그 차액에 해당하는 청산금을 청구법인에 지급하는 것은 추가적인 출자의 납입이라고 봄이 타당하고,「법인세법 시행령」에 의하더라도 위와 같은 청산금을 익금의 범위에 포함시킬 근거가 될 만한 규정을 찾을 수 없다.

나. 처분청 의견

다음과 같은 사유 등을 종합하여 보면, 재건축아파트·상가를 분양받은 조합원이 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 토지 또는 건축물의 가격사이에 차이가 있어 그 차액에 상당하는 금액(청산금)을 지급한 경우, 그 차액에 상당하는 금액(청산금)은 청구법인의 수익사업 익금에 해당한다.

(1) 조합원 청산금이란 조합원이 종전에 자기가 소유하고 있던 토지 또는 건물의 가격을 초과하는 토지 및 건물을 공급받고 추가적으로 부담하는 돈을 말하고, 이는 조합원 지위를 이용하여 추가로 토지 및 건물을 분양받고 그 대가를 지급하는 것과 동일하므로, 이를 일반 분양의 분양대금과 다르게 취급할 이유가 없다.

(2) 또한「조세특례제한법」규정이 재건축조합의 위 사업을 비수익사업으로 규정한 이유는 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전 토지 및 건물과 동일한 가치의 토지 및 건물을 공급하는 경우 조합원이 그 소유 토지 및 건물을 출자하는 외에 추가로 출자하지 않고, 재건축조합도 실질적으로 수익이 발생한다고 보기 어렵기 때문인바,「 조세특례제한법」규정에 의한 비수익사업은 재건축조합이 조합원에게 조합원 소유 종전 토지 및 건물과 동일한 가치의 토지 및 건물을 공급하는 경우로 한정함이 타당하다.

3. 심리 및 판단

가. 쟁점

재건축아파트·상가를 분양받은 조합원이 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 토지 또는 건축물의 가격사이에 차이가 있어 그 차액에 상당하는 금액(청산금)을 지급한 경우, 그 차액에 상당하는 금액(청산금)이 청구법인의 수익사업 익금에 해당하는지 여부

나. 관련 법령

(1) 법인세법

제3조(과세소득의 범위) ① 법인세는 다음 각 호의 소득에 대하여 부과한다. 다만, 비영리내국법인과 외국법인에 대하여는 제1호 및 제3호의 소득에 대하여만 법인세를 부과한다.

1. 각 사업연도의 소득

2. 청산소득(淸算所得)

3. 제55조의2 및 제95조의2에 따른 토지등 양도소득

③ 비영리내국법인의 각 사업연도의 소득은 다음 각 호의 사업 또는 수입(이하 "수익사업"이라 한다)에서 생기는 소득으로 한다.(각 호 생략)

(2) 조세특례제한법

제104조의7(정비사업조합에 대한 과세특례) ②「도시 및 주거환경정비법」제18조에 따라 설립된 조합(전환정비사업조합을 포함하며, 이하 이 조에서 "정비사업조합"이라 한다)에 대해서는 「법인세법」 제1조에도 불구하고 비영리내국법인으로 보아「법인세법」(같은 법 제29조는 제외한다)을 적용한다. 이 경우 전환정비사업조합은 제1항 단서에 따라 신고한 경우만 해당한다.

⑤ 제2항을 적용할 때 정비사업조합에 대한 「법인세법」제3조에 따른 과세소득의 범위에서 제외되는 사업의 범위 등에 관하여 필요한 사항은 대통령령으로 정한다.

(3) 조세특례제한법 시행령

제104조의4(정비사업조합의 수익사업의 범위) 법 제104조의7 제2항을 적용할 때 정비사업조합이「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다.

다. 사실관계 및 판단

(1) 청구법인은 구「도시 및 주거환경정비법」제18조에 따라 설립된 정비사업조합으로, 비영리내국법인이다.

(2) 청구법인은 OOO아파트·상가 재건축과 관련 조합원들로부터 토지 또는 건축물을 현물출자 받아, OOO외 22필지에 아파트OOO 및 상가 75호를 신축하였다.

(3) 청구법인은 위 신축 아파트 OOO대를 조합원에게, 나머지 1,044세대를 비조합원에게 각 분양(공급)하였고, 위 신축 상가 75호는 조합원에게 분양(공급)하였다.

(4) 청구법인의 정관 제54조 제1항은 청산금과 관련, 재건축아파트·상가를 분양받은 조합원이 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 토지 또는 건축물의 가격사이에 차이가 있는 경우에는 그 차액에 상당하는 금액(‘청산금’)을 지급하여야 한다고 규정하고 있다.

(5) 청구법인은 법인세 신고시 위 청산금에 대하여 수익사업이 아닌 비수익사업으로 보아, 청산금을 익금에 산입하지 아니하였고, 청산금 관련 손비를 손금에 산입하지 아니하였다.

(6) 처분청은 OOO지방국세청장의 청구법인에 대한 세무조사 결과(과세자료) 통보에 따라, 청구법인이 조합원으로부터 지급받은 청산금에 대하여 수익사업으로 보아, 청산금을 익금에 산입하고, 청산금 관련 손비를 손금에 산입 등을 하여 2019.2.14. 청구법인에게 이 건 법인세를 부과하였다.

(7) 이상의 사실관계 및 관련 법령 등을 종합하여 살피건대, 「조세특례제한법 시행령」제104조의4는 정비사업조합이「도시 및 주거환경정비법」에 따라 해당 정비사업에 관한 관리처분계획에 따라 조합원에게 종전의 토지를 대신하여 토지 및 건축물을 공급하는 사업은 「법인세법」제3조 제3항에 따른 수익사업이 아닌 것으로 본다고 규정하고 있는바, 위 규정에 따르면, 재건축아파트·상가를 분양받은 청구법인의 조합원이 종전에 소유하고 있던 토지 또는 건축물의 가격과 분양받은 토지 또는 건축물의 가격사이에 차이가 있어 그 차액에 상당하는 금액(청산금)을 지급한 경우, 그 차액에 상당하는 금액(청산금)은 청구법인의 수익사업 익금에 해당한다고 보는 것이 타당하다고 판단된다(국심 2006부933, 2007.8.24., 같은 뜻임).

4. 결론

이 건 심판청구는 심리결과 청구주장이 이유 없으므로 「국세기본법」제81조 및 제65조 제1항 제2호에 의하여 주문과 같이 결정한다.