청구법인은 부산광역시 동구 OO동 OOO에서 OO생명보험주식회사라는 상호로 보험업을 영위하는 법인이다.

청구법인은 1991.5.15부터 1995.2.24까지 청구법인의 소유토지인 부산광역시 동구 OO동 OOO에 본사 사옥 및 임대를 목적으로 총연면적 23,539.34㎡의 건물(이하 “쟁점건물”이라 한다)을 신축하였는 바, 1993년 2기부터 1994년 1기 및 1994년 2기 부가가치세 신고시 쟁점건물의 건축과 관련된 매입세액을 쟁점건물 신축시 수립한 사업계획서상 과세사업과 면세사업용 면적비율(면세비율 : 55.83% 과세비율 : 44.17%)로 부가가치세를 안분계산하고 1993년 2기부터 1994년 2기까지의 공제할 매입세액(이하 “쟁점매입세액”이라 한다)을 469,109,500원(1993년 2기 94,448,880원과 1994년 1기 206,960,340원 및 1994년 2기 167,700,280원)으로 하여 환급신고를 하였다.

처분청은 청구법인의 부가가치세 신고내용을 부인하고 예정공급가액을 기준으로 계산한 면세비율을 99.73%로 하여 1995.4.3 청구법인에게 1993년 제2기 부가가치세 111,061,400원과 1994년 제1기 부가가치세 22,264,840원 및 1994년 제2기 부가가치세 183,322,350원을 과세하였다.

청구법인은 이에 불복하여 1995.5.15 심사청구를 거쳐 1995.7.28 심판청구를 제기하였다.

2. 청구법인 주장

처분청은 쟁점건물의 사용면적이 확정되지 않아 실지귀속이 불분명함을 주장하고 있으나 청구법인은 쟁점건물에 대하여 사용계획서상 과세분과 면세분의 사용면적을 내부의 승인을 거쳐 확정지었으므로 실지귀속이 분명한 경우라 할 것이다.

청구법인이 부가가치세 신고시 쟁점건물에 대한 매입세액 안분계산을 하면서 부가가치세법 제61조 제1항에서 규정하고 있는 실지귀속에 따라 안분계산을 하되, 안분계산 기준으로 사용계획서상의 과세사업사용분과 면세사업사용분의 면적비율을 이용한 것은 정당한 것이므로, 처분청에서 쟁점건물의 사용면적이 확정되지 않는다 하여 실지귀속이 불분명하다고 보아 부가가치세법 제61조 제4항 제2호에 의거 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액 비율에 의거하여 매입세액을 안분계산한 것은 실질과세원칙에 위배되므로 취소되어야 한다.

3. 국세청장 의견

부가가치세법 제61조 제4항에서 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 공통매입세액을 안분하는 방법의 순위를 첫째, 매입가액 비율 둘째, 예정공급가액 비율 셋째, 예정사용면적비율로 하도록 규정하고 있다.

과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 부가가치세법시행령 제61조의2(공통매입세액의 정산)의 규정에 의하여 정산하는 것은 별론으로 하고, 쟁점건물은 1993년 2기, 1994년 1·2기 중에 과세사업의 공급가액이 없을 뿐만 아니라 사용면적도 확정되지 아니하였으므로 전시 규정에서 규정하고 있는 순위에 따라 청구법인이 주장하고 있는 예정사용면적비율보다 앞순위인 예정공급가액비율에 의하여 안분계산한 처분은 잘못이 없다.

4. 심리 및 판단

가. 쟁 점

공제할 과세(임대)분 매입세액을 청구법인의 총예정공급가액에 대한 과세사업에 관련된 예정공급가액의 비율로 안분계산하여 과세한 처분의 당부

나. 관련법령

(1) 부가가치세법 제17조 제2항에서 “다음 각호의 매입세액은 매출세액에서 공제하지 아니한다”라고 규정하면서 제4호에 “부가가치세가 면제되는 재화 또는 용역을 공급하는 사업에 관련된 매입세액(투자에 관련된 매입세액을 포함한다)”을 규정하고 있고,

동법 시행령 제61조 제1항에서는 “사업자가 과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지 귀속에 따라 하되, 과세사업과 면세사업에 공통으로 사용되어 실지 귀속을 구분할 수 없는 매입세액은 다음 산식에 의하여 계산한다(단서생략).

“면세사업에 관련된 매입세액 = 공통매입세액 ×”이라고 규정하고 제4항에 “제1항의 규정을 적용함에 있어서 당해 과세기간 중 과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간에 있어서의 안분계산은 다음 각호의 순에 의한다.

1. 총매입가액(공통매입가액을 제외한다)에 대한 면세사업에 관련된 매입가액의 비율(1992.12.31 개정)

2. 총예정공급가액에 대한 면세사업에 관련된 예정공급가액의 비율(1992.12.31 개정)

3. 총예정사용면적에 대한 면세사업에 관련된 예정사용면적의 비율(1992.12.31 개정)”이라고 규정하고 있다.

(2) 동법 제61조의2 제1항에서 “사업자가 제61조 제4항의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 당해 재화의 취득으로 과세사업과 면세사업의 공급가액 또는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간에 다음 산식에 의하여 정산한다. 다만, 예정신고를 하는 때에는 예정신고기간에 있어서 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율 또는 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 안분계산하고, 확정신고를 하는 때에 정산한다”(1992.12.31 신설)

“가산 또는 공제되는 세액” = { 총 공통매입세액 ×

() - 기공제세액 }

또는 { 총 공통매입세액 ×

()- 기공제세액 } 으로 규정하고 있고,

제2항에서는 “제1항의 규정을 적용함에 있어 제61조 제4항 제1호 및 제2호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 공급가액이 확정되는 과세기간의 총공급가액에 대한 면세공급가액의 비율에 의하여 정산하고, 제61조 제4항 제3호의 규정에 의하여 매입세액을 안분계산한 경우에는 과세사업과 면세사업의 사용면적이 확정되는 과세기간의 총사용면적에 대한 면세사용면적의 비율에 의하여 정산한다.(1992.12.31 신설)”고 규정하고 있다.

다. 건축물 신축에 따른 매입세액의 실지귀속 구분방법

(1) 위 관련법령에서와 같이 1992.12.31자로 개정된 부가가치세법 시행령 제61조 제4항은 “과세사업과 면세사업의 공급가액이 없거나, 그 어느 한 사업의 공급가액이 없는 경우에 당해 과세기간의 안분계산은 첫째, 매입가액비율 둘째, 예정공급가액비율 셋째, 예정사용면적비율로 순차적으로 하도록 규정”하고 있으나 위 제4항 조문규정은 실지귀속을 구분할 수 없는 공통매입세액을 과세 및 면세사업에 관련된 매입세액으로 구분 계산할 수 있는 합리적인 기준이 없는 부득이한 경우로 해석하여야 할 것이며, 위 관련법·조 제1항 본문 규정에서 “과세사업과 면세사업을 겸영하는 경우에 면세사업에 관련된 매입세액의 계산은 실지귀속에 따라 함”을 원칙적으로 규정하고 있으므로

(2) 건축물 신축관련 매입세액에 있어서 면세사업에 사용하는 자가사용면적과 과세에 사용하는 임대면적이 구분되는 경우 그 사용면적은 실지 귀속, 즉 실지부분의 가장 적합한 판단기준으로 볼 수 있어 건축물신축에 관련된 매입세액은 실지귀속이 확인되는 것으로 보아야 할 것이며, 건축물 신축관련 매입세액의 안분계산을 위 제4항 제2호의 규정에 의하여 안분할 경우 매입세액과 예정공급가액간에는 비례적인 상관관계가 없을 뿐만 아니라 단순히 예정공급가액비율로 매입세액을 안분계산한다는 것은 합리적인 계산방법으로 보기에 어렵다고 할 것이다.(국심 94경3263, 1995.2.22 합동회의 외 다수 같은 뜻임)

(3) 이 건의 경우, 청구법인은 쟁점건물 착공일인 1991.5.14(준공일은 1995.2.24임) 이전인 1991.5.2자로 쟁점건물 중 자가사용은 13,141.41㎡로 하고 임대사용은 10,397.93㎡(임대면적비율 44.17%)로 하기로 사장결재를 받아 확정하였음이 확인되므로 쟁점건물 중 면세사업에 사용될 면적과 과세사업에 사용될 면적이 구분된다고 보아야 할 것이다.

따라서 청구법인이 신고한 쟁점건물 신축과 관련된 매입세액은 실지 귀속에 따라 면세사업에 사용하는 건물면적과 과세사업에 사용하는 임대면적에 의하여 매출세액에서 공제받을 수 있는 과세사업에 관련된 매입세액을 계산하여야 함에도 처분청이 쟁점매입세액을 실지귀속이 불분명한 매입세액이라고 전제하여 공제가능 매입세액을 총공급가액에 대한 과세사업의 공급가액 비율로 안분계산한 처분은 위 관련법령을 오해한 것으로 판단된다.

따라서 이 건 심판청구는 이유있으므로 국세기본법 제81조 및 제65조 제1항 제3호의 규정에 의거 주문과 같이 결정한다.